<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT963074.7	1	AAGCTTTTGATGACTCATTCACGCATAATGTTCAAAGATGTTAACAGTGT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	8716	AAGCTTTTGATGACTCATTCACGCATAATGTTCAAAGATGTTAACAGTGT	8765

CT963074.7	51	TCTATGATAGATGTTGCAGTTTCGTGTACCACACTAGGATATGAAGAATA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	8766	TCTATGATAGATGTTGCAGTTTCGTGTACCACACTAGGATATGAAGAATA	8815

CT963074.7	101	AGATATATATGCTTACTCTTTGTTTGAGGAGAACTGCTAACAACCCAAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	8816	AGATATATATGCTTACTCTTTGTTTGAGGAGAACTGCTAACAACCCAAGT	8865

CT963074.7	151	ATTGGCAGCAATAGATGCTTGTACTGCAACCAATTCAAGTTCAACGGTTA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	8866	ATTGGCAGCAATAGATGCTTGTACTGCAACCAATTCAAGTTCAACGGTTA	8915

CT963074.7	201	GTTTTACTTAGATCTTAAAATAAAATATATAAATAAGTATCGTGAATTAA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	8916	GTTTTACTTAGATCTTAAAATAAAATATATAAATAAGTATCGTGAATTAA	8965

CT963074.7	251	TATTACCTTTGGCAGGGATACCATTCACTCCAATTCTCTTCAGAGTGCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	8966	TATTACCTTTGGCAGGGATACCATTCACTCCAATTCTCTTCAGAGTGCTT	9015

CT963074.7	301	TGAAGCCTTTTGTCGTCTGTAGTAGCTGTCTTGTGGACAGCCTTCTTCCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9016	TGAAGCCTTTTGTCGTCTGTAGTAGCTGTCTTGTGGACAGCCTTCTTCCT	9065

CT963074.7	351	AAAATGAACAGAAAACAAAAACATCAACAGAAAAAGAAAAAAAAAATTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9066	AAAATGAACAGAAAACAAAAACATCAACAGAAAAAGAAAAAAAAAATTAA	9115

CT963074.7	401	CTGATACAATCTTCCTATCAGACAGAAATGATACATGCACCTCCCTCCCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9116	CTGATACAATCTTCCTATCAGACAGAAATGATACATGCACCTCCCTCCCT	9165

CT963074.7	451	CAAATTAAAAATAATTATTTATACCACTAAAGAAGTCAATGACTAACACC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9166	CAAATTAAAAATAATTATTTATACCACTAAAGAAGTCAATGACTAACACC	9215

CT963074.7	501	TCAAATTATATAGCATGTTCTGAAGATGCCAGTCATACTCATATGTAAAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9216	TCAAATTATATAGCATGTTCTGAAGATGCCAGTCATACTCATATGTAAAT	9265

CT963074.7	551	GTCTTGTCACATTCCTATAGCCAATACAAGAAAGTTTTTTCCACATAAGT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9266	GTCTTGTCACATTCCTATAGCCAATACAAGAAAGTTTTTTCCACATAAGT	9315

CT963074.7	601	TTCAATAGCCAATGCAAGAACAGTTCTTTCCAAACAAAGACAATGAGCGT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9316	TTCAATAGCCAATGCAAGAACAGTTCTTTCCAAACAAAGACAATGAGCGT	9365

CT963074.7	651	CTGGCAATTTCATGTTTGTGTACTAAAAAATGCCATCTCCATTGAGACAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9366	CTGGCAATTTCATGTTTGTGTACTAAAAAATGCCATCTCCATTGAGACAA	9415

CT963074.7	701	TTTAATATTATTTGCCGTACACACTTGTCTACATGACGAGAAATTTAGCT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9416	TTTAATATTATTTGCCGTACACACTTGTCTACATGACGAGAAATTTAGCT	9465

CT963074.7	751	TCACGATTATTAAGACGCAAGGTCAACATTGGTGAATGTGGAATCACGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9466	TCACGATTATTAAGACGCAAGGTCAACATTGGTGAATGTGGAATCACGAA	9515

CT963074.7	801	CCGTAGGATTTTGAGTATTATTTGCTGCTTTTGAATATGCTGCTCAGTTG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9516	CCGTAGGATTTTGAGTATTATTTGCTGCTTTTGAATATGCTGCTCAGTTG	9565

CT963074.7	851	AAAATGAAGAATCGCAATTGTTAAAAAACCTGAAAGCAACCTTTTCATTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9566	AAAATGAAGAATCGCAATTGTTAAAAAACCTGAAAGCAACCTTTTCATTT	9615

CT963074.7	901	TCCGGGTAGACATATATGAGAGTCCATTGTAGAATCCTTTTATTGGTCCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9616	TCCGGGTAGACATATATGAGAGTCCATTGTAGAATCCTTTTATTGGTCCA	9665

CT963074.7	951	GTCCTGGTAGGCCGTGACTATCTTAGAATCACAAGGCATTAGGTGTTCCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9666	GTCCTGGTAGGCCGTGACTATCTTAGAATCACAAGGCATTAGGTGTTCCA	9715

CT963074.7	1001	TCTCACATGAAATCTCCACCTGGTTCCACTCATTCTCAGAAAATGCACCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9716	TCTCACATGAAATCTCCACCTGGTTCCACTCATTCTCAGAAAATGCACCC	9765

CT963074.7	1051	TCCACTTTGGATTGTAGTTCACAGCAAAGGATTTGGTCCATCTTATTGCA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9766	TCCACTTTGGATTGTAGTTCACAGCAAAGGATTTGGTCCATCTTATTGCA	9815

CT963074.7	1101	TGTATAAAATATGTATTTACATGAAGAAGTGAGTTTATTAGTGCCATTGA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9816	TGTATAAAATATGTATTTACATGAAGAAGTGAGTTTATTAGTGCCATTGA	9865

CT963074.7	1151	TGAGTAGATTCAATTTGAAATCTAACACCATGTTATCAAAATGTTTTTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9866	TGAGTAGATTCAATTTGAAATCTAACACCATGTTATCAAAATGTTTTTCA	9915

CT963074.7	1201	GGTTCTGCAAAACACCATAGACCTACCCTGGGAAAATTTTTTTTGAACCA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9916	GGTTCTGCAAAACACCATAGACCTACCCTGGGAAAATTTTTTTTGAACCA	9965

CT963074.7	1251	AAAACACACTGATGATTCATTGCTTCTGAGCTTATCCACATTTACTATCC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	9966	AAAACACACTGATGATTCATTGCTTCTGAGCTTATCCACATTTACTATCC	10015

CT963074.7	1301	TATGTGAAATCCCATAGTGAAACCTTTCTAAATTTGCTGGATCAAACAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10016	TATGTGAAATCCCATAGTGAAACCTTTCTAAATTTGCTGGATCAAACAAA	10065

CT963074.7	1351	CTTTGGCTCCACTGAGGACTACATATTTCTATCACATCGTTGGAGAATAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10066	CTTTGGCTCCACTGAGGACTACATATTTCTATCACATCGTTGGAGAATAT	10115

CT963074.7	1401	ATTACGAGAATACACATTAAGGAAGCACTTCCTATTTTCATTGTAAACAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10116	ATTACGAGAATACACATTAAGGAAGCACTTCCTATTTTCATTGTAAACAC	10165

CT963074.7	1451	ACATGGCATTTGTAAACACTTTTGGACTCACTTTTTCTTCGTCTTCAGAT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10166	ACATGGCATTTGTAAACACTTTTGGACTCACTTTTTCTTCGTCTTCAGAT	10215

CT963074.7	1501	GATCGAAATCCTCTACAACCATAAGATGTTATTATCTCAAATTTGGGCAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10216	GATCGAAATCCTCTACAACCATAAGATGTTATTATCTCAAATTTGGGCAA	10265

CT963074.7	1551	TATGTAGCTTGGTAGCATAATCATCCCTTGGCATCCCCTCAAGAACAAAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10266	TATGTAGCTTGGTAGCATAATCATCCCTTGGCATCCCCTCAAGAACAAAC	10315

CT963074.7	1601	GTCGGAGCCCAATCAGATTCCCAATTGTAAAAGGCAATTGTTTTAGGGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10316	GTCGGAGCCCAATCAGATTCCCAATTGTAAAAGGCAATTGTTTTAGGGCA	10365

CT963074.7	1651	GTCTGGTCTAAATAAACATCTTTTATATTCTCCATCACTCCTACTACTTC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10366	GTCTGGTCTAAATAAACATCTTTTATATTCTCCATCACTCCTACTACTTC	10415

CT963074.7	1701	TGGGAAGCTCTCAAGACGCGAGCAACCTCTAAGATCTAAAGTCTCTAAAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10416	TGGGAAGCTCTCAAGACGCGAGCAACCTCTAAGATCTAAAGTCTCTAAAG	10465

CT963074.7	1751	ATGGCAAGTTGATGTAGGGAACCAATATTTCTAGTTGGGTGCATCCTTGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10466	ATGGCAAGTTGATGTAGGGAACCAATATTTCTAGTTGGGTGCATCCTTGA	10515

CT963074.7	1801	GCACTTAATAACACAAGCCTCTCAAGAAACCCAACCGAGTCATGGATTTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10516	GCACTTAATAACACAAGCCTCTCAAGAAACCCAACCGAGTCATGGATTTT	10565

CT963074.7	1851	ATTTAAATTAGTGCAGTAATCAAGACATAGTGCCCCCAAATTTGGTACTC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10566	ATTTAAATTAGTGCAGTAATCAAGACATAGTGCCCCCAAATTTGGTACTC	10615

CT963074.7	1901	TAGATAAGCTAGGCATTTCAGTTAGGAGTTTGCAGCCTTCAAAATCCAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10616	TAGATAAGCTAGGCATTTCAGTTAGGAGTTTGCAGCCTTCAAAATCCAGA	10665

CT963074.7	1951	AAGCTCAACGTCTCAAACACCTACACAAAAATAAAAAATAAAAATATACA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062661.3	10666	AAGCTCAACGTCTCAAACACCTACACAAAAATAAAAAATAAAAATATACA	10715

Overview

Query
CT963074.7 - 117070 bps
Hit
CU062661.3 - 10715 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100193820001200018716107151
282.964661162536365241779089371
383.6351710756880795419605106881
491.0958686412261131241779086601
590.7410516213349135101881689771
692.988611413562136751897590851
Short-link