<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104658.1	1	GAATTCTCTGACCTCAAATTTCATGTGGCAGCTGTAAGGTGGAGCTGGCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166326	GAATTCTCTGACCTCAAATTTCATGTGGCAGCTGTAAGGTGGAGCTGGCA	166375

CU104658.1	51	GCATCTGTCCCCACCTCTGGGTACACAGCAGAATGTGCCAGCTTTAGGGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166376	GCATCTGTCCCCACCTCTGGGTACACAGCAGAATGTGCCAGCTTTAGGGA	166425

CU104658.1	101	CCCCGGAGGACACAGCCGCACAGTGTCCGGAGGCATCCAGCAAACCCTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166426	CCCCGGAGGACACAGCCGCACAGTGTCCGGAGGCATCCAGCAAACCCTCA	166475

CU104658.1	151	GGAAGGACTCAGTCCATGCAGGAGCCTCCTTAAGCAGCTTCTCCCTGAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166476	GGAAGGACTCAGTCCATGCAGGAGCCTCCTTAAGCAGCTTCTCCCTGAAG	166525

CU104658.1	201	AAACCCTGAAGTCTTAGAAATCCATAAAGAAAAAAGATATTCATGTCTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166526	AAACCCTGAAGTCTTAGAAATCCATAAAGAAAAAAGATATTCATGTCTCT	166575

CU104658.1	251	GATAAAGAAAAGAAATGCCAGCAATCCAGCACCGAGAAGGGAAGCTACGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166576	GATAAAGAAAAGAAATGCCAGCAATCCAGCACCGAGAAGGGAAGCTACGA	166625

CU104658.1	301	GACCACATTTACTGCATGTGGAGAAGACACATCTAATGGAGAGGTGGGAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166626	GACCACATTTACTGCATGTGGAGAAGACACATCTAATGGAGAGGTGGGAA	166675

CU104658.1	351	CTTGTCTCAAAAGTACTGGGCCGCAGTGAGAGGGTGTGGTCGTCACTGCC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166676	CTTGTCTCAAAAGTACTGGGCCGCAGTGAGAGGGTGTGGTCGTCACTGCC	166725

CU104658.1	401	ACCACCCACTGCTCACTCAGTGACCCCTCCCCATTGTAACTAATGGGCCA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166726	ACCACCCACTGCTCACTCAGTGACCCCTCCCCATTGTAACTAATGGGCCA	166775

CU104658.1	451	GTGAAGAGAAACACTTTTTGTCTGCTTGTACTGAAATAAGGCTATTACAA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166776	GTGAAGAGAAACACTTTTTGTCTGCTTGTACTGAAATAAGGCTATTACAA	166825

CU104658.1	501	TAAATCATCTCTGTGGTTGATTTTTCACTTAAGGATGGGATAACTGGGGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166826	TAAATCATCTCTGTGGTTGATTTTTCACTTAAGGATGGGATAACTGGGGA	166875

CU104658.1	551	AATTGGTGCCTGCAGTGCAGGTTTTAAAGAAGTTCCCAGAAGCCCTTCTG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166876	AATTGGTGCCTGCAGTGCAGGTTTTAAAGAAGTTCCCAGAAGCCCTTCTG	166925

CU104658.1	601	AAGCCATCTCCAGGAGGCTGCCCCAGCGGGTATGAGGCCTTGCGCTTCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166926	AAGCCATCTCCAGGAGGCTGCCCCAGCGGGTATGAGGCCTTGCGCTTCTG	166975

CU104658.1	651	CCATCCTGTGTGTTCCTGTGATGGAATTTTGGCCCAGCTAGGGATGGCAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	166976	CCATCCTGTGTGTTCCTGTGATGGAATTTTGGCCCAGCTAGGGATGGCAA	167025

CU104658.1	701	GAGGCCAGGTCATCGCAGGTGGTCTGCAGGCCTGGTGAGGAAGGACAATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167026	GAGGCCAGGTCATCGCAGGTGGTCTGCAGGCCTGGTGAGGAAGGACAATG	167075

CU104658.1	751	ACAGACGGGGAGGCAGAAACGCACACATATGACCAGACCTCCCCCTGGGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167076	ACAGACGGGGAGGCAGAAACGCACACATATGACCAGACCTCCCCCTGGGT	167125

CU104658.1	801	CCTGTTCCCATTCCTCTGTCCATCGCTCTTGCTCTGTCTGCCCCCGGGGA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167126	CCTGTTCCCATTCCTCTGTCCATCGCTCTTGCTCTGTCTGCCCCCGGGGA	167175

CU104658.1	851	AATTTCCTGAAGGAAACAGGAAAAGGAACCTCTATTCCTGGCTGCATATC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167176	AATTTCCTGAAGGAAACAGGAAAAGGAACCTCTATTCCTGGCTGCATATC	167225

CU104658.1	901	TTTTATGTAGGCCTTTCCTGTTATTCAAGCATATTCCCAGCAGATGGCAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167226	TTTTATGTAGGCCTTTCCTGTTATTCAAGCATATTCCCAGCAGATGGCAG	167275

CU104658.1	951	AGAAGACATTTCAATTTCGTGCCTCTGCTTTTCCTCCCCCTCCTCCAACC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167276	AGAAGACATTTCAATTTCGTGCCTCTGCTTTTCCTCCCCCTCCTCCAACC	167325

CU104658.1	1001	GGAAAGTCAGGACCAAAGGAACGGATGGAGGCATTAAAGGTATAAATGAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167326	GGAAAGTCAGGACCAAAGGAACGGATGGAGGCATTAAAGGTATAAATGAG	167375

CU104658.1	1051	AATGGGTGATAATTTCCCTTTCTCTGAGCTGGGGAGTCCCATTGCAAGTG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167376	AATGGGTGATAATTTCCCTTTCTCTGAGCTGGGGAGTCCCATTGCAAGTG	167425

CU104658.1	1101	TGGGAATAGAAATGTCCAGTGTAACCATTCAGAGATGACAGATACTGCCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167426	TGGGAATAGAAATGTCCAGTGTAACCATTCAGAGATGACAGATACTGCCC	167475

CU104658.1	1151	TGAAAACAGCCACAAAATCAAACCATGATGTGCCTCCCTGGGCTCCTTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167476	TGAAAACAGCCACAAAATCAAACCATGATGTGCCTCCCTGGGCTCCTTGG	167525

CU104658.1	1201	CTCTGGGCTGCTGCTTTCTTGTATTGAGAATCTAAGAGGTGCTGAGCATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167526	CTCTGGGCTGCTGCTTTCTTGTATTGAGAATCTAAGAGGTGCTGAGCATT	167575

CU104658.1	1251	CAGTTAAAACGGGACTGGAGGGTTCCTGCATTGTCCTCTGCCTTAATTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167576	CAGTTAAAACGGGACTGGAGGGTTCCTGCATTGTCCTCTGCCTTAATTGT	167625

CU104658.1	1301	ATTTGAAAATATATTTTGTCAGTTCAATCCTTCTCCTGCCTGTCTCTGTT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167626	ATTTGAAAATATATTTTGTCAGTTCAATCCTTCTCCTGCCTGTCTCTGTT	167675

CU104658.1	1351	TCTCTTTTTAAAGAAGCTGAACATTGGCATCTTCAAAAGAAAATTGCTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167676	TCTCTTTTTAAAGAAGCTGAACATTGGCATCTTCAAAAGAAAATTGCTAA	167725

CU104658.1	1401	CTTGTGAAATAATATATTGTCTAGGATTTAGTTGAAAATAACCTGGTGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167726	CTTGTGAAATAATATATTGTCTAGGATTTAGTTGAAAATAACCTGGTGTT	167775

CU104658.1	1451	GGGCTATGGTTGAGGATGTAGATAAATCAAGAGTGGATGTGACTGAGTGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167776	GGGCTATGGTTGAGGATGTAGATAAATCAAGAGTGGATGTGACTGAGTGA	167825

CU104658.1	1501	AGTGTACAGTGAAGGTCACTTTTCTGTCTACTTTTGTGTTTGCTTAAAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167826	AGTGTACAGTGAAGGTCACTTTTCTGTCTACTTTTGTGTTTGCTTAAAAT	167875

CU104658.1	1551	ATTTGTACAAGTTTAAAAAAATAAGAACCAGGGTTACCAGGGGGCATGGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167876	ATTTGTACAAGTTTAAAAAAATAAGAACCAGGGTTACCAGGGGGCATGGC	167925

CU104658.1	1601	ATATGCTGAATAATCATGAGATACCGGTTATAATTTCAAACAAATCTCCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167926	ATATGCTGAATAATCATGAGATACCGGTTATAATTTCAAACAAATCTCCA	167975

CU104658.1	1651	ATAAAAATAGATAATTTTAAGTCAAACCACAGGGACAAAATGTTTTTAGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	167976	ATAAAAATAGATAATTTTAAGTCAAACCACAGGGACAAAATGTTTTTAGA	168025

CU104658.1	1701	TGTCTCCAAATTCCTCACTTCCCTCCTCTAAATTCAGGTGGGTCACTTCG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	168026	TGTCTCCAAATTCCTCACTTCCCTCCTCTAAATTCAGGTGGGTCACTTCG	168075

CU104658.1	1751	TACTTTCTCCCAACCGCAGGTTCCCAATAGGCAGGTCCTAGAGCCCAACC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	168076	TACTTTCTCCCAACCGCAGGTTCCCAATAGGCAGGTCCTAGAGCCCAACC	168125

CU104658.1	1801	TTGGTGGGGCAGGGAGTAGGGATTTAAAAACTGCATGATGATCAACAGCA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	168126	TTGGTGGGGCAGGGAGTAGGGATTTAAAAACTGCATGATGATCAACAGCA	168175

CU104658.1	1851	GGAAAGAGGATTGGGGCTGAGAGGGGAGGAGAGGCAGGCAGGAGACCCCT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	168176	GGAAAGAGGATTGGGGCTGAGAGGGGAGGAGAGGCAGGCAGGAGACCCCT	168225

CU104658.1	1901	GGGGAGTTGCTGCCCCAAGGAACTCCTTCTTCACCCTCTGAGAGAAAGTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	168226	GGGGAGTTGCTGCCCCAAGGAACTCCTTCTTCACCCTCTGAGAGAAAGTG	168275

CU104658.1	1951	TCACAGGACCACAGACCCTTGGTCTTCATAGGTCCCATAACCTCCCCCAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104665.1	168276	TCACAGGACCACAGACCCTTGGTCTTCATAGGTCCCATAACCTCCCCCAA	168325

Overview

Query
CU104658.1 - 200988 bps
Hit
CU104665.1 - 168325 bps
Total alignments
29
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199720001200011663261683251
287.67183301107046107346144424447231
388.081853022784728148144427447281
487.251783014735147651144427447241
591.032123002784928148-148342486421
688.361782912785928149-161836621271
789.4919529517148117177511107991110931
892.132223022784828149-11124831127871
989.56193296934219371611124831127791
1087.3418532315656515688711124841127991
1190201301934169371611141741144731
1291.532203062784428149-11141791144851
1388.1518931915656515688311141801144911
1489.181892972784628142-11218911221951
1587.9918531215657615688711218961222031
1688.0217929415896315925611218961221871
1787.2417529417148217177511231951234841
1889.33183279144567144845-11238701241501
1988.0717528314456714484911267681270521
2087.631823002785028149-11377381380361
2189.7619529014456714485611443541446461
2290.42194304278462814911513321516231
2392.66215285278652814911516421519271
2489.65202305278462815011545041548121
2592.38228302278472814811553151556161
2688.511862989342293719-11553211556161
2788.0517828814456714485411568471571391
2887.58178300473514765011599711602681
2987.4117628617148617177111627281630131
Short-link