<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT009661.10	1	GAATTCAGCCATTGGCTGCTATACAACTCCTTCATAATGAATTCTCAGGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	25885	GAATTCAGCCATTGGCTGCTATACAACTCCTTCATAATGAATTCTCAGGC	25934

CT009661.10	51	TGGACATGTATGGCTGGTCCATTGGGCCCTCAAGGCCACCTGAGCAGCAG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	25935	TGGACATGTATGGCTGGTCCATTGGGCCCTCAAGGCCACCTGAGCAGCAG	25984

CT009661.10	101	GGAGTCACTTAAGAATCCAGGAAAGTCACACAGTTGGCTGGTGGAAACAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	25985	GGAGTCACTTAAGAATCCAGGAAAGTCACACAGTTGGCTGGTGGAAACAG	26034

CT009661.10	151	ATAAATGGCTAAGGTGGTTGGACAAACCAGGAAGACCCTATGCAGTGGTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26035	ATAAATGGCTAAGGTGGTTGGACAAACCAGGAAGACCCTATGCAGTGGTA	26084

CT009661.10	201	GAAGAGTGGGTGTTCCACCAGGAGGCAGTAGAAACCAGTGATGGCTCACC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26085	GAAGAGTGGGTGTTCCACCAGGAGGCAGTAGAAACCAGTGATGGCTCACC	26134

CT009661.10	251	ACTAGCATTTATTAAAGACCAAAGAGAATAAAATAAAAATCCTGCAGAGC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26135	ACTAGCATTTATTAAAGACCAAAGAGAATAAAATAAAAATCCTGCAGAGC	26184

CT009661.10	301	TGGGTGTGATGGCTCACCCCTGTAATCGAAATACTTGGGAGGCTGAGGCA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26185	TGGGTGTGATGGCTCACCCCTGTAATCGAAATACTTGGGAGGCTGAGGCA	26234

CT009661.10	351	GGAGGATTGCCATGAATTTGAAGCCAACCTGGACTACATAAAGAGTTCCA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26235	GGAGGATTGCCATGAATTTGAAGCCAACCTGGACTACATAAAGAGTTCCA	26284

CT009661.10	401	GGCCAGCCTGGGCTACAAAGTAGAACCCTATCTCAGCACAAACAAACAAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26285	GGCCAGCCTGGGCTACAAAGTAGAACCCTATCTCAGCACAAACAAACAAA	26334

CT009661.10	451	CAAACAAACAAACCTCGACACCCCTTTAATCCCAGCACTCAGACAACAGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26335	CAAACAAACAAACCTCGACACCCCTTTAATCCCAGCACTCAGACAACAGA	26384

CT009661.10	501	AGCAAGTGGAGCTCTGTGAGTTTGAAGCCAGCCACCTCTACATACCAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26385	AGCAAGTGGAGCTCTGTGAGTTTGAAGCCAGCCACCTCTACATACCAAAT	26434

CT009661.10	551	TCCAGGCCAGCTGAGGCTATATGCTGAGAATCGATCTCTTTCCGCAGAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26435	TCCAGGCCAGCTGAGGCTATATGCTGAGAATCGATCTCTTTCCGCAGAGT	26484

CT009661.10	601	CTTGCATGGAGGAGAGACACCTCAGGACATCGGTGTGTCTATGTCTCTGC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26485	CTTGCATGGAGGAGAGACACCTCAGGACATCGGTGTGTCTATGTCTCTGC	26534

CT009661.10	651	CATCCTGGCTTGACATGTCTGTGGACGCAGAACCGTTTCTTTGGAATTTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26535	CATCCTGGCTTGACATGTCTGTGGACGCAGAACCGTTTCTTTGGAATTTT	26584

CT009661.10	701	ACATGCAAAGCATTAGATTTGGAGGCACAACGAGCTGGGTTCAGTCCTTA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26585	ACATGCAAAGCATTAGATTTGGAGGCACAACGAGCTGGGTTCAGTCCTTA	26634

CT009661.10	751	GCACCATAGAAACGAGGCAAGGTGTCAAGCATCAAACTGGGTATGGAAGT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26635	GCACCATAGAAACGAGGCAAGGTGTCAAGCATCAAACTGGGTATGGAAGT	26684

CT009661.10	801	CTGTGCCTGTGACCCCAGCACTCATAAGACAGATGCAGGAGTGAGTCTGT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26685	CTGTGCCTGTGACCCCAGCACTCATAAGACAGATGCAGGAGTGAGTCTGT	26734

CT009661.10	851	ATGTGTGGTGTGAGTCTGTATGTGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26735	ATGTGTGGTGTGAGTCTGTATGTGTGGGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT	26784

CT009661.10	901	GTGTTTCTACCATGCTCCTCCTCTGGAGGTCAGAGGACAATTTGCAAGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26785	GTGTTTCTACCATGCTCCTCCTCTGGAGGTCAGAGGACAATTTGCAAGAG	26834

CT009661.10	951	TTGATGTTCTCCTTTTACTATGTGGGGTCCTGGGGATTGAACTCAGGTCT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26835	TTGATGTTCTCCTTTTACTATGTGGGGTCCTGGGGATTGAACTCAGGTCT	26884

CT009661.10	1001	TGAGGCTTGGTAGTAAACAACTTTACCCAGTGATCATTATCACAGTCTAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26885	TGAGGCTTGGTAGTAAACAACTTTACCCAGTGATCATTATCACAGTCTAT	26934

CT009661.10	1051	GGAGTTCAAGACCAGCCTCCTGAGGGAATATAGGAGACTTTGATCTTAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26935	GGAGTTCAAGACCAGCCTCCTGAGGGAATATAGGAGACTTTGATCTTAGA	26984

CT009661.10	1101	ATAAACAATGATAACAAATGAGGTTTAAGCCGGGCGTGGTGGCGCATGCC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	26985	ATAAACAATGATAACAAATGAGGTTTAAGCCGGGCGTGGTGGCGCATGCC	27034

CT009661.10	1151	TTAATCCCAGCACTCCGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27035	TTAATCCCAGCACTCCGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGG	27084

CT009661.10	1201	CCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27085	CCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGA	27134

CT009661.10	1251	AACCCTGTCACAAAAAACAAAACAAAAACAAATGAGGTTTAATGCTAGTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27135	AACCCTGTCACAAAAAACAAAACAAAAACAAATGAGGTTTAATGCTAGTC	27184

CT009661.10	1301	TGGCTTGAATTCCTTACTCTTACCTCTTGGTAATGAAGGAAGGAACCTTC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27185	TGGCTTGAATTCCTTACTCTTACCTCTTGGTAATGAAGGAAGGAACCTTC	27234

CT009661.10	1351	ACTGGCAAAGGGGTTGGGTAGCAATGTGGTCAGACTCATGGGGGTAGGGG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27235	ACTGGCAAAGGGGTTGGGTAGCAATGTGGTCAGACTCATGGGGGTAGGGG	27284

CT009661.10	1401	GAGGTAAGGACAAGGCTTGAGGTCAGAGAACGCATGCATCTAGCCCGCAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27285	GAGGTAAGGACAAGGCTTGAGGTCAGAGAACGCATGCATCTAGCCCGCAT	27334

CT009661.10	1451	ATGAATAGCTTTAGTAGAACACTAGCTCCTGGCTTCCCTGAGGCTGTGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27335	ATGAATAGCTTTAGTAGAACACTAGCTCCTGGCTTCCCTGAGGCTGTGTG	27384

CT009661.10	1501	AGTGTATCTCACCTGAACACAGAGGTTGCACAGAACTCTCTCTGGCCCTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27385	AGTGTATCTCACCTGAACACAGAGGTTGCACAGAACTCTCTCTGGCCCTG	27434

CT009661.10	1551	CTGAGGAATTCCCCTGCCGTAGACCATCTTTCTAGAAATAGTACCCTGCT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27435	CTGAGGAATTCCCCTGCCGTAGACCATCTTTCTAGAAATAGTACCCTGCT	27484

CT009661.10	1601	TTAGGAGTCAGGCTATGGAACAACATACCTGGCGACTCGGTAGGATTGTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27485	TTAGGAGTCAGGCTATGGAACAACATACCTGGCGACTCGGTAGGATTGTC	27534

CT009661.10	1651	AACCTGTGTCCAGGGGTGACTACAGGGGTTAAAGGTCAGCCAGGTCTGGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27535	AACCTGTGTCCAGGGGTGACTACAGGGGTTAAAGGTCAGCCAGGTCTGGA	27584

CT009661.10	1701	GACCAGCTGTGTCAGCTCAGGAAGCTTTCTGAGACCTGTGGGCCAGCACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27585	GACCAGCTGTGTCAGCTCAGGAAGCTTTCTGAGACCTGTGGGCCAGCACG	27634

CT009661.10	1751	GCCGGCAGAAGGGATGAGAACACACTGCATATTCCAGCCCTGCCCCGCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27635	GCCGGCAGAAGGGATGAGAACACACTGCATATTCCAGCCCTGCCCCGCCA	27684

CT009661.10	1801	CAGGAATGTGTATAGGGACGGTGTGGGTGGCTCGAAGTTAGCACCAGCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27685	CAGGAATGTGTATAGGGACGGTGTGGGTGGCTCGAAGTTAGCACCAGCTG	27734

CT009661.10	1851	TCCTTCAAGTCTGCTGTCCTCGCAGATTAGGACAACCAGCCTCGTCCTGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27735	TCCTTCAAGTCTGCTGTCCTCGCAGATTAGGACAACCAGCCTCGTCCTGT	27784

CT009661.10	1901	ATTTAGGGTCGCAGGCTAGAGTCCCTGGTCCCAATACTAGCCCCGTAGTA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27785	ATTTAGGGTCGCAGGCTAGAGTCCCTGGTCCCAATACTAGCCCCGTAGTA	27834

CT009661.10	1951	AATAGCTTTTCTCAGAGAAGCCACTGCAGCTGGGCTCCGGGTCCCAGCAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074402.8	27835	AATAGCTTTTCTCAGAGAAGCCACTGCAGCTGGGCTCCGGGTCCCAGCAA	27884

Overview

Query
CT009661.10 - 224982 bps
Hit
CU074402.8 - 27884 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link