<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU207316.8	1	GAATTCAGACTAGAAGGGGTCCCTGAAACAGTAGACTAACTCAACCCAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121016	GAATTCAGACTAGAAGGGGTCCCTGAAACAGTAGACTAACTCAACCCAGG	121065

CU207316.8	51	AGTCTAAGAATCCACAGGATGGATAATTGCCCACTACTGAACACGCTGGC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121066	AGTCTAAGAATCCACAGGATGGATAATTGCCCACTACTGAACACGCTGGC	121115

CU207316.8	101	AAGGAACCAGACCTCAAAGATATTTCTCAACAAACAAAAGCAAGTTATTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121116	AAGGAACCAGACCTCAAAGATATTTCTCAACAAACAAAAGCAAGTTATTT	121165

CU207316.8	151	CAAAGAGATGAATTAAAGCAAGGCTCTTCTTTTACATAAGGAGTTTCTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121166	CAAAGAGATGAATTAAAGCAAGGCTCTTCTTTTACATAAGGAGTTTCTGA	121215

CU207316.8	201	ACCTACATCTGGGGCAAGGCGCACCTCCATGGGCCACAACTCCCATGGGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121216	ACCTACATCTGGGGCAAGGCGCACCTCCATGGGCCACAACTCCCATGGGA	121265

CU207316.8	251	AGGCAGGGTTAAATTCCTAGCTGAAAGAGATCTCATGCCCTTGGCTTATA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121266	AGGCAGGGTTAAATTCCTAGCTGAAAGAGATCTCATGCCCTTGGCTTATA	121315

CU207316.8	301	TCTGAGCCATGCCCGTTCATGCCTTGCTGGCGGGCTGGCTTTTGATGCTT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121316	TCTGAGCCATGCCCGTTCATGCCTTGCTGGCGGGCTGGCTTTTGATGCTT	121365

CU207316.8	351	TGATAGTTAGTAGATAGCTCATATTCTCAAACACTCTTCTTATTATGCCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121366	TGATAGTTAGTAGATAGCTCATATTCTCAAACACTCTTCTTATTATGCCT	121415

CU207316.8	401	TTTAGTATAATACGATAATTAGGAACCCTTTGGGCTCTGAATGCCTCCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121416	TTTAGTATAATACGATAATTAGGAACCCTTTGGGCTCTGAATGCCTCCCT	121465

CU207316.8	451	GGAGCATTTAGGAGAAGCATTAAAGATAAGTTAACCTTTGTAAACTTTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121466	GGAGCATTTAGGAGAAGCATTAAAGATAAGTTAACCTTTGTAAACTTTTT	121515

CU207316.8	501	ATTTCTAGAGTGGAGGAACAATTGGATTTTAGTTACTAAAATGGACAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121516	ATTTCTAGAGTGGAGGAACAATTGGATTTTAGTTACTAAAATGGACAAAT	121565

CU207316.8	551	AACATACCTAGACATTACTGTAAAATTCTCAGACTAGGCCCTTACAATCC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121566	AACATACCTAGACATTACTGTAAAATTCTCAGACTAGGCCCTTACAATCC	121615

CU207316.8	601	TTTCTTCCTCTCTTTGCTTCTCTCTGTCCCTCCCTGGTATGCATGCCTCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121616	TTTCTTCCTCTCTTTGCTTCTCTCTGTCCCTCCCTGGTATGCATGCCTCC	121665

CU207316.8	651	TCCTCCTCCTCCTCCTCCCTCATCCCCATCTCTCTGCCATATCAACATAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121666	TCCTCCTCCTCCTCCTCCCTCATCCCCATCTCTCTGCCATATCAACATAA	121715

CU207316.8	701	AACCAAGTAGTTTCCCCTCTGAGAAATATCTGCATGTCAAACTACAAACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121716	AACCAAGTAGTTTCCCCTCTGAGAAATATCTGCATGTCAAACTACAAACT	121765

CU207316.8	751	ACCAGCCAGCCCTGAAAAGCAAATTCTAAAGTGTTAAGCAAAACATAATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121766	ACCAGCCAGCCCTGAAAAGCAAATTCTAAAGTGTTAAGCAAAACATAATA	121815

CU207316.8	801	ACAAATAATAATAATAATTAATAGCAATGATAATGAATAGTAATAATGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121816	ACAAATAATAATAATAATTAATAGCAATGATAATGAATAGTAATAATGAT	121865

CU207316.8	851	CAGACCAGTCAGCTGAGATTATAAGGTTCGATTCATGAATCAGGGGACTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121866	CAGACCAGTCAGCTGAGATTATAAGGTTCGATTCATGAATCAGGGGACTT	121915

CU207316.8	901	TGTATCTAACAAGCCATCAGAAGTAGTTAGTCTTGTAGGAACAACACCTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121916	TGTATCTAACAAGCCATCAGAAGTAGTTAGTCTTGTAGGAACAACACCTA	121965

CU207316.8	951	CGCAGTTACAGGCTGCCTGCATGGCCACAGCATAGCAGCTACACACTTAT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	121966	CGCAGTTACAGGCTGCCTGCATGGCCACAGCATAGCAGCTACACACTTAT	122015

CU207316.8	1001	GGAAACCCTGGAAAGCAATTCCTATATATATATATATATATATCCTTACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122016	GGAAACCCTGGAAAGCAATTCCTATATATATATATATATATATCCTTACA	122065

CU207316.8	1051	CTATAAAGACAGAGGCTGACAGATGTGCACGAGGAAAAGCCCTCGAACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122066	CTATAAAGACAGAGGCTGACAGATGTGCACGAGGAAAAGCCCTCGAACTG	122115

CU207316.8	1101	TCAAAATAATACACACACGACACAAGCAAAAGTGAATTAATGGGGCTGGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122116	TCAAAATAATACACACACGACACAAGCAAAAGTGAATTAATGGGGCTGGA	122165

CU207316.8	1151	GAGACAGCTCGGTGGTTAAGGGCACTGGCTGCTCCTCCAAGGACCCAGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122166	GAGACAGCTCGGTGGTTAAGGGCACTGGCTGCTCCTCCAAGGACCCAGGT	122215

CU207316.8	1201	TTGATTCCCAGCACCCACATGGTTGTCTGTAACTGCAGTGTTAGGGCCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122216	TTGATTCCCAGCACCCACATGGTTGTCTGTAACTGCAGTGTTAGGGCCTC	122265

CU207316.8	1251	CACAGACACTGCACACACACGGTGCACAGACAGACGTGCAGACAAAATAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122266	CACAGACACTGCACACACACGGTGCACAGACAGACGTGCAGACAAAATAC	122315

CU207316.8	1301	CCATACACATGAAATAAAAGCAAATAAATCTGTTCTTTAAAAAAATCAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122316	CCATACACATGAAATAAAAGCAAATAAATCTGTTCTTTAAAAAAATCAGA	122365

CU207316.8	1351	CAAATGTAGCAAGAAGATAATAGGACATCAGAGGGCATCATTTGAAATGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122366	CAAATGTAGCAAGAAGATAATAGGACATCAGAGGGCATCATTTGAAATGT	122415

CU207316.8	1401	CTGTGCAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGCGCACCGACTAATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122416	CTGTGCAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGCGCACCGACTAATC	122465

CU207316.8	1451	TTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACACGGTGGCTCACAAC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122466	TTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACACGGTGGCTCACAAC	122515

CU207316.8	1501	CATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122516	CATCTGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTA	122565

CU207316.8	1551	CAGTGTACTCACATACATAAAATAAATTATTAAATATTAAAAAAGGGAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122566	CAGTGTACTCACATACATAAAATAAATTATTAAATATTAAAAAAGGGAAA	122615

CU207316.8	1601	GTGTTGAAATGTCTGTGCAGTGTTCTACTGAACCCTGACAACAGCAATGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122616	GTGTTGAAATGTCTGTGCAGTGTTCTACTGAACCCTGACAACAGCAATGG	122665

CU207316.8	1651	CATCTGATGAAATTTCACCTCGCACGCATTCAGTGGCCGCTCCACTCCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122666	CATCTGATGAAATTTCACCTCGCACGCATTCAGTGGCCGCTCCACTCCTA	122715

CU207316.8	1701	ATTCCTACTGCAGCAGGCTGGCAGAACCAGGGGACAGTCTGACCAAGTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122716	ATTCCTACTGCAGCAGGCTGGCAGAACCAGGGGACAGTCTGACCAAGTTA	122765

CU207316.8	1751	GGCTCACACATTTTCCAAGGTCAGGGCTGACTTGATCTCATGGTTGAGTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122766	GGCTCACACATTTTCCAAGGTCAGGGCTGACTTGATCTCATGGTTGAGTT	122815

CU207316.8	1801	CTCATGAAACCACCAGGAAGGTGAAATGTTTGAGCCAACCCAGGACCATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122816	CTCATGAAACCACCAGGAAGGTGAAATGTTTGAGCCAACCCAGGACCATG	122865

CU207316.8	1851	CTCTCGAATTTCCCTCACGTTATGACTTCAATTACAGGTAAATGTTTATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122866	CTCTCGAATTTCCCTCACGTTATGACTTCAATTACAGGTAAATGTTTATA	122915

CU207316.8	1901	TCTTTAAAATTCCATTCACTCATTTACTCGCTTATTGTGTGTGTGTGTGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122916	TCTTTAAAATTCCATTCACTCATTTACTCGCTTATTGTGTGTGTGTGTGT	122965

CU207316.8	1951	GTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGGGGAGGGTGCAGACAAGTGCAGGAGAGGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU207315.17	122966	GTGTGTGTGTGTGTGTGTAGGGGGAGGGTGCAGACAAGTGCAGGAGAGGA	123015

Overview

Query
CU207316.8 - 231326 bps
Hit
CU207315.17 - 123015 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link