<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT962503.6	1	AAGCTTCTGTTGGGCATGAATTCGTAGATCAACATCTTTTCATCTTGTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13084	AAGCTTCTGTTGGGCATGAATTCGTAGATCAACATCTTTTCATCTTGTTG	13133

CT962503.6	51	AATAGAACAACCAAGAAGTTTTACAAGATTACGGTGTTGAAGTGTTGCCA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13134	AATAGAACAACCAAGAAGTTTTACAAGATTACGGTGTTGAAGTGTTGCCA	13183

CT962503.6	101	TCAACTTTACTTCATTTTTGAACTCCTCAGTTCCTTGTCCTGATGTTTTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13184	TCAACTTTACTTCATTTTTGAACTCCTCAGTTCCTTGTCCTGATGTTTTA	13233

CT962503.6	151	GAAAGCCTCTTAACAGCAATCTCTTGGCCGTCTACCATTACGCCCTAGTC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13234	GAAAGCCTCTTAACAGCAATCTCTTGGCCGTCTACCATTACGCCCTAGTC	13283

CT962503.6	201	ATATTTTTGGAAATGTTAGTACTTAGAGAAAGTACATGGTGAAATAACGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13284	ATATTTTTGGAAATGTTAGTACTTAGAGAAAGTACATGGTGAAATAACGG	13333

CT962503.6	251	GATAAATAAACTAACATGATATCCAAGACTATACCTTGTACACTGGTCCA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13334	GATAAATAAACTAACATGATATCCAAGACTATACCTTGTACACTGGTCCA	13383

CT962503.6	301	AAACCACCTTCTCCCAACTTGTTTCTGACAGAGAAGTTATTTGTTGCATT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13384	AAACCACCTTCTCCCAACTTGTTTCTGACAGAGAAGTTATTTGTTGCATT	13433

CT962503.6	351	AGTGATGGTCGAAAAATCAAAGATTGTAGCCAATTCACCATCTTCCTTCT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13434	AGTGATGGTCGAAAAATCAAAGATTGTAGCCAATTCACCATCTTCCTTCT	13483

CT962503.6	401	CCTTCTTGTGCTTCCAGAGAAATAACTTTTTTATATGCCCTGAAGTAACA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13484	CCTTCTTGTGCTTCCAGAGAAATAACTTTTTTATATGCCCTGAAGTAACA	13533

CT962503.6	451	ATTTAAGTTGTTTAATGTTTAAAAAAGTAAAGGAACACATCACTCAAACT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13534	ATTTAAGTTGTTTAATGTTTAAAAAAGTAAAGGAACACATCACTCAAACT	13583

CT962503.6	501	TCAGAGTTCATTGTAAGTTGTAACTAATTCTGTTTGCAGCACTATTTGAG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13584	TCAGAGTTCATTGTAAGTTGTAACTAATTCTGTTTGCAGCACTATTTGAG	13633

CT962503.6	551	TAAGTAAATTATAAATATTTGAGATTTACTTGTCATAACTTTTGGCTTAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13634	TAAGTAAATTATAAATATTTGAGATTTACTTGTCATAACTTTTGGCTTAC	13683

CT962503.6	601	CAAGCTTCTTTCTATACACTGATGTGACCAATACAAGAACGTTTAGTCCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13684	CAAGCTTCTTTCTATACACTGATGTGACCAATACAAGAACGTTTAGTCCT	13733

CT962503.6	651	ATAATGAATGCAACAACTCCTGCAAGAGTCCCAGCAAGCTTCAATTTCTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13734	ATAATGAATGCAACAACTCCTGCAAGAGTCCCAGCAAGCTTCAATTTCTG	13783

CT962503.6	701	CTTATTCTTTTTATGATCTGAGGGTTGAAGTTAATGTCAGTCAACAAGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13784	CTTATTCTTTTTATGATCTGAGGGTTGAAGTTAATGTCAGTCAACAAGCT	13833

CT962503.6	751	GGTATAGAAGCTTACTAAAGAGAAGAAAAAAACATCTATGGAGAACACAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13834	GGTATAGAAGCTTACTAAAGAGAAGAAAAAAACATCTATGGAGAACACAG	13883

CT962503.6	801	CTTCCATTTGGGAGTTGATTCATGATCATTTGGAAGTTGAACACAACTTC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13884	CTTCCATTTGGGAGTTGATTCATGATCATTTGGAAGTTGAACACAACTTC	13933

CT962503.6	851	TTCTTCTTAGAAAAGCTCAGGTATATACTTACATAAAAGTGAAAAGAGAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13934	TTCTTCTTAGAAAAGCTCAGGTATATACTTACATAAAAGTGAAAAGAGAA	13983

CT962503.6	901	TTTAATAGTGTCACGTAATTTCAAGTTTTCAAGGATGCTTAATAATATCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	13984	TTTAATAGTGTCACGTAATTTCAAGTTTTCAAGGATGCTTAATAATATCA	14033

CT962503.6	951	ACACAAATGGTGAAATATGTAAATTTATGCTATATATCTAACTGAAAGGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14034	ACACAAATGGTGAAATATGTAAATTTATGCTATATATCTAACTGAAAGGA	14083

CT962503.6	1001	CAAAATATGTAATAACAAATGAAAATACCAAGTTCTGAAGATGCCAGCCG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14084	CAAAATATGTAATAACAAATGAAAATACCAAGTTCTGAAGATGCCAGCCG	14133

CT962503.6	1051	TATGTAAATGTCTTGTCCTTGGTCTTGATGTATTCTCATGTCAACAATGT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14134	TATGTAAATGTCTTGTCCTTGGTCTTGATGTATTCTCATGTCAACAATGT	14183

CT962503.6	1101	CGTCAAACCAGAGTAAGCAGCCACTACCATATCTGATATCTAAAGTTGCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14184	CGTCAAACCAGAGTAAGCAGCCACTACCATATCTGATATCTAAAGTTGCA	14233

CT962503.6	1151	TATGCAGAACAAGAACAGTTTTTCAAACACATTGTCTTACATTCCTCAAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14234	TATGCAGAACAAGAACAGTTTTTCAAACACATTGTCTTACATTCCTCAAG	14283

CT962503.6	1201	GCTCAAGATCTTGTTATACCATGATGATGATGTATCTGGTAACTTCATGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14284	GCTCAAGATCTTGTTATACCATGATGATGATGTATCTGGTAACTTCATGT	14333

CT962503.6	1251	TTGTGTACGGTAAAAATCCATCTCCATGGAGACAATTTAAATGTGTTTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14334	TTGTGTACGGTAAAAATCCATCTCCATGGAGACAATTTAAATGTGTTTTC	14383

CT962503.6	1301	CTTACGCACCCACCAGACCAATCTGATGCCTCCCACTTCAGTTGAAATTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14384	CTTACGCACCCACCAGACCAATCTGATGCCTCCCACTTCAGTTGAAATTT	14433

CT962503.6	1351	TGGCCTGAAACCTTCCAAACATACACATATTGGAAAGTCATTCATATTGC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14434	TGGCCTGAAACCTTCCAAACATACACATATTGGAAAGTCATTCATATTGC	14483

CT962503.6	1401	AGTTAGAATTGATACCACAAAAGGTATAAGCATCACACTGGTCTGCAGGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14484	AGTTAGAATTGATACCACAAAAGGTATAAGCATCACACTGGTCTGCAGGA	14533

CT962503.6	1451	CGTTTGGCTAAAGCCGCCCAATCCTGTGTCTTATCTGTCCATTGTAAGCG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14534	CGTTTGGCTAAAGCCGCCCAATCCTGTGTCTTATCTGTCCATTGTAAGCG	14583

CT962503.6	1501	TTGTGATATTCCATTTGGGTCTAGCACGACTCTAGTAATAATTGAACTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14584	TTGTGATATTCCATTTGGGTCTAGCACGACTCTAGTAATAATTGAACTGC	14633

CT962503.6	1551	TCAAAGTTTCATATTGGTAAGAGATTTCTTTGTCAGTGAATATTACAGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14634	TCAAAGTTTCATATTGGTAAGAGATTTCTTTGTCAGTGAATATTACAGAG	14683

CT962503.6	1601	AAATTCATGACTCTATGCACTCTTTGCCAAGAAACACCAGTGAAAAGAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14684	AAATTCATGACTCTATGCACTCTTTGCCAAGAAACACCAGTGAAAAGAAA	14733

CT962503.6	1651	TCCATTCCATGACCCTGCTCTATACAGAAATATTGCCCCGTTTGCAGTAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14734	TCCATTCCATGACCCTGCTCTATACAGAAATATTGCCCCGTTTGCAGTAA	14783

CT962503.6	1701	CCAGTTGAGGAAAACCATGTGTATCTATCTTATACGAACACTCACCTTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14784	CCAGTTGAGGAAAACCATGTGTATCTATCTTATACGAACACTCACCTTCA	14833

CT962503.6	1751	GCAGGATCTTGAGGGCTTCTCCATGATGTGAGATATCTATATGGACCAGT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14834	GCAGGATCTTGAGGGCTTCTCCATGATGTGAGATATCTATATGGACCAGT	14883

CT962503.6	1801	AACTAAGTTACTTTTCAGCTTCATTCCAGGAAGGAAAGTGTCACCAGGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14884	AACTAAGTTACTTTTCAGCTTCATTCCAGGAAGGAAAGTGTCACCAGGAT	14933

CT962503.6	1851	AGTCAAAACTTTCCCACAAAAAGTTCTGAGTGCTGTTTACATCTTTCACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14934	AGTCAAAACTTTCCCACAAAAAGTTCTGAGTGCTGTTTACATCTTTCACA	14983

CT962503.6	1901	ACAAGGTTTCCTGAATCCAACAACTGCACAACAACTGTTTTCACCGCCAC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	14984	ACAAGGTTTCCTGAATCCAACAACTGCACAACAACTGTTTTCACCGCCAC	15033

CT962503.6	1951	AGTTCTTGATGAATTGGAGTTCCAGATGTCACCTTTGGAGCCATCAAGAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104794.7	15034	AGTTCTTGATGAATTGGAGTTCCAGATGTCACCTTTGGAGCCATCAAGAA	15083

Overview

Query
CT962503.6 - 116151 bps
Hit
CU104794.7 - 15083 bps
Total alignments
18
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001945200012000113084150831
294.7131839870267423111714121101
388.621532495526455512111865121101
487.41452497813278380111865121101
588.071502433702537267111868121101
690.441572334246342695111881121101
792.7830242775487974112107125351
889.861352074288043086112145123511
983.3572917175570457420112154139011
1086.581973823746437845112156125351
1184.7560813047858279885112160134831
1288.436714316743237112467125351
1393.1419132531803210562112529150831
1481.96451324327743408112533126651
1579.6370623863794240327112699150831
1688.26140023494340045748112707150831
1788.1763610485749158538114023150781
1884.4851710478033581381114029150781
Short-link