<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104656.1	1	CGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265226	CGCCCAGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCACCATGTTG	265275

CU104656.1	51	GCCAGGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265276	GCCAGGATGGTCTCAATCTCTTGACCTCGTGATCTGCCTGCCTTGGCCTC	265325

CU104656.1	101	CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCATTGTGCCTGGCCATATAGAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265326	CCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCATTGTGCCTGGCCATATAGAG	265375

CU104656.1	151	ACTTCTCTAAAACTTTGGCTTCTCTGAACTTTCTCTGTGACATATACTAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265376	ACTTCTCTAAAACTTTGGCTTCTCTGAACTTTCTCTGTGACATATACTAG	265425

CU104656.1	201	AACCATCTGTAGCATTGTGTAACCATTTCACATCAAAACCACTTTTCTTG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265426	AACCATCTGTAGCATTGTGTAACCATTTCACATCAAAACCACTTTTCTTG	265475

CU104656.1	251	AGCACTGATGAGTAAGTAAGCTTGATACATCATTTCAGTTCCTCAGATGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265476	AGCACTGATGAGTAAGTAAGCTTGATACATCATTTCAGTTCCTCAGATGA	265525

CU104656.1	301	GCAAAAATCATCAGTTTTATAAGTCTGAAATTTAGTATTTAAGTCACTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265526	GCAAAAATCATCAGTTTTATAAGTCTGAAATTTAGTATTTAAGTCACTAA	265575

CU104656.1	351	TAAAAACACATTTTTGTGGCCGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265576	TAAAAACACATTTTTGTGGCCGGGCGTGGTGGCTCACACCTGTAATCCCA	265625

CU104656.1	401	GCACTTTGAGAGGCCAAGGTGTGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCAAGAC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265626	GCACTTTGAGAGGCCAAGGTGTGCGGATCACGAGGTCAGGAGATCAAGAC	265675

CU104656.1	451	CATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265676	CATCCTGGCTAACACAGTGAAACCCCGTCTCTACTAAAAATACAAAAAAT	265725

CU104656.1	501	TAGCCGGGCATGGTGGCAGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265726	TAGCCGGGCATGGTGGCAGGCGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAGGAGGCTG	265775

CU104656.1	551	AAGCAGGAGAATGGTGTGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265776	AAGCAGGAGAATGGTGTGAACCTGGGAGGTGGAGCTTGCAGTGAGCCGAG	265825

CU104656.1	601	ATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTAGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265826	ATTGCGCCACTGCACTCCAGCCTAGGTGACAGAGTGAGACTCCGTCTCAA	265875

CU104656.1	651	AAAAAAAAAAAAAATTTTTTTGTTACATAATTGAAGCTTTCTTGGTAATG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265876	AAAAAAAAAAAAAATTTTTTTGTTACATAATTGAAGCTTTCTTGGTAATG	265925

CU104656.1	701	ATTGATTGCCTAGATTTATAAATTTACTAAAAAGTTGTCTCATCATGGTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265926	ATTGATTGCCTAGATTTATAAATTTACTAAAAAGTTGTCTCATCATGGTA	265975

CU104656.1	751	GATATACGTTTTGTGACCATTGTAACCATTAATGTAGACTGCAATGATAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	265976	GATATACGTTTTGTGACCATTGTAACCATTAATGTAGACTGCAATGATAT	266025

CU104656.1	801	GCACTATTTACAACCTTTTTTAAGACTCTATTTAGCAGTAGACTAATTAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266026	GCACTATTTACAACCTTTTTTAAGACTCTATTTAGCAGTAGACTAATTAC	266075

CU104656.1	851	ACAGTAGGTAATATTAGCATTCTAATGGTACTTTTTCCATGTTTTGTTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266076	ACAGTAGGTAATATTAGCATTCTAATGGTACTTTTTCCATGTTTTGTTCT	266125

CU104656.1	901	TTTTATGATACAAAGTATTTCAGGGGATTTATTATTTCAAAGACTTCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266126	TTTTATGATACAAAGTATTTCAGGGGATTTATTATTTCAAAGACTTCATT	266175

CU104656.1	951	ATGTGAAGCTGATTCATAATATTCTTCAGATTCTTCTTATTACTAGTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266176	ATGTGAAGCTGATTCATAATATTCTTCAGATTCTTCTTATTACTAGTTTT	266225

CU104656.1	1001	TCCCTGAATTCTGAGCACCGACAATATGCTAGAACATTCACCTTTTCACA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266226	TCCCTGAATTCTGAGCACCGACAATATGCTAGAACATTCACCTTTTCACA	266275

CU104656.1	1051	CATCCACAAGATGTGTGCTTTGCATATCGTTTTCATTTAATATTTACATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266276	CATCCACAAGATGTGTGCTTTGCATATCGTTTTCATTTAATATTTACATT	266325

CU104656.1	1101	TCAAGCAATAATCAGCTACCTGTGAGTTTTGTCAAAATTATCCGAGGTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266326	TCAAGCAATAATCAGCTACCTGTGAGTTTTGTCAAAATTATCCGAGGTTT	266375

CU104656.1	1151	TTTGTTTGTTTGTTTTTTGACATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266376	TTTGTTTGTTTGTTTTTTGACATGGAGTTTTGCTCTTGTTGCCCAGGCTG	266425

CU104656.1	1201	GAGTGCAATGGCGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266426	GAGTGCAATGGCGCCATCTCAGCTCACTGCAACCTCCACCTCCTGGGTTC	266475

CU104656.1	1251	AAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTAGGATTACAGGCATGC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266476	AAATGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTAGGATTACAGGCATGC	266525

CU104656.1	1301	ACCACCACGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266526	ACCACCACGCCTGGCTAATTTTGTATTTTTAGTAGAGACAGGGTTTCTCC	266575

CU104656.1	1351	ATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATTCACTCACC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266576	ATGTTGGTCAGGCTGGTCTCGAACTCCCGACCTCAGGTGATTCACTCACC	266625

CU104656.1	1401	TTGAGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTACACCTGGCC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266626	TTGAGCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACTACACCTGGCC	266675

CU104656.1	1451	AATTATCAGGTTTTTAATTAAATTTTAGAAATGTGAATTATTGTTTCCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266676	AATTATCAGGTTTTTAATTAAATTTTAGAAATGTGAATTATTGTTTCCTT	266725

CU104656.1	1501	TGAACTGAATCTTATGCAATACTGAAAGCATTCCCACCTGCCATAATTTT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266726	TGAACTGAATCTTATGCAATACTGAAAGCATTCCCACCTGCCATAATTTT	266775

CU104656.1	1551	TGCATATCAGTTGTTCCAGGCTGTGATTCAATATTAATACCATTGGTTTC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266776	TGCATATCAGTTGTTCCAGGCTGTGATTCAATATTAATACCATTGGTTTC	266825

CU104656.1	1601	ATGATTTGTCTCAGATTCAGAAGAGTCATGTTTACAGTATCTAAAAGCAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266826	ATGATTTGTCTCAGATTCAGAAGAGTCATGTTTACAGTATCTAAAAGCAG	266875

CU104656.1	1651	TGTTTAAAATGTATGTAGGCCTGGCGCTGTGGCTTATGCCTGTAATCCCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266876	TGTTTAAAATGTATGTAGGCCTGGCGCTGTGGCTTATGCCTGTAATCCCA	266925

CU104656.1	1701	GCACTTCAGGAGGCTGAAGCTGATGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266926	GCACTTCAGGAGGCTGAAGCTGATGGATCACCTGAGGTCAGGAGTTTGAA	266975

CU104656.1	1751	ACCAGCTTGGCCAACATGACGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	266976	ACCAGCTTGGCCAACATGACGAAACCCCATCTCTACTAAAAATACAAAAA	267025

CU104656.1	1801	TCAGCTGGGCGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	267026	TCAGCTGGGCGCGGTGGCTCATGCCTGTAATCCCAGCACTTTGGGAGGCC	267075

CU104656.1	1851	AAGGCAGGTGGCTCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	267076	AAGGCAGGTGGCTCACCTGAAGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGACCAAC	267125

CU104656.1	1901	ATCGTGAAACTCCGTCTCCACTAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCATGGT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	267126	ATCGTGAAACTCCGTCTCCACTAAAATACAAAAAATTAGCCAGGCATGGT	267175

CU104656.1	1951	GGTACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104659.1	267176	GGTACATGCCTGTAGTCCCAGCTACTTGGGAGGCGGAGGCAGGAGAATTC	267225

Overview

Query
CU104656.1 - 180659 bps
Hit
CU104659.1 - 267225 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198120001200012652262672251
283.28350776157898158673-116625173951
381.234391167168658169824-116637177811
483.5323764168353169116-117450181941
583.77292601163209163809138865394681
689.71330552051837523579143831490121
794.57848110215677415787511961771972811
891.15678103016826216929111962051972321
985.76596116816866016982711967151978941
1093.7674094315771415865611969431978871
1190.66792127715677515805112339232352071
1288.7752390916825616916412339412348571
1385.1429667315725115792312343602350321
1493.01762102915763415866212350152360431
1594.5257169716913316982912353522360441
1688.28458747157907158653-12598672606001
1785.967301390168427169816-12598672612261
1883.41290683156967157649-12605462612261
1983.4528859812461412521112636642642611
2083.95278597147454148050-12636682642651
Short-link