<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU062421.11	1	AAGCTTTTATCGGCTCGGTTAAGAAGAGACAACATGCAGCGTAGTTTGAC	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52319	AAGCTTTTATCGGCTCGGTTAAGAAGAGACAACATGCAGCGTAGTTTGAC	52368

CU062421.11	51	CTCTTCCATAAGAAAAAGGTCTTCTCTCCTCCCCCTAAATCTTGGTCCGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52369	CTCTTCCATAAGAAAAAGGTCTTCTCTCCTCCCCCTAAATCTTGGTCCGA	52418

CU062421.11	101	TCGACACCTTCCTTGGAATGTAAGCATCCTCGTTCCATTTTTTAAGTCCT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52419	TCGACACCTTCCTTGGAATGTAAGCATCCTCGTTCCATTTTTTAAGTCCT	52468

CU062421.11	151	TCCGGAACCACTGAAATGCTGCTTGATTGACAATAATCATAGTCTACAGA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52469	TCCGGAACCACTGAAATGCTGCTTGATTGACAATAATCATAGTCTACAGA	52518

CU062421.11	201	TGTTAGCGATGTCTCTATAGATTTTAACCACTCACTTTTCGTTGTTAGAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52519	TGTTAGCGATGTCTCTATAGATTTTAACCACTCACTTTTCGTTGTTAGAT	52568

CU062421.11	251	TGGCCATTGGCCTTTACTTTACAATTTTTTTTAATTTTTTTTTTTTTTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52569	TGGCCATTGGCCTTTACTTTACAATTTTTTTTAATTTTTTTTTTTTTTTG	52618

CU062421.11	301	GTATATCACAGAAGGAATTGCAAGCTTGTTTAGAGAATACCAAATGACTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52619	GTATATCACAGAAGGAATTGCAAGCTTGTTTAGAGAATACCAAATGACTA	52668

CU062421.11	351	TGACTACGTATATATTCAATTTTTTATAGGCAGTACCTCGTCCACACCTA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52669	TGACTACGTATATATTCAATTTTTTATAGGCAGTACCTCGTCCACACCTA	52718

CU062421.11	401	CACCCAGCCTAAGTTGATCGAGTTCAAGAATTCGGGTTTTTCCCTTATAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52719	CACCCAGCCTAAGTTGATCGAGTTCAAGAATTCGGGTTTTTCCCTTATAT	52768

CU062421.11	451	ATTTCCAAAGTTGATTGAGTTCGAGAATTCGACTAATTTACTCTTTTGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52769	ATTTCCAAAGTTGATTGAGTTCGAGAATTCGACTAATTTACTCTTTTGTG	52818

CU062421.11	501	TTTTTAATTGGGTGTAAATTAGCAGTCCCATATATATAAGATATGCTTTC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52819	TTTTTAATTGGGTGTAAATTAGCAGTCCCATATATATAAGATATGCTTTC	52868

CU062421.11	551	TTGTAAAAATGACTCAATCTTGATCAATTGTTTTTATGCAAACTTACTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52869	TTGTAAAAATGACTCAATCTTGATCAATTGTTTTTATGCAAACTTACTTA	52918

CU062421.11	601	TATTTTAATAATACGTTATTAGTTTAAAGACTCATTCCCCCTGTGCCATC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52919	TATTTTAATAATACGTTATTAGTTTAAAGACTCATTCCCCCTGTGCCATC	52968

CU062421.11	651	CACTTGGCAAAAAAAAAAACATATTTTGAAGTCAATGTGATTGTTCCCGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	52969	CACTTGGCAAAAAAAAAAACATATTTTGAAGTCAATGTGATTGTTCCCGC	53018

CU062421.11	701	TATATAGTGGCATTGACGGTGTTTTTATAAACTAGATGAAATTAAATAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53019	TATATAGTGGCATTGACGGTGTTTTTATAAACTAGATGAAATTAAATAAT	53068

CU062421.11	751	TTTCTAGGACATTTTTTTTTAGTTATGTAGGACATATGAATATTATTTTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53069	TTTCTAGGACATTTTTTTTTAGTTATGTAGGACATATGAATATTATTTTG	53118

CU062421.11	801	AGCAAAGGAAATGGGAAATTTAAAATTTAATTGAATGATGCTAATGTGAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53119	AGCAAAGGAAATGGGAAATTTAAAATTTAATTGAATGATGCTAATGTGAA	53168

CU062421.11	851	TGTGATATATATATGTACAAATGTGAATGGGATTATTTATTGCTTTCTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53169	TGTGATATATATATGTACAAATGTGAATGGGATTATTTATTGCTTTCTTC	53218

CU062421.11	901	GTTGTTCTTTTATTGTTGCAAGTTGTCTTCTCTTAATAATATAATAATCG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53219	GTTGTTCTTTTATTGTTGCAAGTTGTCTTCTCTTAATAATATAATAATCG	53268

CU062421.11	951	CCATGCTTAGCAATAATACTCTGTCCCTAATTTTTTCACCATAAGAGAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53269	CCATGCTTAGCAATAATACTCTGTCCCTAATTTTTTCACCATAAGAGAAA	53318

CU062421.11	1001	AATTAGTCTCTAATATAAATGAAATCTCTTTGAAATTACTAAATATAATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53319	AATTAGTCTCTAATATAAATGAAATCTCTTTGAAATTACTAAATATAATT	53368

CU062421.11	1051	ATTATTGTTAAAAATATACTTTAAATGAAAATTAATATTAAATATATTTA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53369	ATTATTGTTAAAAATATACTTTAAATGAAAATTAATATTAAATATATTTA	53418

CU062421.11	1101	TTCCTACATTTTTTTAGAAAGATTATTCCTAAAAAAATTAATAAATATAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53419	TTCCTACATTTTTTTAGAAAGATTATTCCTAAAAAAATTAATAAATATAT	53468

CU062421.11	1151	TATTATATATAAATGGTAACTTAGTCATATCGTGATAGTGATAAACAAGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53469	TATTATATATAAATGGTAACTTAGTCATATCGTGATAGTGATAAACAAGA	53518

CU062421.11	1201	CGATGACATTAGTTACACTATCCATTTTTCTTCTATTTTTTTTTTTAGAT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53519	CGATGACATTAGTTACACTATCCATTTTTCTTCTATTTTTTTTTTTAGAT	53568

CU062421.11	1251	AGACGAAATGACACAGTCATTGTAAACTCACACACATAAGTGAAGATACT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53569	AGACGAAATGACACAGTCATTGTAAACTCACACACATAAGTGAAGATACT	53618

CU062421.11	1301	GGAGTTCGAACCCCGATCATGCATCCGACCTAACAATTTCGACATTTTAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53619	GGAGTTCGAACCCCGATCATGCATCCGACCTAACAATTTCGACATTTTAC	53668

CU062421.11	1351	CCGTTGATTTAGAACTTGTGGATACGGGTAAATTATACAAATGGAGGGAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53669	CCGTTGATTTAGAACTTGTGGATACGGGTAAATTATACAAATGGAGGGAG	53718

CU062421.11	1401	GAGTATATTATATACTAATCGACTCTAAGTCTCCACCCACCCCGTGAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53719	GAGTATATTATATACTAATCGACTCTAAGTCTCCACCCACCCCGTGAAAT	53768

CU062421.11	1451	TAGGCCCCAATATATATAAAAGCAAATCTTAGTCAGTCGTGAACAACCAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53769	TAGGCCCCAATATATATAAAAGCAAATCTTAGTCAGTCGTGAACAACCAA	53818

CU062421.11	1501	GAGAATCAAGCAAGCGAGTATGGGCTGCGAAAATAATGGTAAAGGAGGGC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53819	GAGAATCAAGCAAGCGAGTATGGGCTGCGAAAATAATGGTAAAGGAGGGC	53868

CU062421.11	1551	ATGAAAACAAAAAACGAAAGTTTGATGAAATGGAGAATTCAACAATTTAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53869	ATGAAAACAAAAAACGAAAGTTTGATGAAATGGAGAATTCAACAATTTAC	53918

CU062421.11	1601	AATGAGATGCACAAATCAGAATCAAGTCCCTCCACACCCAAGTCTCCGCA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53919	AATGAGATGCACAAATCAGAATCAAGTCCCTCCACACCCAAGTCTCCGCA	53968

CU062421.11	1651	CGGTGAAGGAGGAAGCAAAATCTCCTGTGTTACAGATCTTGGATCCACAG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	53969	CGGTGAAGGAGGAAGCAAAATCTCCTGTGTTACAGATCTTGGATCCACAG	54018

CU062421.11	1701	CAAGTGAGTTGAAATTATGATTCATAACATAACAATTGAAAAATGTTCCT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	54019	CAAGTGAGTTGAAATTATGATTCATAACATAACAATTGAAAAATGTTCCT	54068

CU062421.11	1751	AAGTAATTTTATCTCCAATCAATCCTAAATTTTTGTTATTCATTCAAGCG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	54069	AAGTAATTTTATCTCCAATCAATCCTAAATTTTTGTTATTCATTCAAGCG	54118

CU062421.11	1801	ACCACCTTTGCATAGATATATGTAATTATGAACTAAGTAACTTGTAAAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	54119	ACCACCTTTGCATAGATATATGTAATTATGAACTAAGTAACTTGTAAAGT	54168

CU062421.11	1851	GTTGTGTATTTTTTATTTTTTTAAACTTTATTGAAGTTAATATCATTTGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	54169	GTTGTGTATTTTTTATTTTTTTAAACTTTATTGAAGTTAATATCATTTGA	54218

CU062421.11	1901	ATGCTAACTTCAACAAATGGATCTATCTTTCAAATGCTAACTAGTGCCTT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	54219	ATGCTAACTTCAACAAATGGATCTATCTTTCAAATGCTAACTAGTGCCTT	54268

CU062421.11	1951	CAAGACACTAAGAAAACCAATATAAAAAAATTGTATTTGAAATTCTGAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062497.13	54269	CAAGACACTAAGAAAACCAATATAAAAAAATTGTATTTGAAATTCTGAAA	54318

Overview

Query
CU062421.11 - 129058 bps
Hit
CU062497.13 - 54318 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001892200012000152319543181
296.321211365256552700-1552956641
379.3371243102863103105-112433126741
482.5833108102423102530118893190011
585.943566102610102675119116191791
675.23103667102863103529119336200131
792.88264412125103125514-136577369841
885.051212527424674497138382386351
984.096312972127340151830519611
Short-link