<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT025620.2	1	GAATTCTCTTTTCTCCATATTCTTCCCACCACCTGTTGTCCTTTGTGTTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206107	GAATTCTCTTTTCTCCATATTCTTCCCACCACCTGTTGTCCTTTGTGTTT	206156

CT025620.2	51	TTCATAATAGATCTAACTGGTGTGAGGTATGAGGTGATAGCTACTGGTGT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206157	TTCATAATAGATCTAACTGGTGTGAGGTATGAGGTGATAGCTACTGGTGT	206206

CT025620.2	101	GGGCCTGAACTTTAGGTCCAGTGGAACCTAGAGTGGTGGGGATCAACCTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206207	GGGCCTGAACTTTAGGTCCAGTGGAACCTAGAGTGGTGGGGATCAACCTG	206256

CT025620.2	151	AAGCCTGGAACTGGCCTGGTTCTAGAGTGGAACTTGCTGCCTTAGGGGCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206257	AAGCCTGGAACTGGCCTGGTTCTAGAGTGGAACTTGCTGCCTTAGGGGCT	206306

CT025620.2	201	TGTCTGGAGCCTGGGTTTATGGGGCCCAGCTTATATGTGCTGGTCTGGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206307	TGTCTGGAGCCTGGGTTTATGGGGCCCAGCTTATATGTGCTGGTCTGGAG	206356

CT025620.2	251	GCTAGGCCCTTGGGTACTGGCATGGGTCTTGGGACTACAGAGTCTGACCT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206357	GCTAGGCCCTTGGGTACTGGCATGGGTCTTGGGACTACAGAGTCTGACCT	206406

CT025620.2	301	AGGGGGCCAACTGGCACTGGAAAGTCCTATTTTGCCATTTTATTGATATC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206407	AGGGGGCCAACTGGCACTGGAAAGTCCTATTTTGCCATTTTATTGATATC	206456

CT025620.2	351	ACTTCTCACTCTCTAAATTTTTTTTGGCTTTTTAATTTTCTGGGCTCTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206457	ACTTCTCACTCTCTAAATTTTTTTTGGCTTTTTAATTTTCTGGGCTCTTT	206506

CT025620.2	401	TCTCCTTCTTCTCTTACAAAATATGTACATTTTCTTTTATATGTGTAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206507	TCTCCTTCTTCTCTTACAAAATATGTACATTTTCTTTTATATGTGTAGAC	206556

CT025620.2	451	TTTTTGTTTTCTTTTGGGAGGTTATGTTGGGAACAGGCCCCCAAATCTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206557	TTTTTGTTTTCTTTTGGGAGGTTATGTTGGGAACAGGCCCCCAAATCTGG	206606

CT025620.2	501	CCATAAACTGGCCCCAAAACTGGCCATAAACAAAATCTCTGCAGCCCTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206607	CCATAAACTGGCCCCAAAACTGGCCATAAACAAAATCTCTGCAGCCCTGT	206656

CT025620.2	551	GACATGTTTGTGATGGCCATGATGCCCATGCTGAAGGTTGTGGGTTTACC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206657	GACATGTTTGTGATGGCCATGATGCCCATGCTGAAGGTTGTGGGTTTACC	206706

CT025620.2	601	AGAATGAGGGCAAGGAACACCTGGCCCACCCAGGGCAGAAAACCGCTTAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206707	AGAATGAGGGCAAGGAACACCTGGCCCACCCAGGGCAGAAAACCGCTTAA	206756

CT025620.2	651	AGGCATTCCTAAATCACAAACAATAGCATGAGTGATCTGTGCCTTAAGGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206757	AGGCATTCCTAAATCACAAACAATAGCATGAGTGATCTGTGCCTTAAGGA	206806

CT025620.2	701	CATGTTTCTGCTGCAGATAACTAGACAGAGCCCATCCCTTTGTTTCAGCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206807	CATGTTTCTGCTGCAGATAACTAGACAGAGCCCATCCCTTTGTTTCAGCC	206856

CT025620.2	751	CATCCCTTTGTTTCCCTTAAGGAATACTTTTAGTTAATCTATAATCTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206857	CATCCCTTTGTTTCCCTTAAGGAATACTTTTAGTTAATCTATAATCTATA	206906

CT025620.2	801	GAAATAATGCTTATCACTGGCTTGGTGTCAATCAATATGTGCGTCAAACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206907	GAAATAATGCTTATCACTGGCTTGGTGTCAATCAATATGTGCGTCAAACT	206956

CT025620.2	851	CTGTTCAGGGCTCTCAGCTCTGAAGGCTGTGAGTGCCCTGATTTCCCACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	206957	CTGTTCAGGGCTCTCAGCTCTGAAGGCTGTGAGTGCCCTGATTTCCCACT	207006

CT025620.2	901	CCATACTCTATATTTCTGTGTGTGTGTCTTTAATTCCTCTAGTGCCGCTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207007	CCATACTCTATATTTCTGTGTGTGTGTCTTTAATTCCTCTAGTGCCGCTG	207056

CT025620.2	951	GGTTAGCATCTCCATGATCGAGGTGGTCTTGGCAAGGTTATAATTATAGG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207057	GGTTAGCATCTCCATGATCGAGGTGGTCTTGGCAAGGTTATAATTATAGG	207106

CT025620.2	1001	ATATCTAATATTGAATCCTAGTCATATTAACCTGTGCTATTTAATTTGTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207107	ATATCTAATATTGAATCCTAGTCATATTAACCTGTGCTATTTAATTTGTA	207156

CT025620.2	1051	ATCTGAAAGTGATCAGTTACTAATAATTCACCCAAAGTGTAACACAGATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207157	ATCTGAAAGTGATCAGTTACTAATAATTCACCCAAAGTGTAACACAGATA	207206

CT025620.2	1101	TTATTGTTTTTATTGTTTTGTACTTTTCAAACCAGTCAAGCAAACTTTAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207207	TTATTGTTTTTATTGTTTTGTACTTTTCAAACCAGTCAAGCAAACTTTAT	207256

CT025620.2	1151	GCAGCAGAACAACAAGAATGAGTTTTCTCACTTTATCAAACTGAAGGGAG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207257	GCAGCAGAACAACAAGAATGAGTTTTCTCACTTTATCAAACTGAAGGGAG	207306

CT025620.2	1201	GAGATAGGTGCTTGCATAAGCTCTGGCAACTTGTATATGAAAAAATCAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207307	GAGATAGGTGCTTGCATAAGCTCTGGCAACTTGTATATGAAAAAATCAGG	207356

CT025620.2	1251	GTAAGGACAATACATTTTTAGCTCTGATGACCTGTTCCTATGTCAACAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207357	GTAAGGACAATACATTTTTAGCTCTGATGACCTGTTCCTATGTCAACAAC	207406

CT025620.2	1301	ACTGAAGGCAAAGTAGAAGCCCTGAGATGCTCCCCTTGTCAGGCCTAAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207407	ACTGAAGGCAAAGTAGAAGCCCTGAGATGCTCCCCTTGTCAGGCCTAAAC	207456

CT025620.2	1351	CTCATGTCAACGTTTGTGAACTGGGATTTCCAAAGCAGAAATGAATTTAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207457	CTCATGTCAACGTTTGTGAACTGGGATTTCCAAAGCAGAAATGAATTTAT	207506

CT025620.2	1401	GTGGCAAGCAATTTTACTGTAGAACTAACAGTGAAGCCAGCTTTTTCCCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207507	GTGGCAAGCAATTTTACTGTAGAACTAACAGTGAAGCCAGCTTTTTCCCA	207556

CT025620.2	1451	GATAGGAATGATGACTAACTGCACTGAAGCATCAGCTTCTTTTGCCCTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207557	GATAGGAATGATGACTAACTGCACTGAAGCATCAGCTTCTTTTGCCCTGT	207606

CT025620.2	1501	AAACTTCTGTCAGGAATACCACAAAAGTGTGATTGTGTTCTCCTTAGTGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207607	AAACTTCTGTCAGGAATACCACAAAAGTGTGATTGTGTTCTCCTTAGTGC	207656

CT025620.2	1551	ATCCTATCAGTATGTACATATTTCTTTATTCTGTTATGGGCAATATTGGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207657	ATCCTATCAGTATGTACATATTTCTTTATTCTGTTATGGGCAATATTGGC	207706

CT025620.2	1601	TTTGATTACTTGGTTAATGTTGTATCTGCCAGGCATCTTTACTATAAAAA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207707	TTTGATTACTTGGTTAATGTTGTATCTGCCAGGCATCTTTACTATAAAAA	207756

CT025620.2	1651	TTAGTGTTTTTCTCAGTAATATATAAGTGTCAATGTGGGGAAGTATGTTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207757	TTAGTGTTTTTCTCAGTAATATATAAGTGTCAATGTGGGGAAGTATGTTG	207806

CT025620.2	1701	AGATTAGGTAGCATTCTGTTTTTTAACTAGCTTTCATCCACTAGTTTTAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207807	AGATTAGGTAGCATTCTGTTTTTTAACTAGCTTTCATCCACTAGTTTTAT	207856

CT025620.2	1751	TAGTAAGCATCCCTTAATATTCCTTCCCAGAAACAATTATTACTATAGTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207857	TAGTAAGCATCCCTTAATATTCCTTCCCAGAAACAATTATTACTATAGTG	207906

CT025620.2	1801	GTTTCCAAGTAATCATTCTTAAAGTTCCATCATTCCTTCCAAATTTAATA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207907	GTTTCCAAGTAATCATTCTTAAAGTTCCATCATTCCTTCCAAATTTAATA	207956

CT025620.2	1851	ATTTGTGTGGCAGGCTAAATACTTCCTCTCCTTCTCTCAAATGATCACAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	207957	ATTTGTGTGGCAGGCTAAATACTTCCTCTCCTTCTCTCAAATGATCACAA	208006

CT025620.2	1901	CCTAATCACTGGGATAAGTTATTATATATTACCTTACGTGGCAAAATTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	208007	CCTAATCACTGGGATAAGTTATTATATATTACCTTACGTGGCAAAATTAA	208056

CT025620.2	1951	TTTTATTTTTTATATTTTAAGTTCTGGAAGACATGTGCGGAATGTGCAGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104661.1	208057	TTTTATTTTTTATATTTTAAGTTCTGGAAGACATGTGCGGAATGTGCAGG	208106

Overview

Query
CT025620.2 - 214400 bps
Hit
CU104661.1 - 208106 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100196220001200012061072081061
289.81111517549576397516-189304910581
387.54134924125305755468189304917111
488.41142424149029692709-189305917111
588.3914262412100931103342189305917091
688.0711792056129536131591189628916831
794.2162920729111993190-195788978571
893.3715752068100454102521195792978571
994.1615361961118761120721-195799977661
1087.16116220535259254644195801978561
1191.683690523751811041711497521549591
1286.3421053787118671565311561341599091
1394.12308139958919493188-11961022001131
1493.1214621961118761120721-11961101980991
1586.0720003880181291185170-11962532001131
1694.492893369610074810444311964182001131
1784.011643364716887317251911964182001131
1888.83119419279576397689-11964221983551
1988.1421783692528805657111964222001131
2088.761417236512953613190011969221992871
Short-link