<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104653.1	1	CTTTTAAAATTATTTTTTACTTTTTTTTATTTTTTGAGATGAGGTCTCAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189570	CTTTTAAAATTATTTTTTACTTTTTTTTATTTTTTGAGATGAGGTCTCAC	189619

CU104653.1	51	TCTGTCACCCAGACTGTAGTACAGTGGCATAATCATGGCTCACTGCAGAC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189620	TCTGTCACCCAGACTGTAGTACAGTGGCATAATCATGGCTCACTGCAGAC	189669

CU104653.1	101	TTCCCATTTCAGCCTTCCAAAGTGTTAGGACTACAGGTGTGAGCCACTAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189670	TTCCCATTTCAGCCTTCCAAAGTGTTAGGACTACAGGTGTGAGCCACTAC	189719

CU104653.1	151	ACCCAGCCCAAATCACTCTTTCATCCATTCTATAAGATCTTTACTCTGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189720	ACCCAGCCCAAATCACTCTTTCATCCATTCTATAAGATCTTTACTCTGCA	189769

CU104653.1	201	CATAGAAGCTCTATTCATCTTCTTCTAATGTCCAGTCCAAAACACACATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189770	CATAGAAGCTCTATTCATCTTCTTCTAATGTCCAGTCCAAAACACACATC	189819

CU104653.1	251	CTCCAAGTTTTTCTTAATCTGCCCAGGCCATTACACTCTTACTGTTCTGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189820	CTCCAAGTTTTTCTTAATCTGCCCAGGCCATTACACTCTTACTGTTCTGA	189869

CU104653.1	301	AATCTAAAACTGTGTATGACCCATGTCATCTCCTCTGGCATTTAGTATTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189870	AATCTAAAACTGTGTATGACCCATGTCATCTCCTCTGGCATTTAGTATTA	189919

CU104653.1	351	CAGCATCTTGCTATCATCAAGTGTTTTCCTGCTTCAAAAACACTGATAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189920	CAGCATCTTGCTATCATCAAGTGTTTTCCTGCTTCAAAAACACTGATAAT	189969

CU104653.1	401	GGGCTGGATATGTGGCTCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAAGCTGA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	189970	GGGCTGGATATGTGGCTCATGCCTGTAATCTCAGCACTTTGGGAAGCTGA	190019

CU104653.1	451	GGCAAGAGGATTGCTTGCATACAGGAGTTTGAGACCCTGTCTCTACAAAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190020	GGCAAGAGGATTGCTTGCATACAGGAGTTTGAGACCCTGTCTCTACAAAA	190069

CU104653.1	501	AATAAAAGTAAAAAAATTAGGCAAGCATGGTGGTGCATGCCTGTAATTCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190070	AATAAAAGTAAAAAAATTAGGCAAGCATGGTGGTGCATGCCTGTAATTCC	190119

CU104653.1	551	AGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTATGA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190120	AGCTACTCAGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTATGA	190169

CU104653.1	601	GGCTGCAGCAAGCTATCACCATGCCACTGCACACCAGCCTGGGCAACAGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190170	GGCTGCAGCAAGCTATCACCATGCCACTGCACACCAGCCTGGGCAACAGA	190219

CU104653.1	651	GAACCTGCCTCTAAAATGAATAATAAAAAATTTAAAAAATTAAAATAATA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190220	GAACCTGCCTCTAAAATGAATAATAAAAAATTTAAAAAATTAAAATAATA	190269

CU104653.1	701	AATAAATAAATAAAAATACTGATATGTATTCTCTCATTTGCTCCTCACAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190270	AATAAATAAATAAAAATACTGATATGTATTCTCTCATTTGCTCCTCACAT	190319

CU104653.1	751	CTTGTTCAGGAGGAAGAGTCCCAAACATTACCTCTCAGAAATTTAAGCCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190320	CTTGTTCAGGAGGAAGAGTCCCAAACATTACCTCTCAGAAATTTAAGCCC	190369

CU104653.1	801	ACAAATTTTTACTCCCACAAAAGACAGGCAACTGGTAGAGGTAACCAAGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190370	ACAAATTTTTACTCCCACAAAAGACAGGCAACTGGTAGAGGTAACCAAGA	190419

CU104653.1	851	ACCCCAGAACCCTTGGTTCCTGGTTCAACAATCTGTCTACAACAGCTGCC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190420	ACCCCAGAACCCTTGGTTCCTGGTTCAACAATCTGTCTACAACAGCTGCC	190469

CU104653.1	901	TACCTTCTTCTTGTGTCATGGGTATACCTCCAACCAGACAATGTAAACCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190470	TACCTTCTTCTTGTGTCATGGGTATACCTCCAACCAGACAATGTAAACCC	190519

CU104653.1	951	CAAGAGTAGGATGACTTATGCTCTTCTGTTCCTCTAAAATACCCTGCACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190520	CAAGAGTAGGATGACTTATGCTCTTCTGTTCCTCTAAAATACCCTGCACA	190569

CU104653.1	1001	ATGTTAGGCAGTGTAGGATACAAGCAAAGTACTCATTTAATACTTGTTGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190570	ATGTTAGGCAGTGTAGGATACAAGCAAAGTACTCATTTAATACTTGTTGA	190619

CU104653.1	1051	AATTAAATATGGATCAGAGCCACTGCACACCAAGGACTGCAGATCCACTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190620	AATTAAATATGGATCAGAGCCACTGCACACCAAGGACTGCAGATCCACTG	190669

CU104653.1	1101	TATATGAAGTCCTTCTCTTCATTTAGAGGATAATTCATAACAGAAGGTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190670	TATATGAAGTCCTTCTCTTCATTTAGAGGATAATTCATAACAGAAGGTGA	190719

CU104653.1	1151	CTGTGACTGTGGGACGAATACACCTTAGATTTGAGTACTTCTGCAATGTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190720	CTGTGACTGTGGGACGAATACACCTTAGATTTGAGTACTTCTGCAATGTT	190769

CU104653.1	1201	AAATTTACCCAGGCTCTATAGTAGGGTGAAAGTGGTTGTGAGGGGGAAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190770	AAATTTACCCAGGCTCTATAGTAGGGTGAAAGTGGTTGTGAGGGGGAAGG	190819

CU104653.1	1251	GAAGTTTCAAACTTTGCTCTGAGGCACAGTGATGGGATGACACAAGACTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190820	GAAGTTTCAAACTTTGCTCTGAGGCACAGTGATGGGATGACACAAGACTC	190869

CU104653.1	1301	CTAGACTTCCTCTAGCACTCAAGAGCACTATTGTGGAGCTCAATCAGTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190870	CTAGACTTCCTCTAGCACTCAAGAGCACTATTGTGGAGCTCAATCAGTCC	190919

CU104653.1	1351	TGCTTGTCACAAACCATGGTTTGACCCTGAAGCTGGGCGGGCAGAGCAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190920	TGCTTGTCACAAACCATGGTTTGACCCTGAAGCTGGGCGGGCAGAGCAGT	190969

CU104653.1	1401	GTACTAGTGTACCAGCTCTGTTCTACTTTTGGGGAACTGCGGTTTCCACC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	190970	GTACTAGTGTACCAGCTCTGTTCTACTTTTGGGGAACTGCGGTTTCCACC	191019

CU104653.1	1451	CTATAATCCTTCTTTAACACCTGAGATTGATTTTACCCTATGGCTTCAGC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191020	CTATAATCCTTCTTTAACACCTGAGATTGATTTTACCCTATGGCTTCAGC	191069

CU104653.1	1501	TCTGAGGCATTTCAGGAGGCAAAGATACTATTAACACATAGAAACAACTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191070	TCTGAGGCATTTCAGGAGGCAAAGATACTATTAACACATAGAAACAACTG	191119

CU104653.1	1551	AGGATTTTTGTGGTTGTTGTGTATCATCTTTATACATGTAACCAAAAGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191120	AGGATTTTTGTGGTTGTTGTGTATCATCTTTATACATGTAACCAAAAGAA	191169

CU104653.1	1601	TCCAAATCTAAGCAATTTCCAAATCATTCATAATAGTAGTTAGGTTCACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191170	TCCAAATCTAAGCAATTTCCAAATCATTCATAATAGTAGTTAGGTTCACA	191219

CU104653.1	1651	AGGATTTTTACTCCTTACCCTAATATGGTTTTGTCTCTCATCACCTACCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191220	AGGATTTTTACTCCTTACCCTAATATGGTTTTGTCTCTCATCACCTACCT	191269

CU104653.1	1701	GAGTATAACTGAGCCTCTCTTAATTCTGAAAGAATAAGAGAAAAGTTATG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191270	GAGTATAACTGAGCCTCTCTTAATTCTGAAAGAATAAGAGAAAAGTTATG	191319

CU104653.1	1751	GAAGTCATGAGGGTTTCCAGGAAATACATAACTAAGGGGGCTTTGGTTAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191320	GAAGTCATGAGGGTTTCCAGGAAATACATAACTAAGGGGGCTTTGGTTAG	191369

CU104653.1	1801	TCATCATAAAGCAGTGGTCTCCACCAGAAACCCCAGAACCTCTGTTGTTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191370	TCATCATAAAGCAGTGGTCTCCACCAGAAACCCCAGAACCTCTGTTGTTA	191419

CU104653.1	1851	GTCATGCACTAATTTTTTCATATGATGTATGGCTCTATCATCCAACCAAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191420	GTCATGCACTAATTTTTTCATATGATGTATGGCTCTATCATCCAACCAAA	191469

CU104653.1	1901	AGCTTTAAGGGGAGAGGGATTGGGAATCTTAAGTACAGGGATAACCACAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191470	AGCTTTAAGGGGAGAGGGATTGGGAATCTTAAGTACAGGGATAACCACAT	191519

CU104653.1	1951	GCCTGAGGCTGGTAGAATATGGGATAAAACTGAGCCAAGATCAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104671.1	191520	GCCTGAGGCTGGTAGAATATGGGATAAAACTGAGCCAAGATCAAGAATTC	191569

Overview

Query
CU104653.1 - 61709 bps
Hit
CU104671.1 - 191569 bps
Total alignments
31
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197520001200011895701915691
287.5418931245443457541831186231
377.971856501034910998-113362140241
489.131842895680157089146968472521
590.041912834545045732155289555691
690.981972785372554002-155291555671
789.471902865680157086155294555781
888.581853004544545744156882571791
989.121882955679557089156886571791
1089.581932874545045736173198734851
1188.811892954544445738174876751701
1289.471902845680057083174886751701
1388.441842944544445737177599778921
1490.561982894544445732198580988651
1589.891932895679557083198585988711
1689.671822725371753988-198601988711
1788.33183298567925708911198461201451
1890.2203298454454574211262301265251
1989.04191293567955708711262341265251
2091.52132965370453999-11262401265331
2188.04188302106971099811344901347901
2290.651982775222552501-11433281436051
2389.121912955679557089-11466681469611
2485.69292548430084355511493581498951
2592.0295212815154452824-11493851506631
2688.89477765434424420611499011506651
2790.54205298567925708911687481690431
2890.2118827335863858-11752611755361
2989.561953004544645745-11798051801011
3088.581883004544445743-11820911823881
3180.962346054545446058-11820921826951
Short-link