<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 250 bps

Full alignment

CU062506.1	1	AAGCTTGTATTGGATCTTTGAGGCAATAGGGAGCCAGCTCCTGGAGCTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	114734	AAGCTTGTATTGGATCTTTGAGGCAATAGGGAGCCAGCTCCTGGAGCTCT	114783

CU062506.1	51	TGAGCTAGGGAGTGACATAGTCAGGTCTGTGCTTTAGGAAGACCAGTATC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	114784	TGAGCTAGGGAGTGACATAGTCAGGTCTGTGCTTTAGGAAGACCAGTATC	114833

CU062506.1	101	AAAGTAGTGTGTAGGGCAGAGTAGAGAGGAAAAGACAATTAAGAAGCTGC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	114834	AAAGTAGTGTGTAGGGCAGAGTAGAGAGGAAAAGACAATTAAGAAGCTGC	114883

CU062506.1	151	TTCGATAGTCCAAGTGAGAAGTGATGAGGGTAGACACTGAACTGGCATCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	114884	TTCGATAGTCCAAGTGAGAAGTGATGAGGGTAGACACTGAACTGGCATCT	114933

CU062506.1	201	CAGAGAGTTAACCAGCTTCCCTTTGTCACTGTGGCCTGTGTAGACAGCCA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	114934	CAGAGAGTTAACCAGCTTCCCTTTGTCACTGTGGCCTGTGTAGACAGCCA	114983

CU062506.1	251	GGGTATTGTCCCTTTGTCCCTCATACAAAGGATTTCCTTCTTCTCCCTGT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	114984	GGGTATTGTCCCTTTGTCCCTCATACAAAGGATTTCCTTCTTCTCCCTGT	115033

CU062506.1	301	GCTTTTGCTGCTGCTGAGTCTGGGTCTGCGTTTAGCTAGCCTTAACTCCC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115034	GCTTTTGCTGCTGCTGAGTCTGGGTCTGCGTTTAGCTAGCCTTAACTCCC	115083

CU062506.1	351	ATAACTCAAGGTGCATCCTCCCCACAGACTGGATCTCAAGCTGGGGACAG	400
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115084	ATAACTCAGGGTGCATCCTCCCCACAGACTGGATCTCAAGCTGGGGACAG	115133

CU062506.1	401	TGCCTACAGTTGGAAACCTGAGTCCCCTGGGAGGAAGCAGCTCTGACCTG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115134	TGCCTACAGTTGGAAACCTGAGTCCCCTGGGAGGAAGCAGCTCTGACCTG	115183

CU062506.1	451	GAAAACAGGACCTACTTCAGCAGCTTTGCCACTCTCCAGTCCTTCCAGAC	500
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115184	GAAAACAGGACCTACCTCAGCAGCTTTGCCACTCTCCAGTCCTTCCAGAC	115233

CU062506.1	501	CTTCCCCTGAGACCCAGGCCCCCTCCTAATCCATTCATTTTGACAAGCAT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115234	CTTCCCCTGAGACCCAGGCCCCCTCCTAATCCATTCATTTTGACAAGCAT	115283

CU062506.1	551	TTATTAGGCACCTACTGCATGCCTTGAGCACAAAGACAAAATGGCTCTCA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115284	TTATTAGGCACCTACTGCATGCCTTGAGCACAAAGACAAAATGGCTCTCA	115333

CU062506.1	601	GGGTTCTTCCATCACTTAGAGAGTAAACAGAAGGATATTTAAGAACAGAG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115334	GGGTTCTTCCATCACTTAGAGAGTAAACAGAAGGATATTTAAGAACAGAG	115383

CU062506.1	651	GTAGCAATAAGACCCAGAAAGATCTGGAAAGACTTGGGGGAGGGGGAGGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115384	GTAGCAATAAGACCCAGAAAGATCTGGAAAGACTTGGGGGAGGGGGAGGC	115433

CU062506.1	701	TGAGACAGGTAGCAAATGAGCTGGGTCTGGAAGAAAATTAAGGCACATAG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115434	TGAGACAGGTAGCAAATGAGCTGGGTCTGGAAGAAAATTAAGGCACATAG	115483

CU062506.1	751	ATGGGACATGTCCCTTGTGATGTGAGAAGCAAGCTTGCCTGGAAACACAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115484	ATGGGACATGTCCCTTGTGATGTGAGAAGCAAGCTTGCCTGGAAACACAG	115533

CU062506.1	801	GAAGGGAAACAGAGTAATAATTCTCAAAAAGGAAATGGGAGTCAGACTTC	850
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115534	GAAGGAAAACAGAGTAATAATTCTCAAAAAGGAAATGGGAGTCAGACTTC	115583

CU062506.1	851	CTGAACTTTATATGCCAACCAGATGAGCTAGTACTTTGTCCTAGAAGTAA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115584	CTGAACTTTATATGCCAACCAGATGAGCTAGTACTTTGTCCTAGAAGTAA	115633

CU062506.1	901	AAAGGACAGGTCTTGAGTGGGGGAATGACCTGGTCAGACTTGTGCTCTAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115634	AAAGGACAGGTCTTGAGTGGGGGAATGACCTGGTCAGACTTGTGCTCTAG	115683

CU062506.1	951	GAAAGTTGTTTTGGCAACTAAGGGGTGGCTTGATTGCACAGAAGAGAGAC	1000
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115684	GAAAGTTGTTTTGGCAACTAAAGGGTGGCTTGATTGCACAGAAGAGAGAC	115733

CU062506.1	1001	TAGAAACCAGGAATAAAATGAAAAGCCCATGCCAAGGAACTGACCTGGGA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115734	TAGAAACCAGGAATAAAATGAAAAGCCCATGCCAAGGAACTGACCTGGGA	115783

CU062506.1	1051	TGGTAGCCTATGAATTTGAACACAAGAGGTGTCGGAGAGCTTATAGAAAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115784	TGGTAGCCTATGAATTTGAACACAAGAGGTGTCGGAGAGCTTATAGAAAC	115833

CU062506.1	1101	AAGATTCTGGCAACTGATTGGATTGGGAGAGAAGGGTGATAAGTGATAGG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115834	AAGATTCTGGCAACTGATTGGATTGGGAGAGAAGGGTGATAAGTGATAGG	115883

CU062506.1	1151	GGACTCAAGGTTGATCCTGAAGCTGTGAGCCTCCTTTCAACCACCTGAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115884	GGACTCAAGGTTGATCCTGAAGCTGTGAGCCTCCTTTCAACCACCTGAAA	115933

CU062506.1	1201	GGCTGGGAAGATGGTAGTACCTTCAATAGAGATAGTGAAAAGTCCCCAGG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115934	GGCTGGGAAGATGGTAGTACCTTCAATAGAGATAGTGAAAAGTCCCCAGG	115983

CU062506.1	1251	TCTGAAGATGGAGGATCTTGCACCATGCACAGCCAGGAGGCCAGTGTCAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115984	TCTGAAGATGGAGGATCTTGCACCATGCACAGCCAGGAGGCCAGTGTCAC	116033

CU062506.1	1301	TAGACCACAAAGTACTGGGTGAGGACAAGTAGGTATAAGAATACTGGAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116034	TAGACCACAAAGTACTGGGTGAGGACAAGTAGGTATAAGAATACTGGAAG	116083

CU062506.1	1351	TGTTGGGGCTAGACAGGCTGTGAAAGGTTTTAAAAGCCAAACAGAGCATT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116084	TGTTGGGGCTAGACAGGCTGTGAAAGGTTTTAAAAGCCAAACAGAGCATT	116133

CU062506.1	1401	TTTATTTTTTATCCTAGAGGCAATAAGGAATCGCTAGAGTTTATTGAGGT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116134	TTTATTTTTTATCCTAGAGGCAATAAGGAATCGCTAGAGTTTATTGAGGT	116183

CU062506.1	1451	GAGGGGAATGACATGATCAGAACTACCCTTTGAGGTCAATCACTTTGGTC	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116184	GAGGGGAATGACATGATCAGAACTACCCTTTGAGGTCAATCACTTTGGTC	116233

CU062506.1	1501	ACTGAGTGGAGGATGGACTAGAGTGGGGAGAGACTTGAGGCAAGCAGACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116234	ACTGAGTGGAGGATGGACTAGAGTGGGGAGAGACTTGAGGCAAGCAGACT	116283

CU062506.1	1551	CACCAGAAGCTATCACAATAGTCCAGGTGTGAGGTGATGAAGTTCTGCAC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116284	CACCAGAAGCTATCACAATAGTCCAGGTGTGAGGTGATGAAGTTCTGCAC	116333

CU062506.1	1601	CAGGATAGGAGCAGTGTCAGAGGAGAAAAAGGGGATATTGGAGAGATAAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116334	CAGGATAGGAGCAGTGTCAGAGGAGAAAAAGGGGATATTGGAGAGATAAC	116383

CU062506.1	1651	ACAGAGATGAAAAGGACCAGACATACTGCAGAGGTGAAGTGGATAAGAGA	1700
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU041371.1	116384	ACAGAGATGAAAAGGACCAGACATACTGTAGAGGTGAAGTGGATAAGAGA	116433

CU062506.1	1701	AGCTGCAGAGGTGAAATGGACCAGAGATGCTGCAGAGGTGAAATGGACCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116434	AGCTGCAGAGGTGAAATGGACCAGAGATGCTGCAGAGGTGAAATGGACCA	116483

CU062506.1	1751	GAGAATCAGCAGCAGTGAAACTGACAGGTCTTGGCAACAGACTGAATCTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116484	GAGAATCAGCAGCAGTGAAACTGACAGGTCTTGGCAACAGACTGAATCTG	116533

CU062506.1	1801	GAGGGGAGGTTTTAGGAGGAAGGATATAAGTTCCATTTTGTACATGTTGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116534	GAGGGGAGGTTTTAGGAGGAAGGATATAAGTTCCATTTTGTACATGTTGA	116583

CU062506.1	1851	GTTTACTACTGGACATTTAGTTTGAGATGTCTGAAAGGTAGTTGGAGATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116584	GTTTACTACTGGACATTTAGTTTGAGATGTCTGAAAGGTAGTTGGAGATC	116633

CU062506.1	1901	TGAGAATGGAGGTCAGCAGAGAGTTTGGGACAGAAAAAGTAGATCTGAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116634	TGAGAATGGAGGTCAGCAGAGAGTTTGGGACAGAAAAAGTAGATCTGAGA	116683

CU062506.1	1951	AACACTGGCATAGGGATAGATGGTAATTAAATCCACAGGAGTTGATGAAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	116684	AACACTGGCATAGGGATAGATGGTAATTAAATCCACAGGAGTTGATGAAA	116733

Compact alignment

skip 350 bps 100% identity alignment

CU062506.1	351	ATAACTCAAGGTGCATCCTCCCCACAGACTGGATCTCAAGCTGGGGACAG	400
			|||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115084	ATAACTCAGGGTGCATCCTCCCCACAGACTGGATCTCAAGCTGGGGACAG	115133

skip 50 bps 100% identity alignment

CU062506.1	451	GAAAACAGGACCTACTTCAGCAGCTTTGCCACTCTCCAGTCCTTCCAGAC	500
			||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115184	GAAAACAGGACCTACCTCAGCAGCTTTGCCACTCTCCAGTCCTTCCAGAC	115233

skip 300 bps 100% identity alignment

CU062506.1	801	GAAGGGAAACAGAGTAATAATTCTCAAAAAGGAAATGGGAGTCAGACTTC	850
			||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115534	GAAGGAAAACAGAGTAATAATTCTCAAAAAGGAAATGGGAGTCAGACTTC	115583

skip 100 bps 100% identity alignment

CU062506.1	951	GAAAGTTGTTTTGGCAACTAAGGGGTGGCTTGATTGCACAGAAGAGAGAC	1000
			||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
CU041371.1	115684	GAAAGTTGTTTTGGCAACTAAAGGGTGGCTTGATTGCACAGAAGAGAGAC	115733

skip 650 bps 100% identity alignment

CU062506.1	1651	ACAGAGATGAAAAGGACCAGACATACTGCAGAGGTGAAGTGGATAAGAGA	1700
			|||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
CU041371.1	116384	ACAGAGATGAAAAGGACCAGACATACTGTAGAGGTGAAGTGGATAAGAGA	116433

skip 300 bps 100% identity alignment

Overview

Query
CU062506.1 - 170000 bps
Hit
CU041371.1 - 116733 bps
Total alignments
12
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
199.75195520001200011147341167331
283.7567161376939291961397721
377.631314466733367778-111713121501
484.46158315133975134289129890301981
586.273051134307134357130204302541
690.57186266162835163100-138818390821
792.81215277106344106620138818390951
891.01199281158670158950138818390951
990.5775106136832136937-138986390911
1090.32214306106317106622158116584251
1192.09212278162847163124-158119583961
1289.54210306158646158951158119584241
Short-link