<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU104676.1	1	TTTGGATTTCCAATAAATTATGGTTGTGTATCTGAAATTCAGATTTCACT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	220922	TTTGGATTTCCAATAAATTATGGTTGTGTATCTGAAATTCAGATTTCACT	220971

CU104676.1	51	AGGAACATGTATTTTACTTGGTAACTCTTGCCCAACTTGCTAGTCAAACC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	220972	AGGAACATGTATTTTACTTGGTAACTCTTGCCCAACTTGCTAGTCAAACC	221021

CU104676.1	101	TCAGAACAAGGAGTGATTTAATGCTTCCTTGTGTTCTTCAACACACGACC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221022	TCAGAACAAGGAGTGATTTAATGCTTCCTTGTGTTCTTCAACACACGACC	221071

CU104676.1	151	ATTACAGACATACAGAACTTTTAAAACGATAAATGCAAAATGAATGAAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221072	ATTACAGACATACAGAACTTTTAAAACGATAAATGCAAAATGAATGAAAG	221121

CU104676.1	201	TTTCTCCTATACATTGGAACTAGCAGCCCTTGCATCTCTGTCCCCACTCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221122	TTTCTCCTATACATTGGAACTAGCAGCCCTTGCATCTCTGTCCCCACTCT	221171

CU104676.1	251	AAGAAACAACCTGGTACATATGAATATCAGAAATTCTGTCAATAATTCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221172	AAGAAACAACCTGGTACATATGAATATCAGAAATTCTGTCAATAATTCAG	221221

CU104676.1	301	ACACAGTCTGGTCACTACTCACTAATGATGGACAAACTCTCTAACTCTAG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221222	ACACAGTCTGGTCACTACTCACTAATGATGGACAAACTCTCTAACTCTAG	221271

CU104676.1	351	AATTAGAAAACCTGACTAAAAACATGATCTCTTCTACTTGGGTCAATTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221272	AATTAGAAAACCTGACTAAAAACATGATCTCTTCTACTTGGGTCAATTTT	221321

CU104676.1	401	TACCAACCATAAGCCTTTTTGTAATCTATCAAATGCATTTAATAATAGTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221322	TACCAACCATAAGCCTTTTTGTAATCTATCAAATGCATTTAATAATAGTG	221371

CU104676.1	451	TAATCCTCACAGGATTACTGTTAAGTGTAAAATTAAATGATGACTCTTAG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221372	TAATCCTCACAGGATTACTGTTAAGTGTAAAATTAAATGATGACTCTTAG	221421

CU104676.1	501	CACTGATCACATAATAAACAAATGCATTCCCATTTTAACTTTTATGATCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221422	CACTGATCACATAATAAACAAATGCATTCCCATTTTAACTTTTATGATCC	221471

CU104676.1	551	CTATAACTGCAGCTCACATTATTTTTTGTATTCCTTAATTCTAAAGCAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221472	CTATAACTGCAGCTCACATTATTTTTTGTATTCCTTAATTCTAAAGCAAT	221521

CU104676.1	601	TAGTATCTTCATCATAATTTTGTAATTGTCTTCTGTTCTTCTATGAGTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221522	TAGTATCTTCATCATAATTTTGTAATTGTCTTCTGTTCTTCTATGAGTTT	221571

CU104676.1	651	CATAAAGAATTGTCATTCTGAAAACATAGGGCAGAAACACTGGTTTATGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221572	CATAAAGAATTGTCATTCTGAAAACATAGGGCAGAAACACTGGTTTATGT	221621

CU104676.1	701	CTAATAATGCAGTATACCTAAACCTCACACAAAAGGCATCTGCTGACATA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221622	CTAATAATGCAGTATACCTAAACCTCACACAAAAGGCATCTGCTGACATA	221671

CU104676.1	751	GGAGAAAGGGACTTTCTACATACTCAGATTTAAACTGCAAACTGATTTCC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221672	GGAGAAAGGGACTTTCTACATACTCAGATTTAAACTGCAAACTGATTTCC	221721

CU104676.1	801	AGCACTCGATTTGAAATACTTGGTTTTATTATAACCTCTCAATTTTAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221722	AGCACTCGATTTGAAATACTTGGTTTTATTATAACCTCTCAATTTTAGAT	221771

CU104676.1	851	TCCAGAGATGTATATATTTTTAAATACCACAGATACAACAGGATCATTAT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221772	TCCAGAGATGTATATATTTTTAAATACCACAGATACAACAGGATCATTAT	221821

CU104676.1	901	TGAAACTGAATACTGAAAATCATAGGCCTGGTACACAGTCACTGCAAAAT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221822	TGAAACTGAATACTGAAAATCATAGGCCTGGTACACAGTCACTGCAAAAT	221871

CU104676.1	951	GTTACATGGCATATACTGATGGCGATCGGATTCATTTTATTTATCACTCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221872	GTTACATGGCATATACTGATGGCGATCGGATTCATTTTATTTATCACTCC	221921

CU104676.1	1001	ATTCTCATGACCTAGTGTAATAAGTGGTATATACTATGTCAGTAATACTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221922	ATTCTCATGACCTAGTGTAATAAGTGGTATATACTATGTCAGTAATACTG	221971

CU104676.1	1051	GCTGTGTGAAATACTGGCTGTCTGAAACATTGGCTGTGTGACCTTTTGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	221972	GCTGTGTGAAATACTGGCTGTCTGAAACATTGGCTGTGTGACCTTTTGCA	222021

CU104676.1	1101	TGAGTAGTCAGGACTGCACACTGGGGCTCTCTAGTATGTCCTTGCTAATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222022	TGAGTAGTCAGGACTGCACACTGGGGCTCTCTAGTATGTCCTTGCTAATA	222071

CU104676.1	1151	ATGGCTGAGCATCTCTGGTTCACAGGTCCTCCTCCTTCTCTTCAGCTTCT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222072	ATGGCTGAGCATCTCTGGTTCACAGGTCCTCCTCCTTCTCTTCAGCTTCT	222121

CU104676.1	1201	TTAGCCTTTTCCTTTAGGTTCAGCTGGCTGCCTGAACCCAGAGCACAGTC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222122	TTAGCCTTTTCCTTTAGGTTCAGCTGGCTGCCTGAACCCAGAGCACAGTC	222171

CU104676.1	1251	CTTCCCTGAAGCTCTCTACTCAAAACAGTCAGCCTTAACCTCGTTCTCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222172	CTTCCCTGAAGCTCTCTACTCAAAACAGTCAGCCTTAACCTCGTTCTCAC	222221

CU104676.1	1301	TTCTACTCTCTCTTCAAATGGTCCAATCCAGTTTCCTCCCTGGATACTCC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222222	TTCTACTCTCTCTTCAAATGGTCCAATCCAGTTTCCTCCCTGGATACTCC	222271

CU104676.1	1351	GTTGACTGCAAATATCAACTCCAGCAAACCCAGCACTTGCTTCTCTGTCA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222272	GTTGACTGCAAATATCAACTCCAGCAAACCCAGCACTTGCTTCTCTGTCA	222321

CU104676.1	1401	CCTTCTCACTTCCCCCTCCTCTTAGTGGTACTCACCACAATTGGCCTCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222322	CCTTCTCACTTCCCCCTCCTCTTAGTGGTACTCACCACAATTGGCCTCTC	222371

CU104676.1	1451	CCTTCTCCTTGAGAAAAATCTATTTTCCTTGACTTACACACATGATGTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222372	CCTTCTCCTTGAGAAAAATCTATTTTCCTTGACTTACACACATGATGTTT	222421

CU104676.1	1501	TCTTGGTTTTTCTCCAACATCCCTGGGCTCTTTCTCAGCCCCCTTTGCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222422	TCTTGGTTTTTCTCCAACATCCCTGGGCTCTTTCTCAGCCCCCTTTGCTG	222471

CU104676.1	1551	GCCTGTGCCCTCTTCTTTTTTCTTCACACAATCCATCTCCCTATGTATCC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222472	GCCTGTGCCCTCTTCTTTTTTCTTCACACAATCCATCTCCCTATGTATCC	222521

CU104676.1	1601	TCTTCCACTCCCTAGAATTTAACACACTACATGTATTGATGCCGCCAACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222522	TCTTCCACTCCCTAGAATTTAACACACTACATGTATTGATGCCGCCAACA	222571

CU104676.1	1651	TAAATATCTGAAGCCCTAGCCTCACCATGAGTCTCTTAAATGCCACTGAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222572	TAAATATCTGAAGCCCTAGCCTCACCATGAGTCTCTTAAATGCCACTGAC	222621

CU104676.1	1701	CTTCTGATTGCTCCACATAAATGTCAATAAATCATCTCAAATTTAAACAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222622	CTTCTGATTGCTCCACATAAATGTCAATAAATCATCTCAAATTTAAACAG	222671

CU104676.1	1751	AACTTTCATTTCCAACCACTCACGTCAAGTCACTTCCTCCCATACTTTTT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222672	AACTTTCATTTCCAACCACTCACGTCAAGTCACTTCCTCCCATACTTTTT	222721

CU104676.1	1801	CCTATGTCAATAAACACTACCACCTACTTATTTGTCAAAACAAAATCCTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222722	CCTATGTCAATAAACACTACCACCTACTTATTTGTCAAAACAAAATCCTT	222771

CU104676.1	1851	AAGAATAAGCTTGATTGTTCTACCCCCTTTACAGTAATTCGTTAACAAAC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222772	AAGAATAAGCTTGATTGTTCTACCCCCTTTACAGTAATTCGTTAACAAAC	222821

CU104676.1	1901	TGAGCAAAATACATGCCAAGTCTGTCCACTTTATCTTTCTCATCATCTTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222822	TGAGCAAAATACATGCCAAGTCTGTCCACTTTATCTTTCTCATCATCTTT	222871

CU104676.1	1951	ATCACTAATGCACTCCATGAAGCCACAAGCCTGTTTTCCCTGAAGAATTC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU104652.1	222872	ATCACTAATGCACTCCATGAAGCCACAAGCCTGTTTTCCCTGAAGAATTC	222921

Overview

Query
CU104676.1 - 20031 bps
Hit
CU104652.1 - 222921 bps
Total alignments
20
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193220001200012209222229211
285.711632971314013436-136727370201
389.621922941314313436-164584648721
487.111712971314013436-169034693281
585.421582952102239611187401190341
687.66188312131421345311359661362731
785.291573002097239611434661437641
888.21772861314013425-11639381642251
988.2418128921082396-11702631705511
1087.08174298131401343711702701705631
1189.7194429222942586311886351915831
1288.565048275866669211916611924641
1385.03156297131401343611924861927791
1487.7100217351173511983592000811
1587.324197172765348112004652011821
1688.23146423503514586312015392038931
1788.543936606323698212041062047681
1886.34499920166931761212058532067751
1993.58231296185901888512078822081771
2087.81263543194892003112081632086951
Short-link