<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU041368.1	1	GAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGATGGA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	173730	GAATTCCTGGACACAAAGGACAGACAGGCAGAAGAGGACAGACAGATGGA	173779

CU041368.1	51	CACTGAGGTGAGTCCTTTCCTCTCCAGGCCCCCAGGCCTCCCCCACCCCC	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	173780	CACTGAGGTGAGTCCTTTCCTCTCCAGGCCCCCAGGCCTCCCCCACCCCC	173829

CU041368.1	101	ACCACGTTCCTTCCCTCTCACTCTCCCCCGCTGCAGGCTGCTGCATCTGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	173830	ACCACGTTCCTTCCCTCTCACTCTCCCCCGCTGCAGGCTGCTGCATCTGA	173879

CU041368.1	151	AGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCGGCTGCACAGCTTTACCCTCAGAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	173880	AGCCCCCCAGGATGTGACCTACGCCCGGCTGCACAGCTTTACCCTCAGAC	173929

CU041368.1	201	AGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGCCTCTCCAGCTGAG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	173930	AGAAGGCAACTGAGCCTCCTCCATCCCAGGAAGGGGCCTCTCCAGCTGAG	173979

CU041368.1	251	CCCAGTGTCTATGCCACTCTGGCCATCCACTAATCCAGGGGGGACCCAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	173980	CCCAGTGTCTATGCCACTCTGGCCATCCACTAATCCAGGGGGGACCCAGA	174029

CU041368.1	301	CCCCACAAGCCATGGAGACTCAGGACCCCAGAAGGCATGGAAGCTGCCTC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174030	CCCCACAAGCCATGGAGACTCAGGACCCCAGAAGGCATGGAAGCTGCCTC	174079

CU041368.1	351	CAGTAGACATCACTGAACCCCAGCCAGCCCAGACCCCTGACACAGACCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174080	CAGTAGACATCACTGAACCCCAGCCAGCCCAGACCCCTGACACAGACCAC	174129

CU041368.1	401	TAGAAGATTCCGGGAACGTTGGGAGTCACCTGATTCTGCAAAGATAAATA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174130	TAGAAGATTCCGGGAACGTTGGGAGTCACCTGATTCTGCAAAGATAAATA	174179

CU041368.1	451	ATATCCCTGCATTATCAAAATAAAGTAGCAGACCTCTCAATTCACAATGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174180	ATATCCCTGCATTATCAAAATAAAGTAGCAGACCTCTCAATTCACAATGA	174229

CU041368.1	501	GTTAACTGATAAAACAAAACAGAAGTCAGACAATGTTTTAAATTGAATGA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174230	GTTAACTGATAAAACAAAACAGAAGTCAGACAATGTTTTAAATTGAATGA	174279

CU041368.1	551	TCATGTAAATATTACACATCAAACCAATGACATGGGAAAATGGGAGCTTC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174280	TCATGTAAATATTACACATCAAACCAATGACATGGGAAAATGGGAGCTTC	174329

CU041368.1	601	TAATGAGGACAAACAAAAAATAGAGAAAAATTAATAAAGTCAAAATGTTT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174330	TAATGAGGACAAACAAAAAATAGAGAAAAATTAATAAAGTCAAAATGTTT	174379

CU041368.1	651	ATTCTTGAAAACATTAATGATACATGAATCTTGGCCACAATGAGAAAAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174380	ATTCTTGAAAACATTAATGATACATGAATCTTGGCCACAATGAGAAAAAT	174429

CU041368.1	701	AAAAATGAAAAAAGAGCAGGCATCCATTTCCATACAGGAACAAAATAGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174430	AAAAATGAAAAAAGAGCAGGCATCCATTTCCATACAGGAACAAAATAGGA	174479

CU041368.1	751	GGCAGCACTACAGACCCTACACACAGCTTTACAGAGGTGAAAGAAAACTG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174480	GGCAGCACTACAGACCCTACACACAGCTTTACAGAGGTGAAAGAAAACTG	174529

CU041368.1	801	TCAGCAATTCTATGCTGACATAACAGAAAATGTAGATGAGATAGATGAAA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174530	TCAGCAATTCTATGCTGACATAACAGAAAATGTAGATGAGATAGATGAAA	174579

CU041368.1	851	TACGAAAAATTACAGTTTACTTAATGAACATAAGGATAAATAGAAAAACT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174580	TACGAAAAATTACAGTTTACTTAATGAACATAAGGATAAATAGAAAAACT	174629

CU041368.1	901	GAATCATCATACATAAACATATATAAAATGCATTGATCCTGTAATCAAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174630	GAATCATCATACATAAACATATATAAAATGCATTGATCCTGTAATCAAAA	174679

CU041368.1	951	ATGTTCCCACAAAGTAAATGCCACTTCAGCAAGGTTTGTTGGTGGTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174680	ATGTTCCCACAAAGTAAATGCCACTTCAGCAAGGTTTGTTGGTGGTTTTT	174729

CU041368.1	1001	TCAAACTGTTATGCACTCATGAAACACACAGACACACACACACACAAACT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174730	TCAAACTGTTATGCACTCATGAAACACACAGACACACACACACACAAACT	174779

CU041368.1	1051	TGCATAAATTTTCCCTGAGAATATTTTGTATATATTTACACAAATACATT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174780	TGCATAAATTTTCCCTGAGAATATTTTGTATATATTTACACAAATACATT	174829

CU041368.1	1101	TGATCAGACTAGGAACAAGTTGATACCAAAACCTGAAAAGGAAACTACAG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174830	TGATCAGACTAGGAACAAGTTGATACCAAAACCTGAAAAGGAAACTACAG	174879

CU041368.1	1151	AATGGGAAAGTCATAGAAGATCTCTCACAGAAATATAAATCCCTTAACAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174880	AATGGGAAAGTCATAGAAGATCTCTCACAGAAATATAAATCCCTTAACAA	174929

CU041368.1	1201	ATATTAACAAGTAAGATTCATGTCTCTATAAAATAGACAGTATATCATGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174930	ATATTAACAAGTAAGATTCATGTCTCTATAAAATAGACAGTATATCATGA	174979

CU041368.1	1251	CCACACTGGTTTTTTGTTATCCTTTGATTTTGTTTATGAAAAGCAAGGAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	174980	CCACACTGGTTTTTTGTTATCCTTTGATTTTGTTTATGAAAAGCAAGGAT	175029

CU041368.1	1301	AGCTTAATTTTCAAAAACTCAATCAATGTAATTCAGTATTTTAACAAAAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175030	AGCTTAATTTTCAAAAACTCAATCAATGTAATTCAGTATTTTAACAAAAG	175079

CU041368.1	1351	GAATGAAAAATTATCATCTCAATAGACAAAGCTTTTGTCTGAGCACCTTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175080	GAATGAAAAATTATCATCTCAATAGACAAAGCTTTTGTCTGAGCACCTTT	175129

CU041368.1	1401	TCATATAGCTGCTGACCATTTGTATGTCTTCTTTTGAGAAATGCCTGTTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175130	TCATATAGCTGCTGACCATTTGTATGTCTTCTTTTGAGAAATGCCTGTTC	175179

CU041368.1	1451	AGCTACTTTGCCCATGTTTCAAGTAGTTTTTGGTTTCTTGCTGTTGCTTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175180	AGCTACTTTGCCCATGTTTCAAGTAGTTTTTGGTTTCTTGCTGTTGCTTT	175229

CU041368.1	1501	GTTTTAGTTCCTTACATATTTTTGCATATTAACCCTTTATCAGGTATACA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175230	GTTTTAGTTCCTTACATATTTTTGCATATTAACCCTTTATCAGGTATACA	175279

CU041368.1	1551	GCTTGCAACTATTTTCTCCCATTTCTGAGTTGTCTCTTCATTCTGTTTGC	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175280	GCTTGCAACTATTTTCTCCCATTTCTGAGTTGTCTCTTCATTCTGTTTGC	175329

CU041368.1	1601	AGAAGCTGTTTAGAAGCCACACCTTTTGTCTATTTTTGCTTTTGTTGCTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175330	AGAAGCTGTTTAGAAGCCACACCTTTTGTCTATTTTTGCTTTTGTTGCTT	175379

CU041368.1	1651	GTGTTTTCAGGGCCATATCCAAAAAAACCTTGCCCGGACCAACGTCTTGA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175380	GTGTTTTCAGGGCCATATCCAAAAAAACCTTGCCCGGACCAACGTCTTGA	175429

CU041368.1	1701	AGCTTTTCTCCCACCCATTTTTGTATATGGGATAAGGGTTCAATTTCATT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175430	AGCTTTTCTCCCACCCATTTTTGTATATGGGATAAGGGTTCAATTTCATT	175479

CU041368.1	1751	CTTCTTCATATGAATATCCCCAGGATGTGTCCTATGCCCAGCTGCACAGC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175480	CTTCTTCATATGAATATCCCCAGGATGTGTCCTATGCCCAGCTGCACAGC	175529

CU041368.1	1801	TTACCCTCAAACAGAAAATAATGAAGCCTTCTTCCTCCCAGGAAAGGGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175530	TTACCCTCAAACAGAAAATAATGAAGCCTTCTTCCTCCCAGGAAAGGGGA	175579

CU041368.1	1851	CGTTCAGCTGAGCCGAGTGTGTATACTGCTCTGGCCATCCACTAGCCCAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175580	CGTTCAGCTGAGCCGAGTGTGTATACTGCTCTGGCCATCCACTAGCCCAG	175629

CU041368.1	1901	GGAGGACCCAGACCTCCACACTCCATGGAGACTCAGTTCTCCTAGGACCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175630	GGAGGACCCAGACCTCCACACTCCATGGAGACTCAGTTCTCCTAGGACCA	175679

CU041368.1	1951	TTTATTCAAAAGGACTGCCCTCTCTTGTTCTTGGAAACTTTGTTGAGGAT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024913.1	175680	TTTATTCAAAAGGACTGCCCTCTCTTGTTCTTGGAAACTTTGTTGAGGAT	175729

Overview

Query
CU041368.1 - 134840 bps
Hit
CU024913.1 - 175729 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

Short-link