<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

AL935169.6	1	GAATTCAACTGTATATTAAATAAGTATATTCAGTGTAATATAAAATATGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17171	GAATTCAACTGTATATTAAATAAGTATATTCAGTGTAATATAAAATATGT	17220

AL935169.6	51	ATTTTTTTTAGATTTTTAGTTAGATGTATTTGTCAAATTTTAACTGTTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17221	ATTTTTTTTAGATTTTTAGTTAGATGTATTTGTCAAATTTTAACTGTTTT	17270

AL935169.6	101	AATTAATTTTGTTGTTTAAATTATCTGTTTATTGCTTTAGATATTAATTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17271	AATTAATTTTGTTGTTTAAATTATCTGTTTATTGCTTTAGATATTAATTA	17320

AL935169.6	151	TTTTGTATTGTAATGTTTTGTTTGTATGCTTTATGTGAAGACGAAGGTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17321	TTTTGTATTGTAATGTTTTGTTTGTATGCTTTATGTGAAGACGAAGGTGA	17370

AL935169.6	201	TGATGGGCTCAATGATCATGAAGATGGTAATGGAAGCAAGGATAACCTAC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17371	TGATGGGCTCAATGATCATGAAGATGGTAATGGAAGCAAGGATAACCTAC	17420

AL935169.6	251	GGGAGCAAGACATCTATCTCCCCATCGCCAACGTTGCCAGAATAATGAAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17421	GGGAGCAAGACATCTATCTCCCCATCGCCAACGTTGCCAGAATAATGAAG	17470

AL935169.6	301	AATGCGATCCCACAAACTGGAAAAGTATGTCGTTTTCAATAAAAATTTGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17471	AATGCGATCCCACAAACTGGAAAAGTATGTCGTTTTCAATAAAAATTTGG	17520

AL935169.6	351	ATTAGAGTACTACAAAAAAAATTCTTAATGTTTTGCCTCTTACACTTTAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17521	ATTAGAGTACTACAAAAAAAATTCTTAATGTTTTGCCTCTTACACTTTAC	17570

AL935169.6	401	ATACCTGAAACTTACCTACAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTATAGTTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17571	ATACCTGAAACTTACCTACAGCACTTATTCATTGTTGCTCTTATAGTTGT	17620

AL935169.6	451	GTGAATTGTTTTTATTGTTCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17621	GTGAATTGTTTTTATTGTTCTCATTTGTAAGTCGCTTTGGATAAAAGCGT	17670

AL935169.6	501	CTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAGAGAAGGAAAATTAGCTTGCACTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17671	CTGCTAAATGACTAAATGTAAATGTAGAGAAGGAAAATTAGCTTGCACTT	17720

AL935169.6	551	TTTTCCATGTATTAAAAAGATACCCTTTTTGCCCACCATTCAGTACACAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17721	TTTTCCATGTATTAAAAAGATACCCTTTTTGCCCACCATTCAGTACACAT	17770

AL935169.6	601	TTGTTCAAATGTGTTTATTCTTTTCTTTTCTGCAAGTAATACATCAGATA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17771	TTGTTCAAATGTGTTTATTCTTTTCTTTTCTGCAAGTAATACATCAGATA	17820

AL935169.6	651	AACAGTTTACTGCAAATTGAAACTTAACTCAAGCTCCACTTGTTACAAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17821	AACAGTTTACTGCAAATTGAAACTTAACTCAAGCTCCACTTGTTACAAAC	17870

AL935169.6	701	CTAAATAAGATTCTTTCTTTAGTTTTACGATCAAAAAGATATTTTAAAGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17871	CTAAATAAGATTCTTTCTTTAGTTTTACGATCAAAAAGATATTTTAAAGA	17920

AL935169.6	751	ATGTCGGTAGCCAAATAGATGACATTTGTCTTCCATAGTAGGAGCAAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17921	ATGTCGGTAGCCAAATAGATGACATTTGTCTTCCATAGTAGGAGCAAAAT	17970

AL935169.6	801	ACTATGGGACTATGGTAATATCAACTGCTCAGTTGCCAACACACTTTAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	17971	ACTATGGGACTATGGTAATATCAACTGCTCAGTTGCCAACACACTTTAAA	18020

AL935169.6	851	ATATTTTCTTTTTGATTAACCTGAGCACTCAAAAAAAAAAAATTTGCTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18021	ATATTTTCTTTTTGATTAACCTGAGCACTCAAAAAAAAAAAATTTGCTGC	18070

AL935169.6	901	TTGTTCAAAATGCTTCTTTAAAAATAAGCTTAAACAACACAATTCTTAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18071	TTGTTCAAAATGCTTCTTTAAAAATAAGCTTAAACAACACAATTCTTAAG	18120

AL935169.6	951	ATTTTTTGGGGGGGACAACCTACTTATTTTATGTTCAATCCACTTAAATT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18121	ATTTTTTGGGGGGGACAACCTACTTATTTTATGTTCAATCCACTTAAATT	18170

AL935169.6	1001	TAAGATAGCTTGAGATGGCATGAAGGAATTGTGTGAAACCCTGCAATTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18171	TAAGATAGCTTGAGATGGCATGAAGGAATTGTGTGAAACCCTGCAATTTT	18220

AL935169.6	1051	TTACAGTGAAGGACGAAAATTGCACACATTTAAAACAAATGAATAAATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18221	TTACAGTGAAGGACGAAAATTGCACACATTTAAAACAAATGAATAAATGA	18270

AL935169.6	1101	TGACTTCATTTTTGCATGAACTATCCCTTTAAAGTTGACATGAGGTAAAA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18271	TGACTTCATTTTTGCATGAACTATCCCTTTAAAGTTGACATGAGGTAAAA	18320

AL935169.6	1151	TTTGGCACATTCAGAGAAAGACCTGCAGACCTGGTGCAGTGCAATCTGGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18321	TTTGGCACATTCAGAGAAAGACCTGCAGACCTGGTGCAGTGCAATCTGGG	18370

AL935169.6	1201	CTGCATCCAATACTTTTTAACGGGCTCACCTAACCCCACCCCTAACCCTA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18371	CTGCATCCAATACTTTTTAACGGGCTCACCTAACCCCACCCCTAACCCTA	18420

AL935169.6	1251	CCCGTCACAGTGACGTCACTAGCTCCATTTGAGTGCATTGTGTCTGACAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18421	CCCGTCACAGTGACGTCACTAGCTCCATTTGAGTGCATTGTGTCTGACAT	18470

AL935169.6	1301	TGCATCGCTGAGTGATGCAGTCTCAGCTTGCATCATAAAGGCTGCATCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18471	TGCATCGCTGAGTGATGCAGTCTCAGCTTGCATCATAAAGGCTGCATCCA	18520

AL935169.6	1351	GATACTATTGCACATTCATGTCATTCAAAAGAATGAAATTTCTCTCCTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18521	GATACTATTGCACATTCATGTCATTCAAAAGAATGAAATTTCTCTCCTTC	18570

AL935169.6	1401	CTACTAGATAGCAAAGGATGCGAAGGAGTGCGTGCAGGAGTGTGTGAGCG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18571	CTACTAGATAGCAAAGGATGCGAAGGAGTGCGTGCAGGAGTGTGTGAGCG	18620

AL935169.6	1451	AATTCATCAGCTTCATCACTTCAGAAGCCAGCGAGAGGTGCCATCAGGAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18621	AATTCATCAGCTTCATCACTTCAGAAGCCAGCGAGAGGTGCCATCAGGAG	18670

AL935169.6	1501	AAACGCAAGACAATAAATGGCGAAGACATCCTGTTTGCAATGTCCACGCT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18671	AAACGCAAGACAATAAATGGCGAAGACATCCTGTTTGCAATGTCCACGCT	18720

AL935169.6	1551	GGGTTTTGACATGTATGTGGAGCCGCTGAAGCTCTACCTGCAGAAGTTCA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18721	GGGTTTTGACATGTATGTGGAGCCGCTGAAGCTCTACCTGCAGAAGTTCA	18770

AL935169.6	1601	GAGAGGTAAGTAACATTTTTAGTAGCATCATCACACAACATTCCGCAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18771	GAGAGGTAAGTAACATTTTTAGTAGCATCATCACACAACATTCCGCAAAA	18820

AL935169.6	1651	AGTTCTGTGATCGAAAGAGTGAAAAGGAGTACTAAACCACCTATGACAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18821	AGTTCTGTGATCGAAAGAGTGAAAAGGAGTACTAAACCACCTATGACAAC	18870

AL935169.6	1701	TTGGAGGGTCAGATACAGTTGAAGTCACCATTATTAGCCTTCCCATTTTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18871	TTGGAGGGTCAGATACAGTTGAAGTCACCATTATTAGCCTTCCCATTTTT	18920

AL935169.6	1751	TTTATTTCCCAAAGATGTTTGACTGAGCAAGGAATTTTTCACAGTATTTC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18921	TTTATTTCCCAAAGATGTTTGACTGAGCAAGGAATTTTTCACAGTATTTC	18970

AL935169.6	1801	CTATTATATGATTTCCTCTGTAGAAAGTCTTATTTATATTATTTCAGCTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	18971	CTATTATATGATTTCCTCTGTAGAAAGTCTTATTTATATTATTTCAGCTA	19020

AL935169.6	1851	GAATAAAAGAATAAAATTATTAAAAAAATTTTTAAAATCATTTTAAAGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	19021	GAATAAAAGAATAAAATTATTAAAAAAATTTTTAAAATCATTTTAAAGGG	19070

AL935169.6	1901	CTATGAAACCCCCTTGTTTCAGCAGGGTGTTTTCACACCTCTACTTTGGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	19071	CTATGAAACCCCCTTGTTTCAGCAGGGTGTTTTCACACCTCTACTTTGGA	19120

AL935169.6	1951	AAAAGTCAGAAAAGTGGGCGTGTCCAGCTCTGTTTAGGGGGGAGTGTCGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104744.7	19121	AAAAGTCAGAAAAGTGGGCGTGTCCAGCTCTGTTTAGGGGGGAGTGTCGG	19170

Overview

Query
AL935169.6 - 158122 bps
Hit
CU104744.7 - 19170 bps
Total alignments
8
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001935200012000117171191701
278.46963324581646147-1739977231
378.936022792010922361740676471
486.992424659018190645-116661171291
586.48199399107990108388116737171281
680.7736105110173110277118926190291
798.171021095592556033119062191701
895.18610280668167-119069191701
Short-link