<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU013542.5	1	AAGCTTATGCCGTTGAAAAAACCAGCTATTTTTCAACATTGCATCGTAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	33800	AAGCTTATGCCGTTGAAAAAACCAGCTATTTTTCAACATTGCATCGTAAG	33849

CU013542.5	51	TTATTTGGTTCTAATATAATCTGAGGGATACGTGGAGTTATGATTGGTTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	33850	TTATTTGGTTCTAATATAATCTGAGGGATACGTGGAGTTATGATTGGTTC	33899

CU013542.5	101	TATAAAATTTATAATTGATACAATTTATGTGGTTCTATACAATTTATATG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	33900	TATAAAATTTATAATTGATACAATTTATGTGGTTCTATACAATTTATATG	33949

CU013542.5	151	TGGTATAAACCGTTATGATATTTCATGAGTCTATGTGGTTCTACACATTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	33950	TGGTATAAACCGTTATGATATTTCATGAGTCTATGTGGTTCTACACATTT	33999

CU013542.5	201	TATATTTTATAAAACCAACTTAATACTTAATGTTTTATGAGGATTGGTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34000	TATATTTTATAAAACCAACTTAATACTTAATGTTTTATGAGGATTGGTTA	34049

CU013542.5	251	CATCCTCTTTATTGGTGACGATTTAAATATGAGCATGGGTGAAGTAGACA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34050	CATCCTCTTTATTGGTGACGATTTAAATATGAGCATGGGTGAAGTAGACA	34099

CU013542.5	301	TACTATGTGGTATGACTTTGACTTAATATAGGGAGGCTGAGGACTGGGAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34100	TACTATGTGGTATGACTTTGACTTAATATAGGGAGGCTGAGGACTGGGAG	34149

CU013542.5	351	TCTCGTAGCAATTTCCTTTTCCTTTCCCTAAGATGGTGTTTTTGGTTTGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34150	TCTCGTAGCAATTTCCTTTTCCTTTCCCTAAGATGGTGTTTTTGGTTTGG	34199

CU013542.5	401	AAATCGAGGTCTGATTTGTTAGCTTGGAGGAAACATATTTTGGCAACCTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34200	AAATCGAGGTCTGATTTGTTAGCTTGGAGGAAACATATTTTGGCAACCTC	34249

CU013542.5	451	AATGTCTCCGCGCAATATGGCGATGGTGTCATCTTTTTCATGCTACTTCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34250	AATGTCTCCGCGCAATATGGCGATGGTGTCATCTTTTTCATGCTACTTCA	34299

CU013542.5	501	TTTTGAGATGGGCAGTTGAACATGCAGCTCTCAGATTTGACAATGTTGGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34300	TTTTGAGATGGGCAGTTGAACATGCAGCTCTCAGATTTGACAATGTTGGT	34349

CU013542.5	551	CTCCCTATCATGCAATTGTAGAGAGACAAGCAATCAATCACAAGGAACTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34350	CTCCCTATCATGCAATTGTAGAGAGACAAGCAATCAATCACAAGGAACTG	34399

CU013542.5	601	AACTTTCACCGTCTTTCTTTCTCTTCCTTGGCCGAAAGTGATCAGTTTAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34400	AACTTTCACCGTCTTTCTTTCTCTTCCTTGGCCGAAAGTGATCAGTTTAC	34449

CU013542.5	651	TCAACATAACCCCAGGGATTTGTTGAGGAGCCGTTGAATCCGTAGTGTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34450	TCAACATAACCCCAGGGATTTGTTGAGGAGCCGTTGAATCCGTAGTGTTC	34499

CU013542.5	701	AGATCCATAAGGAGATATGTTATTCTCTATCAATAGGAGAGTCTTGAACA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34500	AGATCCATAAGGAGATATGTTATTCTCTATCAATAGGAGAGTCTTGAACA	34549

CU013542.5	751	TGGTATAGTACATGATGTCGCAAGATGTCCTAGTGTTGACCAGGATCCTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34550	TGGTATAGTACATGATGTCGCAAGATGTCCTAGTGTTGACCAGGATCCTA	34599

CU013542.5	801	CGGACATCAAAGTTAGGAGCTCTGCTAGGGATCTCGCTCTTATAGAAGGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34600	CGGACATCAAAGTTAGGAGCTCTGCTAGGGATCTCGCTCTTATAGAAGGC	34649

CU013542.5	851	AAGGGGTGGTCGTACATCAACTCGAGTGGGGCGACAACCAAGTGGATCAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34650	AAGGGGTGGTCGTACATCAACTCGAGTGGGGCGACAACCAAGTGGATCAC	34699

CU013542.5	901	ATTCATCAACTCTTTGAACTTCCTCTTCATGTTTCCTACTATAATGTTGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34700	ATTCATCAACTCTTTGAACTTCCTCTTCATGTTTCCTACTATAATGTTGA	34749

CU013542.5	951	TTCTCCATATAATCACATTGATTGTAAGGATGTGTTCCCAAGTGCATGAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34750	TTCTCCATATAATCACATTGATTGTAAGGATGTGTTCCCAAGTGCATGAG	34799

CU013542.5	1001	TAAGCGTTACCTCAACATTTTTAGGGAAGTGGAGTCCACCAATCGATCCA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34800	TAAGCGTTACCTCAACATTTTTAGGGAAGTGGAGTCCACCAATCGATCCA	34849

CU013542.5	1051	TCACAATTATTATCTCTGCATCCTTGTCAGCAATGCTATCGACTGGTTCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34850	TCACAATTATTATCTCTGCATCCTTGTCAGCAATGCTATCGACTGGTTCA	34899

CU013542.5	1101	ACGGCTTTCTTTTCAGGCGAGGCATTTTTTGGTGATTTTTCTCAACCTAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34900	ACGGCTTTCTTTTCAGGCGAGGCATTTTTTGGTGATTTTTCTCAACCTAC	34949

CU013542.5	1151	CTTGTTGTGTGAAAATTTTCATTGCATTCTTAAGGTGGATGCAATCGTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	34950	CTTGTTGTGTGAAAATTTTCATTGCATTCTTAAGGTGGATGCAATCGTCT	34999

CU013542.5	1201	GTAGTATTCCCATAACACTTGTGGAAATGGCAGTGTTTACTTTTATCATC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35000	GTAGTATTCCCATAACACTTGTGGAAATGGCAGTGTTTACTTTTATCATC	35049

CU013542.5	1251	TCAAAGATTTTGTGTAAAAGGCTTGGGATACTTGATTCTTACTTCCTTCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35050	TCAAAGATTTTGTGTAAAAGGCTTGGGATACTTGATTCTTACTTCCTTCA	35099

CU013542.5	1301	AGTCGGCGGAAGTGATCTTAACCGATATCTCTTCACTCGACACCTCAAGA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35100	AGTCGGCGGAAGTGATCTTAACCGATATCTCTTCACTCGACACCTCAAGA	35149

CU013542.5	1351	GGTGTGTACTTATCAAAATAACCAATGGGTCGTTTTCCTTCTCTAGAGGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35150	GGTGTGTACTTATCAAAATAACCAATGGGTCGTTTTCCTTCTCTAGAGGG	35199

CU013542.5	1401	TTTGACTTCCTTTTTTTTCTCATAGAAGGGATTTTCGGAGGACTTATGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35200	TTTGACTTCCTTTTTTTTCTCATAGAAGGGATTTTCGGAGGACTTATGTT	35249

CU013542.5	1451	GAGGATCCTCCTTCCTCTCTTTGTTCAAATTATCAGTGTACAACTGCCCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35250	GAGGATCCTCCTTCCTCTCTTTGTTCAAATTATCAGTGTACAACTGCCCT	35299

CU013542.5	1501	TTGTACCTGATATAGAACTTTAAAATCCTTAGGAACTCATTGATAGTTCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35300	TTGTACCTGATATAGAACTTTAAAATCCTTAGGAACTCATTGATAGTTCT	35349

CU013542.5	1551	GGGTTGGTCGAGTTGGACCGCCTTCATGATATTCGTTTTTGGTCGAAGAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35350	GGGTTGGTCGAGTTGGACCGCCTTCATGATATTCGTTTTTGGTCGAAGAC	35399

CU013542.5	1601	CCTTCTCGATCAAGTGTTTTTTCATCCTTTTGTCCGTTCCTCGGACTTGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35400	CCTTCTCGATCAAGTGTTTTTTCATCCTTTTGTCCGTTCCTCGGACTTGC	35449

CU013542.5	1651	ACAACTTCTTTGTTGAAACACTCAATGTAGTCTAGGAAAGGCTCGTTCTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35450	ACAACTTCTTTGTTGAAACACTCAATGTAGTCTAGGAAAGGCTCGTTCTT	35499

CU013542.5	1701	TCCCTGCACAATAGCCTCAAGGGAAACAATCGTTTTCAACTGTGTCTTTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35500	TCCCTGCACAATAGCCTCAAGGGAAACAATCGTTTTCAACTGTGTCTTTA	35549

CU013542.5	1751	ATGTTGAAAATTTCGCAATGAACTCATGGCACAACTCGTCCCAAGAGTCG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35550	ATGTTGAAAATTTCGCAATGAACTCATGGCACAACTCGTCCCAAGAGTCG	35599

CU013542.5	1801	ATAGAGATTCTGTTGAGATTCTTATACCAGGTCAAGGCTCCTCGTCGCAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35600	ATAGAGATTCTGTTGAGATTCTTATACCAGGTCAAGGCTCCTCGTCGCAA	35649

CU013542.5	1851	AGTAGTCATAAACAGTTTACACTTGACGGATCCTCAGACATTCTTGTAGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35650	AGTAGTCATAAACAGTTTACACTTGACGGATCCTCAGACATTCTTGTAGT	35699

CU013542.5	1901	TAAGGACCACTTCTATGTTCTCAATGTGCTCGCCCATATCCGTTGTGCCG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35700	TAAGGACCACTTCTATGTTCTCAATGTGCTCGCCCATATCCGTTGTGCCG	35749

CU013542.5	1951	TCGTAGGTATCCATCTAGGGAGGTTTCTCTAAACAAGTAGGGATCTAGGT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU184734.6	35750	TCGTAGGTATCCATCTAGGGAGGTTTCTCTAAACAAGTAGGGATCTAGGT	35799

Overview

Query
CU013542.5 - 107087 bps
Hit
CU184734.6 - 35799 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001960200012000133800357991
287.383465868491434129265298531
390.4258983514972331129854306881
492.911015528473001131624317781
578.66388176731714937131765335071
690.9159882162221709132188322751
791.8384548308033135011226812823-1
896.825463346943475612551125574-1
986.78601214182241942117762178801
1086.78601214532945449117762178801
1193.1554734883848910117762178341
1289.8850797212472202117183172631
Short-link