<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2012 bps / non-identical: 50 bps

Full alignment

CU207302.23	1	GAATTCATACGAGCAACTGTATAATCCAGTGTGACTGAGTGGTGTTCACA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144620	GAATTCATACGAGCAACTGTATAATCCAGTGTGACTGAGTGGTGTTCACA	144669

CU207302.23	51	TAACTGACAGAAATTGGGGCACAGGTGTACACTGGCACAGAGGGAATACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144670	TAACTGACAGAAATTGGGGCACAGGTGTACACTGGCACAGAGGGAATACC	144719

CU207302.23	101	AACGAGAAACCAGGAATCTAGCATTAGTGATGGCGATCTCACATAAAACT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144720	AACGAGAAACCAGGAATCTAGCATTAGTGATGGCGATCTCACATAAAACT	144769

CU207302.23	151	AAGCCCACCGAGAGATACCCAGATCTCCCACCTCCAGATTTCTAACAGAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144770	AAGCCCACCGAGAGATACCCAGATCTCCCACCTCCAGATTTCTAACAGAA	144819

CU207302.23	201	TACATTCCTGTTGCTTAAAACATCCTGCCTATGGTGGCAGGCACAGAAAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144820	TACATTCCTGTTGCTTAAAACATCCTGCCTATGGTGGCAGGCACAGAAAA	144869

CU207302.23	251	TCATAGCCATGTACCACGCTTACTATGCCTGAACAAACAGGCCAGACCAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144870	TCATAGCCATGTACCACGCTTACTATGCCTGAACAAACAGGCCAGACCAC	144919

CU207302.23	301	AGACGTGGACTTGCAAAAAACATACAAGGACCTGGTGAAGAGAGGGATTG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144920	AGACGTGGACTTGCAAAAAACATACAAGGACCTGGTGAAGAGAGGGATTG	144969

CU207302.23	351	GCTCGCTCTGACCAAAGGGATATAACTGAACAATGGAAGATAAAATGAGT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	144970	GCTCGCTCTGACCAAAGGGATATAACTGAACAATGGAAGATAAAATGAGT	145019

CU207302.23	401	CAATATTACGGAAACTTAATTTATTACATCTATTTTTAGAGTAAGCTATT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145020	CAATATTACGGAAACTTAATTTATTACATCTATTTTTAGAGTAAGCTATT	145069

CU207302.23	451	TTTACTAATTGTAATATTAGCATTATAATTATTTTTATATTAAGGACCAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145070	TTTACTAATTGTAATATTAGCATTATAATTATTTTTATATTAAGGACCAC	145119

CU207302.23	501	TACTCATTAAGAAATTATCAGAGAGCATCAGATTTTATATATATACTCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145120	TACTCATTAAGAAATTATCAGAGAGCATCAGATTTTATATATATACTCAT	145169

CU207302.23	551	TAAAAAGTTATGTCAGTCAAGACAATCGCTCCAGAAACTGCTCATTTAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145170	TAAAAAGTTATGTCAGTCAAGACAATCGCTCCAGAAACTGCTCATTTAAG	145219

CU207302.23	601	GGGTAGCGGTGACAGAGAAGCAGAGAAGAGAGCTTTACCACTAACAAGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145220	GGGTAGCGGTGACAGAGAAGCAGAGAAGAGAGCTTTACCACTAACAAGAT	145269

CU207302.23	651	TTGACATTTTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145270	TTGACATTTTGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTGACT	145319

CU207302.23	701	GCTCGTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145320	GCTCGTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCA	145369

CU207302.23	751	CAACCATCTGTAATGGGATCCAATACTGTCTTCTGATGTGTCTGAAGATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145370	CAACCATCTGTAATGGGATCCAATACTGTCTTCTGATGTGTCTGAAGATG	145419

CU207302.23	801	TGTCTGAAAACAGCTATAGTGTACTCATATACATAAAATAAATAAGAAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145420	TGTCTGAAAACAGCTATAGTGTACTCATATACATAAAATAAATAAGAAAA	145469

CU207302.23	851	AAATTTGACATTTTCAACCTCATCGTATTATGAGACATATTTTAAGGATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145470	AAATTTGACATTTTCAACCTCATCGTATTATGAGACATATTTTAAGGATG	145519

CU207302.23	901	CAGGATTTAGAAATTATTCACGTCACTTCCCGTTCTCATTGTACCTGTAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145520	CAGGATTTAGAAATTATTCACGTCACTTCCCGTTCTCATTGTACCTGTAA	145569

CU207302.23	951	CTTTTCAATAATATTTCTGTAATCCCAGGCTGGTCCTCCAAGAGCTTCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145570	CTTTTCAATAATATTTCTGTAATCCCAGGCTGGTCCTCCAAGAGCTTCCT	145619

CU207302.23	1001	TGAAGCGAGGTCCAGAGCGAGCTGAGAGTCTCCAGCCCATGGCTGCCCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145620	TGAAGCGAGGTCCAGAGCGAGCTGAGAGTCTCCAGCCCATGGCTGCCCTC	145669

CU207302.23	1051	TGCACCGTACTTGAGTGGTTCTTCATGAAGAGCGTGTTGACCTGGCTGTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145670	TGCACCGTACTTGAGTGGTTCTTCATGAAGAGCGTGTTGACCTGGCTGTC	145719

CU207302.23	1101	CAAATCGACTGGGATCGCAATCCCACGGTTTTTGGCTGAAAAGAGAAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145720	CAAATCGACTGGGATCGCAATCCCACGGTTTTTGGCTGAAAAGAGAAAAA	145769

CU207302.23	1151	GAAAAAGAAAAAGAAAAAAACGGGAAGCATTTAGCTCTCGATTTGGTTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145770	GAAAAAGAAAAAGAAAAAAACGGGAAGCATTTAGCTCTCGATTTGGTTAA	145819

CU207302.23	1201	AGTTTTTTAAACATTAGCCAGATACGCTAACAAACATCAAAGACTTTTTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145820	AGTTTTTTAAACATTAGCCAGATACGCTAACAAACATCAAAGACTTTTTT	145869

CU207302.23	1251	TAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145870	TAAGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	145919

CU207302.23	1301	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||
CU207317.13	145920	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG------------AG	145957

CU207302.23	1351	AAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAGAAAGAGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	145958	AAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAAAGAAAGAAAGAGAG	146007

CU207302.23	1401	AAAGAAAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146008	AAAGAAAAAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAAGGAA	146057

CU207302.23	1451	GGAAGGAAGGAAGGAGTAAGTCTTCCAACTTTGCCATGTAATCTTTTCAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146058	GGAAGGAAGGAAGGAGTAAGTCTTCCAACTTTGCCATGTAATCTTTTCAC	146107

CU207302.23	1501	ATACTTTCAGGCTAAAATCTGCCACAGTTATTTGAGTTCTCCAGACCAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146108	ATACTTTCAGGCTAAAATCTGCCACAGTTATTTGAGTTCTCCAGACCAAT	146157

CU207302.23	1551	TAGTACCATGTGATCACTGAACCTTCAAGATCCTATTTGATTTCCTGGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146158	TAGTACCATGTGATCACTGAACCTTCAAGATCCTATTTGATTTCCTGGTG	146207

CU207302.23	1601	GTTAACGTCTGAGATGGACTCCACTCCAACATCAATATGGAGAGCCCTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146208	GTTAACGTCTGAGATGGACTCCACTCCAACATCAATATGGAGAGCCCTCT	146257

CU207302.23	1651	AACAAGCATGCAAGTCTCTACTTTCCCAGATGCCAAAGAGAATAAAAACC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146258	AACAAGCATGCAAGTCTCTACTTTCCCAGATGCCAAAGAGAATAAAAACC	146307

CU207302.23	1701	CAGACAGAAAACACAGAGCCAAGTCCTGCCAAACTACTAACTTAATTAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146308	CAGACAGAAAACACAGAGCCAAGTCCTGCCAAACTACTAACTTAATTAGA	146357

CU207302.23	1751	GGGTGTGTGTGTGTGTTTACATGTGTGTATATGTATGCCCACAAAACTGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146358	GGGTGTGTGTGTGTGTTTACATGTGTGTATATGTATGCCCACAAAACTGC	146407

CU207302.23	1801	ATGCGATCAAATATCTCACAGCAGAAATAGCAGAGAAGTTAAAAGGAAAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146408	ATGCGATCAAATATCTCACAGCAGAAATAGCAGAGAAGTTAAAAGGAAAA	146457

CU207302.23	1851	AAAAAACAAACAAACCTTCCTTGGAAGGTGGTGTAAGGGGCCTGTCTTTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146458	AAAAAACAAACAAACCTTCCTTGGAAGGTGGTGTAAGGGGCCTGTCTTTC	146507

CU207302.23	1901	TTCCTAAGATTCACTGATACATGCGTCTTAACAGACTTAGTCACAATAAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146508	TTCCTAAGATTCACTGATACATGCGTCTTAACAGACTTAGTCACAATAAT	146557

CU207302.23	1951	GCTGAAAAATCAGAATGCTTGTCATGAGAAAAGGAAAGTGTGGCATTTCT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207317.13	146558	GCTGAAAAATCAGAATGCTTGTCATGAGAAAAGGAAAGTGTGGCATTTCT	146607

CU207302.23	2001	ATCACAGTGATG	2012
			||||||||||||
CU207317.13	146608	ATCACAGTGATG	146619

Compact alignment

skip 1300 bps 100% identity alignment

CU207302.23	1301	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAAAGAAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||            ||
CU207317.13	145920	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG------------AG	145957

skip 662 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU207302.23 - 251273 bps
Hit
CU207317.13 - 146619 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2012 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link