<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT962509.5	112284	AAGCTTGTTTCGTCAAGCAATCTCATACCTTAATTTTAACCTAATATTTT	112235
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	79965	AAGCTTGTTTCGTCAAGCAATCTCATACCTTAATTTTAACCTAATATTTT	80014

C  CT962509.5	112234	TCCTCTATCATACAAGCATTAAATCATCACTCTAAATTCAAAATCTAAAT	112185
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80015	TCCTCTATCATACAAGCATTAAATCATCACTCTAAATTCAAAATCTAAAT	80064

C  CT962509.5	112184	TTCCCTCCCACAACAATTGCACTCTGCCGATGCATGTACCCAAAGGCATA	112135
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80065	TTCCCTCCCACAACAATTGCACTCTGCCGATGCATGTACCCAAAGGCATA	80114

C  CT962509.5	112134	TTAATATCTTCTCCCCTCATTTCACCGTTTCCAATATTTAACTTGACTTT	112085
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80115	TTAATATCTTCTCCCCTCATTTCACCGTTTCCAATATTTAACTTGACTTT	80164

C  CT962509.5	112084	TCATACGTTTTCTTCTTTCCAATGCAATATATGACAGTACATGCAAGTAT	112035
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80165	TCATACGTTTTCTTCTTTCCAATGCAATATATGACAGTACATGCAAGTAT	80214

C  CT962509.5	112034	TGTTGATGTAATTTGAGGATTAGATTCTATTTCTATTTGATGCATCAAAT	111985
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80215	TGTTGATGTAATTTGAGGATTAGATTCTATTTCTATTTGATGCATCAAAT	80264

C  CT962509.5	111984	GTAGTTTCTTTTTGAATAAACTAATGAAAATTTTATTGAAATAAGGAGTA	111935
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80265	GTAGTTTCTTTTTGAATAAACTAATGAAAATTTTATTGAAATAAGGAGTA	80314

C  CT962509.5	111934	AACTAGAATGTGAAGTGTGTTAAACGTTTTTTTTTTTTTTGAGAGAAGTG	111885
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80315	AACTAGAATGTGAAGTGTGTTAAACGTTTTTTTTTTTTTTGAGAGAAGTG	80364

C  CT962509.5	111884	TGTTACACATGTTGAAAAGTGAAAATGCAAAATTGAAGAGTAAAATGAGA	111835
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80365	TGTTACACATGTTGAAAAGTGAAAATGCAAAATTGAAGAGTAAAATGAGA	80414

C  CT962509.5	111834	TCTGTTGAAATTGATTTTATGATATGTCACAACTTACCATACTGTGCTCT	111785
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80415	TCTGTTGAAATTGATTTTATGATATGTCACAACTTACCATACTGTGCTCT	80464

C  CT962509.5	111784	TTGAGCCATATAATCTTTGATTAAACTACATATATGTCAGTTTAATTTTA	111735
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80465	TTGAGCCATATAATCTTTGATTAAACTACATATATGTCAGTTTAATTTTA	80514

C  CT962509.5	111734	CTCTTAGTTAATCCCTTATTTGTCTCCATTTCATGCTAAAGAAGTATGGT	111685
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80515	CTCTTAGTTAATCCCTTATTTGTCTCCATTTCATGCTAAAGAAGTATGGT	80564

C  CT962509.5	111684	TAGATTATTTTCTTTGGGGTTGATATTATTCATGTTTTTTTTATCTGAAA	111635
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80565	TAGATTATTTTCTTTGGGGTTGATATTATTCATGTTTTTTTTATCTGAAA	80614

C  CT962509.5	111634	AGTAAAAATTCTATTCCATTTTTAATAAAATATTTATGAGTAGCTTCTTA	111585
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80615	AGTAAAAATTCTATTCCATTTTTAATAAAATATTTATGAGTAGCTTCTTA	80664

C  CT962509.5	111584	ATGATTTGAAGTGCTCTTTTGTTCGACTTGATCAATTGAACATCAACAGT	111535
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80665	ATGATTTGAAGTGCTCTTTTGTTCGACTTGATCAATTGAACATCAACAGT	80714

C  CT962509.5	111534	TTTTTCCTCCAAGCAGTTGTGATGGCCACAAATCTGCTGGTGTGGGATAC	111485
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80715	TTTTTCCTCCAAGCAGTTGTGATGGCCACAAATCTGCTGGTGTGGGATAC	80764

C  CT962509.5	111484	CTGACATATTGTTTATTGGTAACAGGTGTAGGTTTTGGCGTGATTTCAGT	111435
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80765	CTGACATATTGTTTATTGGTAACAGGTGTAGGTTTTGGCGTGATTTCAGT	80814

C  CT962509.5	111434	TACATATGGAGCTGGGAATGTGGCTTGAAGATCCGGAAGAAAGGGGATGA	111385
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80815	TACATATGGAGCTGGGAATGTGGCTTGAAGATCCGGAAGAAAGGGGATGA	80864

C  CT962509.5	111384	CCGAAACAGCAGGTCCTTGCTTATTTATTCAAATATTGATTATAGATGTT	111335
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80865	CCGAAACAGCAGGTCCTTGCTTATTTATTCAAATATTGATTATAGATGTT	80914

C  CT962509.5	111334	TCATAGAAGCCTATGCATGTAGAGAAGGTCCTGAAAGACCTTTAATGACT	111285
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80915	TCATAGAAGCCTATGCATGTAGAGAAGGTCCTGAAAGACCTTTAATGACT	80964

C  CT962509.5	111284	CATTAGATTTTACTTTAGCTTATTATTATAATTAGAATTCCTACTGTGTA	111235
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	80965	CATTAGATTTTACTTTAGCTTATTATTATAATTAGAATTCCTACTGTGTA	81014

C  CT962509.5	111234	TAAGCTTGGCCTTTTTTTGACTTCTAACAATAATGGAGCATGATGGAATA	111185
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81015	TAAGCTTGGCCTTTTTTTGACTTCTAACAATAATGGAGCATGATGGAATA	81064

C  CT962509.5	111184	TTTGTTGTAGGAATAAGACAGAAAATAAGCCCCATTAACAACACCGATGA	111135
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81065	TTTGTTGTAGGAATAAGACAGAAAATAAGCCCCATTAACAACACCGATGA	81114

C  CT962509.5	111134	AAAGATTAATTAAGCAAAGGATAACAAAATATATTGTTTTTTAATTACGT	111085
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81115	AAAGATTAATTAAGCAAAGGATAACAAAATATATTGTTTTTTAATTACGT	81164

C  CT962509.5	111084	TGAGGATACTAAGTGTCACCTTTTCTGCTACTACAACTTCTTTTGATTCA	111035
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81165	TGAGGATACTAAGTGTCACCTTTTCTGCTACTACAACTTCTTTTGATTCA	81214

C  CT962509.5	111034	CTATTGTCATATGATTAGTAGAAAACACTAGCAATTGAAAGTTAGTCAAT	110985
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81215	CTATTGTCATATGATTAGTAGAAAACACTAGCAATTGAAAGTTAGTCAAT	81264

C  CT962509.5	110984	TGATACACAACTAATTAATTGTTAGTTTTTACTCTTATTGTAATTTGTTT	110935
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81265	TGATACACAACTAATTAATTGTTAGTTTTTACTCTTATTGTAATTTGTTT	81314

C  CT962509.5	110934	GTTTTCATTAATGTTGCATTTCGCCGGAATTGCAAGAGCGTGCGTGGCTT	110885
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81315	GTTTTCATTAATGTTGCATTTCGCCGGAATTGCAAGAGCGTGCGTGGCTT	81364

C  CT962509.5	110884	TAATTAGATTCTTATCTTATGCATTCTGTCATTTAATTTCTTTCTATATT	110835
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81365	TAATTAGATTCTTATCTTATGCATTCTGTCATTTAATTTCTTTCTATATT	81414

C  CT962509.5	110834	AGCGTTATTCTCTTCATACTATGAGATCATTAATTTTCAAAACTCAGGTT	110785
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81415	AGCGTTATTCTCTTCATACTATGAGATCATTAATTTTCAAAACTCAGGTT	81464

C  CT962509.5	110784	ATACAAAGTAAAATAAAACTGTAACCAAATGCTTATGCTTATTAGATATA	110735
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81465	ATACAAAGTAAAATAAAACTGTAACCAAATGCTTATGCTTATTAGATATA	81514

C  CT962509.5	110734	AATATGAAGAAATTGAATTGAAGTATAGTCTGTCTCGAGGAACATATTAT	110685
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81515	AATATGAAGAAATTGAATTGAAGTATAGTCTGTCTCGAGGAACATATTAT	81564

C  CT962509.5	110684	AAGATGACATTGCCAATGTTTCACGAACTTGCTATGAAAAGGACATATTT	110635
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81565	AAGATGACATTGCCAATGTTTCACGAACTTGCTATGAAAAGGACATATTT	81614

C  CT962509.5	110634	TAGATAACAAAGTCGAAGATAACGATCTTCAACTTAACTTTAATCTGCAA	110585
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81615	TAGATAACAAAGTCGAAGATAACGATCTTCAACTTAACTTTAATCTGCAA	81664

C  CT962509.5	110584	TTTCTCAGCAAAAAAAACTCTAATCCGTCATTTTTCAGCTCTGCGATCAA	110535
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81665	TTTCTCAGCAAAAAAAACTCTAATCCGTCATTTTTCAGCTCTGCGATCAA	81714

C  CT962509.5	110534	TAGGAACATTGTAAGATTGAGTCATTATAACTATTTTCATTATATTTAAG	110485
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81715	TAGGAACATTGTAAGATTGAGTCATTATAACTATTTTCATTATATTTAAG	81764

C  CT962509.5	110484	ATTGAACCTTAAATTATTTGCTTACATCAGACCTGTTAAATATTCTAGCA	110435
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81765	ATTGAACCTTAAATTATTTGCTTACATCAGACCTGTTAAATATTCTAGCA	81814

C  CT962509.5	110434	AAGTCAATACTTGAAACTAACAAGACAAGAGGATCATGCTTGATGTTTTA	110385
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81815	AAGTCAATACTTGAAACTAACAAGACAAGAGGATCATGCTTGATGTTTTA	81864

C  CT962509.5	110384	GCCCCATAAGAGATGTAGCTTGCAAAAAAAAAAAAACATAGTTCAGGTGG	110335
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81865	GCCCCATAAGAGATGTAGCTTGCAAAAAAAAAAAAACATAGTTCAGGTGG	81914

C  CT962509.5	110334	TAGTATAAGTTAATAAAAGGCTTAATTGCACTTTTGGACCCCTATCTTTC	110285
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU207236.5	81915	TAGTATAAGTTAATAAAAGGCTTAATTGCACTTTTGGACCCCTATCTTTC	81964

Overview

Query
CT962509.5 - 112284 bps
Hit
CU207236.5 - 81964 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018842000110285112284-179965819641
210031632186721929133803338651
310031642186621929-133810338731
492.593274568569286147164499649571
597.22150178111771111948-169590697691
Short-link