<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104659.1	1	GAATTCTGAACCTGAAGAAGTCACTTCATGAACTCCCTTGCACCAGAGGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142603	GAATTCTGAACCTGAAGAAGTCACTTCATGAACTCCCTTGCACCAGAGGT	142652

CU104659.1	51	CACACATCCCTGCTAGGGGTGAGGGGGCATTTTTCTGTCTCTTCAATAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142653	CACACATCCCTGCTAGGGGTGAGGGGGCATTTTTCTGTCTCTTCAATAAA	142702

CU104659.1	101	CCAGAAGCAGCCGGGCGCGGTGGCTTCTGCCTATAATCCTAGCACTCTGG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142703	CCAGAAGCAGCCGGGCGCGGTGGCTTCTGCCTATAATCCTAGCACTCTGG	142752

CU104659.1	151	GAGGCAGAGGCGGGTGGATCACCTGAGATCGGGAGTTTGAGACCAGCCTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142753	GAGGCAGAGGCGGGTGGATCACCTGAGATCGGGAGTTTGAGACCAGCCTG	142802

CU104659.1	201	ACCAACAAGGAGAAACCCCATCTCTACTAACAATACAAAATTAGCCAGGT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142803	ACCAACAAGGAGAAACCCCATCTCTACTAACAATACAAAATTAGCCAGGT	142852

CU104659.1	251	GTGGTGGCGCATGCCTGTAATACCAGCTACTGGGCAGGCTGAGGCAGGAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142853	GTGGTGGCGCATGCCTGTAATACCAGCTACTGGGCAGGCTGAGGCAGGAG	142902

CU104659.1	301	AATTGCTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142903	AATTGCTTGAACCTAGGAGGCGGAGGTTGCAGTGAGCTGAGATCACGCCA	142952

CU104659.1	351	ATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAATAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	142953	ATTGCACTCCAGCCTGGGCAACAAGAGCAAAACTCCATCTCAAAAAATAA	143002

CU104659.1	401	AAATGAAAAAATAAACCAGAAGCTAGCTGCAATTCTATAGAACCAGGAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143003	AAATGAAAAAATAAACCAGAAGCTAGCTGCAATTCTATAGAACCAGGAAG	143052

CU104659.1	451	ATGCAACAAACAAGCCCTGCAATGTCCTGGTACCCTCCTCACAGGCAGAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143053	ATGCAACAAACAAGCCCTGCAATGTCCTGGTACCCTCCTCACAGGCAGAA	143102

CU104659.1	501	CTGCAGACACTCCCTACCTTTCTCTAAGAGGTTCCCTTTTCCCTGAAATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143103	CTGCAGACACTCCCTACCTTTCTCTAAGAGGTTCCCTTTTCCCTGAAATC	143152

CU104659.1	551	CACCCCTCCCCTATAAGTCTCTGGACCTCATAAATACCTAATCTGCATAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143153	CACCCCTCCCCTATAAGTCTCTGGACCTCATAAATACCTAATCTGCATAT	143202

CU104659.1	601	GTCAACAGACTGGTCAAGGTGACACCATGTAATTTCAAGATGTGGATGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143203	GTCAACAGACTGGTCAAGGTGACACCATGTAATTTCAAGATGTGGATGCA	143252

CU104659.1	651	TGCACGATTATTGGCTCCAAGAATAATCACTATGAGCTGCAAAAACTAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143253	TGCACGATTATTGGCTCCAAGAATAATCACTATGAGCTGCAAAAACTAGC	143302

CU104659.1	701	TGAAAGCCGGGCACGGGGGCTTGTGCCTGTAATTCCAGCACTGTGGGAGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143303	TGAAAGCCGGGCACGGGGGCTTGTGCCTGTAATTCCAGCACTGTGGGAGG	143352

CU104659.1	751	CTAAGGCAGGAGGACTGCCTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGTA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143353	CTAAGGCAGGAGGACTGCCTGAGCCCAGGAGTTTGAGACCAGCCTGGGTA	143402

CU104659.1	801	ACATAGTGAGACATTGTCTCCAAAAAAAGAAATTAGCTGAATTAGCTGGG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143403	ACATAGTGAGACATTGTCTCCAAAAAAAGAAATTAGCTGAATTAGCTGGG	143452

CU104659.1	851	TGCGATGGCGCATGCCTATAGTTCCAGCTACTTAGGAAGTTGAGGCAGGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143453	TGCGATGGCGCATGCCTATAGTTCCAGCTACTTAGGAAGTTGAGGCAGGA	143502

CU104659.1	901	GGATCTCCTGAGCCCGGGAAGTTGAGGCTGCAGATAGCCATGACTGCGCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143503	GGATCTCCTGAGCCCGGGAAGTTGAGGCTGCAGATAGCCATGACTGCGCC	143552

CU104659.1	951	ACTGCACTCCAGCCTGGGTGAAACTCTGGCCTGCCTCCGGCTCCTAGATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143553	ACTGCACTCCAGCCTGGGTGAAACTCTGGCCTGCCTCCGGCTCCTAGATG	143602

CU104659.1	1001	CCACCCAGAGAGGTGCCCTGGTAGACACTGAATCCCAAATGTGGACTCTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143603	CCACCCAGAGAGGTGCCCTGGTAGACACTGAATCCCAAATGTGGACTCTG	143652

CU104659.1	1051	GGGCCCAAGAAAGTAAATGGAGAGGCCTGGGTTTTCATCCTGGCCTCCAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143653	GGGCCCAAGAAAGTAAATGGAGAGGCCTGGGTTTTCATCCTGGCCTCCAG	143702

CU104659.1	1101	GGTACCAGTTCAGGCCTCTCTTGAGTATCCCAAGCTGCTTCTCAAGCATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143703	GGTACCAGTTCAGGCCTCTCTTGAGTATCCCAAGCTGCTTCTCAAGCATA	143752

CU104659.1	1151	TGTCTGGACCTCCAAACAAGAGCAAAGCACCTGTAATCCCAAAGCACTTA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143753	TGTCTGGACCTCCAAACAAGAGCAAAGCACCTGTAATCCCAAAGCACTTA	143802

CU104659.1	1201	GCCTAGAGCTCCATTCCCTGTGGGTACTCCATTTAAGGGCTCCTGGGTCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143803	GCCTAGAGCTCCATTCCCTGTGGGTACTCCATTTAAGGGCTCCTGGGTCC	143852

CU104659.1	1251	CAGATTAATCCCCGTATTTTAATCTGAGATAAGCAAACTCTCCATGGGGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143853	CAGATTAATCCCCGTATTTTAATCTGAGATAAGCAAACTCTCCATGGGGT	143902

CU104659.1	1301	AAACTTCCGTGAGACACCTCTAACAAACCTGGAGAGGCCAGAATTCGGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143903	AAACTTCCGTGAGACACCTCTAACAAACCTGGAGAGGCCAGAATTCGGGG	143952

CU104659.1	1351	CAAAAAGCAAGTGATCTGGATGTGCATACTAGGAGTGACTGCACCCCTAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	143953	CAAAAAGCAAGTGATCTGGATGTGCATACTAGGAGTGACTGCACCCCTAC	144002

CU104659.1	1401	TGGCCAGGCCAAAGGCCTGGATCCCAGGCTGTCCCAGGAGATCCCAGTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144003	TGGCCAGGCCAAAGGCCTGGATCCCAGGCTGTCCCAGGAGATCCCAGTGA	144052

CU104659.1	1451	CTGTGGATGATGCGTTCCTGTGGTCACACTTGGCTTACTTTCCCCACGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144053	CTGTGGATGATGCGTTCCTGTGGTCACACTTGGCTTACTTTCCCCACGGA	144102

CU104659.1	1501	GCTGAGCATCAGTGGTGCTCTGAAGCACAGTGCAGGCCACAAAAACTACC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144103	GCTGAGCATCAGTGGTGCTCTGAAGCACAGTGCAGGCCACAAAAACTACC	144152

CU104659.1	1551	AGAGCTCTGAACGCTAGAAATCCCCACAGGGCTCAAAGAGGGGCAGGAGG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144153	AGAGCTCTGAACGCTAGAAATCCCCACAGGGCTCAAAGAGGGGCAGGAGG	144202

CU104659.1	1601	TAGCAGCCAGCTGGGAGGTGGATGAGACAAGGCGTTAAATTGCCCTGGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144203	TAGCAGCCAGCTGGGAGGTGGATGAGACAAGGCGTTAAATTGCCCTGGTC	144252

CU104659.1	1651	TTGCAGCTGACCCACAGGGGAAAATTGAGGGTTCTTCATATTTGTGCCAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144253	TTGCAGCTGACCCACAGGGGAAAATTGAGGGTTCTTCATATTTGTGCCAG	144302

CU104659.1	1701	AATATCTGTCTAATGTTGAATCATGAACCAAGCTCTCTCGTCTAAAATAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144303	AATATCTGTCTAATGTTGAATCATGAACCAAGCTCTCTCGTCTAAAATAT	144352

CU104659.1	1751	TCCTAAGTGTCACTTGGTGCTTTGCACCAAATATAGGAAGGAATCCTTTA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144353	TCCTAAGTGTCACTTGGTGCTTTGCACCAAATATAGGAAGGAATCCTTTA	144402

CU104659.1	1801	TCATCTTGTGGAATGGTTCAAACCTTGACTACACATCAGATTTGTAGTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144403	TCATCTTGTGGAATGGTTCAAACCTTGACTACACATCAGATTTGTAGTCT	144452

CU104659.1	1851	TCAAACTGGTGAGTCTTCAAAACATACCCAGACCAACTGACTTAGAATCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144453	TCAAACTGGTGAGTCTTCAAAACATACCCAGACCAACTGACTTAGAATCT	144502

CU104659.1	1901	CCAGAGGTGGCCCAGGCTCTGGTATTAAAAAACAAACTTCCCAGGAGATT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144503	CCAGAGGTGGCCCAGGCTCTGGTATTAAAAAACAAACTTCCCAGGAGATT	144552

CU104659.1	1951	CTAAAGTCTATCCAGGACTGTGAATCACTAGAACCCCTTATTTACAGAGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104675.1	144553	CTAAAGTCTATCCAGGACTGTGAATCACTAGAACCCCTTATTTACAGAGG	144602

Overview

Query
CU104659.1 - 267225 bps
Hit
CU104675.1 - 144602 bps
Total alignments
33
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199620001200011426031446021
295.36443154334362349055-116883223271
390.72204291265592265882153965542551
492.312142863550435789153970542551
587.234888374817049006176441772781
681.31275684165635166318176445771291
790.162063033280633108182964832681
891.18205291263976264266182974832681
991.22032833550935791-182976832591
1089.421942943886539158-182976832681
1189.93194287229975230261182981832681
1291.442373274868249008-186233865591
1390195297134637134933198545988541
1491.31214298265592265889198546988441
1590.5200291263976264266-198547988411
1689.59194295148218148512-198548988451
1791.732112893550335791198550988391
1887.7199617094730549013-11016251033331
1979.86207674947789545111024861031701
2091.47211292328043309511170671173591
2191.120629014821514850411170721173631
2289.491952973887039166-11170731173671
2388.719430122996323026311170741173741
2489.5319329326397626426811170791173741
2591.872102833550935791-11170811173631
2689.6619328926559326588111216251219141
2790.21195285355043578811216291219141
2890.73203290246491246780-11373821376721
2988.6195306328053311011373821376881
3089.86202296265592265887-11373921376871
3190.4820229214822114851211373921376851
3290.2720229526397626427011373931376901
3392.042162893550335791-11373951376831
Short-link