<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU024877.11	1	AAGCTTTGTCATCACTACTATTAGGCCCTTGAATGACCATGTGGAAACCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18163	AAGCTTTGTCATCACTACTATTAGGCCCTTGAATGACCATGTGGAAACCA	18212

CU024877.11	51	ATTATTGAGAGGGTCCCACACAATGACAAGGCAGCTGAAATGGAAGGAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18213	ATTATTGAGAGGGTCCCACACAATGACAAGGCAGCTGAAATGGAAGGAAT	18262

CU024877.11	101	ATGATTGGTAGAAGACACTAGTGCTAGAGATCAGCAAAGGAAAGAAAAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18263	ATGATTGGTAGAAGACACTAGTGCTAGAGATCAGCAAAGGAAAGAAAAGA	18312

CU024877.11	151	GAATATGCCAAAGGGTGAAAACAACTAACTCCAAGTGGAAGGATTTTGTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18313	GAATATGCCAAAGGGTGAAAACAACTAACTCCAAGTGGAAGGATTTTGTG	18362

CU024877.11	201	TAAATAGTGTATAAGAGAGAGGGAATAGAATGATGAGGTAGGCATTGTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18363	TAAATAGTGTATAAGAGAGAGGGAATAGAATGATGAGGTAGGCATTGTTT	18412

CU024877.11	251	GTGAATTTGGATTCTCTGCAGTCGCAGGTTTCCCGCATTCACTCACTCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18413	GTGAATTTGGATTCTCTGCAGTCGCAGGTTTCCCGCATTCACTCACTCAG	18462

CU024877.11	301	CTACATCATCGGTGGGAGTTGGATCGAGATCGGACAGTGCATATTTCAAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18463	CTACATCATCGGTGGGAGTTGGATCGAGATCGGACAGTGCATATTTCAAT	18512

CU024877.11	351	CAAGGTTTTTTAGTTTTTCAAAAAATCAAAATTCTGCTTGAAATCTACAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18513	CAAGGTTTTTTAGTTTTTCAAAAAATCAAAATTCTGCTTGAAATCTACAC	18562

CU024877.11	401	CGTCCAATCTCAATCCAACGGCTACCGATGTATCTAGCTACGTGAATGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18563	CGTCCAATCTCAATCCAACGGCTACCGATGTATCTAGCTACGTGAATGTG	18612

CU024877.11	451	GGAACCTATGATTGCAGGGTATCCAAATTCGTTGTTTACATGCAGGGTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18613	GGAACCTATGATTGCAGGGTATCCAAATTCGTTGTTTACATGCAGGGTAT	18662

CU024877.11	501	TGTCCTTCTAGATTCTGTACTCTCCCACCTGCAAATTATTATTCTTCTAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18663	TGTCCTTCTAGATTCTGTACTCTCCCACCTGCAAATTATTATTCTTCTAT	18712

CU024877.11	551	TGGGTTAAACTATCTGCTGTGCCTCTGCAGAATTGCTGCATTTGTAAACG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18713	TGGGTTAAACTATCTGCTGTGCCTCTGCAGAATTGCTGCATTTGTAAACG	18762

CU024877.11	601	ACACTATTCCTCCTAGGGTTCATACTCTGGGAGATGATATTAATATTTCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18763	ACACTATTCCTCCTAGGGTTCATACTCTGGGAGATGATATTAATATTTCT	18812

CU024877.11	651	CCATAAAGTCGATTGCAAGAACATTAGAGGACATCATTTATATCCCTTCT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18813	CCATAAAGTCGATTGCAAGAACATTAGAGGACATCATTTATATCCCTTCT	18862

CU024877.11	701	AACAAGAATCTGCTTAAGTGAATGACACTTGAATTGACTTAAACACTTAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18863	AACAAGAATCTGCTTAAGTGAATGACACTTGAATTGACTTAAACACTTAT	18912

CU024877.11	751	GTGTATAGCAAGGAACTGAACCAAAATCTTTATGGAGTAAAACAAAAGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18913	GTGTATAGCAAGGAACTGAACCAAAATCTTTATGGAGTAAAACAAAAGCA	18962

CU024877.11	801	TAAGAAAAAAAAGTTAGACATATCCACAGGAATTAGATATTACTCATTGC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	18963	TAAGAAAAAAAAGTTAGACATATCCACAGGAATTAGATATTACTCATTGC	19012

CU024877.11	851	ATTGATATTCAATACAAATAAACTTCAAACAAAGAAATTACAAATGCAAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19013	ATTGATATTCAATACAAATAAACTTCAAACAAAGAAATTACAAATGCAAA	19062

CU024877.11	901	GTGACAATTCTGAAACATATCTTTTCCAAACAATAATACCATAACGCAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19063	GTGACAATTCTGAAACATATCTTTTCCAAACAATAATACCATAACGCAAA	19112

CU024877.11	951	ATCAATATGTAAGACTGAATCAACAACATAAACCAGAAATTAAAATTCAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19113	ATCAATATGTAAGACTGAATCAACAACATAAACCAGAAATTAAAATTCAC	19162

CU024877.11	1001	AAAAATCCCATTTCATAAACTCAATCAAAATGACATAAAATTCACAAAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19163	AAAAATCCCATTTCATAAACTCAATCAAAATGACATAAAATTCACAAAAA	19212

CU024877.11	1051	TCCTAAATAAAGAGAGAGAAAGATACCTTCAAGAACATGATCTTCAGGAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19213	TCCTAAATAAAGAGAGAGAAAGATACCTTCAAGAACATGATCTTCAGGAC	19262

CU024877.11	1101	CAAGAGAAGAATCACCACAAACATCACAAACAACTCTTCCACGAATTTCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19263	CAAGAGAAGAATCACCACAAACATCACAAACAACTCTTCCACGAATTTCA	19312

CU024877.11	1151	CCAGTCCAACCACTTACACTCAAAACAAACACCATCATCAACAATACAAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19313	CCAGTCCAACCACTTACACTCAAAACAAACACCATCATCAACAATACAAT	19362

CU024877.11	1201	CAATTCCACTATCATCTTCTGCTTCATTGCTTCCATTGTCAAAACTCAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19363	CAATTCCACTATCATCTTCTGCTTCATTGCTTCCATTGTCAAAACTCAAA	19412

CU024877.11	1251	AAACACACAAAAAAACCGCACTTTCTCGAATAACACTGATTTTGCGCTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19413	AAACACACAAAAAAACCGCACTTTCTCGAATAACACTGATTTTGCGCTTA	19462

CU024877.11	1301	TGGGCTGTTTTTGATTTTGATGTTTTCCACCGACACCCACTGAACCACTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19463	TGGGCTGTTTTTGATTTTGATGTTTTCCACCGACACCCACTGAACCACTG	19512

CU024877.11	1351	AGTCTAACACACGATCACGAGTCAAACCAAATTTTTCTGTAGGGACAAAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19513	AGTCTAACACACGATCACGAGTCAAACCAAATTTTTCTGTAGGGACAAAC	19562

CU024877.11	1401	TTGTCATTTTGAAAAGTATCAAGGGTAAATTTGGAAAATCATCTCCATGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19563	TTGTCATTTTGAAAAGTATCAAGGGTAAATTTGGAAAATCATCTCCATGT	19612

CU024877.11	1451	TTTGTCCTATAAATACCAACCAAAACCTTCATACCACAATGTTCTGTTCT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19613	TTTGTCCTATAAATACCAACCAAAACCTTCATACCACAATGTTCTGTTCT	19662

CU024877.11	1501	GTTCTGTTACGCCGCTTTTGAGAGCTGAAGTTGATTATTAGGGTTTCAAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19663	GTTCTGTTACGCCGCTTTTGAGAGCTGAAGTTGATTATTAGGGTTTCAAC	19712

CU024877.11	1551	TTTTAGAAGAACAAAAACGCCTTTACAAATTTAAATAGAGAATATCTCTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19713	TTTTAGAAGAACAAAAACGCCTTTACAAATTTAAATAGAGAATATCTCTG	19762

CU024877.11	1601	TTTCTGTTTTAATTTGTAAACCCTGTTTTTGTTCTTTTTTATGTTTATTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19763	TTTCTGTTTTAATTTGTAAACCCTGTTTTTGTTCTTTTTTATGTTTATTC	19812

CU024877.11	1651	TTTGAAAAATTTTCATATGGGTTATTCTTTGGTTATTATTGATTTTTCAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19813	TTTGAAAAATTTTCATATGGGTTATTCTTTGGTTATTATTGATTTTTCAT	19862

CU024877.11	1701	AGCTTTCAATTCAATGTTAGAAGCTGTTTCTATTCTGTAATGATATTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19863	AGCTTTCAATTCAATGTTAGAAGCTGTTTCTATTCTGTAATGATATTTTT	19912

CU024877.11	1751	TTTTTTCTTTTCTGGTTGTCCCAATGATGATTTATAATCATAAAAGTAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19913	TTTTTTCTTTTCTGGTTGTCCCAATGATGATTTATAATCATAAAAGTAGT	19962

CU024877.11	1801	GGACTGAATTTCCTTGAAGAGAAATTTATTCAGAGGGATACACTAATTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	19963	GGACTGAATTTCCTTGAAGAGAAATTTATTCAGAGGGATACACTAATTTA	20012

CU024877.11	1851	TTATTAATTGTGTTTTTAAATCTGTTTATCATTGATTTGATGTTTAAGCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	20013	TTATTAATTGTGTTTTTAAATCTGTTTATCATTGATTTGATGTTTAAGCA	20062

CU024877.11	1901	CAGCCCTTAAGATCGCCTTTCAAATAAAATGAAAGCGTTTTGAGTCATTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	20063	CAGCCCTTAAGATCGCCTTTCAAATAAAATGAAAGCGTTTTGAGTCATTG	20112

CU024877.11	1951	CTGTGCTAAATTAAATTACTATAAGGTTTCATATTAGGGTTTTCCTTCTA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU179745.9	20113	CTGTGCTAAATTAAATTACTATAAGGTTTCATATTAGGGTTTTCCTTCTA	20162

Overview

Query
CU024877.11 - 99161 bps
Hit
CU179745.9 - 20162 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001922200012000118163201621
Short-link