<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990558.4	139444	TTTGCATGTTCAATTTTAAGCTATCCAGTATTTACAAAAATTTAGTTATA	139493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1	TTTGCATGTTCAATTTTAAGCTATCCAGTATTTACAAAAATTTAGTTATA	50

CT990558.4	139494	ATTATTAATCACTAAATTCATCGGGACTAGCATAATATCGAGTTGGACTA	139543
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	51	ATTATTAATCACTAAATTCATCGGGACTAGCATAATATCGAGTTGGACTA	100

CT990558.4	139544	GGGTTCAGTGTACCCAAATAGTCCTAAAACTACTAGTCAAGTAGGTTGTA	139593
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	101	GGGTTCAGTGTACCCAAATAGTCCTAAAACTACTAGTCAAGTAGGTTGTA	150

CT990558.4	139594	AGTCCTCTTTGTGGGCATCAATTTTGTGATCACGCCAACATGCCTCTATA	139643
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	151	AGTCCTCTTTGTGGGCATCAATTTTGTGATCACGCCAACATGCCTCTATA	200

CT990558.4	139644	TATTTGGCAGGGCATATTGGCCCTTTCGATATGCCGTATACATCGGACTC	139693
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	201	TATTTGGCAGGGCATATTGGCCCTTTCGATATGCCGTATACATCGGACTC	250

CT990558.4	139694	CACATTTAGCTCATGTGGTTTTATTGTCGGTTATTAGTAGCTCCCAGAGT	139743
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	251	CACATTTAGCTCATGTGGTTTTATTGTCGGTTATTAGTAGCTCCCAGAGT	300

CT990558.4	139744	TTAGTCAAACTCTATTGAATTGACCATATTTACAGTTTAGTTAGTATTCA	139793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	301	TTAGTCAAACTCTATTGAATTGACCATATTTACAGTTTAGTTAGTATTCA	350

CT990558.4	139794	CTCTCAAGATGTTATAAATTTTGTCATTACATCCAGTTAGTTCACCATTC	139843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	351	CTCTCAAGATGTTATAAATTTTGTCATTACATCCAGTTAGTTCACCATTC	400

CT990558.4	139844	AGTATATTATGTTCAGAATATTATACTCGCTTTTGTGCTTGTTCAGTATT	139893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	401	AGTATATTATGTTCAGAATATTATACTCGCTTTTGTGCTTGTTCAGTATT	450

CT990558.4	139894	GTTTTATTTCAACTCTACTCTATCCTACATGCTTAGTACCTCTCAAGTAC	139943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	451	GTTTTATTTCAACTCTACTCTATCCTACATGCTTAGTACCTCTCAAGTAC	500

CT990558.4	139944	TGACGCATACGTGTTCTACATCTTCTCGTGATGTAGGTTCAACTTCCCAG	139993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	501	TGACGCATACGTGTTCTACATCTTCTCGTGATGTAGGTTCAACTTCCCAG	550

CT990558.4	139994	CATCCAGACCACGCCTCAGTGGTGAGTCCTCATTCTCCGAGGACAATAGT	140043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	551	CATCCAGACCACGCCTCAGTGGTGAGTCCTCATTCTCCGAGGACAATAGT	600

CT990558.4	140044	TATGAGTTTTTTTTAGTATTTTTAGTCCTTTAGTTTCAATTTTCACTAGA	140093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	601	TATGAGTTTTTTTTAGTATTTTTAGTCCTTTAGTTTCAATTTTCACTAGA	650

CT990558.4	140094	CTTAGCTGGGGTCTATCCAAGCATTTCTAGTCAGTTAGAGGCTATTTTTA	140143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	651	CTTAGCTGGGGTCTATCCAAGCATTTCTAGTCAGTTAGAGGCTATTTTTA	700

CT990558.4	140144	GACATAGTTAGTTTCAACTTAAAATTGAGTTAATATTTTCTTTGTATTAA	140193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	701	GACATAGTTAGTTTCAACTTAAAATTGAGTTAATATTTTCTTTGTATTAA	750

CT990558.4	140194	ATTCATCAGTTTCAAATATATTTGTTATAGTATATGAGTATTCCTCATCT	140243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	751	ATTCATCAGTTTCAAATATATTTGTTATAGTATATGAGTATTCCTCATCT	800

CT990558.4	140244	TTTCATTTTAATTATGATTTAGCTTCCGCACCAGTTTATTTTCTTTAGTA	140293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	801	TTTCATTTTAATTATGATTTAGCTTCCGCACCAGTTTATTTTCTTTAGTA	850

CT990558.4	140294	TGCTTATGATCATGCCATCAGAGTTAGCTGACGATCACTTGTGATCATAG	140343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	851	TGCTTATGATCATGCCATCAGAGTTAGCTGACGATCACTTGTGATCATAG	900

CT990558.4	140344	GTGTCGTGTCCGTGTCTCGAGGGTAGCTCAGGACATGACAAAATTGATCA	140393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	901	GTGTCGTGTCCGTGTCTCGAGGGTAGCTCAGGACATGACAAAATTGATCA	950

CT990558.4	140394	TATTTCTCATATCAGGAGTGTTATAAAATATGTCAAGTCTTCTTTTTCAA	140443
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	951	TATTTCTCATATCAGGAGTGTTATAAAATATGTCAAGTCTTCTTTTTCAA	1000

CT990558.4	140444	GATTTGTTACTTTTAAGTCCTTAGTTGAGAAAGTTGAGATTGACACTCGT	140493
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1001	GATTTGTTACTTTTAAGTCCTTAGTTGAGAAAGTTGAGATTGACACTCGT	1050

CT990558.4	140494	GGTCTTGTAGGCCTGGATGTTGACACTAGATGGAACTCGATATACATAAT	140543
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1051	GGTCTTGTAGGCCTGGATGTTGACACTAGATGGAACTCGATATACATAAT	1100

CT990558.4	140544	GTTGGATAAAGCTTTGAAATTTGAAAAAGTTTTTACAAGAATATATGTGG	140593
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1101	GTTGGATAAAGCTTTGAAATTTGAAAAAGTTTTTACAAGAATATATGTGG	1150

CT990558.4	140594	ATGACCAGAATTATCAAAAGCAACATCGAGAAATAAGTACACCAACAAAA	140643
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1151	ATGACCAGAATTATCAAAAGCAACATCGAGAAATAAGTACACCAACAAAA	1200

CT990558.4	140644	AATCCATCAACAGATAATTGTAAGAATGCGAAAGCTTTTGTGAAGTTTCT	140693
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1201	AATCCATCAACAGATAATTGTAAGAATGCGAAAGCTTTTGTGAAGTTTCT	1250

CT990558.4	140694	TAATATTTTCTGTCAGGCAACTTAAAAATTTTCGGGCAGCTTATATTCTT	140743
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1251	TAATATTTTCTGTCAGGCAACTTAAAAATTTTCGGGCAGCTTATATTCTT	1300

CT990558.4	140744	CTTCCAACTCTTTCTTTCATGTTTTTTTCAGTCTCCAAAATGACATTATC	140793
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1301	CTTCCAACTCTTTCTTTCATGTTTTTTTCAGTCTCCAAAATGACATTATC	1350

CT990558.4	140794	ATGTATATACTAAGCATGATGATCTCGTTTCGGTTGATATGACAACAAGA	140843
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1351	ATGTATATACTAAGCATGATGATCTCGTTTCGGTTGATATGACAACAAGA	1400

CT990558.4	140844	ATGAAATCGAAGTTGGATAAATATGGGGGTAAGTTTGAAAGTTTGAATAT	140893
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1401	ATGAAATCGAAGTTGGATAAATATGGGGGTAAGTTTGAAAGTTTGAATAT	1450

CT990558.4	140894	GTTACTAATAGTTGCTGTTATGTTGGATCCTAGATAAAAGATGCAATATG	140943
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1451	GTTACTAATAGTTGCTGTTATGTTGGATCCTAGATAAAAGATGCAATATG	1500

CT990558.4	140944	TAGAGTATATTCTTTCTATTGTATAGGGATCTTTGATTGGAAGATTAAAG	140993
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1501	TAGAGTATATTCTTTCTATTGTATAGGGATCTTTGATTGGAAGATTAAAG	1550

CT990558.4	140994	TCTGAAGATGTGATAGATGTTCTGAAACTCTTACATAATCACTACAATTT	141043
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1551	TCTGAAGATGTGATAGATGTTCTGAAACTCTTACATAATCACTACAATTT	1600

CT990558.4	141044	TTCTTGCTTCGAAGATTCTAATGAAAATATTGAAAATGATAATTGTGTGA	141093
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1601	TTCTTGCTTCGAAGATTCTAATGAAAATATTGAAAATGATAATTGTGTGA	1650

CT990558.4	141094	TGGGTGAATATAATTATTTGTTGCGATCTCAGTGGGAAAGCACATGAAAA	141143
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1651	TGGGTGAATATAATTATTTGTTGCGATCTCAGTGGGAAAGCACATGAAAA	1700

CT990558.4	141144	AAGAGGGATTTGTGTTAAAAAAACTCTGATCCTGAGATATACTTGAAAGA	141193
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1701	AAGAGGGATTTGTGTTAAAAAAACTCTGATCCTGAGATATACTTGAAAGA	1750

CT990558.4	141194	TGATGTAGTGAAGATCAATGATTTTAATATTTTGAGTTGGTGGAAAGTTT	141243
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1751	TGATGTAGTGAAGATCAATGATTTTAATATTTTGAGTTGGTGGAAAGTTT	1800

CT990558.4	141244	CGTCCAATAGATACCTAATTGTTGCCAAAATTGCTAGGGATATCTTTTCT	141293
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1801	CGTCCAATAGATACCTAATTGTTGCCAAAATTGCTAGGGATATCTTTTCT	1850

CT990558.4	141294	ATTCCTATTTTTACTATTGCATCTAAGTCAGCATTTAGTATAGGTGATCG	141343
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1851	ATTCCTATTTTTACTATTGCATCTAAGTCAGCATTTAGTATAGGTGATCG	1900

CT990558.4	141344	AATTCTTGATAGTTATCGAAGTTCTTTATCTCCAAAGACGTTAGAAGCGC	141393
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1901	AATTCTTGATAGTTATCGAAGTTCTTTATCTCCAAAGACGTTAGAAGCGC	1950

CT990558.4	141394	TTATTTGCACTGAACAATGGCTACGACCGCCTTCTAAAGAGTGCAAGCTT	141443
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU062424.8	1951	TTATTTGCACTGAACAATGGCTACGACCGCCTTCTAAAGAGTGCAAGCTT	2000

Overview

Query
CT990558.4 - 141443 bps
Hit
CU062424.8 - 117947 bps
Total alignments
9
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191320001394441414431120001
286.42408310801162-138580386601
378.99129458127072127529149195496321
481.5143612383539436631149502507391
586.71448847127780128626149897507391
679.47188637138912139548-173121737631
785.024078573578136637-192630934971
886.52456854127779128632-192630934821
982.9761873506735253-194028942141
Short-link