<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU062498.5	1	GTAAGTTTCTAAAATCATTCAGGCAGGCATGGCTTGTGTACATGTAAAGG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	128661	GTAAGTTTCTAAAATCATTCAGGCAGGCATGGCTTGTGTACATGTAAAGG	128710

CU062498.5	51	ATGTTGAAATATCACTTAAAAAACAAAAATATTTAGTTTTCACTAATCAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	128711	ATGTTGAAATATCACTTAAAAAACAAAAATATTTAGTTTTCACTAATCAA	128760

CU062498.5	101	TATGATTAACTTGTGTGTCCTTAGATCTTCTAGTATGAAGGGTGTGTTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	128761	TATGATTAACTTGTGTGTCCTTAGATCTTCTAGTATGAAGGGTGTGTTCA	128810

CU062498.5	151	AAACTTCTCTCTCCATGTGCCTATTTTGACCAAAGCAGATTAGTTATCAA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	128811	AAACTTCTCTCTCCATGTGCCTATTTTGACCAAAGCAGATTAGTTATCAA	128860

CU062498.5	201	CTATTGAGACTTATAAATCATGGGATCCTACAAAGAAGTGTCAAAATCTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	128861	CTATTGAGACTTATAAATCATGGGATCCTACAAAGAAGTGTCAAAATCTA	128910

CU062498.5	251	ATTAACAAACATTCTCTTTAAGACTTTGTGAAATAAGACGAACGTATTAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	128911	ATTAACAAACATTCTCTTTAAGACTTTGTGAAATAAGACGAACGTATTAA	128960

CU062498.5	301	TTATGTCTCTAATAATAAGATAGCAAAGCCTGCAAAACCTAAGTATATGC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	128961	TTATGTCTCTAATAATAAGATAGCAAAGCCTGCAAAACCTAAGTATATGC	129010

CU062498.5	351	AAATGTAGACATAACAGTTTGTTGTATGCTCATCTTTTTCTTTGATATGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129011	AAATGTAGACATAACAGTTTGTTGTATGCTCATCTTTTTCTTTGATATGG	129060

CU062498.5	401	AATGCAGACTAGTGTAACAGAGACAAGTGCCCCAGAACTTGCCAAACTTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129061	AATGCAGACTAGTGTAACAGAGACAAGTGCCCCAGAACTTGCCAAACTTC	129110

CU062498.5	451	TTTATTGGCTCATGGTGGTTGGTTATAGCATCCGGAATATTGAAGTCCGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129111	TTTATTGGCTCATGGTGGTTGGTTATAGCATCCGGAATATTGAAGTCCGC	129160

CU062498.5	501	TTTGATATGGAACGGGTACTAGGCACTTCTCCAAAGCTCGCTGAGCTGCC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129161	TTTGATATGGAACGGGTACTAGGCACTTCTCCAAAGCTCGCTGAGCTGCC	129210

CU062498.5	551	TCCTGGTGAAAATATTTAGGCATCTCTGGAAAGTGTCTAATCTATAGCAA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129211	TCCTGGTGAAAATATTTAGGCATCTCTGGAAAGTGTCTAATCTATAGCAA	129260

CU062498.5	601	GCATTAAAACGTTGAAGCAACATACATTTTTCATGAGCTTTACGATGGTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129261	GCATTAAAACGTTGAAGCAACATACATTTTTCATGAGCTTTACGATGGTC	129310

CU062498.5	651	AATAGTAAAATTTTATCAAGCTTGTACGACTATCTGGGAGGACAACAGTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129311	AATAGTAAAATTTTATCAAGCTTGTACGACTATCTGGGAGGACAACAGTG	129360

CU062498.5	701	GAAATTGGTTTTAGTGCATTTTCTTCACTCACTCCCAGCCCCGCTCCCCC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129361	GAAATTGGTTTTAGTGCATTTTCTTCACTCACTCCCAGCCCCGCTCCCCC	129410

CU062498.5	751	TATTATTCTCAGTTTGGGAGCATCATTAAGACGCTCATACAAAGGAAATG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129411	TATTATTCTCAGTTTGGGAGCATCATTAAGACGCTCATACAAAGGAAATG	129460

CU062498.5	801	TACTATAAATTGATGCACAATGTAACTTATGTGAGTTAATTTGATTCATT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129461	TACTATAAATTGATGCACAATGTAACTTATGTGAGTTAATTTGATTCATT	129510

CU062498.5	851	GCCCTCTAAAATGTACCTCTCTGTTTATGGGAATGAGAAATTTTGTGGCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129511	GCCCTCTAAAATGTACCTCTCTGTTTATGGGAATGAGAAATTTTGTGGCT	129560

CU062498.5	901	TAGATCTCCAATGTTATTTCACATTTCAGATTTGATTTAGTTTTCAACTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129561	TAGATCTCCAATGTTATTTCACATTTCAGATTTGATTTAGTTTTCAACTT	129610

CU062498.5	951	GTGATCAAAATGCATTTGGGACTTTTCCCTGTGCAAGTTTGAATACAAAA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129611	GTGATCAAAATGCATTTGGGACTTTTCCCTGTGCAAGTTTGAATACAAAA	129660

CU062498.5	1001	CAACACAAAATTGAAAAGCGGGATCTTGTGTCACCCTTCAACTCAGTAAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129661	CAACACAAAATTGAAAAGCGGGATCTTGTGTCACCCTTCAACTCAGTAAA	129710

CU062498.5	1051	ATGTTAATTGTAGGAGACATTTAAATCAATTATGAAGGGTATGTTAGACA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129711	ATGTTAATTGTAGGAGACATTTAAATCAATTATGAAGGGTATGTTAGACA	129760

CU062498.5	1101	AGAGTCTCTAGCTTGTAGGAGTAACTAGTAAGTATGTCGTTGTTCGCACA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129761	AGAGTCTCTAGCTTGTAGGAGTAACTAGTAAGTATGTCGTTGTTCGCACA	129810

CU062498.5	1151	CTTTGAATTACACCCTTATATCCTCTTTGAGTAACTAATTCATATGAGCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129811	CTTTGAATTACACCCTTATATCCTCTTTGAGTAACTAATTCATATGAGCA	129860

CU062498.5	1201	AGTGTGGAACTGACAAATAATTAATGCTACAGAGTAGCAAACATTTTGGC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129861	AGTGTGGAACTGACAAATAATTAATGCTACAGAGTAGCAAACATTTTGGC	129910

CU062498.5	1251	ATAAAAAGACTAGTCAATTTTTGGCAAGAGGTAATTATTGGCTGTTGAAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129911	ATAAAAAGACTAGTCAATTTTTGGCAAGAGGTAATTATTGGCTGTTGAAC	129960

CU062498.5	1301	AATAATGTACACTACCTGTTGGTACAACAAAATGAATGGATCAGTCAGAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	129961	AATAATGTACACTACCTGTTGGTACAACAAAATGAATGGATCAGTCAGAT	130010

CU062498.5	1351	CCTACTAACACTAGATTATTTTGCAATCAGAATTTTCTCAACATTTTTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130011	CCTACTAACACTAGATTATTTTGCAATCAGAATTTTCTCAACATTTTTTC	130060

CU062498.5	1401	TGCTGAAACCTTTAGCTGCTATTGCTGTACAATCAGAAAGGCATAATCTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130061	TGCTGAAACCTTTAGCTGCTATTGCTGTACAATCAGAAAGGCATAATCTG	130110

CU062498.5	1451	CAACATTGCCAGGATTTCATACTTGGGGAAGATTCTGACTTGACTACCTA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130111	CAACATTGCCAGGATTTCATACTTGGGGAAGATTCTGACTTGACTACCTA	130160

CU062498.5	1501	TGACAACCTGGTATTGAAATGAGGACCATATCCTTCCTCATTAACCCATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130161	TGACAACCTGGTATTGAAATGAGGACCATATCCTTCCTCATTAACCCATT	130210

CU062498.5	1551	CCGATCATTAATATATCACGAGTTAGCGTATCAGAACTGAGAATTGACAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130211	CCGATCATTAATATATCACGAGTTAGCGTATCAGAACTGAGAATTGACAT	130260

CU062498.5	1601	ACCAGGTGATATGCAAGATCAAAAGAGTCCACACACCTGTGGAAACATGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130261	ACCAGGTGATATGCAAGATCAAAAGAGTCCACACACCTGTGGAAACATGA	130310

CU062498.5	1651	AACCTTCACAGAAGACCGTTTGTTGAAGCAAAATTACTTGAAAGTCTCCT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130311	AACCTTCACAGAAGACCGTTTGTTGAAGCAAAATTACTTGAAAGTCTCCT	130360

CU062498.5	1701	GGCCCATTGACTGTCTGAAGGTGACCAAGATACTGGATATCCAAGTATGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130361	GGCCCATTGACTGTCTGAAGGTGACCAAGATACTGGATATCCAAGTATGG	130410

CU062498.5	1751	CGCACCATCTTAATTGCAGTAAGGCAACAGTAAGATATTCTTTCGAGTCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130411	CGCACCATCTTAATTGCAGTAAGGCAACAGTAAGATATTCTTTCGAGTCT	130460

CU062498.5	1801	TTAAAAGTCTTAAGAATCTGGGGCTCATCTTCCGAGTCTTCACCAAGAAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130461	TTAAAAGTCTTAAGAATCTGGGGCTCATCTTCCGAGTCTTCACCAAGAAT	130510

CU062498.5	1851	TAGATTTTCAAGTTCAGTTCGTTTTTCATCTGTATCTTTCTCAACCTCAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130511	TAGATTTTCAAGTTCAGTTCGTTTTTCATCTGTATCTTTCTCAACCTCAA	130560

CU062498.5	1901	CAATCATTCGCACACTCAAAACTTGCAAAGCTTCCATGGCAGTGTTATAG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130561	CAATCATTCGCACACTCAAAACTTGCAAAGCTTCCATGGCAGTGTTATAG	130610

CU062498.5	1951	AATCCATGGTCTACATATGCAGCGAAAACATGACTGCATGTTGATGGATC	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU041361.4	130611	AATCCATGGTCTACATATGCAGCGAAAACATGACTGCATGTTGATGGATC	130660

Overview

Query
CU062498.5 - 89292 bps
Hit
CU041361.4 - 130660 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100194720001200011286611306601
Short-link