<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CR855264.9	1	AAGCTTAGTCAGGGAACCCCTCCTGGAGGAAGGTGGGTTTTCAGGAGAGC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	65650	AAGCTTAGTCAGGGAACCCCTCCTGGAGGAAGGTGGGTTTTCAGGAGAGC	65699

CR855264.9	51	TGTGAAGTTTGGAAGAGTGTGGTCTGGTGAATTTAAAAAGGGTAGGGAGG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	65700	TGTGAAGTTTGGAAGAGTGTGGTCTGGTGAATTTAAAAAGGGTAGGGAGG	65749

CR855264.9	101	AAGGAATATCAGGAGATCAAAGTCCCTCCTTCATGGGGACAATCTAGATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	65750	AAGGAATATCAGGAGATCAAAGTCCCTCCTTCATGGGGACAATCTAGATC	65799

CR855264.9	151	GAGTTGAGCTGCTTGAATCCAGACAAGATCCACACAAACCCGGACACACT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	65800	GAGTTGAGCTGCTTGAATCCAGACAAGATCCACACAAACCCGGACACACT	65849

CR855264.9	201	GGGGTTACCCCAGTCTCCTGGTGGGCCAACACAGTTCTGAACATGACCCT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	65850	GGGGTTACCCCAGTCTCCTGGTGGGCCAACACAGTTCTGAACATGACCCT	65899

CR855264.9	251	CCTCTACTCACCCACAAGTTGAGCTCAGAGATAAAGAAGGAAGAGCGCAG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	65900	CCTCTACTCACCCACAAGTTGAGCTCAGAGATAAAGAAGGAAGAGCGCAG	65949

CR855264.9	301	AGCCCACAAGACACAGAGTCCAAAATGTTCAGTCTACATTGCTCACCAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	65950	AGCCCACAAGACACAGAGTCCAAAATGTTCAGTCTACATTGCTCACCAAA	65999

CR855264.9	351	TCTTCCTCACTCCAACAGTGAAATTACCTCCAGTGTTGTCCTTTTTTTAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66000	TCTTCCTCACTCCAACAGTGAAATTACCTCCAGTGTTGTCCTTTTTTTAT	66049

CR855264.9	401	GGTATTTAAGTGTTACTATTTGTCAGACACTGTACTAAGCACTGGCATAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66050	GGTATTTAAGTGTTACTATTTGTCAGACACTGTACTAAGCACTGGCATAG	66099

CR855264.9	451	ATACAATGTTGGACACAGTCCATGGCCCACATGGGGCTCACAGTTTTAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66100	ATACAATGTTGGACACAGTCCATGGCCCACATGGGGCTCACAGTTTTAAC	66149

CR855264.9	501	CCCCATTTTACAGATGAGGTAACTGAGGCACAGAAATGTTTAGAGACTTA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66150	CCCCATTTTACAGATGAGGTAACTGAGGCACAGAAATGTTTAGAGACTTA	66199

CR855264.9	551	TCCAAGGTCACACAGGAAATGAGTGGTGGAACTGCGATTTGAACCCAAAT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66200	TCCAAGGTCACACAGGAAATGAGTGGTGGAACTGCGATTTGAACCCAAAT	66249

CR855264.9	601	CCTCTGATCCCAGGCTTGTACTCTTTCCACTAATAATGATGGTATTTGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66250	CCTCTGATCCCAGGCTTGTACTCTTTCCACTAATAATGATGGTATTTGCT	66299

CR855264.9	651	AAGTGCTCACTAAGTGCCGAACACTGTTCTAAGACCGGGGTTGATACGAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66300	AAGTGCTCACTAAGTGCCGAACACTGTTCTAAGACCGGGGTTGATACGAT	66349

CR855264.9	701	GTAATCAGGTTGCCCCACATGGGGCTCACAGTCTTAATCCTCATTTACAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66350	GTAATCAGGTTGCCCCACATGGGGCTCACAGTCTTAATCCTCATTTACAG	66399

CR855264.9	751	ATGAAGTAAATAAGGTACAGAGAAGTTAAGTGGGTTGCCTAGTGTCACAC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66400	ATGAAGTAAATAAGGTACAGAGAAGTTAAGTGGGTTGCCTAGTGTCACAC	66449

CR855264.9	801	AGCAGACAAGTGGTGGAGTTAGGATTAGAACCCGTTACCTCCAACTCCCA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66450	AGCAGACAAGTGGTGGAGTTAGGATTAGAACCCGTTACCTCCAACTCCCA	66499

CR855264.9	851	AACCCGTGCTCTTTCCCCTAAGCCATGCTGCTTCATGGTATTTAGTAAGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66500	AACCCGTGCTCTTTCCCCTAAGCCATGCTGCTTCATGGTATTTAGTAAGC	66549

CR855264.9	901	GCTTACTATGTGCCAAGCAGTGTTCTAAGCGCTGGGGTAGATACAAGGTA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66550	GCTTACTATGTGCCAAGCAGTGTTCTAAGCGCTGGGGTAGATACAAGGTA	66599

CR855264.9	951	ATCAGGTTGTCCTATGTGGGGTTCACATTCTTAATCCCCTTTTACAGATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66600	ATCAGGTTGTCCTATGTGGGGTTCACATTCTTAATCCCCTTTTACAGATG	66649

CR855264.9	1001	AGGTAACTGAGGCACAGACAAGTTAAGTGACTTGCCTGAAGTCACACAGC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66650	AGGTAACTGAGGCACAGACAAGTTAAGTGACTTGCCTGAAGTCACACAGC	66699

CR855264.9	1051	TAACAAGTGGCAGAGCTGGGTTTAGAACCCATAACCTCTGACTCCCAAGC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66700	TAACAAGTGGCAGAGCTGGGTTTAGAACCCATAACCTCTGACTCCCAAGC	66749

CR855264.9	1101	CCGTGCTCTTTCCACTAGGCCACACTACTTCTCTACCACTTCCACCTATC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66750	CCGTGCTCTTTCCACTAGGCCACACTACTTCTCTACCACTTCCACCTATC	66799

CR855264.9	1151	CCTTCAACCATAGGTGTTACCCATTGGACTCCCCTCCTTTACCAATAATA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66800	CCTTCAACCATAGGTGTTACCCATTGGACTCCCCTCCTTTACCAATAATA	66849

CR855264.9	1201	TGCATCTGCAAACACCTGGCTTGGGAATCATGGAAAAAGCATGGGCTTGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66850	TGCATCTGCAAACACCTGGCTTGGGAATCATGGAAAAAGCATGGGCTTGG	66899

CR855264.9	1251	GAGTCAGAGGATCTGCGCTCTTATCCCTGCTCCCCTACTGTCTTACTGTG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66900	GAGTCAGAGGATCTGCGCTCTTATCCCTGCTCCCCTACTGTCTTACTGTG	66949

CR855264.9	1301	TCATTTGGGGCAAATCAATCAATCAATCAATCAATAAATACTTACTGGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	66950	TCATTTGGGGCAAATCAATCAATCAATCAATCAATAAATACTTACTGGAT	66999

CR855264.9	1351	GCAACTATTAAGCACTTGGGAGAGTACAATACAGTACAGCTGGGATTACT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67000	GCAACTATTAAGCACTTGGGAGAGTACAATACAGTACAGCTGGGATTACT	67049

CR855264.9	1401	TAACTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCTGTAAAATGGGGATTAAACTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67050	TAACTTCCCTGTGCCTCAGTTTCCTCATCTGTAAAATGGGGATTAAACTC	67099

CR855264.9	1451	CTGTTCTCTTTCCTTACACTGTGAGCCCAATGTGGGACAGCGACTGTGTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67100	CTGTTCTCTTTCCTTACACTGTGAGCCCAATGTGGGACAGCGACTGTGTC	67149

CR855264.9	1501	TGACCAGATTACCTTGTATCTACCTCAGAGTTTAGCATGGTTCTTGAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67150	TGACCAGATTACCTTGTATCTACCTCAGAGTTTAGCATGGTTCTTGAAAG	67199

CR855264.9	1551	ATAGTAAGTGCTTAATAAAGACCACTATTATTTATTTACTTAAAGCAAAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67200	ATAGTAAGTGCTTAATAAAGACCACTATTATTTATTTACTTAAAGCAAAG	67249

CR855264.9	1601	TTAGGTTGCTTGTGAGAGCTTGTCTCTGCCATCTTCCCCTCCCATCTACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67250	TTAGGTTGCTTGTGAGAGCTTGTCTCTGCCATCTTCCCCTCCCATCTACC	67299

CR855264.9	1651	CATGAAGCAATAGATTCCACAACCAAGCCTTTGAATCCCTCTCATCCATC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67300	CATGAAGCAATAGATTCCACAACCAAGCCTTTGAATCCCTCTCATCCATC	67349

CR855264.9	1701	ACCACTTTTACCAGACGCCCTTCGGTCGTGCCCCTCCTTCCATCCTTATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67350	ACCACTTTTACCAGACGCCCTTCGGTCGTGCCCCTCCTTCCATCCTTATC	67399

CR855264.9	1751	CATCCATCAGTGGTATTTATTGAGTGCTTACTATGTGCAGAGCACTGTAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67400	CATCCATCAGTGGTATTTATTGAGTGCTTACTATGTGCAGAGCACTGTAC	67449

CR855264.9	1801	TAAGTTCTTGGGAGAGTACAACATAACAGAGTTGGTAGACACATTTCCTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67450	TAAGTTCTTGGGAGAGTACAACATAACAGAGTTGGTAGACACATTTCCTG	67499

CR855264.9	1851	CCCACAGTGAGGTAGCCCTGAAAAATTCCAAGAGTCCTCACCAGTGCTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67500	CCCACAGTGAGGTAGCCCTGAAAAATTCCAAGAGTCCTCACCAGTGCTGA	67549

CR855264.9	1901	AAGTTTGGGCTTGTTCTATGTTGGTTAATTGAAGCATGATATTCCCCAAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67550	AAGTTTGGGCTTGTTCTATGTTGGTTAATTGAAGCATGATATTCCCCAAA	67599

CR855264.9	1951	ATCCCAGGAATATCTCCTCCAACCCCACTCCTAACAGGAAGCCCTTCTGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074383.3	67600	ATCCCAGGAATATCTCCTCCAACCCCACTCCTAACAGGAAGCCCTTCTGA	67649

Overview

Query
CR855264.9 - 135396 bps
Hit
CU074383.3 - 67649 bps
Total alignments
23
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001992200012000165650676491
292.891992539059790849-1842486761
396.032222523219132442-1842586761
495.632192521283941286451842586761
582.15228519127387127905-1842889371
691.52192999059090888-1863489391
795.372232593218432442-1868189391
895.852322651283941286581868189451
993.942162642418324446-1868389461
1093.382052583218532442-110564108201
1193.77208258128394128651110564108201
1292.82072642418324446119346196091
1396.99242266128393128658-119347196121
1497.32382593218432442119353196111
1594.212142599059090848119353196111
1693.732072559059590849-148548488021
1796.062242543218932442-148549488021
1895.09226265128394128658148549488131
1986.42204151846818882-149345497631
2094.14211256128394128649-152299525541
2194.492122542419324446152299525521
2293.752082563218732442152299525541
2394.552152579059390849152299525551
Short-link