<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104660.1	1	AACCAGTGGTCTCCAGTCCCCGAGTCCCCAGTTCCCTTTGCTTCCCCTAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	176691	AACCAGTGGTCTCCAGTCCCCGAGTCCCCAGTTCCCTTTGCTTCCCCTAT	176740

CU104660.1	51	GCCTATTCTTCCTTTTCCCTCAGGGATCTAAATGTGTACCCTCCTGCCTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	176741	GCCTATTCTTCCTTTTCCCTCAGGGATCTAAATGTGTACCCTCCTGCCTT	176790

CU104660.1	101	TACCCCTTTCCTTAATTCCTGTTTCCTGGGGGACCTACAGTCCCTCCTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	176791	TACCCCTTTCCTTAATTCCTGTTTCCTGGGGGACCTACAGTCCCTCCTGC	176840

CU104660.1	151	CCAAGGGCATCACGGCCTCCATACCTGGGAGATGAAGACAGACCAGGAGC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	176841	CCAAGGGCATCACGGCCTCCATACCTGGGAGATGAAGACAGACCAGGAGC	176890

CU104660.1	201	AGGCCCAGAGGAGCGCAGCTCCCTGCCACACGGCCCTGCATCCTGCTCAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	176891	AGGCCCAGAGGAGCGCAGCTCCCTGCCACACGGCCCTGCATCCTGCTCAG	176940

CU104660.1	251	CACTCGATCTCCCTCAGCCCCAAGACAGCCAGCCCTTTATCCTGGTAGTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	176941	CACTCGATCTCCCTCAGCCCCAAGACAGCCAGCCCTTTATCCTGGTAGTG	176990

CU104660.1	301	GGGTGGGGGACAGCAGAAACAGGCTGGGCTAGTGGTTGTGGAGACAATAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	176991	GGGTGGGGGACAGCAGAAACAGGCTGGGCTAGTGGTTGTGGAGACAATAA	177040

CU104660.1	351	ACCTCCACATTCCACCCTCATTCCTAATGCGGTCTGTGGCAACAGGTGTC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177041	ACCTCCACATTCCACCCTCATTCCTAATGCGGTCTGTGGCAACAGGTGTC	177090

CU104660.1	401	ACTTGAATGAATGTCCCAGAGGAAGCTGGGTGTCTCCCGCCCTGGCTCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177091	ACTTGAATGAATGTCCCAGAGGAAGCTGGGTGTCTCCCGCCCTGGCTCCT	177140

CU104660.1	451	TTCCTTGACCTCCCTGCCCCTTCTTGGCCCAGGTGTCCTGGCTCACAGCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177141	TTCCTTGACCTCCCTGCCCCTTCTTGGCCCAGGTGTCCTGGCTCACAGCT	177190

CU104660.1	501	CATCCCTGGTTGCCAGCCTCCCCAGCCCTGCTTCTCTATACACAAGGACC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177191	CATCCCTGGTTGCCAGCCTCCCCAGCCCTGCTTCTCTATACACAAGGACC	177240

CU104660.1	551	TCCACCCTGGGGTCCCACTCTCTTAATTGCCTCTCTCAGCAACAGAAACA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177241	TCCACCCTGGGGTCCCACTCTCTTAATTGCCTCTCTCAGCAACAGAAACA	177290

CU104660.1	601	CTTGTTTCTTTTGGGGAGCTGGATTGTTTCCTCCCAGCACCACTTTCTCG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177291	CTTGTTTCTTTTGGGGAGCTGGATTGTTTCCTCCCAGCACCACTTTCTCG	177340

CU104660.1	651	TGCATCCTCATATCTCCTTCACCTTGGCCCCAACCTGCAGGAGGTTCTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177341	TGCATCCTCATATCTCCTTCACCTTGGCCCCAACCTGCAGGAGGTTCTGG	177390

CU104660.1	701	GGTGCAGAAGTGGCCCCATCTGAGGAGCTGCTCCTAGATGAGACCCTGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177391	GGTGCAGAAGTGGCCCCATCTGAGGAGCTGCTCCTAGATGAGACCCTGGA	177440

CU104660.1	751	TCTAGCTAGGGAAATGGGCCTGGATGCCATCCTTATGAGATACTGACTAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177441	TCTAGCTAGGGAAATGGGCCTGGATGCCATCCTTATGAGATACTGACTAA	177490

CU104660.1	801	TTCCTGCTGCTGCAGTGACAAATTACCGTGAACCGAATGGCTTACAACAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177491	TTCCTGCTGCTGCAGTGACAAATTACCGTGAACCGAATGGCTTACAACAA	177540

CU104660.1	851	CATGGATTTATTACTTTACAGTTTTGGAGATCAGAAGTCCAAAACAGGTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177541	CATGGATTTATTACTTTACAGTTTTGGAGATCAGAAGTCCAAAACAGGTC	177590

CU104660.1	901	TCAGTGGATTAAAATAAAGGTGTCAGCAGGGCTGTGATTCTTTCTGGGGG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177591	TCAGTGGATTAAAATAAAGGTGTCAGCAGGGCTGTGATTCTTTCTGGGGG	177640

CU104660.1	951	CCTCAGGGGAGAATCCATTTCCCCGCTTTTTCACCTTCCAGAGGCATCCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177641	CCTCAGGGGAGAATCCATTTCCCCGCTTTTTCACCTTCCAGAGGCATCCT	177690

CU104660.1	1001	GTGTTCTTTGGCTCATGGTCCCCTTCCTCCATCTCCAAAGCCAAAATCAG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177691	GTGTTCTTTGGCTCATGGTCCCCTTCCTCCATCTCCAAAGCCAAAATCAG	177740

CU104660.1	1051	CCATTTCTTACACTGTATCACTCAGACTTCCTCTTCTGCCTCCCATGTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177741	CCATTTCTTACACTGTATCACTCAGACTTCCTCTTCTGCCTCCCATGTTC	177790

CU104660.1	1101	ACATTAAGGGACCTGGTGACTACACTGGACCCACCTGAATAATCCATGAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177791	ACATTAAGGGACCTGGTGACTACACTGGACCCACCTGAATAATCCATGAT	177840

CU104660.1	1151	AATCTCTGTAAAGTCAGCTGAATAGCAACCTTAATCCCATCTGGAACCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177841	AATCTCTGTAAAGTCAGCTGAATAGCAACCTTAATCCCATCTGGAACCTT	177890

CU104660.1	1201	AATTTCCCTTTGCCATGTAACCTAATTCCTACGTTCCAGGGATTAGGATG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177891	AATTTCCCTTTGCCATGTAACCTAATTCCTACGTTCCAGGGATTAGGATG	177940

CU104660.1	1251	TGGACATCTTTGGTGGTGTTGGGGTTGAAGACATCATTCTGCCTGCTACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177941	TGGACATCTTTGGTGGTGTTGGGGTTGAAGACATCATTCTGCCTGCTACT	177990

CU104660.1	1301	GGTGGTCAGATGTGCCATAGAGTATAAGAAACCTTGGGAGAAAGTGGCTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	177991	GGTGGTCAGATGTGCCATAGAGTATAAGAAACCTTGGGAGAAAGTGGCTA	178040

CU104660.1	1351	TTTCCAAGTAACAGTAGAGGAGGGCCTTTAAATGCTGCTGTCAAATGGCC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178041	TTTCCAAGTAACAGTAGAGGAGGGCCTTTAAATGCTGCTGTCAAATGGCC	178090

CU104660.1	1401	AGGACTTGATCCCTGTTGAAGCTGGGCGATGAGAATGTAGAGATTCATTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178091	AGGACTTGATCCCTGTTGAAGCTGGGCGATGAGAATGTAGAGATTCATTA	178140

CU104660.1	1451	ACAGTTTGTTGGCTTTTAAATATGTTTGCAAATTTTATTATAAAAATGCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178141	ACAGTTTGTTGGCTTTTAAATATGTTTGCAAATTTTATTATAAAAATGCA	178190

CU104660.1	1501	ATGGCTTTGTTCTCTCCATGGCTTCCGGGAGGCCCCAGGAGTAGGCTTCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178191	ATGGCTTTGTTCTCTCCATGGCTTCCGGGAGGCCCCAGGAGTAGGCTTCC	178240

CU104660.1	1551	CTGGCTGCCCAAGGTCTAAACATGAGCTGTTGGCTGATTCTACTGCTGTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178241	CTGGCTGCCCAAGGTCTAAACATGAGCTGTTGGCTGATTCTACTGCTGTG	178290

CU104660.1	1601	TCCTCCCTCTCTGCCCCTGCTGGCTTAACCACTGGAGGAGTAAAGAGCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178291	TCCTCCCTCTCTGCCCCTGCTGGCTTAACCACTGGAGGAGTAAAGAGCTC	178340

CU104660.1	1651	CTCTCCAGAACTGGCAGTGGATGGAGCCCAGAGGCCTTTTTGGATGACAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178341	CTCTCCAGAACTGGCAGTGGATGGAGCCCAGAGGCCTTTTTGGATGACAT	178390

CU104660.1	1701	GCATGAGTTTTACACAAGCTTTTAATTTGGAGCACAGCAGGAGACTTGAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178391	GCATGAGTTTTACACAAGCTTTTAATTTGGAGCACAGCAGGAGACTTGAG	178440

CU104660.1	1751	GAAACACCACATCAGAGAGCCTTCTCTCCCTGCAATTCCCATTCATGAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178441	GAAACACCACATCAGAGAGCCTTCTCTCCCTGCAATTCCCATTCATGAAG	178490

CU104660.1	1801	CATCTGAGGACCTCGATTCCTGCCATTGGCTGCAGATCAGGAGCCAGATG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178491	CATCTGAGGACCTCGATTCCTGCCATTGGCTGCAGATCAGGAGCCAGATG	178540

CU104660.1	1851	CTGGACCAAGGGTGATTCAATCCCTTTCTGGTCAATGTAATACATTTCTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178541	CTGGACCAAGGGTGATTCAATCCCTTTCTGGTCAATGTAATACATTTCTG	178590

CU104660.1	1901	CTGATTCCAGACTTGGAGTTTCAACAGTTCTAAATTCAGGACCAGACAGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178591	CTGATTCCAGACTTGGAGTTTCAACAGTTCTAAATTCAGGACCAGACAGC	178640

CU104660.1	1951	ACCACCCTGATAGGAGGGAATGGGTTAAGTGCTACAGTAGGGGTGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104662.1	178641	ACCACCCTGATAGGAGGGAATGGGTTAAGTGCTACAGTAGGGGTGAATTC	178690

Overview

Query
CU104660.1 - 122322 bps
Hit
CU104662.1 - 178690 bps
Total alignments
28
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199420001200011766911786901
289.04188288116596116883-1403243231
388.8918928843090433771403743241
480.141955397910779645-142758432961
590.711892699647796745155320555881
690.85077488634587092157873586221
788.943475308711187640158524590571
889.56049218634687266178052789751
990.395257488713987886178887796351
1087.79186310117738118047-192288925901
1189.62192287983979868311046291049171
1287.83181294124361272911046301049251
1387.79179294348863517911046301049241
1488.511993212203722357-11058391061601
1588.82195310117738118047-11058391061421
1690.04191283726417292311058391061191
1789.92012996554165839-11058401061361
1887.88181294541765446911291951294911
1989.48188282984029868311291961294801
2087.92182295100864101158-11298691301661
2190.3209299112581112879-11298691301671
2288.111822865418454469-11298701301551
23881792945417354466-11524391527381
24891902914308743377-11662111665011
2588.891832927051270803-11699761702631
2688.54180296117752118047-11699761702631
2788.85182288827678305411699771702631
2887.918130310086310116511707791710841
Short-link