<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104657.1	1	GAATTCCAAAAACTGACAAACAGGATAAAGAAGGAATACCAGCCACTGTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115559	GAATTCCAAAAACTGACAAACAGGATAAAGAAGGAATACCAGCCACTGTT	115608

CU104657.1	51	ATGAATGTCAATAAGACATTTGTTCAGTTCAGGACCATCTCAATTTCAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115609	ATGAATGTCAATAAGACATTTGTTCAGTTCAGGACCATCTCAATTTCAGA	115658

CU104657.1	101	AGGGACCTGCATAGATTTATTTGCAGTAATAAATCAATAACACAATTCAC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115659	AGGGACCTGCATAGATTTATTTGCAGTAATAAATCAATAACACAATTCAC	115708

CU104657.1	151	TGGCAATTATACTTCCCAGTTTCCCACACTGCATCTATAGCTGCCAGGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115709	TGGCAATTATACTTCCCAGTTTCCCACACTGCATCTATAGCTGCCAGGTA	115758

CU104657.1	201	CAAGTCGTAGTATCTTCAAAGAATTTGCAATAGCCATAAAATGGCTCTTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115759	CAAGTCGTAGTATCTTCAAAGAATTTGCAATAGCCATAAAATGGCTCTTT	115808

CU104657.1	251	CATGACAGCAAAGTGGTAGCAGGCATTTCTACAGCTAAGGGGTGCCGAAC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115809	CATGACAGCAAAGTGGTAGCAGGCATTTCTACAGCTAAGGGGTGCCGAAC	115858

CU104657.1	301	ATGTCCAATGCGTCTTTTCTTTATTGGTGAATGTCATGTTTGGCAGTGAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115859	ATGTCCAATGCGTCTTTTCTTTATTGGTGAATGTCATGTTTGGCAGTGAT	115908

CU104657.1	351	GTAAATGGAACAGCTATTATGAAAAACGTGCTTATAGTTTAGCCAAAGAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115909	GTAAATGGAACAGCTATTATGAAAAACGTGCTTATAGTTTAGCCAAAGAA	115958

CU104657.1	401	AATATGTAAGGGTAACATTGTAGGAGGGTGGAGTGTAAACATATGAAGAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	115959	AATATGTAAGGGTAACATTGTAGGAGGGTGGAGTGTAAACATATGAAGAG	116008

CU104657.1	451	TCTGGAACCCTGATGGCATCATTAAATGCTCAAACCAACGCTGGAAGCTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116009	TCTGGAACCCTGATGGCATCATTAAATGCTCAAACCAACGCTGGAAGCTG	116058

CU104657.1	501	TCATCCTCAGATTTCTTACAAGAAAAATGAATTCCTGTTTATTTTAGCCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116059	TCATCCTCAGATTTCTTACAAGAAAAATGAATTCCTGTTTATTTTAGCCC	116108

CU104657.1	551	CTGTTTTTCGGGTTGTCTGGGCCTGCACTTGCAAGCATTTCTGCTGGATG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116109	CTGTTTTTCGGGTTGTCTGGGCCTGCACTTGCAAGCATTTCTGCTGGATG	116158

CU104657.1	601	CAGCAGGTCCCAGGAGGCCCTTTCAGACCTAGGGCATTTGGTTGCCTTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116159	CAGCAGGTCCCAGGAGGCCCTTTCAGACCTAGGGCATTTGGTTGCCTTTC	116208

CU104657.1	651	CCACTCTGTGCCTTTGCTTATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116209	CCACTCTGTGCCTTTGCTTATTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGTGA	116258

CU104657.1	701	CAGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCGG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116259	CAGAGTTTCACTCTTGTTGCCCAGGCTGGAGTGCAATGGCATGATCTCGG	116308

CU104657.1	751	CTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAAGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116309	CTCACCGCAACCTCCGCCTCCCAAGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGCC	116358

CU104657.1	801	TCCTAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCGACTAATTTT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116359	TCCTAAGTAGCTGGGATTACAGGCATGTGCCACCATGCCCGACTAATTTT	116408

CU104657.1	851	GTATTTTTAGTAGAGATGGGGCTTCTCCATGTTGTTCAGGCTGGTCTCGA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116409	GTATTTTTAGTAGAGATGGGGCTTCTCCATGTTGTTCAGGCTGGTCTCGA	116458

CU104657.1	901	ACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCTCAAAGTGCTGGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116459	ACTCCTGACCTCAGGTGATCCGCCCGCCTCAGCCTCTCAAAGTGCTGGTA	116508

CU104657.1	951	TTACAGGTGTGAGGCACCACACCCGGCCATCTTTGCTTATTTCCTTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116509	TTACAGGTGTGAGGCACCACACCCGGCCATCTTTGCTTATTTCCTTTTTT	116558

CU104657.1	1001	TTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCGTTCTGTCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116559	TTCTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTCTCGTTCTGTCTA	116608

CU104657.1	1051	CCAGACTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTTC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116609	CCAGACTGGAGTGCAGTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCTTC	116658

CU104657.1	1101	CCTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116659	CCTGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCAGCCTCCCCAGTAGCTGGGATTAC	116708

CU104657.1	1151	AGACACGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116709	AGACACGTGCCACCACACCTGGCTAATTTTTTGTATTTTTAGTAGAGACA	116758

CU104657.1	1201	AGGTTACACCATGTTGAACAGGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116759	AGGTTACACCATGTTGAACAGGCTGATCTCGAACTCCTGACCTCAAGTGA	116808

CU104657.1	1251	TCCACCTGCCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116809	TCCACCTGCCTTGGTCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCATGAGCCACT	116858

CU104657.1	1301	GCGCCTGGCTGCTTATTTCTTACAGGATCTCTCCAGTTTAGAGCAGAGGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116859	GCGCCTGGCTGCTTATTTCTTACAGGATCTCTCCAGTTTAGAGCAGAGGT	116908

CU104657.1	1351	TCTCAACTCAGCCTGCACTTTGGAATCGCCTGGGGAAATGTTACACAAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116909	TCTCAACTCAGCCTGCACTTTGGAATCGCCTGGGGAAATGTTACACAAGT	116958

CU104657.1	1401	CCCTTTGCTCGTGCCCCAAATGGGTTGAATCCAGATCTCTAAGGGTGAGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	116959	CCCTTTGCTCGTGCCCCAAATGGGTTGAATCCAGATCTCTAAGGGTGAGC	117008

CU104657.1	1451	ACAGGTGGGCATGACTATTTTTAACAGTTCTTCTAGATTAGTGATTCCCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117009	ACAGGTGGGCATGACTATTTTTAACAGTTCTTCTAGATTAGTGATTCCCA	117058

CU104657.1	1501	ATTTTTTTAAATCTCAATTTGAAAAAAATCTCTCAATGTTTTAAGAGTAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117059	ATTTTTTTAAATCTCAATTTGAAAAAAATCTCTCAATGTTTTAAGAGTAT	117108

CU104657.1	1551	AAACCCCTTAAATTACTGAAAACACTGAAAAGCTTTACTTACGATATTGT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117109	AAACCCCTTAAATTACTGAAAACACTGAAAAGCTTTACTTACGATATTGT	117158

CU104657.1	1601	TATTGATATTTACTGTATTCAAAATTAGAACTGAAAAAGATTTTTAATAT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117159	TATTGATATTTACTGTATTCAAAATTAGAACTGAAAAAGATTTTTAATAT	117208

CU104657.1	1651	GTATTAATTCTTTTTAAGATAGCAATAACAGGCAAGGCTCAGTGGGTCAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117209	GTATTAATTCTTTTTAAGATAGCAATAACAGGCAAGGCTCAGTGGGTCAC	117258

CU104657.1	1701	GCCTGTAATTCCAACACTTTGGGAGGCCAAGATGAGCAGATTGCTTGAGC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117259	GCCTGTAATTCCAACACTTTGGGAGGCCAAGATGAGCAGATTGCTTGAGC	117308

CU104657.1	1751	TCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGACAAGATGGCAAAACCCTGTCTCTACA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117309	TCAGGAGTTGGAGACCAGCCTGGACAAGATGGCAAAACCCTGTCTCTACA	117358

CU104657.1	1801	AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCTGGCGCCTGTAGTCCCAGC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117359	AAAAATACAAAAATTAGCCGGGCATGGTGGCTGGCGCCTGTAGTCCCAGC	117408

CU104657.1	1851	TACTTGGGAGGCTGAGGCTGGAGCATCGCTTGAGCCTGGGAAGCAGATGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117409	TACTTGGGAGGCTGAGGCTGGAGCATCGCTTGAGCCTGGGAAGCAGATGT	117458

CU104657.1	1901	TGCTGCAGTGAGTTGAGATCGTGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGCGACAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117459	TGCTGCAGTGAGTTGAGATCGTGCCACTGTGCTCCAGCCTGGGCGACAGA	117508

CU104657.1	1951	GCGAGACCATCTCAAAAAAAAAAAAAAGCAAGAATAAACCACTTTTGTAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104655.1	117509	GCGAGACCATCTCAAAAAAAAAAAAAAGCAAGAATAAACCACTTTTGTAT	117558

Overview

Query
CU104657.1 - 179806 bps
Hit
CU104655.1 - 117558 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100198720001200011155591175581
290.8665010177837679392159899609051
384.2353711857895680140160349615471
489.213835962657327168165209658011
587.113766652848829152166076667421
689.51191301117650117950-198229985331
789.22191299147281147579-198231985271
888.01177294178111178404-198232985231
989.5718228041244403-198243985201
1089.75207317171585171901199060993711
1187.941762848845888741199522998031
1288.318929810870710900411052891055871
1386.57171297775407783611052901055871
1490.5720429417110817140111052911055871
1586.5317129717361617391211052911055871
1688.17185296884538874811052951055901
1787.6171288177051177338-11053001055891
1887.1169285991829946611053011055871
1987.817828910007710036511053011055871
2088.7717026615737615764111069901072561
2189.08192293108718109010-11162341165261
2287.5167272152749153020-11162441165151
2386.66174298178104178401-11165681168671
Short-link