<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU179634.6	1	GATCTATATAACATATCAAAGTAAGATGAGAAGCAAAGTTTCCTTGATTG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115493	GATCTATATAACATATCAAAGTAAGATGAGAAGCAAAGTTTCCTTGATTG	115542

CU179634.6	51	TGTAGAAATTGAAATTGCTTCAGCAGAACGTCTTAAGATCTACGTAAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115543	TGTAGAAATTGAAATTGCTTCAGCAGAACGTCTTAAGATCTACGTAAATA	115592

CU179634.6	101	ATTCAAAGTCAGATGGGAAGCGAAGTTCCCTTGATCGCGTAGAAATTGGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115593	ATTCAAAGTCAGATGGGAAGCGAAGTTCCCTTGATCGCGTAGAAATTGGA	115642

CU179634.6	151	ATTGCTTCAGCAACTACATTGAACTTGCAAAGTATCCAAGGGAATATTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115643	ATTGCTTCAGCAACTACATTGAACTTGCAAAGTATCCAAGGGAATATTGT	115692

CU179634.6	201	ATGCACAAGCACTTAACAGATGTCCAGTTTCTTTTTAATATTCAAGGTCC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115693	ATGCACAAGCACTTAACAGATGTCCAGTTTCTTTTTAATATTCAAGGTCC	115742

CU179634.6	251	ACAATACTAAATAGAACATGTATATCTAACTGACTTACTGCTGCTCTGTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115743	ACAATACTAAATAGAACATGTATATCTAACTGACTTACTGCTGCTCTGTT	115792

CU179634.6	301	TTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTTGCTGGCTGCTGATCTGTTCTGTCTCTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115793	TTTTTCTTTTTTTTTTCTTTTTTGCTGGCTGCTGATCTGTTCTGTCTCTA	115842

CU179634.6	351	TATTTTTTTCTACAGTATTTTTGTTGTTCTATTACTGAGTTACTCTTTTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115843	TATTTTTTTCTACAGTATTTTTGTTGTTCTATTACTGAGTTACTCTTTTA	115892

CU179634.6	401	TCTTTGCTTGTAGTAAGTTGTATTTTCTTATTCAATGTCACAATGAAGAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115893	TCTTTGCTTGTAGTAAGTTGTATTTTCTTATTCAATGTCACAATGAAGAA	115942

CU179634.6	451	TAAGAGTTTGATCCTTTGTGATTTGGTTATGTATTTGTTTTATATGTTAT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115943	TAAGAGTTTGATCCTTTGTGATTTGGTTATGTATTTGTTTTATATGTTAT	115992

CU179634.6	501	GACTCACGAGGATTATTGACAATCTATTTACTTTTTAATCTAGGAATATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	115993	GACTCACGAGGATTATTGACAATCTATTTACTTTTTAATCTAGGAATATG	116042

CU179634.6	551	TTACTTCTATTCAGTTATTTAATATTTTTTATTATTTTTATACTAAATAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116043	TTACTTCTATTCAGTTATTTAATATTTTTTATTATTTTTATACTAAATAC	116092

CU179634.6	601	CGCTTTATCTGAAAAAAGTGTGCGCAAACTTCACGCTTCTCGCTTCTGTA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116093	CGCTTTATCTGAAAAAAGTGTGCGCAAACTTCACGCTTCTCGCTTCTGTA	116142

CU179634.6	651	AAGCGAACCCTTGTCGCTGTTTTTTGCTTCTTGCTTCCCAAACACTGATC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116143	AAGCGAACCCTTGTCGCTGTTTTTTGCTTCTTGCTTCCCAAACACTGATC	116192

CU179634.6	701	TAACATCCTAAAACATCCATGTAATAAGAAATGTGACTTAGTACCTGTGC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116193	TAACATCCTAAAACATCCATGTAATAAGAAATGTGACTTAGTACCTGTGC	116242

CU179634.6	751	TATAATTGGGTTGCTTGTATCAGCAAAGGGTGTGAGGCGCCTTCTCTTAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116243	TATAATTGGGTTGCTTGTATCAGCAAAGGGTGTGAGGCGCCTTCTCTTAG	116292

CU179634.6	801	ACTGAAGATACATAGTTTCAGACCTGGATTCACTATCCATTTCTGCAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116293	ACTGAAGATACATAGTTTCAGACCTGGATTCACTATCCATTTCTGCAGAT	116342

CU179634.6	851	TCAGGAGGGCCCATAAACTGCTCACCGAAAGGAAGCTTGACAAATCTAGC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116343	TCAGGAGGGCCCATAAACTGCTCACCGAAAGGAAGCTTGACAAATCTAGC	116392

CU179634.6	901	CACACATTCCTTAGTGCTTCTGCCACCAACATGCTCAGCAACCTTCTTCC	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116393	CACACATTCCTTAGTGCTTCTGCCACCAACATGCTCAGCAACCTTCTTCC	116442

CU179634.6	951	AATCATCGCCATAATGCATAAGAGCTTCTAAAAGGTGCAAAGTCTCTTTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116443	AATCATCGCCATAATGCATAAGAGCTTCTAAAAGGTGCAAAGTCTCTTTG	116492

CU179634.6	1001	TCAGTCCAATCTGTCTTAACTTCCTCACTAATCTCAACCCGTCGAAGCTC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116493	TCAGTCCAATCTGTCTTAACTTCCTCACTAATCTCAACCCGTCGAAGCTC	116542

CU179634.6	1051	TGAATTATTCACGCCAACTCTATTATCATTACTAACATAGCATCTTGCAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116543	TGAATTATTCACGCCAACTCTATTATCATTACTAACATAGCATCTTGCAC	116592

CU179634.6	1101	AAAGAGTCAAATCATACTGCATTTAAACAAACAAAAATTGAAGTAAACTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116593	AAAGAGTCAAATCATACTGCATTTAAACAAACAAAAATTGAAGTAAACTC	116642

CU179634.6	1151	ATTTTTGACAATAGCAACAAGCCCAACCAACACCTCAAGTAAACTGCCAT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116643	ATTTTTGACAATAGCAACAAGCCCAACCAACACCTCAAGTAAACTGCCAT	116692

CU179634.6	1201	TTAGGATTAAGCAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAGAGAACTTTTTAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116693	TTAGGATTAAGCAAAAAAAAAAAGAAAAAAAAAAGAAGAGAACTTTTTAA	116742

CU179634.6	1251	ATAGAAACCATGAGCTATGAAAAGTATGAATCTATAGACTGAGATGTGAG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116743	ATAGAAACCATGAGCTATGAAAAGTATGAATCTATAGACTGAGATGTGAG	116792

CU179634.6	1301	AGCTAAGAGGTAAGCATGACCAACTGAGGAGAAGCTAAAAGATTCAAACT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116793	AGCTAAGAGGTAAGCATGACCAACTGAGGAGAAGCTAAAAGATTCAAACT	116842

CU179634.6	1351	TGATTCAAAAGAGTTGTTAGATACCAATTAGTCCTTCTAATTTACGAATA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116843	TGATTCAAAAGAGTTGTTAGATACCAATTAGTCCTTCTAATTTACGAATA	116892

CU179634.6	1401	AACAAGATAAAGCAAACACTCTAAAATAGAGGACTGTTGCAATCACCTTA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116893	AACAAGATAAAGCAAACACTCTAAAATAGAGGACTGTTGCAATCACCTTA	116942

CU179634.6	1451	TCAGAAGCGAAACAAGCAATCCTGCAAACTGTTTTGCAGAGATTGCAGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116943	TCAGAAGCGAAACAAGCAATCCTGCAAACTGTTTTGCAGAGATTGCAGAT	116992

CU179634.6	1501	TCTTTTCTTGGGGAGAGTAAAATCAGTGGACGTTCCATTGGCGTCAGCAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	116993	TCTTTTCTTGGGGAGAGTAAAATCAGTGGACGTTCCATTGGCGTCAGCAT	117042

CU179634.6	1551	TTTGCGGAGCTGAGGCAGATGTTGACTTTGACTCTTTTTCTTCCCACTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117043	TTTGCGGAGCTGAGGCAGATGTTGACTTTGACTCTTTTTCTTCCCACTTG	117092

CU179634.6	1601	ATCAGAGACTTGGAAGAGTTAGCAGTGTAATTGATCAAACCCCATGTCTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117093	ATCAGAGACTTGGAAGAGTTAGCAGTGTAATTGATCAAACCCCATGTCTC	117142

CU179634.6	1651	TGAGAAATCGAAAACCCTACGAATTGAGCCGACGTCTCCAACAATGGTCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117143	TGAGAAATCGAAAACCCTACGAATTGAGCCGACGTCTCCAACAATGGTCT	117192

CU179634.6	1701	TGCGAGCCTCAGTAAAGGTTATCTTTTTAGTGGGGTTATCTCTGAATCTA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117193	TGCGAGCCTCAGTAAAGGTTATCTTTTTAGTGGGGTTATCTCTGAATCTA	117242

CU179634.6	1751	CGAATAATAGTATTCCTATAGTATTTGTATGTCTTAGGGTTCTTGGAAGG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117243	CGAATAATAGTATTCCTATAGTATTTGTATGTCTTAGGGTTCTTGGAAGG	117292

CU179634.6	1801	CGACCTTCCATCAAAGAATTCAGGAAGAAAGCGAACCTCACATTCATGAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117293	CGACCTTCCATCAAAGAATTCAGGAAGAAAGCGAACCTCACATTCATGAA	117342

CU179634.6	1851	TGCTATTCCATGAAAACCAACCTAAAAGAAGAAGAAGAACTAATTAAGTA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117343	TGCTATTCCATGAAAACCAACCTAAAAGAAGAAGAAGAACTAATTAAGTA	117392

CU179634.6	1901	TCACGAATCATCTATATCCATTCCACCCTAAAAATACAGAAGCAAATTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117393	TCACGAATCATCTATATCCATTCCACCCTAAAAATACAGAAGCAAATTTG	117442

CU179634.6	1951	AAAAGAAAAGCTGAAAAGTAGATGGGACTTACGGGAATAACTGGGAATAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU074308.13	117443	AAAAGAAAAGCTGAAAAGTAGATGGGACTTACGGGAATAACTGGGAATAT	117492

Overview

Query
CU179634.6 - 131476 bps
Hit
CU074308.13 - 117492 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194120001200011154931174921
Short-link