<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU571060.3	1	TGCATATGTTTTTATTCAATTTATGAACTTAATTACTTTCTGTGTTTAAG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	99714	TGCATATGTTTTTATTCAATTTATGAACTTAATTACTTTCTGTGTTTAAG	99763

CU571060.3	51	TGGGTTGTTTGTTAAGATATTCAGATGAGAAATTTTATGTTGTTAAGCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	99764	TGGGTTGTTTGTTAAGATATTCAGATGAGAAATTTTATGTTGTTAAGCAA	99813

CU571060.3	101	AACAAGACAATTCAATTTTATTTGACGCGAGATGTTATTGAAAAAATTAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	99814	AACAAGACAATTCAATTTTATTTGACGCGAGATGTTATTGAAAAAATTAT	99863

CU571060.3	151	AAAAACTACAGACCTGACCTAGACTCGCACACGTGACCTATATGGTAATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	99864	AAAAACTACAGACCTGACCTAGACTCGCACACGTGACCTATATGGTAATC	99913

CU571060.3	201	ATTTAAGTTTTTACTATTTTGTGCTGCAATAACATTCTTTAATAATTATC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	99914	ATTTAAGTTTTTACTATTTTGTGCTGCAATAACATTCTTTAATAATTATC	99963

CU571060.3	251	AAAGAAAATATATTTACTCTTAATATAGAACAATTTCAAAAAAAATTGTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	99964	AAAGAAAATATATTTACTCTTAATATAGAACAATTTCAAAAAAAATTGTA	100013

CU571060.3	301	TTGAAATTGTATTGATTATATTATATATTTTTATGGTAAGACTCCCAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100014	TTGAAATTGTATTGATTATATTATATATTTTTATGGTAAGACTCCCAAAA	100063

CU571060.3	351	TATGAATTCCATTTTTTCAATGTTAAAAATATAAAGAGTCGCTCATAAAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100064	TATGAATTCCATTTTTTCAATGTTAAAAATATAAAGAGTCGCTCATAAAT	100113

CU571060.3	401	AGTTCATTTTCAAAATAAACTCTCTTTGTCAAAACTTATTTTCACGATAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100114	AGTTCATTTTCAAAATAAACTCTCTTTGTCAAAACTTATTTTCACGATAA	100163

CU571060.3	451	AATTTTGACTCCAAAATTTAGTTAAAATTTTTCTAAAATAAATAGTATTT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100164	AATTTTGACTCCAAAATTTAGTTAAAATTTTTCTAAAATAAATAGTATTT	100213

CU571060.3	501	AGACGCGTCTTTTTGTTATAATCTTTGTATCCAACGTTTTAAGAAGCCGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100214	AGACGCGTCTTTTTGTTATAATCTTTGTATCCAACGTTTTAAGAAGCCGA	100263

CU571060.3	551	AAAACCCTAGAAATCTACAACCCTTTGCATTCTAATGTCTTTACCAAAAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100264	AAAACCCTAGAAATCTACAACCCTTTGCATTCTAATGTCTTTACCAAAAG	100313

CU571060.3	601	CATCATTCAATGAAAAATTTGAAGATGATTTTCTCTTCCTTAGAATCACT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100314	CATCATTCAATGAAAAATTTGAAGATGATTTTCTCTTCCTTAGAATCACT	100363

CU571060.3	651	AGACAGTGGATTACTTGACAACATTGTAGAAAGGGTGACCTCTAAATCGT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100364	AGACAGTGGATTACTTGACAACATTGTAGAAAGGGTGACCTCTAAATCGT	100413

CU571060.3	701	TCACGGATTTGATTAATTTCAGACTAAGGTAATTGTAATTTTTCTTTTCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100414	TCACGGATTTGATTAATTTCAGACTAAGGTAATTGTAATTTTTCTTTTCC	100463

CU571060.3	751	AACAAATTGTTTACTTCTTATATACTAAACCGTTGATTTTTCAGTTGAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100464	AACAAATTGTTTACTTCTTATATACTAAACCGTTGATTTTTCAGTTGAAA	100513

CU571060.3	801	AATTTTAATGGTATAGGACGTCAAAGATGGCCTTATACGAATTTGTGGCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100514	AATTTTAATGGTATAGGACGTCAAAGATGGCCTTATACGAATTTGTGGCT	100563

CU571060.3	851	GTTAGACGTTCCAATTAATCCATTTATACTCTCAAACTATAAAAATCACA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100564	GTTAGACGTTCCAATTAATCCATTTATACTCTCAAACTATAAAAATCACA	100613

CU571060.3	901	AAAATTTTGAGACGTTCATTAACTAGTGCATAGAATGTGGAAATACTAGA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100614	AAAATTTTGAGACGTTCATTAACTAGTGCATAGAATGTGGAAATACTAGA	100663

CU571060.3	951	TGGTTGTACAAAACTGGCGTGGTTTTTTAAAATATTTATTTTTAAAAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100664	TGGTTGTACAAAACTGGCGTGGTTTTTTAAAATATTTATTTTTAAAAAAA	100713

CU571060.3	1001	TAATATACTCTGGTTACACAATTTTATCAAAGCTTTAATCCGTTCAAATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100714	TAATATACTCTGGTTACACAATTTTATCAAAGCTTTAATCCGTTCAAATT	100763

CU571060.3	1051	CATCGTTATGTGCTTTCACTTTTAGAGAAACTATTTGGAAAATAAAAATA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100764	CATCGTTATGTGCTTTCACTTTTAGAGAAACTATTTGGAAAATAAAAATA	100813

CU571060.3	1101	TAGATGAAGCACTTCAAATGTTGGAGAAAGCATTAGGAGGCCACAAAACC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100814	TAGATGAAGCACTTCAAATGTTGGAGAAAGCATTAGGAGGCCACAAAACC	100863

CU571060.3	1151	TGCAAGATATGTGTTTGCCTTAATCTCTATATTCTTAAGCGGTGAATCCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100864	TGCAAGATATGTGTTTGCCTTAATCTCTATATTCTTAAGCGGTGAATCCA	100913

CU571060.3	1201	AAAGATATGGACTACAAACGATTTGTGAGATAAAAGTAACACAAGAACAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100914	AAAGATATGGACTACAAACGATTTGTGAGATAAAAGTAACACAAGAACAA	100963

CU571060.3	1251	AGACAAATAACAAGGAAGTGTAGACAACGTCTTCGAGAACTCTTAGGCTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	100964	AGACAAATAACAAGGAAGTGTAGACAACGTCTTCGAGAACTCTTAGGCTT	101013

CU571060.3	1301	ACTTTCTATGTTTAATTGTGTATTTTTTGTTCACACCCCTCCCTCTCCCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101014	ACTTTCTATGTTTAATTGTGTATTTTTTGTTCACACCCCTCCCTCTCCCA	101063

CU571060.3	1351	AGTTGTTCCACTAGACTATTACATGTACTTACTAGTCAATTTCTTAAATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101064	AGTTGTTCCACTAGACTATTACATGTACTTACTAGTCAATTTCTTAAATT	101113

CU571060.3	1401	GTTTTTTATCTCAACTATATTATGTATGTTTAACTCTCTCTTATGTATCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101114	GTTTTTTATCTCAACTATATTATGTATGTTTAACTCTCTCTTATGTATCA	101163

CU571060.3	1451	ATGATCTTCACAAAAAATTACAAATATTTAAATAATGTATTATAAAAGTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101164	ATGATCTTCACAAAAAATTACAAATATTTAAATAATGTATTATAAAAGTG	101213

CU571060.3	1501	AACATCATAGCACATTAAATAGATAACACTTGAGTATATGCTATGCAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101214	AACATCATAGCACATTAAATAGATAACACTTGAGTATATGCTATGCAAAG	101263

CU571060.3	1551	AGTTATGAAGACAGAAATTGAATAGCTACCAAAATGATTTTTTTTTTAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101264	AGTTATGAAGACAGAAATTGAATAGCTACCAAAATGATTTTTTTTTTAAA	101313

CU571060.3	1601	AGTAAAATAAAACATTATGAATAAAACTCATAAACATAATACAACATTTA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101314	AGTAAAATAAAACATTATGAATAAAACTCATAAACATAATACAACATTTA	101363

CU571060.3	1651	CTAGTATCAAGATAATAACTCGTATATAAGCAAAGTGCCTAAATTCTTCA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101364	CTAGTATCAAGATAATAACTCGTATATAAGCAAAGTGCCTAAATTCTTCA	101413

CU571060.3	1701	TCATTGCTACATCCGTTGCGATTCTCATCTTCCTCATCCTCTGCACTATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101414	TCATTGCTACATCCGTTGCGATTCTCATCTTCCTCATCCTCTGCACTATT	101463

CU571060.3	1751	CCAAACACGCTTACGAACAAAAGCAACATGCTTAATAAGGCGACATCCCG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101464	CCAAACACGCTTACGAACAAAAGCAACATGCTTAATAAGGCGACATCCCG	101513

CU571060.3	1801	AGGTTTATTATAAAATATAGGATTTAACACAAAGTAATATTTCTTGATTT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101514	AGGTTTATTATAAAATATAGGATTTAACACAAAGTAATATTTCTTGATTT	101563

CU571060.3	1851	TTTGAAATCTACAACAATACTGTCTTGTTATCTCTCTTTGTTCTTTGATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101564	TTTGAAATCTACAACAATACTGTCTTGTTATCTCTCTTTGTTCTTTGATA	101613

CU571060.3	1901	ACCTTCATTTCATCAATTATCTTTACCCCTTTTTATATATAACCACCTAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101614	ACCTTCATTTCATCAATTATCTTTACCCCTTTTTATATATAACCACCTAA	101663

CU571060.3	1951	TTATATCAATATTATGCCAAAGTAACATTTTTCATCTCCATTTGAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062499.6	101664	TTATATCAATATTATGCCAAAGTAACATTTTTCATCTCCATTTGAAGCTT	101713

Overview

Query
CU571060.3 - 44764 bps
Hit
CU062499.6 - 101713 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018522000120001997141017131
284.22641321991420045190196903281
Short-link