<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104665.1	1	GAATTCTGGGCAGACTGGGCCAGGACCCATCTTGGAAGAGCCAAAGGAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140142	GAATTCTGGGCAGACTGGGCCAGGACCCATCTTGGAAGAGCCAAAGGAGC	140191

CU104665.1	51	CAGGGAAGCCACAAGCCCTCAGGAAGCCCCTTATTCTGGGAGCCACATTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140192	CAGGGAAGCCACAAGCCCTCAGGAAGCCCCTTATTCTGGGAGCCACATTT	140241

CU104665.1	101	CTGCTGAGATGAGTCCATCCCCATGAAGAGCTGCCGGACCTTGTCTGACC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140242	CTGCTGAGATGAGTCCATCCCCATGAAGAGCTGCCGGACCTTGTCTGACC	140291

CU104665.1	151	CAGCCTTATGGAAGATTGGGTGGGTCTCTTCCCAAGCAGAGGGAGCCTCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140292	CAGCCTTATGGAAGATTGGGTGGGTCTCTTCCCAAGCAGAGGGAGCCTCA	140341

CU104665.1	201	GGAAGTCTAGACTAAGGCTACAGTGGGCCCTGCTCAAGCCACCAGCCCCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140342	GGAAGTCTAGACTAAGGCTACAGTGGGCCCTGCTCAAGCCACCAGCCCCC	140391

CU104665.1	251	AGATTGGAAAGGCCAGGTGCTCCCACACCTGCTGTTCCCACAGACTTCCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140392	AGATTGGAAAGGCCAGGTGCTCCCACACCTGCTGTTCCCACAGACTTCCT	140441

CU104665.1	301	TCATGCTCATCCTGTGGCTCTGGGATGTCTACCTCCTGGGAGGTGAGTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140442	TCATGCTCATCCTGTGGCTCTGGGATGTCTACCTCCTGGGAGGTGAGTGT	140491

CU104665.1	351	GTGGTGACAACTATGGTATACATGGCCTTCACAGCCACAGAATTAACTCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140492	GTGGTGACAACTATGGTATACATGGCCTTCACAGCCACAGAATTAACTCC	140541

CU104665.1	401	CTGGGTGGCCAATGGTGCCCAGAAGGAGCATGCAGGACAGACCCTGGGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140542	CTGGGTGGCCAATGGTGCCCAGAAGGAGCATGCAGGACAGACCCTGGGAC	140591

CU104665.1	451	CTATAGCCAGGACAGATTCCTGGCTTCTGGTGTGTGATGACCTGAGAGCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140592	CTATAGCCAGGACAGATTCCTGGCTTCTGGTGTGTGATGACCTGAGAGCA	140641

CU104665.1	501	GCATCCACACTGTCCACATGGCTCTCTGCTCCAGCCCGGAGGTAGGGCCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140642	GCATCCACACTGTCCACATGGCTCTCTGCTCCAGCCCGGAGGTAGGGCCA	140691

CU104665.1	551	GACCAGGCCTGGTGGGCTGGGCAGGGAGTGGACCCAGGTACCAAACCCAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140692	GACCAGGCCTGGTGGGCTGGGCAGGGAGTGGACCCAGGTACCAAACCCAC	140741

CU104665.1	601	TCCTGACACAACCCAGATGAAAGGCAAGCGTGTGTTGAGCACTTCCCTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140742	TCCTGACACAACCCAGATGAAAGGCAAGCGTGTGTTGAGCACTTCCCTGC	140791

CU104665.1	651	CCAGGCCTTCCTCCAGCTGTGGTTTTCTGCGAACATCTGGACCCCTGGGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140792	CCAGGCCTTCCTCCAGCTGTGGTTTTCTGCGAACATCTGGACCCCTGGGG	140841

CU104665.1	701	CAGCCACAGTAGGATCCAGCACCGCCCAGTGGTGGGTGCCTGGGGCAGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140842	CAGCCACAGTAGGATCCAGCACCGCCCAGTGGTGGGTGCCTGGGGCAGGA	140891

CU104665.1	751	ACAAGGTGCAGACACTGACTCTCCCACAGACCCCTCCCAGCCTCATAGTC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140892	ACAAGGTGCAGACACTGACTCTCCCACAGACCCCTCCCAGCCTCATAGTC	140941

CU104665.1	801	ACCCTGTCCCTAGAACACCCCCTGAAGCTGTTTCTGTTTGGCCTGCAGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140942	ACCCTGTCCCTAGAACACCCCCTGAAGCTGTTTCTGTTTGGCCTGCAGGA	140991

CU104665.1	851	GTTCCTTCAGGACACACTGTCCTAGGCCTGGGCCCTGGAGGAGGACATGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	140992	GTTCCTTCAGGACACACTGTCCTAGGCCTGGGCCCTGGAGGAGGACATGG	141041

CU104665.1	901	TGACGAGGCGCCCTGAGGCCTCCATGGGGGAACTGAGAAGCATGCACTGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141042	TGACGAGGCGCCCTGAGGCCTCCATGGGGGAACTGAGAAGCATGCACTGT	141091

CU104665.1	951	GACCTGCACACCCAGGTGGGCTTCAGCACCAAGTCTCCTCCTGTGTCACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141092	GACCTGCACACCCAGGTGGGCTTCAGCACCAAGTCTCCTCCTGTGTCACC	141141

CU104665.1	1001	CTGTGGGGCAGTAAATAGTGGGAAGTGCCCAGACCTCACCAGCCCTGCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141142	CTGTGGGGCAGTAAATAGTGGGAAGTGCCCAGACCTCACCAGCCCTGCTC	141191

CU104665.1	1051	CCTGGGCCTTCCTCCAGCCCCTCCTCTCCCTCCTCCTCTAAGAAGCTTCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141192	CCTGGGCCTTCCTCCAGCCCCTCCTCTCCCTCCTCCTCTAAGAAGCTTCT	141241

CU104665.1	1101	GAAACCAGGCTGCCTGAGCCTAGGGCAAAAGCTGACCTTGGGTTTACTGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141242	GAAACCAGGCTGCCTGAGCCTAGGGCAAAAGCTGACCTTGGGTTTACTGG	141291

CU104665.1	1151	ACTTGCCTCAGAGACAATGAGACGTGAGCAAGACTCTTCCAAGCCCCTCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141292	ACTTGCCTCAGAGACAATGAGACGTGAGCAAGACTCTTCCAAGCCCCTCC	141341

CU104665.1	1201	CCTGTACCCTCCTGCTCTCACTCCTGAAAGCCCCAGAAGGACACCGGAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141342	CCTGTACCCTCCTGCTCTCACTCCTGAAAGCCCCAGAAGGACACCGGAGG	141391

CU104665.1	1251	GGTCAGATCCATCTGTGCAAGCCCACAACCACACCTGTGAGTACCAGCAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141392	GGTCAGATCCATCTGTGCAAGCCCACAACCACACCTGTGAGTACCAGCAG	141441

CU104665.1	1301	CCCTGGAGAGCAGCAGGGCGCCTTCACTCCTGAGCACCCCTCCAAGGGCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141442	CCCTGGAGAGCAGCAGGGCGCCTTCACTCCTGAGCACCCCTCCAAGGGCC	141491

CU104665.1	1351	TAAAATCAGTGTCAGAGACCCTAAGAGAATCTAGGGAGAGGGCATAGGTG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141492	TAAAATCAGTGTCAGAGACCCTAAGAGAATCTAGGGAGAGGGCATAGGTG	141541

CU104665.1	1401	AAACCCTGGCCCAGAGCCAGAATTGATTGCTCAGCCGAGTGTGGGAACAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141542	AAACCCTGGCCCAGAGCCAGAATTGATTGCTCAGCCGAGTGTGGGAACAG	141591

CU104665.1	1451	TCCAGCCCTGGCATGGAGATCCCCCAGAGGCGTGGAGGGTGTCTCATCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141592	TCCAGCCCTGGCATGGAGATCCCCCAGAGGCGTGGAGGGTGTCTCATCCA	141641

CU104665.1	1501	CTGTGGAGATAAGCCCCCATATTGTGTGGCAAAGGGGCTAGGTAACAGTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141642	CTGTGGAGATAAGCCCCCATATTGTGTGGCAAAGGGGCTAGGTAACAGTT	141691

CU104665.1	1551	AAGGCCCCATCCATCTGAGCTCTGAATCAAGGCTAAAGCCCAGGCTAAGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141692	AAGGCCCCATCCATCTGAGCTCTGAATCAAGGCTAAAGCCCAGGCTAAGC	141741

CU104665.1	1601	AGCCCTGGGGCAAGAGTGTGAGGCAGGAAGACTGAGTCAGCCTGAACCCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141742	AGCCCTGGGGCAAGAGTGTGAGGCAGGAAGACTGAGTCAGCCTGAACCCT	141791

CU104665.1	1651	GGGGGCTGTCCCTGGAGTGACTTGAGCTTCCCTGACAGCTTCTCCACTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141792	GGGGGCTGTCCCTGGAGTGACTTGAGCTTCCCTGACAGCTTCTCCACTCT	141841

CU104665.1	1701	AGGCTGCACACACACCTCGCTCTGGGAGTAGCAGCCTGCAGGAGTGTCCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141842	AGGCTGCACACACACCTCGCTCTGGGAGTAGCAGCCTGCAGGAGTGTCCT	141891

CU104665.1	1751	CAGCATTAGACCAGGGGGACCACACGGTCCCTGAGGACTGCAGGGACCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141892	CAGCATTAGACCAGGGGGACCACACGGTCCCTGAGGACTGCAGGGACCCA	141941

CU104665.1	1801	GGTCTGTGGGGTCCAGCCTGGTAAAAGCAAGATGTTCTCAATGGAAAAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141942	GGTCTGTGGGGTCCAGCCTGGTAAAAGCAAGATGTTCTCAATGGAAAAGC	141991

CU104665.1	1851	TGACCAAATCTGCTTTCCTTTCAGCCAAACCTGAGCAAACACCCCCACCA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	141992	TGACCAAATCTGCTTTCCTTTCAGCCAAACCTGAGCAAACACCCCCACCA	142041

CU104665.1	1901	CCCAGGCCTCTGCAGATATACCCCAGCATTGAGACCCTCCCCAAGGGGAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	142042	CCCAGGCCTCTGCAGATATACCCCAGCATTGAGACCCTCCCCAAGGGGAT	142091

CU104665.1	1951	GGGCTGGTTCTCCCTGGCCCAAGCCCAGCTCCAGCAGCCCATGGGTGTAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104667.1	142092	GGGCTGGTTCTCCCTGGCCCAAGCCCAGCTCCAGCAGCCCATGGGTGTAG	142141

Overview

Query
CU104665.1 - 168325 bps
Hit
CU104667.1 - 142141 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100197420001200011401421421411
287.21181306112478112783136396367001
387.71182300114179114478136401367011
487.831833034834248644136402367051
590.687612365678158016171879731121
686.5172212554281144065171907731661
781.5418545765296985180415808691
883472102675558580184679856961
979.536251712946711178186533882421
1080.141965541151712070188589891421
1191.32219314112483112796-11158981162081
1289.7119229915132515162311158981162081
1388.021803076486965175-11158991162071
1491.62222311114179114489-11158991162081
1590.1720630915450415481211159051162091
1688.42181303110799111101-11159061162071
1788.75187302444274472811159061162071
1892.3822530215531515561611159061162071
1990.672073014834248642-11159081162071
2089191299137738138036-11159091162081
2192.6321328615164215192711159241162081
Short-link