<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104675.1	1	GAATTCTTTGAGGCCTTGGGCGAGTGCTGTATTCTCAGCATTTGTGTTTC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225144	GAATTCTTTGAGGCCTTGGGCGAGTGCTGTATTCTCAGCATTTGTGTTTC	225193

CU104675.1	51	TTTTCTAGGTGCCTTGAAGCACTATCAAGCTGGAATTACTTTAAATAAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225194	TTTTCTAGGTGCCTTGAAGCACTATCAAGCTGGAATTACTTTAAATAAAT	225243

CU104675.1	101	TCTTGGCTTCATGTTTTTTGGAGCAGACAGATAGTATGAATTTGAGCTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225244	TCTTGGCTTCATGTTTTTTGGAGCAGACAGATAGTATGAATTTGAGCTGC	225293

CU104675.1	151	AAATCCATGTAAGGGCTAGCTTACGGTTAGAAATTCTCAGGAGAGAGTTT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225294	AAATCCATGTAAGGGCTAGCTTACGGTTAGAAATTCTCAGGAGAGAGTTT	225343

CU104675.1	201	TCTCTCTTTCTACCTACTGAGACAGTCAAATTCCCCTTCTATAGAGTTGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225344	TCTCTCTTTCTACCTACTGAGACAGTCAAATTCCCCTTCTATAGAGTTGA	225393

CU104675.1	251	ATTTTTTCTTTTCTTGTTCACTTTTACAAGAAAGGGCAGCCTTTTGCAGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225394	ATTTTTTCTTTTCTTGTTCACTTTTACAAGAAAGGGCAGCCTTTTGCAGT	225443

CU104675.1	301	TCCCAAATTTATGCACGGGATCTCCTATCAGACCTTATACATTTTGTCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225444	TCCCAAATTTATGCACGGGATCTCCTATCAGACCTTATACATTTTGTCCC	225493

CU104675.1	351	TCATTTCCTATGCTTCCAGTGACTGTCACAACAGTATAAAGGGCACCATA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225494	TCATTTCCTATGCTTCCAGTGACTGTCACAACAGTATAAAGGGCACCATA	225543

CU104675.1	401	GTGTCACTGTCACGTTTCATAGGGACATTAGTTTTAACTTCCCTGTCTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225544	GTGTCACTGTCACGTTTCATAGGGACATTAGTTTTAACTTCCCTGTCTGG	225593

CU104675.1	451	ATTTCTGGTTTTACAGAACTTTTAACCAGTGTGCAGACTGCCTTCACTTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225594	ATTTCTGGTTTTACAGAACTTTTAACCAGTGTGCAGACTGCCTTCACTTT	225643

CU104675.1	501	CTTGCCATCTCATCAAAGGATTAAAAATATTCATAGTCAGATATATCTTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225644	CTTGCCATCTCATCAAAGGATTAAAAATATTCATAGTCAGATATATCTTT	225693

CU104675.1	551	TAAAAGTTTTTTTTTCCTATCACTGGTTGTCATTTTACCAAAAAAAAAAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225694	TAAAAGTTTTTTTTTCCTATCACTGGTTGTCATTTTACCAAAAAAAAAAA	225743

CU104675.1	601	TTTTTTTAATAAAAAGAAGAAGATTTTTTTTCCCAGCGTGTGGCTTGCCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225744	TTTTTTTAATAAAAAGAAGAAGATTTTTTTTCCCAGCGTGTGGCTTGCCT	225793

CU104675.1	651	ATTTTCTTAACCCTCTTTAAATGAGCAGAAGTTTTAAGTTTTTATAAGGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225794	ATTTTCTTAACCCTCTTTAAATGAGCAGAAGTTTTAAGTTTTTATAAGGT	225843

CU104675.1	701	TCAGCTTATCCTTTTTTTTTTCTTTTACAGCTAGTGCTTTCTGTGTCCTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225844	TCAGCTTATCCTTTTTTTTTTCTTTTACAGCTAGTGCTTTCTGTGTCCTA	225893

CU104675.1	751	AGAAATCTTTGCTTTGAGGTTATAATTCATTGGATATATTTTTAATCCCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225894	AGAAATCTTTGCTTTGAGGTTATAATTCATTGGATATATTTTTAATCCCA	225943

CU104675.1	801	GAATTTTTAGTTGTCTTGGAATTAGAATTGGAAGTTTGTTTAGTGGAGCC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225944	GAATTTTTAGTTGTCTTGGAATTAGAATTGGAAGTTTGTTTAGTGGAGCC	225993

CU104675.1	851	AGTCCTCAATGATGTCATAAATAAAAGTCCTTCCTTGATTATTTGATTGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	225994	AGTCCTCAATGATGTCATAAATAAAAGTCCTTCCTTGATTATTTGATTGC	226043

CU104675.1	901	ACATCTTATCTTATACTACTAGAAACTCATCTTTTGGTGAATATAACAAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226044	ACATCTTATCTTATACTACTAGAAACTCATCTTTTGGTGAATATAACAAG	226093

CU104675.1	951	TCCTTTCTTTCCTCATAGGTTCCAGGAGAAGGAAGACTCTTGACCTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226094	TCCTTTCTTTCCTCATAGGTTCCAGGAGAAGGAAGACTCTTGACCTTTTT	226143

CU104675.1	1001	CCTGGGCAACTCTACAGTCCCTCCCTCCTTTTGGAAGGTGAAGGATACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226144	CCTGGGCAACTCTACAGTCCCTCCCTCCTTTTGGAAGGTGAAGGATACTG	226193

CU104675.1	1051	GGTTTTTAGATGCCTTGTCCATCCTGACTGGTTGCAATGTTTTGCTCCCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226194	GGTTTTTAGATGCCTTGTCCATCCTGACTGGTTGCAATGTTTTGCTCCCA	226243

CU104675.1	1101	GAAGAGAATCAGATCATCATGTGGGGATTACCATTGTTCCTGAAGTACTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226244	GAAGAGAATCAGATCATCATGTGGGGATTACCATTGTTCCTGAAGTACTC	226293

CU104675.1	1151	CTACCCTTAGTTGAATTTACTTATTAAAGTTATATTTTTCTATAAGACCC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226294	CTACCCTTAGTTGAATTTACTTATTAAAGTTATATTTTTCTATAAGACCC	226343

CU104675.1	1201	TGACATATGTATGTTACTTATAATCTGTCTTATTCCAAAAGGAATTTAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226344	TGACATATGTATGTTACTTATAATCTGTCTTATTCCAAAAGGAATTTAAA	226393

CU104675.1	1251	TGAGTTTACAGAGATATATTTATATGAAAAAGAAAAGGGGGAAAAATTAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226394	TGAGTTTACAGAGATATATTTATATGAAAAAGAAAAGGGGGAAAAATTAG	226443

CU104675.1	1301	GACAAAAAAGTAGAGTCAGGAATGAGGCTAATATAAACAAAAAGCAATTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226444	GACAAAAAAGTAGAGTCAGGAATGAGGCTAATATAAACAAAAAGCAATTG	226493

CU104675.1	1351	TAAGTATTGCCATACTATTTAAATCTATTTGGTTCCTGAGTTTAGGTTAA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226494	TAAGTATTGCCATACTATTTAAATCTATTTGGTTCCTGAGTTTAGGTTAA	226543

CU104675.1	1401	GAAAAACTAGGAATTTGGATAGTGAGACATTTAACAGAAATTTTAACCAG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226544	GAAAAACTAGGAATTTGGATAGTGAGACATTTAACAGAAATTTTAACCAG	226593

CU104675.1	1451	ATCTCTTTAGCATATAAATTTGGACAACAAAAAATCTGATACTAAGTAAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226594	ATCTCTTTAGCATATAAATTTGGACAACAAAAAATCTGATACTAAGTAAT	226643

CU104675.1	1501	GCCACTAAGTGATCACTATAGGTGAGTATTTTATTAGTATTGAGATAAAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226644	GCCACTAAGTGATCACTATAGGTGAGTATTTTATTAGTATTGAGATAAAT	226693

CU104675.1	1551	ACAATACACAGTTGACCCTTGAACAACACAGGTTTGAACTGCTTGAGTCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226694	ACAATACACAGTTGACCCTTGAACAACACAGGTTTGAACTGCTTGAGTCT	226743

CU104675.1	1601	ACATATATGTGGATTTTCTTCTACTTCTGAGACCCATAAGATAGCAGCAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226744	ACATATATGTGGATTTTCTTCTACTTCTGAGACCCATAAGATAGCAGCAC	226793

CU104675.1	1651	ATTTAAGCCCTCCTTTTCCTCCTCCTGAGCCTACTCAACATGAAAATGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226794	ATTTAAGCCCTCCTTTTCCTCCTCCTGAGCCTACTCAACATGAAAATGTG	226843

CU104675.1	1701	ATCCACTTCTACTTAATGAATAGTAAATATATTTTCTTTTCCTTATGATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226844	ATCCACTTCTACTTAATGAATAGTAAATATATTTTCTTTTCCTTATGATT	226893

CU104675.1	1751	TTCTTAATAATGTTTTCTCTAGCTTACTTGATTGTAAGATTATATGTATT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226894	TTCTTAATAATGTTTTCTCTAGCTTACTTGATTGTAAGATTATATGTATT	226943

CU104675.1	1801	ATAAGTATATAATACATATACAAAATATGTGTTAATCAACGGTTTATGTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226944	ATAAGTATATAATACATATACAAAATATGTGTTAATCAACGGTTTATGTT	226993

CU104675.1	1851	ATTGGTAAGGCATCTGGTCAACAGTAGTTAAGTTTTGGGGGAGTCAAAAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	226994	ATTGGTAAGGCATCTGGTCAACAGTAGTTAAGTTTTGGGGGAGTCAAAAG	227043

CU104675.1	1901	TTATATATGGATTTTTGGCTGTTCAGAGGGTCAGCACCCCTTACCCCCAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	227044	TTATATATGGATTTTTGGCTGTTCAGAGGGTCAGCACCCCTTACCCCCAT	227093

CU104675.1	1951	GTTGTTCAAGGATGAATTGTATATCTATTATAATAGATTCTTATATAGAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104664.1	227094	GTTGTTCAAGGATGAATTGTATATCTATTATAATAGATTCTTATATAGAA	227143

Overview

Query
CU104675.1 - 144602 bps
Hit
CU104664.1 - 227143 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191620001200012251442271431
281.4452413761707818453-121595229571
382.835821371101779103149-121595229511
483.743457317644077170122261229921
596.85200323131690519217-136296386091
688.5710561711101623103333-136876385901
788.465228387644177278137741385811
888.9362210241718818211-151035520451
987.827261266101641102906-151035523231
1090.833925797644377021151464520411
1184.41458998102147103144-188709897021
1283.374289891745318441-188717897021
1395.89457054641748222945-189706951621
1489.627441158102176103333-194007951621
1596.274375091692217430-195162956701
1686.01263477101648102124-195162956401
1785.742684967678377278195162956591
1896.04507060241692222945-11111011171211
1987.969741637101694103330-11154181170521
2087.28475838764417727811162781171101
Short-link