<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU024897.6	1	AAGCTTGTATTTTCTCAACCTTTCAAACATCTTTGTCAAATATTCAACAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97162	AAGCTTGTATTTTCTCAACCTTTCAAACATCTTTGTCAAATATTCAACAT	97211

CU024897.6	51	GTTGCTCCTCATCTGTTGACTTTACAATCATATCATCCACATATACTTCG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97212	GTTGCTCCTCATCTGTTGACTTTACAATCATATCATCCACATATACTTCG	97261

CU024897.6	101	ACTTCTTTGTGAATCATGTCATGAAACAGAGTAGTCATCCCTCTTTGGTA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97262	ACTTCTTTGTGAATCATGTCATGAAACAGAGTAGTCATCCCTCTTTGGTA	97311

CU024897.6	151	GGTAGCACCAGCATTAATTAGACCGAATGGCATCACTTTGTAGCAGAAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97312	GGTAGCACCAGCATTAATTAGACCGAATGGCATCACTTTGTAGCAGAAAG	97361

CU024897.6	201	TACCCCATGGAGTGATAAAAGACGTCTTTTCTCTATCTTCAGGAGACATT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97362	TACCCCATGGAGTGATAAAAGACGTCTTTTCTCTATCTTCAGGAGACATT	97411

CU024897.6	251	TTGATCTGATTGTAACCGGAGAAACCATCCATGAAGGAAAACACCTTAGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97412	TTGATCTGATTGTAACCGGAGAAACCATCCATGAAGGAAAACACCTTAGA	97461

CU024897.6	301	CTGAGCAGTATTATCAACAAGCACATCAATATGAGGTAACGGAAAGTTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97462	CTGAGCAGTATTATCAACAAGCACATCAATATGAGGTAACGGAAAGTTGT	97511

CU024897.6	351	CTTTTGGACTGGCTTTGTTCAGGTCTCTGAAGTCAACACACATCCGGACT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97512	CTTTTGGACTGGCTTTGTTCAGGTCTCTGAAGTCAACACACATCCGGACT	97561

CU024897.6	401	TTACCATCCTTCTTTGGCACAGGTACAATATTGGCAACCCATTCAGGGTA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97562	TTACCATCCTTCTTTGGCACAGGTACAATATTGGCAACCCATTCAGGGTA	97611

CU024897.6	451	CTCAACTGTCATGAGGAAACCCGCATCAATCTGTTTTTGAACCTCGCTCT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97612	CTCAACTGTCATGAGGAAACCCGCATCAATCTGTTTTTGAACCTCGCTCT	97661

CU024897.6	501	TAATCTTGAGAGCCATATCTGGATGAGTCCTTCTCAATTTCTGCCTGACG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97662	TAATCTTGAGAGCCATATCTGGATGAGTCCTTCTCAATTTCTGCCTGACG	97711

CU024897.6	551	GGAGGACATTCAGGCTTGGTGGGGATCCGATGCTCCACAATCTTAGAATC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97712	GGAGGACATTCAGGCTTGGTGGGGATCCGATGCTCCACAATCTTAGAATC	97761

CU024897.6	601	TAGACCTGGCATATCTTCATACGACCATGCAAAAATATCCGGATATTCCC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97762	TAGACCTGGCATATCTTCATACGACCATGCAAAAATATCCGGATATTCCC	97811

CU024897.6	651	GGAGGAGTTGGATGATCCTCTTTTTAACCCCTTCCTCTAGAGCAGCACCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97812	GGAGGAGTTGGATGATCCTCTTTTTAACCCCTTCCTCTAGAGCAGCACCG	97861

CU024897.6	701	ATCTTGATTTCTCGCTTGTTCTCCTCGGTACCTATGTTGATAAGCTCAAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97862	ATCTTGATTTCTCGCTTGTTCTCCTCGGTACCTATGTTGATAAGCTCAAT	97911

CU024897.6	751	CTCTTCCTGGTGAGGCTGAATGGCTTTCTTTTCTTGCTCCAGTAACCGAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97912	CTCTTCCTGGTGAGGCTGAATGGCTTTCTTTTCTTGCTCCAGTAACCGAG	97961

CU024897.6	801	TGATCTCATATGGTATGTCATCACCTTCCTCATCTTCGGCTTCATACACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	97962	TGATCTCATATGGTATGTCATCACCTTCCTCATCTTCGGCTTCATACACT	98011

CU024897.6	851	GGAAACTCAAAATTCGGAGAGAATGCAGGATTACTGTGCCCAACGGGTTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98012	GGAAACTCAAAATTCGGAGAGAATGCAGGATTACTGTGCCCAACGGGTTC	98061

CU024897.6	901	ATTATAGTTCAATCTGCGTAAAATGGTTGGATGATTTTAGAAAGAGGGTT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98062	ATTATAGTTCAATCTGCGTAAAATGGTTGGATGATTTTAGAAAGAGGGTT	98111

CU024897.6	951	TTTATGCAGATTTTTGAAATTAATAAGAAAATACAGATGTTTTGGTTTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98112	TTTATGCAGATTTTTGAAATTAATAAGAAAATACAGATGTTTTGGTTTTT	98161

CU024897.6	1001	TCTGGCATTACCATTATTTCCAAGGGAAAAAAGACACTAAAAAAAACAGT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98162	TCTGGCATTACCATTATTTCCAAGGGAAAAAAGACACTAAAAAAAACAGT	98211

CU024897.6	1051	CGTGAAGGAAACGACAATTTTTTATTAATCAACGGCAATGCCGAAACAAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98212	CGTGAAGGAAACGACAATTTTTTATTAATCAACGGCAATGCCGAAACAAA	98261

CU024897.6	1101	CATGCCCTTACAGAAAATATCACTCTCGCTTTGGGCAGAGCGAGAGGATT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98262	CATGCCCTTACAGAAAATATCACTCTCGCTTTGGGCAGAGCGAGAGGATT	98311

CU024897.6	1151	GTTATTTTGAAAAACAAGATACTCAAGCAACAAGGTATATTACTCAGAAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98312	GTTATTTTGAAAAACAAGATACTCAAGCAACAAGGTATATTACTCAGAAA	98361

CU024897.6	1201	CATGCATGATTGAGGGAATGTCAATGGCATCTCAATCACTCGCAAAGCCC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98362	CATGCATGATTGAGGGAATGTCAATGGCATCTCAATCACTCGCAAAGCCC	98411

CU024897.6	1251	CCTGGTGTAACAAATACAGGCCTCGGGCCAAATCCAGTCGCTTCTTCTGT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98412	CCTGGTGTAACAAATACAGGCCTCGGGCCAAATCCAGTCGCTTCTTCTGT	98461

CU024897.6	1301	GATTGCGTTGACAAACCCAGCACTACAGAATGCCCCGGTGGAAACTCCTG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98462	GATTGCGTTGACAAACCCAGCACTACAGAATGCCCCGGTGGAAACTCCTG	98511

CU024897.6	1351	AAGTTGAGGAAAAGCCAAGACCTTCCTTATGCTTATTCTCACGAAGCTGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98512	AAGTTGAGGAAAAGCCAAGACCTTCCTTATGCTTATTCTCACGAAGCTGT	98561

CU024897.6	1401	ATTAACTTGCCCCGGCCGGCAGCTTGACCCTCTTGGACGGCTCTCTGTGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98562	ATTAACTTGCCCCGGCCGGCAGCTTGACCCTCTTGGACGGCTCTCTGTGC	98611

CU024897.6	1451	ATCCTTCAAAGAAGCCATTGCAGTTCCATCCCTCTTGGGCTCCGTACCTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98612	ATCCTTCAAAGAAGCCATTGCAGTTCCATCCCTCTTGGGCTCCGTACCTT	98661

CU024897.6	1501	CGAGAGTTAAACCTTGAAAAGCGGTCCCCTCTGCAGACCCTGCTTCTATG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98662	CGAGAGTTAAACCTTGAAAAGCGGTCCCCTCTGCAGACCCTGCTTCTATG	98711

CU024897.6	1551	CAAGAGAAAGATGATAGCTGGCTAACCAAGTATGCTTCCTCTCCATGAAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98712	CAAGAGAAAGATGATAGCTGGCTAACCAAGTATGCTTCCTCTCCATGAAT	98761

CU024897.6	1601	GGTAACAAGCTTTCCACTTCTTATGAACTTCAACTTCTGATGTAAGGTGG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98762	GGTAACAAGCTTTCCACTTCTTATGAACTTCAACTTCTGATGTAAGGTGG	98811

CU024897.6	1651	AGGTTACCGCACCCGCATCGTGTATCCACGGTCTTCCCAGCAGACAACTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98812	AGGTTACCGCACCCGCATCGTGTATCCACGGTCTTCCCAGCAGACAACTG	98861

CU024897.6	1701	TAGGATGCATTAATGTCCATCACTTGGAAGGTAATCAAGAAATTCTCAGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98862	TAGGATGCATTAATGTCCATCACTTGGAAGGTAATCAAGAAATTCTCAGG	98911

CU024897.6	1751	GCCAATGGTTATCGGCAAGTCTATCTCCCCCAGCACATTCTTTCGAGATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98912	GCCAATGGTTATCGGCAAGTCTATCTCCCCCAGCACATTCTTTCGAGATC	98961

CU024897.6	1801	CGTCAAAAGCTTTGACCAAGAAAGTACTCCTCCTCAGGGGGATCCCCCGG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	98962	CGTCAAAAGCTTTGACCAAGAAAGTACTCCTCCTCAGGGGGATCCCCCGG	99011

CU024897.6	1851	TAGCTCAACTGATCTAGAGTTGACTTGGGCATTACATTGAGGGAGGAACC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	99012	TAGCTCAACTGATCTAGAGTTGACTTGGGCATTACATTGAGGGAGGAACC	99061

CU024897.6	1901	CGTATCCACCAACACATTTGATATCATGTCTGATTTGCAATTCACCGAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	99062	CGTATCCACCAACACATTTGATATCATGTCTGATTTGCAATTCACCGAGA	99111

CU024897.6	1951	TGTGCAAAGCCAGATTGTGACTCTTTCCCACTTTCGGCAACTCTTCTTCA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024877.11	99112	TGTGCAAAGCCAGATTGTGACTCTTTCCCACTTTCGGCAACTCTTCTTCA	99161

Overview

Query
CU024897.6 - 138047 bps
Hit
CU024877.11 - 99161 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001985200012000197162991611
21003054118758118811164048641011
399.85309632211418817408188688919091
487.5511231617316295190629907561
586.99501281612816255190674907961
Short-link