<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT573354.6	137304	AAGCTTGTTCAACAGTTATTGGGCTCTGCTATCATACACACTATTTGGGC	137255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19023	AAGCTTGTTCAACAGTTATTGGGCTCTGCTATCATACACACTATTTGGGC	19072

C  CT573354.6	137254	AATCTGGATTGAAAGAAACAAAAGATGTTTTGACAATAAACATCAATCCA	137205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19073	AATCTGGATTGAAAGAAACAAAAGATGTTTTGACAATAAACATCAATCCA	19122

C  CT573354.6	137204	TGACAACTCTATTTAATTATATTCTGGCTGAAGTTAAAATAGGTTATACT	137155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19123	TGACAACTCTATTTAATTATATTCTGGCTGAAGTTAAAATAGGTTATACT	19172

C  CT573354.6	137154	TTGATTGGGGTTAATGGGAACTCAGATATGCAAGATTACAAAGTCTCCAG	137105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19173	TTGATTGGGGTTAATGGGAACTCAGATATGCAAGATTACAAAGTCTCCAG	19222

C  CT573354.6	137104	ACTTTCTAATATTCCCCTACATTCTAAGAGATTCATTCCTAAAAAGGCCA	137055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19223	ACTTTCTAATATTCCCCTACATTCTAAGAGATTCATTCCTAAAAAGGCCA	19272

C  CT573354.6	137054	CTCATTGGTGTCCTCCTGCTAGGGAGACGATTAAATTCAACTGTGTTGGC	137005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19273	CTCATTGGTGTCCTCCTGCTAGGGAGACGATTAAATTCAACTGTGTTGGC	19322

C  CT573354.6	137004	TCATCTATAGGGGCTTCTCCCTGCGGGGCTATTGGTATTGTGATTAGAAA	136955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19323	TCATCTATAGGGGCTTCTCCCTGCGGGGCTATTGGTATTGTGATTAGAAA	19372

C  CT573354.6	136954	CTCCACCCCCTATTTTTTGGGAGCTGTAGCTAGCAACATTGGGCATGCCA	136905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19373	CTCCACCCCCTATTTTTTGGGAGCTGTAGCTAGCAACATTGGGCATGCCA	19422

C  CT573354.6	136904	CTGCCCTAGAAGCAGAATTTTCTGCTTGTATGCTTGCCATTGAAAAAGCT	136855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19423	CTGCCCTAGAAGCAGAATTTTCTGCTTGTATGCTTGCCATTGAAAAAGCT	19472

C  CT573354.6	136854	AAGGAATTACAATTCAAGTGTATTTGCATTGAAACTGACTGTCTTCAAGT	136805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19473	AAGGAATTACAATTCAAGTGTATTTGCATTGAAACTGACTGTCTTCAAGT	19522

C  CT573354.6	136804	GGTGAATGCTTATAATAAGAGTTTTGGTGTTCCTTGGAAGATGAAAGCTA	136755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19523	GGTGAATGCTTATAATAAGAGTTTTGGTGTTCCTTGGAAGATGAAAGCTA	19572

C  CT573354.6	136754	GATGGTACAATTGTATGAAGTTCTGCCATAGCATTGTCTGTTCTTGTGTT	136705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19573	GATGGTACAATTGTATGAAGTTCTGCCATAGCATTGTCTGTTCTTGTGTT	19622

C  CT573354.6	136704	CATGTGCTCAGAGAAGGTAACCAAGTTGCAGATGCTTTAGCTAAACATGG	136655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19623	CATGTGCTCAGAGAAGGTAACCAAGTTGCAGATGCTTTAGCTAAACATGG	19672

C  CT573354.6	136654	TCAAGGTTTATCTCAGTTTTCCACTCAATGGTGGATTCAGCCTCCATCTT	136605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19673	TCAAGGTTTATCTCAGTTTTCCACTCAATGGTGGATTCAGCCTCCATCTT	19722

C  CT573354.6	136604	TTATTCATCCCCTCCTTCAGAGGGATTGTCTTAGCTTATCTTCAAGGATG	136555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19723	TTATTCATCCCCTCCTTCAGAGGGATTGTCTTAGCTTATCTTCAAGGATG	19772

C  CT573354.6	136554	ATTGCAGTCTGATGTATTTCTCTCCCGTTTTGTTGGGTTTGGTTTGTTTT	136505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19773	ATTGCAGTCTGATGTATTTCTCTCCCGTTTTGTTGGGTTTGGTTTGTTTT	19822

C  CT573354.6	136504	TGTTTTTGATGTTTTCTTGTATTGTTTAACTCTGGTTCAGGCCTCTCCTG	136455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19823	TGTTTTTGATGTTTTCTTGTATTGTTTAACTCTGGTTCAGGCCTCTCCTG	19872

C  CT573354.6	136454	CTTTATTTTGATTTCTAGCTTTGATAAAAAAAAATAAAAAAATATTGAGT	136405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19873	CTTTATTTTGATTTCTAGCTTTGATAAAAAAAAATAAAAAAATATTGAGT	19922

C  CT573354.6	136404	GACATTATGATATCAAAAAATCAAATGTTTCCTAAGTGAAATTCTAAGTC	136355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19923	GACATTATGATATCAAAAAATCAAATGTTTCCTAAGTGAAATTCTAAGTC	19972

C  CT573354.6	136354	CACCAGATACCTTGTTTATAACAACAGAAGGTATAAGTGTGAACCCATTA	136305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	19973	CACCAGATACCTTGTTTATAACAACAGAAGGTATAAGTGTGAACCCATTA	20022

C  CT573354.6	136304	CATTTTTTTCTACTTATTGTCGTTGTTTAAATTTTTCATACAATCCAAAT	136255
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20023	CATTTTTTTCTACTTATTGTCGTTGTTTAAATTTTTCATACAATCCAAAT	20072

C  CT573354.6	136254	ATGTGATAATAATGTCTTTCAGCTCACACCTTAATTATCCACTCATATAT	136205
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20073	ATGTGATAATAATGTCTTTCAGCTCACACCTTAATTATCCACTCATATAT	20122

C  CT573354.6	136204	AGAAGCAATTAAGCCCCTCACCGGTGTACCATCTATAATATATCATTAGA	136155
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20123	AGAAGCAATTAAGCCCCTCACCGGTGTACCATCTATAATATATCATTAGA	20172

C  CT573354.6	136154	TCTTTAAACAAAAACAGTAAATATAAGCAACCACTTCATCTATTTTATTT	136105
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20173	TCTTTAAACAAAAACAGTAAATATAAGCAACCACTTCATCTATTTTATTT	20222

C  CT573354.6	136104	GTAATTGGAGACTTCAAATCAAAATTGAAAAACTGTAATTATTTTAGGGT	136055
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20223	GTAATTGGAGACTTCAAATCAAAATTGAAAAACTGTAATTATTTTAGGGT	20272

C  CT573354.6	136054	TGGGCAGTAAACCATGAATTATGTGTTCATTTACTTTCTAGCATAATCAA	136005
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20273	TGGGCAGTAAACCATGAATTATGTGTTCATTTACTTTCTAGCATAATCAA	20322

C  CT573354.6	136004	AATTGTATATCTTACCTCTATATACATATACATACATACATAGATACATA	135955
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20323	AATTGTATATCTTACCTCTATATACATATACATACATACATAGATACATA	20372

C  CT573354.6	135954	CATATATTTTAAGGTGCATTTTGATGATGTGTCACCTCACCAAAACTCTC	135905
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20373	CATATATTTTAAGGTGCATTTTGATGATGTGTCACCTCACCAAAACTCTC	20422

C  CT573354.6	135904	TCTTTTCTAACTATTATCTCATACTTATGCCAAGTGGCTCTATTTTTCAT	135855
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20423	TCTTTTCTAACTATTATCTCATACTTATGCCAAGTGGCTCTATTTTTCAT	20472

C  CT573354.6	135854	TTTTTTTCTTTTCTTACTTCTATTTACTACATATTTATTTATATAAAATT	135805
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20473	TTTTTTTCTTTTCTTACTTCTATTTACTACATATTTATTTATATAAAATT	20522

C  CT573354.6	135804	CTCAACATATATTCTAAGGTGCATTTTGATGATATATCACCTCACCAAAG	135755
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20523	CTCAACATATATTCTAAGGTGCATTTTGATGATATATCACCTCACCAAAG	20572

C  CT573354.6	135754	CTCTCTTTTTTCTAACTAAAATCTCATACTTATGTTAAATGGCTATCTTT	135705
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20573	CTCTCTTTTTTCTAACTAAAATCTCATACTTATGTTAAATGGCTATCTTT	20622

C  CT573354.6	135704	TTTATTTTTTTTTCTTTTCTTACATCTATTTACTACATACTTATTTATAT	135655
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20623	TTTATTTTTTTTTCTTTTCTTACATCTATTTACTACATACTTATTTATAT	20672

C  CT573354.6	135654	AAAATTCATTCATATTCATGTAGTTCTTTATTATGTAACTTCCAATTAAT	135605
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20673	AAAATTCATTCATATTCATGTAGTTCTTTATTATGTAACTTCCAATTAAT	20722

C  CT573354.6	135604	TTGTGTAACTTCTTCCACTTATCATTTTTTTTTTATTCATAACCTACAAA	135555
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20723	TTGTGTAACTTCTTCCACTTATCATTTTTTTTTTATTCATAACCTACAAA	20772

C  CT573354.6	135554	TTCAAAAAGTTTAGTTCAAGATTTTTCACATTCACATTTACCCTTTATAA	135505
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20773	TTCAAAAAGTTTAGTTCAAGATTTTTCACATTCACATTTACCCTTTATAA	20822

C  CT573354.6	135504	CCATCACCTACTCCACATTCATTTTGAACTCATTTATACCCATTTTGACA	135455
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20823	CCATCACCTACTCCACATTCATTTTGAACTCATTTATACCCATTTTGACA	20872

C  CT573354.6	135454	ATTATACTAAATCTTAGAGTGTTTCCACCATGATGCTATTTCTACCACCA	135405
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20873	ATTATACTAAATCTTAGAGTGTTTCCACCATGATGCTATTTCTACCACCA	20922

C  CT573354.6	135404	TAAAGATACGTATTGAAGTTTTATTTTGATTGTTTATTTATGCTAAAAAT	135355
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20923	TAAAGATACGTATTGAAGTTTTATTTTGATTGTTTATTTATGCTAAAAAT	20972

C  CT573354.6	135354	AATTTAATCCATTTCTTCTAAAGTTATTTTATTTTCTTTGTTTTCCCATG	135305
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU062495.5	20973	AATTTAATCCATTTCTTCTAAAGTTATTTTATTTTCTTTGTTTTCCCATG	21022

Overview

Query
CT573354.6 - 137304 bps
Hit
CU062495.5 - 21022 bps
Total alignments
6
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018832000135305137304-119023210221
292.47981467891379058-111317114621
388.528911256119618120873-116069173311
497.67368429119206119634-119914203421
589.4783153135648135800-120372205231
61003037135104135140-120986210221
Short-link