<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU406973.8	1	TTCTTACAAAGTTTTTTTTTAATTTACATAAGTAAAATGGTTATCTCTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	152997	TTCTTACAAAGTTTTTTTTTAATTTACATAAGTAAAATGGTTATCTCTCT	153046

CU406973.8	51	CAAATATCTTTCCAGGCATTATCATCTGCAATTCTTCAAATAGCTAGGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153047	CAAATATCTTTCCAGGCATTATCATCTGCAATTCTTCAAATAGCTAGGAA	153096

CU406973.8	101	AACAAAGTACCAACTTTTTTATATGCTTTTACATCATCTTTTGATTCTCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153097	AACAAAGTACCAACTTTTTTATATGCTTTTACATCATCTTTTGATTCTCT	153146

CU406973.8	151	AATATTTGTTTCCTCATCCTAGCAATTCCATAGCTTCATGTACTCTCCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153147	AATATTTGTTTCCTCATCCTAGCAATTCCATAGCTTCATGTACTCTCCCT	153196

CU406973.8	201	CTAATTCTTATTTATTCCTAAATCATTTATAAATTTCTATTTTTCAGTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153197	CTAATTCTTATTTATTCCTAAATCATTTATAAATTTCTATTTTTCAGTCC	153246

CU406973.8	251	ATGCCTTTTATTCTTTAGACCACTTTGACTCTCTATTCTCGATGTCCCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153247	ATGCCTTTTATTCTTTAGACCACTTTGACTCTCTATTCTCGATGTCCCCA	153296

CU406973.8	301	AGTTCACCCTGGCAAACTAAAGCAGTAGTCGTGGGAATGGAGGGTACGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153297	AGTTCACCCTGGCAAACTAAAGCAGTAGTCGTGGGAATGGAGGGTACGAG	153346

CU406973.8	351	AATTTCTTCATGATTCCAAATTCAAAACCAAGTCTGGCAATAAAATATTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153347	AATTTCTTCATGATTCCAAATTCAAAACCAAGTCTGGCAATAAAATATTT	153396

CU406973.8	401	CTACAAAGGACCATGTAGGGTTTAAGGACTTTGTGGTTGTGTCCACAAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153397	CTACAAAGGACCATGTAGGGTTTAAGGACTTTGTGGTTGTGTCCACAAAA	153446

CU406973.8	451	ACTAGACTCGGGGCTCCACCTTCTGCTGTGTCTTTTCCCATGAGCCTAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153447	ACTAGACTCGGGGCTCCACCTTCTGCTGTGTCTTTTCCCATGAGCCTAAA	153496

CU406973.8	501	GGACAAGCAGGCCTGTTCCTTGTTCTCCACAGCCACATGACCATCTCTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153497	GGACAAGCAGGCCTGTTCCTTGTTCTCCACAGCCACATGACCATCTCTAT	153546

CU406973.8	551	TTCTCTTTCCTGAGAACCACATCTGTTTCAATTATTATGGTGTGATTAGC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153547	TTCTCTTTCCTGAGAACCACATCTGTTTCAATTATTATGGTGTGATTAGC	153596

CU406973.8	601	TATGAGTAAAAGGGGGAAGAATGTTCCCAAGAAAGTAAGATTGAAAGTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153597	TATGAGTAAAAGGGGGAAGAATGTTCCCAAGAAAGTAAGATTGAAAGTAG	153646

CU406973.8	651	AATAGTAAAGAGGGCAGATCAGCTTCAGGGCAACAGCAACCATCAGCAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153647	AATAGTAAAGAGGGCAGATCAGCTTCAGGGCAACAGCAACCATCAGCAGA	153696

CU406973.8	701	CATGGGAATCATGGATGGCCTGAAGATGCTCCAAGGACAGGAACTGTGAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153697	CATGGGAATCATGGATGGCCTGAAGATGCTCCAAGGACAGGAACTGTGAC	153746

CU406973.8	751	AGACCTCCCCTTATATGGCCATGCCTGACTCAGCAGTATCCCAGATTTTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153747	AGACCTCCCCTTATATGGCCATGCCTGACTCAGCAGTATCCCAGATTTTC	153796

CU406973.8	801	TGGATATTTTGTGTCAGAAATATTCTAGATTTAATATTTTATTGTTTGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153797	TGGATATTTTGTGTCAGAAATATTCTAGATTTAATATTTTATTGTTTGAT	153846

CU406973.8	851	GTATCATCAAATGTGAGAGACCATATCTTTTGGGCTCAGGCTCCATTTTA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153847	GTATCATCAAATGTGAGAGACCATATCTTTTGGGCTCAGGCTCCATTTTA	153896

CU406973.8	901	GAGAACCTGACCTAAAGTTGAACTCAAGGAAACTAACAGCCACTACCTAC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153897	GAGAACCTGACCTAAAGTTGAACTCAAGGAAACTAACAGCCACTACCTAC	153946

CU406973.8	951	CACCAATTTCCCAGTTATGCCCCAATAAAACCTGTGTCTAGCACCAGATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153947	CACCAATTTCCCAGTTATGCCCCAATAAAACCTGTGTCTAGCACCAGATT	153996

CU406973.8	1001	CCAGGATATTCCCCCAACAAATCTACACCCCCAGGTTACAAGACTTCCCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	153997	CCAGGATATTCCCCCAACAAATCTACACCCCCAGGTTACAAGACTTCCCC	154046

CU406973.8	1051	TGATAATTCATATCCTAACAACCACCAAACATGAGAAAAAAAAGATATTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154047	TGATAATTCATATCCTAACAACCACCAAACATGAGAAAAAAAAGATATTC	154096

CU406973.8	1101	AGATTATGGTTTGGCCCCCAGTACCAGTTAAAGGCCATAATGGCTATCCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154097	AGATTATGGTTTGGCCCCCAGTACCAGTTAAAGGCCATAATGGCTATCCA	154146

CU406973.8	1151	ATCTGATATGTACCAGGCTAGATACCACCTTCTTGACTCTATAAATGCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154147	ATCTGATATGTACCAGGCTAGATACCACCTTCTTGACTCTATAAATGCTT	154196

CU406973.8	1201	GCCTAAAACTAGGCTCAGGGCTCCATCTTCCTGCTGTGTCAGGGTTTGCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154197	GCCTAAAACTAGGCTCAGGGCTCCATCTTCCTGCTGTGTCAGGGTTTGCA	154246

CU406973.8	1251	GGGACCCCAAACCTGAGCTCGATTAAAGAGACCCTGTGATTGCATTAGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154247	GGGACCCCAAACCTGAGCTCGATTAAAGAGACCCTGTGATTGCATTAGAA	154296

CU406973.8	1301	TCAGTTCCTTGGTGGTCTTTAGGGGGTCAGGAATGTTTCCTTGCACAAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154297	TCAGTTCCTTGGTGGTCTTTAGGGGGTCAGGAATGTTTCCTTGCACAAAA	154346

CU406973.8	1351	CATACAGCCTCAATGGTTATATGGAGGCAATTGGATACAAAGATACTATC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154347	CATACAGCCTCAATGGTTATATGGAGGCAATTGGATACAAAGATACTATC	154396

CU406973.8	1401	CCAATTACTAAACCAATGTGTTTCTATTTCAGAGTGTGTGCTTAAGGAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154397	CCAATTACTAAACCAATGTGTTTCTATTTCAGAGTGTGTGCTTAAGGAAC	154446

CU406973.8	1451	CCATACAGTTTAAGAAATAGTACATTCTGTCATCCTTAAGCTACAAGCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154447	CCATACAGTTTAAGAAATAGTACATTCTGTCATCCTTAAGCTACAAGCCT	154496

CU406973.8	1501	GGTTTACAGGATATTTCCATCTGTCTATGTTGTGCCATGAGTCTAAATAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154497	GGTTTACAGGATATTTCCATCTGTCTATGTTGTGCCATGAGTCTAAATAT	154546

CU406973.8	1551	ATTTCAGTCTAGTATATTTTTTCCTAAGACAAAATTGTTTGTGGTATAGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154547	ATTTCAGTCTAGTATATTTTTTCCTAAGACAAAATTGTTTGTGGTATAGT	154596

CU406973.8	1601	TTGTGTTAATTTAAAAGTACACAATAAGGTTTGTAATCTCTTTGTGAACT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154597	TTGTGTTAATTTAAAAGTACACAATAAGGTTTGTAATCTCTTTGTGAACT	154646

CU406973.8	1651	CCATCTTGCATTTCTGAAATGTCTGAATCCATTCATCCATGGCTAGAGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154647	CCATCTTGCATTTCTGAAATGTCTGAATCCATTCATCCATGGCTAGAGCC	154696

CU406973.8	1701	CTAAGATGTGAAAGTCCTACCAGAGTGAAAAAGAAAAAAGAAATGAAAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154697	CTAAGATGTGAAAGTCCTACCAGAGTGAAAAAGAAAAAAGAAATGAAAGA	154746

CU406973.8	1751	GAAATCTATGGAAAATTCCAATTAATCATTGAGGCACAATTTGATTTCTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154747	GAAATCTATGGAAAATTCCAATTAATCATTGAGGCACAATTTGATTTCTT	154796

CU406973.8	1801	ATTAGTATTTCTTCTAGAGATTGATGATAAACCATATGGGTGCCTTTTGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154797	ATTAGTATTTCTTCTAGAGATTGATGATAAACCATATGGGTGCCTTTTGC	154846

CU406973.8	1851	AAGAGAGAACAGTGTTTCTCCTTGTGCTGTGCAATATATTCTTTGTAGAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154847	AAGAGAGAACAGTGTTTCTCCTTGTGCTGTGCAATATATTCTTTGTAGAA	154896

CU406973.8	1901	AGTAAATGACAAACTATTACTTGGTAATGATGCCTTTAATGTAACCTACT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154897	AGTAAATGACAAACTATTACTTGGTAATGATGCCTTTAATGTAACCTACT	154946

CU406973.8	1951	TTTTAGCCTCTTACCTGCTTTAAGGCGCTAACAAGAAAAATTAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207341.13	154947	TTTTAGCCTCTTACCTGCTTTAAGGCGCTAACAAGAAAAATTAAGAATTC	154996

Overview

Query
CU406973.8 - 89607 bps
Hit
CU207341.13 - 154996 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link