<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU062625.10	1	GCACGTAGAGGAATCATCACAAGAGTGCATGAATCTTCTCCGGTTTATTT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	135873	GCACGTAGAGGAATCATCACAAGAGTGCATGAATCTTCTCCGGTTTATTT	135922

CU062625.10	51	TCTTTACTACGCTGTTTATTCCTTTTATCATGTCTAGCTAATTCTCTTGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	135923	TCTTTACTACGCTGTTTATTCCTTTTATCATGTCTAGCTAATTCTCTTGA	135972

CU062625.10	101	TTAGGTCTGAGATGAATTTGATGTAATCCTAATTGAAACATGTTGTTGTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	135973	TTAGGTCTGAGATGAATTTGATGTAATCCTAATTGAAACATGTTGTTGTG	136022

CU062625.10	151	AAACTCTATTTGTTGTGAATGACAATCTAGTTTTTATTCAATTCAATTGT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136023	AAACTCTATTTGTTGTGAATGACAATCTAGTTTTTATTCAATTCAATTGT	136072

CU062625.10	201	TCTTAATGCTTTTTATATCTGATCAAATATAAACATGATTTAGTGAGAAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136073	TCTTAATGCTTTTTATATCTGATCAAATATAAACATGATTTAGTGAGAAT	136122

CU062625.10	251	GAATGACTACTGACCATAGCTTTCTACTTAGACAGAATTGAATTGTTCTA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136123	GAATGACTACTGACCATAGCTTTCTACTTAGACAGAATTGAATTGTTCTA	136172

CU062625.10	301	ATAAACATGATTAGTCTAGGAATGGATAATCGTTTGTTAGTGATATTAGG	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136173	ATAAACATGATTAGTCTAGGAATGGATAATCGTTTGTTAGTGATATTAGG	136222

CU062625.10	351	TTAACGTGCATAAAACCTTCAAAGATTACTAAACCACCTAAGGAATTAGG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136223	TTAACGTGCATAAAACCTTCAAAGATTACTAAACCACCTAAGGAATTAGG	136272

CU062625.10	401	GGATGTAGTTTGAGAAGAGGATTCTAACTCAAGGGATTGATTAGGACTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136273	GGATGTAGTTTGAGAAGAGGATTCTAACTCAAGGGATTGATTAGGACTAT	136322

CU062625.10	451	TTTGTTAACTATCGTGGAACTAGAGAATCATTCATAAGAATGAATAGGTG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136323	TTTGTTAACTATCGTGGAACTAGAGAATCATTCATAAGAATGAATAGGTG	136372

CU062625.10	501	CAGTATACCAATTAGGGGAACATCGATGATTCGAAAGACCTAGTCTCATC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136373	CAGTATACCAATTAGGGGAACATCGATGATTCGAAAGACCTAGTCTCATC	136422

CU062625.10	551	TCTCCATGTATTTTCCAAACATATCTTTATTTTCTGATATTTACTTTATT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136423	TCTCCATGTATTTTCCAAACATATCTTTATTTTCTGATATTTACTTTATT	136472

CU062625.10	601	GCTAAATTGAAATTAACATAGTTCTTGTGGATACGAACTTATTTTATTAC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136473	GCTAAATTGAAATTAACATAGTTCTTGTGGATACGAACTTATTTTATTAC	136522

CU062625.10	651	TTCGATGCATTTTTAGTACACTTGCTAAAATATCCAACAAGTTTCTGGCG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136523	TTCGATGCATTTTTAGTACACTTGCTAAAATATCCAACAAGTTTCTGGCG	136572

CU062625.10	701	CCGCTGCCGGGGACTGTTGAGTTATTTCAATTTGGTAATTTATATGAGTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136573	CCGCTGCCGGGGACTGTTGAGTTATTTCAATTTGGTAATTTATATGAGTT	136622

CU062625.10	751	ATTCTTTTTCTTCTCATTGTACTGTGATACTAAAAAGTTTATGCAAGTTT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136623	ATTCTTTTTCTTCTCATTGTACTGTGATACTAAAAAGTTTATGCAAGTTT	136672

CU062625.10	801	TGTAGCTATGATAGACAGGTTATACCTCCATGACACATAAGATATTTGTA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136673	TGTAGCTATGATAGACAGGTTATACCTCCATGACACATAAGATATTTGTA	136722

CU062625.10	851	TGTTGCAGTATGAAAAATATATGCTATCTTTGAAGATAAAATATTTGGAC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136723	TGTTGCAGTATGAAAAATATATGCTATCTTTGAAGATAAAATATTTGGAC	136772

CU062625.10	901	AATAAAATCTCGAGATTAAATGAGAGATGTGGTCGTTATGAGGTGGATCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136773	AATAAAATCTCGAGATTAAATGAGAGATGTGGTCGTTATGAGGTGGATCA	136822

CU062625.10	951	ACCAGGTAGTAATTGTGAAGAGAAGAAAGAGGTGATCAACATCGATTACA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136823	ACCAGGTAGTAATTGTGAAGAGAAGAAAGAGGTGATCAACATCGATTACA	136872

CU062625.10	1001	ATACTCAACTTCAAAATATTTTAGATGATTTCTTAGTGTCAAATCAAATT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136873	ATACTCAACTTCAAAATATTTTAGATGATTTCTTAGTGTCAAATCAAATT	136922

CU062625.10	1051	TCATTTGAGAAGTTCGATGTTCAGTGTGGTGATCTTGTTGAAAGCACATG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136923	TCATTTGAGAAGTTCGATGTTCAGTGTGGTGATCTTGTTGAAAGCACATG	136972

CU062625.10	1101	AGTCTCAAAGGAAGTTAGTTCAGATGGAGACTGAGTGTCACAAGGTTGTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	136973	AGTCTCAAAGGAAGTTAGTTCAGATGGAGACTGAGTGTCACAAGGTTGTG	137022

CU062625.10	1151	GTGGAAGAAAATCGCAAGGTGAGGAGTGTTGATATTTTCTCGAAGTCTGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137023	GTGGAAGAAAATCGCAAGGTGAGGAGTGTTGATATTTTCTCGAAGTCTGG	137072

CU062625.10	1201	ATCAACGGGGGTTAAGGAAATAACTCGTGTGCAAATGGATGCACGTCATT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137073	ATCAACGGGGGTTAAGGAAATAACTCGTGTGCAAATGGATGCACGTCATT	137122

CU062625.10	1251	CTCTAAGGTGGGAGAGCATAAATTCCAAAAGATCAACAGTGACTGCATGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137123	CTCTAAGGTGGGAGAGCATAAATTCCAAAAGATCAACAGTGACTGCATGG	137172

CU062625.10	1301	GAATATCTGATTTTTTATGCCAAATTCATGAAATTTCTACCAAACAAGAG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137173	GAATATCTGATTTTTTATGCCAAATTCATGAAATTTCTACCAAACAAGAG	137222

CU062625.10	1351	GAAGAAGAAGGATGATATATTCTTTCTATCATATTTGCCACCCTAATAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137223	GAAGAAGAAGGATGATATATTCTTTCTATCATATTTGCCACCCTAATAGT	137272

CU062625.10	1401	GGTTGAAACGTCAAGCTCAATGACGTAAAAGAAAGCACTTGGTGGGAGGC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137273	GGTTGAAACGTCAAGCTCAATGACGTAAAAGAAAGCACTTGGTGGGAGGC	137322

CU062625.10	1451	AACCCATCCTTTTTATTATGTCTTCATTTTCAATATTTTATTTCTATTGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137323	AACCCATCCTTTTTATTATGTCTTCATTTTCAATATTTTATTTCTATTGT	137372

CU062625.10	1501	TGAGTCAAACAATTTGTCTTTAATTTTCATTTTGGATTAACTCAGTTGTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137373	TGAGTCAAACAATTTGTCTTTAATTTTCATTTTGGATTAACTCAGTTGTA	137422

CU062625.10	1551	TCTCCCTGTTATGTGATTGAATCTGAACTTGTTTATTATTGATGAATTTG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137423	TCTCCCTGTTATGTGATTGAATCTGAACTTGTTTATTATTGATGAATTTG	137472

CU062625.10	1601	CTTGTTTGTTGACTTTTTCCAGTTTAGTAACAAATACGTGTTCAAGTGGT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137473	CTTGTTTGTTGACTTTTTCCAGTTTAGTAACAAATACGTGTTCAAGTGGT	137522

CU062625.10	1651	ATTCCAAAAGTTCAAAAGGAGGAGTGACTTGTGATTTCAAAGGTGAAGTG	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137523	ATTCCAAAAGTTCAAAAGGAGGAGTGACTTGTGATTTCAAAGGTGAAGTG	137572

CU062625.10	1701	TACGACAGTTAAAGATAGGTAGTCACAACTCCCAGATATCATAACTGTAA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137573	TACGACAGTTAAAGATAGGTAGTCACAACTCCCAGATATCATAACTGTAA	137622

CU062625.10	1751	GGTTCATGACCAAATTTTATTTTTCCAATTTACTTATAAAGAGTGTTCCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137623	GGTTCATGACCAAATTTTATTTTTCCAATTTACTTATAAAGAGTGTTCCA	137672

CU062625.10	1801	TGTATTTACATTTCTAGAACTTGCAATTTTTCTCTAATGTCGATTGATCT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137673	TGTATTTACATTTCTAGAACTTGCAATTTTTCTCTAATGTCGATTGATCT	137722

CU062625.10	1851	TTGTCATTAGCACACGGAGGCAAAAGTGCTTGGTCCTGTGAGCCTTTTTG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137723	TTGTCATTAGCACACGGAGGCAAAAGTGCTTGGTCCTGTGAGCCTTTTTG	137772

CU062625.10	1901	AAGCCTACCCTATTATTATTTTAAATATTATCCTTTTTTAGCCAATTTGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137773	AAGCCTACCCTATTATTATTTTAAATATTATCCTTTTTTAGCCAATTTGA	137822

CU062625.10	1951	GCCGGTAGGTTTAGATCTTTTTGTTCGATGACAAACTACATTACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024876.6	137823	GCCGGTAGGTTTAGATCTTTTTGTTCGATGACAAACTACATTACAAGCTT	137872

Overview

Query
CU062625.10 - 55321 bps
Hit
CU024876.6 - 137872 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100191120001200011358731378721
285.161543551262312977122161224971
394.443164102714312311355911359861
490.852573913117350711361161365301
Short-link