<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104661.1	1	GAATTCAGTAAAGTTTCTGGATATAAAATTAATGTACGCAAATCAGTAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	59710	GAATTCAGTAAAGTTTCTGGATATAAAATTAATGTACGCAAATCAGTAGC	59759

CU104661.1	51	TCTTCTATACAGCAACAGCAACCAAGTGGAGAATCAAATCAAGAACTCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	59760	TCTTCTATACAGCAACAGCAACCAAGTGGAGAATCAAATCAAGAACTCAA	59809

CU104661.1	101	CCCCGTTTACAATAGCTGCAAAAACAATTAAAATACTTAGAAATATACCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	59810	CCCCGTTTACAATAGCTGCAAAAACAATTAAAATACTTAGAAATATACCT	59859

CU104661.1	151	AACCAAGGAGGTGAAAGACCTCTACAAGTAAAACTACAAAACACTGCTGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	59860	AACCAAGGAGGTGAAAGACCTCTACAAGTAAAACTACAAAACACTGCTGA	59909

CU104661.1	201	AAGAAATCATAGACAACACAAACAAATGGAAACACAACCCTTGCTCATGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	59910	AAGAAATCATAGACAACACAAACAAATGGAAACACAACCCTTGCTCATGG	59959

CU104661.1	251	GTAGAATCAATATTGTGAAAATGATCAAACTGCCAAAAGCAATCTATAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	59960	GTAGAATCAATATTGTGAAAATGATCAAACTGCCAAAAGCAATCTATAAA	60009

CU104661.1	301	TTCAATACAATTCCCATCAAAATACCACCATCATTCTTCACAGAATTAGA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60010	TTCAATACAATTCCCATCAAAATACCACCATCATTCTTCACAGAATTAGA	60059

CU104661.1	351	AAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAATGGAAAAAGAGCCCACATAGCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60060	AAAAAAAATCCTAAAATTTATATGGAATGGAAAAAGAGCCCACATAGCCA	60109

CU104661.1	401	AAGCAAAACTAAGCAAAAAGAACAAATCTGGAGGCATCACATTATCTGAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60110	AAGCAAAACTAAGCAAAAAGAACAAATCTGGAGGCATCACATTATCTGAT	60159

CU104661.1	451	TTCAAACTATACTATAAGGCCATAGTCACCAAAACAGCATGGTACAAGTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60160	TTCAAACTATACTATAAGGCCATAGTCACCAAAACAGCATGGTACAAGTA	60209

CU104661.1	501	TAAAAATAGGCACATAGACCAATGGAACAGTAGAGATCCCAGAAATAAAC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60210	TAAAAATAGGCACATAGACCAATGGAACAGTAGAGATCCCAGAAATAAAC	60259

CU104661.1	551	CCAAATACTTAACAGCCAACGTATCTTCCACAAAGCAAACAAAAACATAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60260	CCAAATACTTAACAGCCAACGTATCTTCCACAAAGCAAACAAAAACATAA	60309

CU104661.1	601	TATGGGGAAAGGACACTCTTTTCAACAAATGTGCTGGGATAATTGGCTAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60310	TATGGGGAAAGGACACTCTTTTCAACAAATGTGCTGGGATAATTGGCTAG	60359

CU104661.1	651	TCACATGTAGGAGAATGAAACTGGATCCTCATCTCTCACCTTATACAAAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60360	TCACATGTAGGAGAATGAAACTGGATCCTCATCTCTCACCTTATACAAAA	60409

CU104661.1	701	ATCAACTCAAGATGGATTAAGGACTTAAATCTAAGACCTGAAACTATAAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60410	ATCAACTCAAGATGGATTAAGGACTTAAATCTAAGACCTGAAACTATAAA	60459

CU104661.1	751	AATTCTGGAAGATAACATTGGAAAAACCCTTCTAGACATTGGCTTAGGCA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60460	AATTCTGGAAGATAACATTGGAAAAACCCTTCTAGACATTGGCTTAGGCA	60509

CU104661.1	801	AGGATTTCATGCCTAAGAACCCAAAAACAAATGCAATAAAAACAAAGATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60510	AGGATTTCATGCCTAAGAACCCAAAAACAAATGCAATAAAAACAAAGATA	60559

CU104661.1	851	AATAGTTGGGACTTAATTAAACTAAAGAGCTTTTTCACAGCCAAAGGACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60560	AATAGTTGGGACTTAATTAAACTAAAGAGCTTTTTCACAGCCAAAGGACA	60609

CU104661.1	901	GTCAGCAGAGTAAACAGACAACTCATAGAGTGGGAGAAAATCTTCACAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60610	GTCAGCAGAGTAAACAGACAACTCATAGAGTGGGAGAAAATCTTCACAAT	60659

CU104661.1	951	CTATACATCTGACAAAAGAGTAATATCCATAATCTACAATGAACTCAAAC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60660	CTATACATCTGACAAAAGAGTAATATCCATAATCTACAATGAACTCAAAC	60709

CU104661.1	1001	AAATCAGGAGGGAAAAAACCAAACAATCCCATCAAAAAGTGGGCTAAGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60710	AAATCAGGAGGGAAAAAACCAAACAATCCCATCAAAAAGTGGGCTAAGGA	60759

CU104661.1	1051	CAGGAATAGACAATTCTCAAAAGAAGATATCCAAATGGCCAGCAAACATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60760	CAGGAATAGACAATTCTCAAAAGAAGATATCCAAATGGCCAGCAAACATA	60809

CU104661.1	1101	TAAAAAATGCTCAACACCATTAATGATCAGGGAAATGCACATCAAAACTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60810	TAAAAAATGCTCAACACCATTAATGATCAGGGAAATGCACATCAAAACTA	60859

CU104661.1	1151	CAATGTGATACCACCTTACTCCTGCAATAATGACCATAATCAAAAAAATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60860	CAATGTGATACCACCTTACTCCTGCAATAATGACCATAATCAAAAAAATC	60909

CU104661.1	1201	AAAAAACAGTAGATGTTGGTGTGGATGCGGTGATCAGGGAACACTTCTAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60910	AAAAAACAGTAGATGTTGGTGTGGATGCGGTGATCAGGGAACACTTCTAC	60959

CU104661.1	1251	ACTGCTGGTGGGAATGTAAACTAGTACAACCACTATGGAAAACAGTGGGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	60960	ACTGCTGGTGGGAATGTAAACTAGTACAACCACTATGGAAAACAGTGGGG	61009

CU104661.1	1301	GAGATTCCTTAAAGAACTAAAGTAGAGCTACCCTTTGATCCAGTAATCCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61010	GAGATTCCTTAAAGAACTAAAGTAGAGCTACCCTTTGATCCAGTAATCCC	61059

CU104661.1	1351	ACTACTGGGTATCTACCTAGAGGAAAAAAAGTCATTAAACAAAAAAGATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61060	ACTACTGGGTATCTACCTAGAGGAAAAAAAGTCATTAAACAAAAAAGATA	61109

CU104661.1	1401	CTTGAACATGCATGTTTATAGCAGCACAATTCACAGTTGCAAAATTGTGG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61110	CTTGAACATGCATGTTTATAGCAGCACAATTCACAGTTGCAAAATTGTGG	61159

CU104661.1	1451	AGCCAACTCAAATGCCTGTCAATCAATGAGTGGATAAAGAAACTGTGGTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61160	AGCCAACTCAAATGCCTGTCAATCAATGAGTGGATAAAGAAACTGTGGTA	61209

CU104661.1	1501	TATATATACAATGGAGTACTAATTAGCAATAAAAAGGAATGAATTAATGG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61210	TATATATACAATGGAGTACTAATTAGCAATAAAAAGGAATGAATTAATGG	61259

CU104661.1	1551	CATTCGCAACGACCTGAATGGGATTGGAGACTATTCTTCTTCTTTTTTTT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61260	CATTCGCAACGACCTGAATGGGATTGGAGACTATTCTTCTTCTTTTTTTT	61309

CU104661.1	1601	TTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTGTCTCTATCCCCAGGCTCAAGTGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61310	TTTTTTTTTTTTTGAGACGGAGTCTGTCTCTATCCCCAGGCTCAAGTGCA	61359

CU104661.1	1651	GTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGAT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61360	GTGGCATGATCTCGGCTCACTGCAACCTCTGCCTCCTGGGTTCAAGTGAT	61409

CU104661.1	1701	TCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGAATTACAGGCGCCTAACACTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61410	TCTCCTGCCTCAGCCTCCCAAGTAGCTGGAATTACAGGCGCCTAACACTA	61459

CU104661.1	1751	TGAATGGCTAATTTTTGAATTTTAGTAGATACAGGGTTTCACCTTGTTGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61460	TGAATGGCTAATTTTTGAATTTTAGTAGATACAGGGTTTCACCTTGTTGG	61509

CU104661.1	1801	CCAAGCTGGGTTTGAACTGCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGGTCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61510	CCAAGCTGGGTTTGAACTGCTGACCTCAGGTGATCTGCCTGCCTCGGTCT	61559

CU104661.1	1851	CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCTGACCTTGGAGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61560	CCCAAAGTGCTGGGATTACAGGTGTGAGCCACCGTGCCTGACCTTGGAGA	61609

CU104661.1	1901	CTATTATTTTAAGTGAAGTAGTTTAGGAATGGAAAACGAAACATGCTATG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61610	CTATTATTTTAAGTGAAGTAGTTTAGGAATGGAAAACGAAACATGCTATG	61659

CU104661.1	1951	TTCTCACCGATAAGCTATGAGGATGCAAAGGCATAAGAATGATACAATGG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104653.1	61660	TTCTCACCGATAAGCTATGAGGATGCAAAGGCATAAGAATGATACAATGG	61709

Overview

Query
CU104661.1 - 208106 bps
Hit
CU104653.1 - 61709 bps
Total alignments
30
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001925200012000159710617091
288.851782822148721768-1357338591
389.321862826289163172-1357838581
487.671802936288063172-112277125681
588.381792872537225658-113052133351
688.231933072536325669139716400211
787.09179309990410212-145443457521
890.37203299113775114073-145444457441
993.36231299187462187760145444457441
109120929860726369-145445457441
1188.421762839878399065145448457321
1289.51872901833818627-145450457441
1389.971772673439834664-145450457181
1490.1519028465926875-145455457381
1586.97178304187462187765149595499011
1689.5620029660646359153703539991
1791.44212291113772114062153708539991
1888.73182283154963155245-153725540081
1989.731762623439834659153737539991
2090.741802571836318619153738539961
2191.5221229460726365-156795570891
2290.511962891834018628-156795570891
2390.51203294113775114068-156795570891
2493.9233294187467187760156795570891
2589.89186276992610201-156800570761
2691.411822553440634660-156800570551
2791.8720528465926875-156801570831
2889.641862799879099068156801570801
2988.972333929838498775160037604261
3083.7533178299371100152160531612991
Short-link