<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104669.1	1	GAAGGCTGTGGGGAGAGTGTACCCTGCCATGGGGGGCAGGTGCTCCATCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	178660	GAAGGCTGTGGGGAGAGTGTACCCTGCCATGGGGGGCAGGTGCTCCATCT	178709

CU104669.1	51	CCACCCTCCAGGGAGTTCTGTGCCCCTTCTCAGGACTTGGCGCTCACTCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	178710	CCACCCTCCAGGGAGTTCTGTGCCCCTTCTCAGGACTTGGCGCTCACTCT	178759

CU104669.1	101	TGGATGACCTAGGATGCACCAGCACGTTTAACCCCACCCACACCAGGGAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	178760	TGGATGACCTAGGATGCACCAGCACGTTTAACCCCACCCACACCAGGGAC	178809

CU104669.1	151	TTTGGATTAGGGTAGAAATTGGGCAATTGGCTCTGCCCCCAGAAACAGGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	178810	TTTGGATTAGGGTAGAAATTGGGCAATTGGCTCTGCCCCCAGAAACAGGG	178859

CU104669.1	201	TGGGGAAAGCAAGTTACAAGATGTTGGTTGCCCTTCCCTGCCAGGCTCAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	178860	TGGGGAAAGCAAGTTACAAGATGTTGGTTGCCCTTCCCTGCCAGGCTCAT	178909

CU104669.1	251	TATCAGGGTCTGTCTGCCCTGAATCTTCCGGGCTCCAGGATCTTCAGTTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	178910	TATCAGGGTCTGTCTGCCCTGAATCTTCCGGGCTCCAGGATCTTCAGTTA	178959

CU104669.1	301	TAAGAAGGAGGGAGGTATATCCCTATGTTGGAAGATGGTCACCGCCGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	178960	TAAGAAGGAGGGAGGTATATCCCTATGTTGGAAGATGGTCACCGCCGGCA	179009

CU104669.1	351	GGACTCATCTGTGGGAGACGGGGCAATAATGTTAGAGAATGAGTGAGAGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179010	GGACTCATCTGTGGGAGACGGGGCAATAATGTTAGAGAATGAGTGAGAGC	179059

CU104669.1	401	CTCTGCCTTCTGCCCACCCTTCCCCCACACACAAATTGAAGGGCAGTTGG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179060	CTCTGCCTTCTGCCCACCCTTCCCCCACACACAAATTGAAGGGCAGTTGG	179109

CU104669.1	451	CATGCAGGAAGTCCTATAATATCTTCCATATCTAAAGCATGTTACCACCA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179110	CATGCAGGAAGTCCTATAATATCTTCCATATCTAAAGCATGTTACCACCA	179159

CU104669.1	501	GTAACCACATCCATCACTCATTTAGCTCGGACTCTGTGCCAGGCATCCTT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179160	GTAACCACATCCATCACTCATTTAGCTCGGACTCTGTGCCAGGCATCCTT	179209

CU104669.1	551	ATAACTGTTTAATCTCACCATAACTCCAGGAGAGATTAAGTAATTTGATA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179210	ATAACTGTTTAATCTCACCATAACTCCAGGAGAGATTAAGTAATTTGATA	179259

CU104669.1	601	TCCAGCTGTGGCTCTTGGTGCTTCACAAAAAATTACTTAATCTTGGCCTG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179260	TCCAGCTGTGGCTCTTGGTGCTTCACAAAAAATTACTTAATCTTGGCCTG	179309

CU104669.1	651	GAGCACCTGTAATCCAAGCAATTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179310	GAGCACCTGTAATCCAAGCAATTTGGGAGGCTGAGGCAGGAGGATCACTT	179359

CU104669.1	701	GAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGGGAAACCCTGTCTC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179360	GAGGTCAGGAGTTCAAGACCAGCCTGGCCAACATGGGGAAACCCTGTCTC	179409

CU104669.1	751	TACTAAAAATATAAAAACTAGCCAGGTGTGATGGTACACATCTGTAATCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179410	TACTAAAAATATAAAAACTAGCCAGGTGTGATGGTACACATCTGTAATCC	179459

CU104669.1	801	CAGCTACTAGAGAGGCTGAGGCACAAGAATCGCTTGAACTTGGGAGGCAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179460	CAGCTACTAGAGAGGCTGAGGCACAAGAATCGCTTGAACTTGGGAGGCAG	179509

CU104669.1	851	AGGTTGCAGTGAGCCAAGGTTGTGCCACTGCATTCCAGTCCAGGTGACAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179510	AGGTTGCAGTGAGCCAAGGTTGTGCCACTGCATTCCAGTCCAGGTGACAG	179559

CU104669.1	901	AGGGAGACGCTGTCTCAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179560	AGGGAGACGCTGTCTCAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATA	179609

CU104669.1	951	AATAAAATTACTTAATATTTTCTACAAGTCTAGGAGGTAGTTTTTGGTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179610	AATAAAATTACTTAATATTTTCTACAAGTCTAGGAGGTAGTTTTTGGTTT	179659

CU104669.1	1001	CTGTTTTTTTGAGACAGAATTTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179660	CTGTTTTTTTGAGACAGAATTTCACTCTGTCACCCAGGCTGGAGTGTAGT	179709

CU104669.1	1051	GGCATCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCCGGGTTCAAGTGATTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179710	GGCATCATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTTCCCGGGTTCAAGTGATTC	179759

CU104669.1	1101	TCCTGCCTCAGACTCCCGAGTAGCAGGGATTACAGGTGTCCACCTCCATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179760	TCCTGCCTCAGACTCCCGAGTAGCAGGGATTACAGGTGTCCACCTCCATG	179809

CU104669.1	1151	CCTAGCTAATTGTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCACTATGTTGGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179810	CCTAGCTAATTGTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGTTTTCACTATGTTGGT	179859

CU104669.1	1201	CAGGCTGGTCTTGAACTTCTGACCTTGAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179860	CAGGCTGGTCTTGAACTTCTGACCTTGAGTGATCCACCTGCCTCGGCCTC	179909

CU104669.1	1251	CCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCTGTTTGTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179910	CCAAAGTGCTGAGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGCCTGTTTGTT	179959

CU104669.1	1301	TCTTTTGAAACAGGTCTTCCTTTGCTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGGTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	179960	TCTTTTGAAACAGGTCTTCCTTTGCTGCCCAGGCTGGAGTGCAGTGGGTG	180009

CU104669.1	1351	GTGCAATATTGGTTCACTGCAGCCTCCAACTCCTGAGGTCAAACGATGCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180010	GTGCAATATTGGTTCACTGCAGCCTCCAACTCCTGAGGTCAAACGATGCT	180059

CU104669.1	1401	CCCACCTCAGCCTTCCAAGTACCTGGAACCACAGCTGCGCACTGCCACAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180060	CCCACCTCAGCCTTCCAAGTACCTGGAACCACAGCTGCGCACTGCCACAC	180109

CU104669.1	1451	CTGGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTTTGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180110	CTGGCTAATTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTCACTTTGTT	180159

CU104669.1	1501	GTCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGACCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180160	GTCAAGGCTGGAGTGCAGTGGCGCGACCTCGGCTCACTGCAAGCTCCGCC	180209

CU104669.1	1551	TCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGACT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180210	TCCCAGGTTCACGCCATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGTTGGGACT	180259

CU104669.1	1601	ACAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180260	ACAGGTGCCCGCCACCACGCCCAGCTAATTTTTTTTGTATTTTTAGTAGA	180309

CU104669.1	1651	GATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACTTCGT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180310	GATGGGGTTTCACCGTGTTAGCCAGGATGGTCTCAATCTCCTGACTTCGT	180359

CU104669.1	1701	GATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCACGGGCGTGAGCCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180360	GATCCGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATCACGGGCGTGAGCCA	180409

CU104669.1	1751	CCGTGCCCGGCCCACACCTGGATAATTTTTCTATTTTTTTGTAGAGACAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180410	CCGTGCCCGGCCCACACCTGGATAATTTTTCTATTTTTTTGTAGAGACAG	180459

CU104669.1	1801	GATTTTGCCATGTTGCCCAGGGTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCGAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180460	GATTTTGCCATGTTGCCCAGGGTGGTCTTGAACTCCTGGGCTCAAGCGAT	180509

CU104669.1	1851	CCACCCGTCTTGGCTTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180510	CCACCCGTCTTGGCTTCCCGAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACAG	180559

CU104669.1	1901	GAGGTAGTTATTATTAACTTCATTTCATAAATAATAAACTAAAGCAAGAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180560	GAGGTAGTTATTATTAACTTCATTTCATAAATAATAAACTAAAGCAAGAG	180609

CU104669.1	1951	ATCAGATGGTTTCCCTGAGATCACACAATTAAAGAGACAAGCTGGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104656.1	180610	ATCAGATGGTTTCCCTGAGATCACACAATTAAAGAGACAAGCTGGAATTC	180659

Overview

Query
CU104669.1 - 160907 bps
Hit
CU104656.1 - 180659 bps
Total alignments
22
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100199920001200011786601806591
280.842476298575686384-113675142951
380.3222603158112158714-129334299321
490.37206301132287132587137293375931
591.5221229614671762161990622841
684.822354682964230109-192203926631
790.37208302296422994311154181157181
891.032153018157581875-11154191157191
980.59230588521035269011239851245661
1081.77231549159621651011257351262881
1188.82206323296242994611295831299041
1283.072144832098821470-11323701328651
1387.472143622964230003-11328761332341
1490.72103021461176211345351348351
1580.9720756013485013540911345421351191
1680.62224577739027447811457771463541
1785.09287570159651653411474641480331
1885.713025785209652673-11474771480501
1981.7422356812551712608411474771480401
2089.52229354295892994211476981480501
2191.6621630214611762-11477511480501
2290.33205302991659946611801221804211
Short-link