<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT025711.1	164296	GAATTCAGCACTTGGCCCTAATTTTTTAAAAATCTGTTTGCAAACTTGTA	164247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18032	GAATTCAGCACTTGGCCCTAATTTTTTAAAAATCTGTTTGCAAACTTGTA	18081

C  CT025711.1	164246	TTAACAAGTTATTTCTTCAGTCTCAGAAATGATTGGTACCTTACTGCACA	164197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18082	TTAACAAGTTATTTCTTCAGTCTCAGAAATGATTGGTACCTTACTGCACA	18131

C  CT025711.1	164196	TATTAGTCTCAGCAGTGAAATATTTAAAACTGTCTCCTTCGTATTTGGAG	164147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18132	TATTAGTCTCAGCAGTGAAATATTTAAAACTGTCTCCTTCGTATTTGGAG	18181

C  CT025711.1	164146	TACTAGAGTAGTTAGGCATTAAAAATGGCAAGAAAAATAAATAAAAGAGA	164097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18182	TACTAGAGTAGTTAGGCATTAAAAATGGCAAGAAAAATAAATAAAAGAGA	18231

C  CT025711.1	164096	TGACAATTGCATCAAGGTAAAATGGTCATGATTTACTCTTGACATAATCA	164047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18232	TGACAATTGCATCAAGGTAAAATGGTCATGATTTACTCTTGACATAATCA	18281

C  CT025711.1	164046	GCTACTTAGAAAATAAAATTAGTAGACAAACTCATAGATTTAATAAGTAA	163997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18282	GCTACTTAGAAAATAAAATTAGTAGACAAACTCATAGATTTAATAAGTAA	18331

C  CT025711.1	163996	ATTTAAATAATGTTGCTGGATACAAAGTCAGCATACATTAAAGCAATTAT	163947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18332	ATTTAAATAATGTTGCTGGATACAAAGTCAGCATACATTAAAGCAATTAT	18381

C  CT025711.1	163946	GTCATTGATATAGTTTGCATGTTTGTCCCCTCCAAATCTCATGTTGAAAC	163897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18382	GTCATTGATATAGTTTGCATGTTTGTCCCCTCCAAATCTCATGTTGAAAC	18431

C  CT025711.1	163896	ATAATCTGTAGTGTTGGAGGCCAGGCCTGGTGAGAGGTATTTTGGTCCGG	163847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18432	ATAATCTGTAGTGTTGGAGGCCAGGCCTGGTGAGAGGTATTTTGGTCCGG	18481

C  CT025711.1	163846	GTCGGGGAAGCAGATCCTTCATCAATGGCTTGGTGCCATCCTAGCTGTAA	163797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18482	GTCGGGGAAGCAGATCCTTCATCAATGGCTTGGTGCCATCCTAGCTGTAA	18531

C  CT025711.1	163796	TGAGTGAGTTATCAATCAGTTCACACAAGATCTGATTGTTTAAAGGAGTG	163747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18532	TGAGTGAGTTATCAATCAGTTCACACAAGATCTGATTGTTTAAAGGAGTG	18581

C  CT025711.1	163746	CAACTCCTCCCCACTTTCTCTGTGCTGCTGCTCTCACCATGTGATACCCG	163697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18582	CAACTCCTCCCCACTTTCTCTGTGCTGCTGCTCTCACCATGTGATACCCG	18631

C  CT025711.1	163696	GGCTCCCCTTTCCTTCCCCCATGATTGTTAGCTTCCTGAGGCCCTCACCA	163647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18632	GGCTCCCCTTTCCTTCCCCCATGATTGTTAGCTTCCTGAGGCCCTCACCA	18681

C  CT025711.1	163646	GAAGCAATTGCCAGCACCACACCTCCTGTACAGTCTGCAAAACCCTGAGC	163597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18682	GAAGCAATTGCCAGCACCACACCTCCTGTACAGTCTGCAAAACCCTGAGC	18731

C  CT025711.1	163596	CAGTTAAACCTCTTTTCTTTATGAAATACCCAGCCTCAGGTATTTCTTTT	163547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18732	CAGTTAAACCTCTTTTCTTTATGAAATACCCAGCCTCAGGTATTTCTTTT	18781

C  CT025711.1	163546	TATCAATGTAAGAATGGACTAACACAATTATGTTCTACCATAAGCAAATA	163497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18782	TATCAATGTAAGAATGGACTAACACAATTATGTTCTACCATAAGCAAATA	18831

C  CT025711.1	163496	GAAAACAAAATCAAGAAAATAATTTTAGCAATTTCCTCACCTCTTTGGTT	163447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18832	GAAAACAAAATCAAGAAAATAATTTTAGCAATTTCCTCACCTCTTTGGTT	18881

C  CT025711.1	163446	TTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTGTGTCTCCCAGGCTAGAGTGCA	163397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18882	TTTTTTTTTTTTGAGACAGAGTCTTGCTGTGTCTCCCAGGCTAGAGTGCA	18931

C  CT025711.1	163396	ATGGTGCGATCTCGGCTCCCCACAGCCACCGTCTCCCGCTCACAAGCGAT	163347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18932	ATGGTGCGATCTCGGCTCCCCACAGCCACCGTCTCCCGCTCACAAGCGAT	18981

C  CT025711.1	163346	TCTCCTGCCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCAGCA	163297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	18982	TCTCCTGCCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGATTACAGGCATGCACCAGCA	19031

C  CT025711.1	163296	CGTCGGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCGGGGTTTCACTATGTTG	163247
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19032	CGTCGGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGGCGGGGTTTCACTATGTTG	19081

C  CT025711.1	163246	GCCAGGCTGGTCTTGGGCTCTTGACCACTTGATCTGCCCAGCCTCCCAAA	163197
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19082	GCCAGGCTGGTCTTGGGCTCTTGACCACTTGATCTGCCCAGCCTCCCAAA	19131

C  CT025711.1	163196	GTGCTGGGACTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCAGCCCTTTTTTTTTTTT	163147
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19132	GTGCTGGGACTACAGGCGTGAGCCACCATGCCCAGCCCTTTTTTTTTTTT	19181

C  CT025711.1	163146	TTTTTTTTTTTGAGATGGCGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAG	163097
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19182	TTTTTTTTTTTGAGATGGCGTCTTGCTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAG	19231

C  CT025711.1	163096	TGGTGCGATCTCGGCTCACTACAAGCTCCGCCTCCCTACAAGCTCCGCCT	163047
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19232	TGGTGCGATCTCGGCTCACTACAAGCTCCGCCTCCCTACAAGCTCCGCCT	19281

C  CT025711.1	163046	CCCGGGTTTACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGTCTA	162997
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19282	CCCGGGTTTACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGTCTA	19331

C  CT025711.1	162996	CAGGTGCTCACCACCATGCTTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC	162947
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19332	CAGGTGCTCACCACCATGCTTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGAC	19381

C  CT025711.1	162946	AGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACTTTGTGAT	162897
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19382	AGGGTTTCACCATGTTAGCCAGGATGGTCTCCATCTCCTGACTTTGTGAT	19431

C  CT025711.1	162896	CTGCCAGCCTCAGCCTCCCAAACTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCG	162847
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19432	CTGCCAGCCTCAGCCTCCCAAACTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACCG	19481

C  CT025711.1	162846	CACCAGCCCTGTTTGTTTTTTTCTTTTACTTTTTTCAAGTTAAATTTGCT	162797
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19482	CACCAGCCCTGTTTGTTTTTTTCTTTTACTTTTTTCAAGTTAAATTTGCT	19531

C  CT025711.1	162796	TTTTAAAAAAATTTTTAAAAGTTTAGATCTTTGATTTTTACATATTTATC	162747
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19532	TTTTAAAAAAATTTTTAAAAGTTTAGATCTTTGATTTTTACATATTTATC	19581

C  CT025711.1	162746	CTTTATAATAAAAGCATTTAAAACTAAATATTTTTCTTTAAGGATTGCCT	162697
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19582	CTTTATAATAAAAGCATTTAAAACTAAATATTTTTCTTTAAGGATTGCCT	19631

C  CT025711.1	162696	TTGTTGCATATCAAAAAGTTTAAAAACTTCATTTTAATATATATTTTTAA	162647
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19632	TTGTTGCATATCAAAAAGTTTAAAAACTTCATTTTAATATATATTTTTAA	19681

C  CT025711.1	162646	AATTATATTCTAGTTTTCCTTTTGATTTCCTCTTTGAGAAGACATAGATT	162597
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19682	AATTATATTCTAGTTTTCCTTTTGATTTCCTCTTTGAGAAGACATAGATT	19731

C  CT025711.1	162596	ATTTGGAAACGTATTATTTGACTTCCAAACATTTGGGCAATTTTCTCAAT	162547
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19732	ATTTGGAAACGTATTATTTGACTTCCAAACATTTGGGCAATTTTCTCAAT	19781

C  CT025711.1	162546	CTTACTAATTTGTAATTTGGTAAAACTGTGTTCAGAGAATATACTCTATG	162497
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19782	CTTACTAATTTGTAATTTGGTAAAACTGTGTTCAGAGAATATACTCTATG	19831

C  CT025711.1	162496	ATTTTATTCTTGTGAAAGTAATTGAGACTAGTTTTATAGTCATAGTATTT	162447
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19832	ATTTTATTCTTGTGAAAGTAATTGAGACTAGTTTTATAGTCATAGTATTT	19881

C  CT025711.1	162446	GTTCTATTTCATGGATAATCTTTGTGCAATGTAAAAAAATAAATATTCTG	162397
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19882	GTTCTATTTCATGGATAATCTTTGTGCAATGTAAAAAAATAAATATTCTG	19931

C  CT025711.1	162396	TGGTTATCAGATATTGTCAATATATATGTCACTTATAAATGCCAAGTAAG	162347
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19932	TGGTTATCAGATATTGTCAATATATATGTCACTTATAAATGCCAAGTAAG	19981

C  CT025711.1	162346	ACAAGATGGTTGAAAGTATTGTTCCTATCTTGATTTCCTTCCTGATCTTT	162297
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU104676.1	19982	ACAAGATGGTTGAAAGTATTGTTCCTATCTTGATTTCCTTCCTGATCTTT	20031

Overview

Query
CT025711.1 - 164296 bps
Hit
CU104676.1 - 20031 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019532000162297164296-118032200311
291.6819872795120003122797-1127641
386.016521248140025141272-146217191
483.341362824130741588-1208023611
586.0914926681447817121209523601
685.661653025106051361-1209723961
789.411161707512175290-1210222711
887.2414825123321235711210523551
983.4124257120038120294-1210823601
1082.091272951009710391-1246927641
1191.3321923063116605119667-1275358631
1286.77403721138897139617-1276534821
1386.5513042322136215138536-1352458641
1487.89379666135352136017-1631669841
1586.36153295115632115926-1646567501
1680.6115300120004120303113136134341
1788.931882941441714710113140134371
1885.861592988305183348-113140134361
1985.661552834128041562113141134261
2082.691222802332423603-113143134251
Short-link