<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT990633.11	120831	GATCTAGTCCTTTCCATTTGTTACTTAAAACATCTTTCCATTTAACCGTC	120782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	163909	GATCTAGTCCTTTCCATTTGTTACTTAAAACATCTTTCCATTTAACCGTC	163958

C  CT990633.11	120781	TCTTTAGGCCTAGCTGGCTCTGAACAATGACGTTAAGCCGCAGTATGGCC	120732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	163959	TCTTTAGGCCTAGCTGGCTCTGAACAATGACGTTAAGCCGCAGTATGGCC	164008

C  CT990633.11	120731	ATGAGCATCAAGATTTAAAAAATTGAGTGTAAAGAGTGCCCTAGACACAG	120682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164009	ATGAGCATCAAGATTTAAAAAATTGAGTGTAAAGAGTGCCCTAGACACAG	164058

C  CT990633.11	120681	ACACTCTTGGTACTTGGGGTAGAGCCTCCTCGACTCCCCCTTTCTGTTTT	120632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164059	ACACTCTTGGTACTTGGGGTAGAGCCTCCTCGACTCCCCCTTTCTGTTTT	164108

C  CT990633.11	120631	ATTAGATAGGATTTGAGGGTGCGATGTGCACAATCAACAATACCCTGTCC	120582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164109	ATTAGATAGGATTTGAGGGTGCGATGTGCACAATCAACAATACCCTGTCC	164158

C  CT990633.11	120581	TTGAGGGTTGTATGGAAGTCCAGTCAGGTGGGTCACATCCATCTGACGGC	120532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164159	TTGAGGGTTGTATGGAAGTCCAGTCAGGTGGGTCACATCCATCTGACGGC	164208

C  CT990633.11	120531	AGAACTGCTGGAATTTTTGAGATGTATAAGCTGGTCCATTATCAGTCTTA	120482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164209	AGAACTGCTGGAATTTTTGAGATGTATAAGCTGGTCCATTATCAGTCTTA	164258

C  CT990633.11	120481	AGGAGTTTGGGTTTCCCCCAAGCACTCCATGCCTCAAGGCAATGTTGAAT	120432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164259	AGGAGTTTGGGTTTCCCCCAAGCACTCCATGCCTCAAGGCAATGTTGAAT	164308

C  CT990633.11	120431	CACATGTGAGGCCTTTTCTCCGGTTAAAGGAGAGGCAAACATAATGCCAG	120382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164309	CACATGTGAGGCCTTTTCTCCGGTTAAAGGAGAGGCAAACATAATGCCAG	164358

C  CT990633.11	120381	AGCATGTGTCAATGGACACATGGAGATATTGAAGTTTTCCAGAGGAAGAA	120332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164359	AGCATGTGTCAATGGACACATGGAGATATTGAAGTTTTCCAGAGGAAGAA	164408

C  CT990633.11	120331	ACACGTGTAACATCCATTTGCCAGACCTGTAGAGGTCGAATACCGCGTGG	120282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164409	ACACGTGTAACATCCATTTGCCAGACCTGTAGAGGTCGAATACCGCGTGG	164458

C  CT990633.11	120281	GTTAATTCCCACATGAGGAACTGGCAAGAACTCACAGCAGCTTTGACATT	120232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164459	GTTAATTCCCACATGAGGAACTGGCAAGAACTCACAGCAGCTTTGACATT	164508

C  CT990633.11	120231	GAGTAACAATGTCACGGGCTTCCTTTCTGGTCAAGGAGAAACAACGGCGT	120182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164509	GAGTAACAATGTCACGGGCTTCCTTTCTGGTCAAGGAGAAACAACGGCGT	164558

C  CT990633.11	120181	AATGTTTCAGCCGTCACATGAAAATTGTTATGAAAATTTCTTGCAGCCTC	120132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164559	AATGTTTCAGCCGTCACATGAAAATTGTTATGAAAATTTCTTGCAGCCTC	164608

C  CT990633.11	120131	TACCGGGGATGATAGGGCAGCAGCCACCACTTTAGTGGCCTTATCTGCCA	120082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164609	TACCGGGGATGATAGGGCAGCAGCCACCACTTTAGTGGCCTTATCTGCCA	164658

C  CT990633.11	120081	AATCATTTTCCAGAGCCATGGGGCCAGGTAGGCCTGAATGGGCTCTAACA	120032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164659	AATCATTTTCCAGAGCCATGGGGCCAGGTAGGCCTGAATGGGCTCTAACA	164708

C  CT990633.11	120031	TGAGTAATATAAACAGGAAATCTTCTAGATAACAAAACTAATTGTATCTG	119982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164709	TGAGTAATATAAACAGGAAATCTTCTAGATAACAAAACTAATTGTATCTG	164758

C  CT990633.11	119981	CTGAAAAATATTGGCAACTTTACTGGAAGGCTTAATCACTCCAGCCACTT	119932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164759	CTGAAAAATATTGGCAACTTTACTGGAAGGCTTAATCACTCCAGCCACTT	164808

C  CT990633.11	119931	CTAAAAGATTTACTGCATTAACCACATAACAGGAATCTGACACAATATTA	119882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164809	CTAAAAGATTTACTGCATTAACCACATAACAGGAATCTGACACAATATTA	164858

C  CT990633.11	119881	AGGGGTTCTAAAAAGGTTTTTAAAACTTCTATAACCACTAAACATTCTAC	119832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164859	AGGGGTTCTAAAAAGGTTTTTAAAACTTCTATAACCACTAAACATTCTAC	164908

C  CT990633.11	119831	CAATTGAGGTGAATTTTCATTATATTGTTTGGATACTACTTTACCATTAG	119782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164909	CAATTGAGGTGAATTTTCATTATATTGTTTGGATACTACTTTACCATTAG	164958

C  CT990633.11	119781	CCACATAGGCACTTATGCCAGTTTTTGATCCATCAGTATATACCACAACC	119732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	164959	CCACATAGGCACTTATGCCAGTTTTTGATCCATCAGTATATACCACAACC	165008

C  CT990633.11	119731	CCATTTTTAAGTGGGTTTCTTACTGTTATTTGTGGAAACACAACAGATTG	119682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165009	CCATTTTTAAGTGGGTTTCTTACTGTTATTTGTGGAAACACAACAGATTG	165058

C  CT990633.11	119681	ATTTTGGGCAAACTGTAAAATTGGATGTTTTAGATAATGGTTATCTATTT	119632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165059	ATTTTGGGCAAACTGTAAAATTGGATGTTTTAGATAATGGTTATCTATTT	165108

C  CT990633.11	119631	GTCCTGAAAAGGAGGTAACTAAAACTGCCCAATCATTATATGTGACTGCC	119582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165109	GTCCTGAAAAGGAGGTAACTAAAACTGCCCAATCATTATATGTGACTGCC	165158

C  CT990633.11	119581	AAGGTTTGAACCTGTGCAGTGGTATAATGTACAATTAAAAGATAGTGACT	119532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165159	AAGGTTTGAACCTGTGCAGTGGTATAATGTACAATTAAAAGATAGTGACT	165208

C  CT990633.11	119531	TCGTCCAAAATGGGTGATTGCTGCTTTTAGGCCTTTAAGGGCAAGCTGTG	119482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165209	TCGTCCAAAATGGGTGATTGCTGCTTTTAGGCCTTTAAGGGCAAGCTGTG	165258

C  CT990633.11	119481	CAATTGCACCAGGATACCAATCTATTATTTTAGCTGGGGATACATTTGGA	119432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165259	CAATTGCACCAGGATACCAATCTATTATTTTAGCTGGGGATACATTTGGA	165308

C  CT990633.11	119431	TGGATCCACAACAATGGCCCATTCTGCCACAAAACTGCGGTTGGCAATTG	119382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165309	TGGATCCACAACAATGGCCCATTCTGCCACAAAACTGCGGTTGGCAATTG	165358

C  CT990633.11	119381	TGCTGTCTTAAAGACACACAAACTAAAAGGCTGCGAATCCTCAATACGTT	119332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165359	TGCTGTCTTAAAGACACACAAACTAAAAGGCTGCGAATCCTCAATACGTT	165408

C  CT990633.11	119331	GTAATTGTGCATTCTGTAAGGCATTTTCCACCTTTTGTAAGGCCTGGTTA	119282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165409	GTAATTGTGCATTCTGTAAGGCATTTTCCACCTTTTGTAAGGCCTGGTTA	165458

C  CT990633.11	119281	GCAGCTAGAGTAAGAGCCCTAGGGGAGGAGATATGAGAATATCCTTCTAA	119232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165459	GCAGCTAGAGTAAGAGCCCTAGGGGAGGAGATATGAGAATATCCTTCTAA	165508

C  CT990633.11	119231	AATATCAAACAAAGGCCTTAACTCAGCGGAAGGAATCTTCAAAAAAGGTC	119182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165509	AATATCAAACAAAGGCCTTAACTCAGCGGAAGGAATCTTCAAAAAAGGTC	165558

C  CT990633.11	119181	TGAGCCAATTAATATCTCCCAACATCTTCTGAAAATCATTTAAGGTATGG	119132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165559	TGAGCCAATTAATATCTCCCAACATCTTCTGAAAATCATTTAAGGTATGG	165608

C  CT990633.11	119131	AGGTGATCTCTTCTTATCTCTACCTTTTGGGGCACAATCTTATTTGGGGA	119082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165609	AGGTGATCTCTTCTTATCTCTACCTTTTGGGGCACAATCTTATTTGGGGA	165658

C  CT990633.11	119081	CACCACAGAGCCCAAAAATTGTCCTGTATCAGAAATTTGGACCTTTTCTA	119032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165659	CACCACAGAGCCCAAAAATTGTCCTGTATCAGAAATTTGGACCTTTTCTA	165708

C  CT990633.11	119031	TGGCTATCTGTAAAACCCACTGACTTAAAGTTTTAAGTAGAAAAGGATAT	118982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165709	TGGCTATCTGTAAAACCCACTGACTTAAAGTTTTAAGTAGAAAAGGATAT	165758

C  CT990633.11	118981	GCCTTTTGTAGCTTGGTAAGGTTTTTATGGCACAGGAGGATGTCATCCAT	118932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165759	GCCTTTTGTAGCTTGGTAAGGTTTTTATGGCACAGGAGGATGTCATCCAT	165808

C  CT990633.11	118931	GTAATGGAGCAAAATTAAAGAGGGGAATTGTTCCCTCACTGGCAAAAAAG	118882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165809	GTAATGGAGCAAAATTAAAGAGGGGAATTGTTCCCTCACTGGCAAAAAAG	165858

C  CT990633.11	118881	CTTCTTGCACATAAAGTTGGCACATTGTAGGACTATTGGACATTCCCTGT	118832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU075549.15	165859	CTTCTTGCACATAAAGTTGGCACATTGTAGGACTATTGGACATTCCCTGT	165908

Overview

Query
CT990633.11 - 120831 bps
Hit
CU075549.15 - 165908 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110002000118832120831-11639091659081
Short-link