<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT030158.4	122591	AAGCTTTAAGATGCATACAAGTTGGTCTTTTATGTCTACAACTTCATCCA	122542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	64862	AAGCTTTAAGATGCATACAAGTTGGTCTTTTATGTCTACAACTTCATCCA	64911

C  CT030158.4	122541	AATGATAGACCAAATATGACATATGTGCTTGCGATGTTGACAAATGAATC	122492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	64912	AATGATAGACCAAATATGACATATGTGCTTGCGATGTTGACAAATGAATC	64961

C  CT030158.4	122491	TGTTTTAGCCCAACCAAAGGAACCTGGTTTCATAATGCAAAGGGTCTCTA	122442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	64962	TGTTTTAGCCCAACCAAAGGAACCTGGTTTCATAATGCAAAGGGTCTCTA	65011

C  CT030158.4	122441	ATGAGGGAGAATCTACAACGAAGTCTTTCTCAATCAATGAGGTCACTATT	122392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65012	ATGAGGGAGAATCTACAACGAAGTCTTTCTCAATCAATGAGGTCACTATT	65061

C  CT030158.4	122391	TCGTTAATAGGTGCTAGATGAAAAAAAAAAAAAAAAATTATCTATTTGTA	122342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65062	TCGTTAATAGGTGCTAGATGAAAAAAAAAAAAAAAAATTATCTATTTGTA	65111

C  CT030158.4	122341	TGTCATACATATATATATATATATATATGACTAAATTGTCAATTACCTCC	122292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65112	TGTCATACATATATATATATATATATATGACTAAATTGTCAATTACCTCC	65161

C  CT030158.4	122291	CTGAAATTGTAAGTTTCGTCAATTACCCCCCTGAAATTAATAAAACTTCA	122242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65162	CTGAAATTGTAAGTTTCGTCAATTACCCCCCTGAAATTAATAAAACTTCA	65211

C  CT030158.4	122241	ATTATCTCCCTGAAATTGCACAACGTTGATCAATTTACCCCCTCCGTCAA	122192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65212	ATTATCTCCCTGAAATTGCACAACGTTGATCAATTTACCCCCTCCGTCAA	65261

C  CT030158.4	122191	ATTTTTCTGTTAATTAACAAGACGTTTTGCAAATACCCCCCTGAAGTTTT	122142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65262	ATTTTTCTGTTAATTAACAAGACGTTTTGCAAATACCCCCCTGAAGTTTT	65311

C  CT030158.4	122141	GTACTTATGTGCAAAATGTCCCCTGAACTTGAAAATTTATATATATTTTT	122092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65312	GTACTTATGTGCAAAATGTCCCCTGAACTTGAAAATTTATATATATTTTT	65361

C  CT030158.4	122091	CTTATCCTTAAAAGTGACTGCATTATCACTGAATTGTGGAGCATTTAGCT	122042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65362	CTTATCCTTAAAAGTGACTGCATTATCACTGAATTGTGGAGCATTTAGCT	65411

C  CT030158.4	122041	AAGTTTTGACGGTATACAATCATATATGTTCCTTTAAACGATCAAAAATT	121992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65412	AAGTTTTGACGGTATACAATCATATATGTTCCTTTAAACGATCAAAAATT	65461

C  CT030158.4	121991	AATCATGTATTAGAGTCTAACGATATGAAAGTCAGCATAGTAAAGTACAA	121942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65462	AATCATGTATTAGAGTCTAACGATATGAAAGTCAGCATAGTAAAGTACAA	65511

C  CT030158.4	121941	CCACACTTGCCAGATGGAAAACTAATACATGTCATACATAATGAAGCACA	121892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65512	CCACACTTGCCAGATGGAAAACTAATACATGTCATACATAATGAAGCACA	65561

C  CT030158.4	121891	TAAATAATACTTAATTGACATAACCAAGAATTACCAAGATGTCACAATAT	121842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65562	TAAATAATACTTAATTGACATAACCAAGAATTACCAAGATGTCACAATAT	65611

C  CT030158.4	121841	ATGGCTTTGCTATTGCTAATTTTAACCACACCAAAAATTTTCACTTCCTT	121792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65612	ATGGCTTTGCTATTGCTAATTTTAACCACACCAAAAATTTTCACTTCCTT	65661

C  CT030158.4	121791	TATATTGTGAGCGGTGCACACCACCAACACACTTCTCTCACTTTCAAGAA	121742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65662	TATATTGTGAGCGGTGCACACCACCAACACACTTCTCTCACTTTCAAGAA	65711

C  CT030158.4	121741	AAAAATACATAAACTTGTTACTTCACTCAACGTTATGTTGACTAACAGAA	121692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65712	AAAAATACATAAACTTGTTACTTCACTCAACGTTATGTTGACTAACAGAA	65761

C  CT030158.4	121691	AAATTTGACGTAGGGGGTAAATTCAATGGTGGAGCCAGAAAAAAATGTCA	121642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65762	AAATTTGACGTAGGGGGTAAATTCAATGGTGGAGCCAGAAAAAAATGTCA	65811

C  CT030158.4	121641	GGGTGGGCCACTAAAATTAACCATTGAAAAATTGTTTTAAGTCTCGCAAA	121592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65812	GGGTGGGCCACTAAAATTAACCATTGAAAAATTGTTTTAAGTCTCGCAAA	65861

C  CT030158.4	121591	TCAGACCTATAATTGAATTATTTAAATTTTTCGCGTGGGCCACTACACCA	121542
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65862	TCAGACCTATAATTGAATTATTTAAATTTTTCGCGTGGGCCACTACACCA	65911

C  CT030158.4	121541	ATTTGCGGGAATTTGGATCAACCGAAACCTAAAACCGACGTAAAATTGTA	121492
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65912	ATTTGCGGGAATTTGGATCAACCGAAACCTAAAACCGACGTAAAATTGTA	65961

C  CT030158.4	121491	TAAAATCTCGCAAAATAGATCTATAATTGAATTATTTAAATTTTCGGGTG	121442
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	65962	TAAAATCTCGCAAAATAGATCTATAATTGAATTATTTAAATTTTCGGGTG	66011

C  CT030158.4	121441	GGCCACTACACCACTTTACAGGAATTTGGATCAACCAAAACATAAAACCC	121392
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66012	GGCCACTACACCACTTTACAGGAATTTGGATCAACCAAAACATAAAACCC	66061

C  CT030158.4	121391	ACACAAAATTGCATAAAATCTCGCAAAATAGACTTATAGTCGTTGATTTT	121342
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66062	ACACAAAATTGCATAAAATCTCGCAAAATAGACTTATAGTCGTTGATTTT	66111

C  CT030158.4	121341	TTAATTTTTCCGGGTGGGCCGTGGCCCACCTCAGCCCATGAAGGGCTCCG	121292
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66112	TTAATTTTTCCGGGTGGGCCGTGGCCCACCTCAGCCCATGAAGGGCTCCG	66161

C  CT030158.4	121291	TCATTGGGTAAATTGATTAACGTTGTGCAATTTCAGGGGGGTAATTGATG	121242
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66162	TCATTGGGTAAATTGATTAACGTTGTGCAATTTCAGGGGGGTAATTGATG	66211

C  CT030158.4	121241	TTTTGTTAATTTCAAGAGAGTAATTGACGAAACTTACAATTTCAGATGAG	121192
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66212	TTTTGTTAATTTCAAGAGAGTAATTGACGAAACTTACAATTTCAGATGAG	66261

C  CT030158.4	121191	TAATTGACTATTTATTCATATATATATATATATATATATAGGGCATATCA	121142
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66262	TAATTGACTATTTATTCATATATATATATATATATATATAGGGCATATCA	66311

C  CT030158.4	121141	AGTGAGAGGAGTAGTTACAATGAGAGATGAGAGGAATTAATTTAGACCGT	121092
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66312	AGTGAGAGGAGTAGTTACAATGAGAGATGAGAGGAATTAATTTAGACCGT	66361

C  CT030158.4	121091	TGGATCTAAATCAACGTTTCAGATGTTATTGCTCTTTAAAAAGGGTCATG	121042
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66362	TGGATCTAAATCAACGTTTCAGATGTTATTGCTCTTTAAAAAGGGTCATG	66411

C  CT030158.4	121041	CACTACATCCTCCACCTTTCATCTTCTCCACTTTGACGCGTTCTCTTTCT	120992
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66412	CACTACATCCTCCACCTTTCATCTTCTCCACTTTGACGCGTTCTCTTTCT	66461

C  CT030158.4	120991	CTTACAAGTAATTTCTACTCTCTGTGTTTCTTGTTCTGCTTCTCATGTTT	120942
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66462	CTTACAAGTAATTTCTACTCTCTGTGTTTCTTGTTCTGCTTCTCATGTTT	66511

C  CT030158.4	120941	TTAATTTCACCAGTTGATCTAAACAAAAACTTCATTATCACCATCATCGT	120892
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66512	TTAATTTCACCAGTTGATCTAAACAAAAACTTCATTATCACCATCATCGT	66561

C  CT030158.4	120891	AATCAAAGACCCATTATTTTGGTTTTTTAGGTCAAGGAAAAATTAAAACT	120842
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66562	AATCAAAGACCCATTATTTTGGTTTTTTAGGTCAAGGAAAAATTAAAACT	66611

C  CT030158.4	120841	TGCTTTCACCAAGTTTATAAAATATTTAACATACATCCATCTGCAAATCT	120792
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66612	TGCTTTCACCAAGTTTATAAAATATTTAACATACATCCATCTGCAAATCT	66661

C  CT030158.4	120791	ATACTCGATTCACATGAAGATGTTGGGTTTTCAATAACCAAATTCGTTAG	120742
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66662	ATACTCGATTCACATGAAGATGTTGGGTTTTCAATAACCAAATTCGTTAG	66711

C  CT030158.4	120741	ATTGGCAAAACAATTTCGTTTTCATTTTTGTATTCATTGCTTCTCAGTAT	120692
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66712	ATTGGCAAAACAATTTCGTTTTCATTTTTGTATTCATTGCTTCTCAGTAT	66761

C  CT030158.4	120691	GGAATTGAAATTTCAGATTTGCATTACCCAAATTGCTTCTCAGTATGGAA	120642
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66762	GGAATTGAAATTTCAGATTTGCATTACCCAAATTGCTTCTCAGTATGGAA	66811

C  CT030158.4	120641	TTGAGATTCAGTGGATTGATCATTGTACCAATTTATAATAAATAAAAAAT	120592
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU024879.5	66812	TTGAGATTCAGTGGATTGATCATTGTACCAATTTATAATAAATAAAAAAT	66861

Overview

Query
CT030158.4 - 122591 bps
Hit
CU024879.5 - 66861 bps
Total alignments
14
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019102000120592122591-164862668611
291.221422071221041223101685070541
391.6674109121178121286-1694770541
489.778901362109575110936-119493208511
584.146191365106060107424-122907242491
695.18187228122364122591-124080243071
788.958531352109575110926-144313456611
887.751212384904449281-147664479161
985.46259504106921107424-149823503311
1085.66410819106060106878-150344511521
1196191225122367122591-150983512071
1289.398731352109575110926-159977613251
1387.51113207108031108237-162022622291
1482.545321365106060107424-163629650311
Short-link