<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU024865.1	1	AAGCTTTTCAATTTAATGTAATCAAGATTATCCATTTTACATTTCATAAT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66197	AAGCTTTTCAATTTAATGTAATCAAGATTATCCATTTTACATTTCATAAT	66246

CU024865.1	51	GTTCTCTGTCTCTTCTTTGGTCGTAAATTCTTCCATTCTTCATAAATCTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66247	GTTCTCTGTCTCTTCTTTGGTCGTAAATTCTTCCATTCTTCATAAATCTG	66296

CU024865.1	101	ACAGGTAAACTATTCCTTGCTCTCCCAGTTTGCTTATAGTATCAGCCTTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66297	ACAGGTAAACTATTCCTTGCTCTCCCAGTTTGCTTATAGTATCAGCCTTT	66346

CU024865.1	151	ATATCTAAATTGTATAACTATTTTGACTTTATTTTGGTATCCAGTGTAAG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66347	ATATCTAAATTGTATAACTATTTTGACTTTATTTTGGTATCCAGTGTAAG	66396

CU024865.1	201	ATATTGGTCTTTGACCAGTTTTTGCCACATTGTTATCCAGTTTTCCCAGC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66397	ATATTGGTCTTTGACCAGTTTTTGCCACATTGTTATCCAGTTTTCCCAGC	66446

CU024865.1	251	AGTTTTTGTCAAACAGTGAGTTCTTATCCCAGAAGCAGAGGTCCCTTCTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66447	AGTTTTTGTCAAACAGTGAGTTCTTATCCCAGAAGCAGAGGTCCCTTCTT	66496

CU024865.1	301	AGCTTCCTGCATCTTTGGCCATGTTGACAATCTGTGGACCCCTTCTGGCT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66497	AGCTTCCTGCATCTTTGGCCATGTTGACAATCTGTGGACCCCTTCTGGCT	66546

CU024865.1	351	CTTGGGAAGTGGGTGGATGGAAGGGGGGGATGGGATATTTAATTCTCTGC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66547	CTTGGGAAGTGGGTGGATGGAAGGGGGGGATGGGATATTTAATTCTCTGC	66596

CU024865.1	401	CCCAGCTCCCACCTGAATAATAGGTCAGAGAAAAGCCGGGTGCCTCACAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66597	CCCAGCTCCCACCTGAATAATAGGTCAGAGAAAAGCCGGGTGCCTCACAT	66646

CU024865.1	451	TTCAGGTTGAGCCTAAGAGAGAAGCATTCTCTGATGAATGAGCTGCGACC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66647	TTCAGGTTGAGCCTAAGAGAGAAGCATTCTCTGATGAATGAGCTGCGACC	66696

CU024865.1	501	CACTGATTCAAAGTTGGAGTCATGAGTACATTCTTTCAATGGGATTGTGG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66697	CACTGATTCAAAGTTGGAGTCATGAGTACATTCTTTCAATGGGATTGTGG	66746

CU024865.1	551	GCTGGTTATGTCCCCATCAGAAGATATTACTGGGAGCTGCTCGCTGTCCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66747	GCTGGTTATGTCCCCATCAGAAGATATTACTGGGAGCTGCTCGCTGTCCT	66796

CU024865.1	601	GGCATTGGAGCTGAGCTTCCACTGGTCAGGGCCTTCTCTCCCTGCCTGGG	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66797	GGCATTGGAGCTGAGCTTCCACTGGTCAGGGCCTTCTCTCCCTGCCTGGG	66846

CU024865.1	651	AGGGCCCTCCCAGCTCAGCTCCTCTTCAGAAAGCAGGGAATTAGCAAGTT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66847	AGGGCCCTCCCAGCTCAGCTCCTCTTCAGAAAGCAGGGAATTAGCAAGTT	66896

CU024865.1	701	GCTCCTAGGGGCCCAATTTTTCTGCCCCTCCTCCTTCAGATATGTCTGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66897	GCTCCTAGGGGCCCAATTTTTCTGCCCCTCCTCCTTCAGATATGTCTGTG	66946

CU024865.1	751	TGCCTTGTGCATCTACAATGTTAGTGCTCTTAGTGATTTGATTTTTAAAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66947	TGCCTTGTGCATCTACAATGTTAGTGCTCTTAGTGATTTGATTTTTAAAA	66996

CU024865.1	801	TAAGATCTGATTCTTATTGTCTAAGAGCCTTTCTGATTGATGCATGTATG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	66997	TAAGATCTGATTCTTATTGTCTAAGAGCCTTTCTGATTGATGCATGTATG	67046

CU024865.1	851	TTCTGAGCTTTTCCTCCTATAGTCTGGCTGGGAACTTGCTGATCCCCGTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67047	TTCTGAGCTTTTCCTCCTATAGTCTGGCTGGGAACTTGCTGATCCCCGTT	67096

CU024865.1	901	GCAGTGCCCCTTCCAGCACACCTGTGTGGATGTTCGATGGTCTGAGCACA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67097	GCAGTGCCCCTTCCAGCACACCTGTGTGGATGTTCGATGGTCTGAGCACA	67146

CU024865.1	951	GCACATGGCCACAGCTGGAAGCAGAGAGAACTTAGCAGTCAGAGTATGTC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67147	GCACATGGCCACAGCTGGAAGCAGAGAGAACTTAGCAGTCAGAGTATGTC	67196

CU024865.1	1001	CTAAGCATCTTAACTGATAATTAGCATAAGATTCAGGCAGTCAAGATAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67197	CTAAGCATCTTAACTGATAATTAGCATAAGATTCAGGCAGTCAAGATAAT	67246

CU024865.1	1051	TGGTGAAGTAAATCGGGCCATCTTGTGAACATGATCCCAGCCACATTTGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67247	TGGTGAAGTAAATCGGGCCATCTTGTGAACATGATCCCAGCCACATTTGA	67296

CU024865.1	1101	CCTGGGCTGGGCCTTTCTGGCTGCAGTAGAGAGAACTATTGGAGTGTGGC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67297	CCTGGGCTGGGCCTTTCTGGCTGCAGTAGAGAGAACTATTGGAGTGTGGC	67346

CU024865.1	1151	CTTGTGCTGGGATGAGTGCAGCTCTGCAGTGTTCAGGACACTCTGAGAGT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67347	CTTGTGCTGGGATGAGTGCAGCTCTGCAGTGTTCAGGACACTCTGAGAGT	67396

CU024865.1	1201	CCAGGGGAGGGCCACCAGGCTGGCAAGGACACTGGAGAGAGGGCCTTAAG	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67397	CCAGGGGAGGGCCACCAGGCTGGCAAGGACACTGGAGAGAGGGCCTTAAG	67446

CU024865.1	1251	TGATGGGTTCAAGGAAGTAAGGATGTTTAGCCTGATGGGAGGAGACTGCA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67447	TGATGGGTTCAAGGAAGTAAGGATGTTTAGCCTGATGGGAGGAGACTGCA	67496

CU024865.1	1301	GTTGACTTCCAGTATCTGAAGGGCTGGCCTGGGGATGAGGATTCCCTGGG	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67497	GTTGACTTCCAGTATCTGAAGGGCTGGCCTGGGGATGAGGATTCCCTGGG	67546

CU024865.1	1351	TTCTGCTTGGTTTCTGTGAGAGGAGCTCTGAGCCAGGTAGGCCAGTGCAG	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67547	TTCTGCTTGGTTTCTGTGAGAGGAGCTCTGAGCCAGGTAGGCCAGTGCAG	67596

CU024865.1	1401	GGGAAGGCATGGGACAGAGAACTCAGTGTCCCAATCTCGGAATGTCCTGA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67597	GGGAAGGCATGGGACAGAGAACTCAGTGTCCCAATCTCGGAATGTCCTGA	67646

CU024865.1	1451	GAAGTGGTGGGATGTCCCCTGGGTAGAGCTGTCACAGAAGGGACTCATGT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67647	GAAGTGGTGGGATGTCCCCTGGGTAGAGCTGTCACAGAAGGGACTCATGT	67696

CU024865.1	1501	TCAGGGGCAGGTCAGACCAGATGCCTCTGAGATTCCCCCTAGCCTCCATT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67697	TCAGGGGCAGGTCAGACCAGATGCCTCTGAGATTCCCCCTAGCCTCCATT	67746

CU024865.1	1551	CTGAGGCACTTAGGGTGACATCAGCACCTTCCCACACCACCTGAGAAAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67747	CTGAGGCACTTAGGGTGACATCAGCACCTTCCCACACCACCTGAGAAAAA	67796

CU024865.1	1601	CAGGAGGTCACCACTGTCTGCTGCATGAAGAGCCCTGTCAGAGGGTTTCT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67797	CAGGAGGTCACCACTGTCTGCTGCATGAAGAGCCCTGTCAGAGGGTTTCT	67846

CU024865.1	1651	GGCCCCAGGGTCCCTCCCCCACCCCCAAGACCTCAGGGGCAGCATGGCTA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67847	GGCCCCAGGGTCCCTCCCCCACCCCCAAGACCTCAGGGGCAGCATGGCTA	67896

CU024865.1	1701	GTATAGACCTCTGGATTTTCAGTCAACAAGACTTGGGTTTGAATCCCTAG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67897	GTATAGACCTCTGGATTTTCAGTCAACAAGACTTGGGTTTGAATCCCTAG	67946

CU024865.1	1751	CTCTGTGGCTGTGGGCAAGTCACTTCCCTAGTTTCCTCATCTGTAGAAAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67947	CTCTGTGGCTGTGGGCAAGTCACTTCCCTAGTTTCCTCATCTGTAGAAAC	67996

CU024865.1	1801	GGGCCACAAACATCATCAACCCCCAAAAGTTGCAATGATACCCAAAAGAG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	67997	GGGCCACAAACATCATCAACCCCCAAAAGTTGCAATGATACCCAAAAGAG	68046

CU024865.1	1851	GTGATGGAAATAAGAGACTATGAAACATTTGCTAAAATGGGAGTCACATA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	68047	GTGATGGAAATAAGAGACTATGAAACATTTGCTAAAATGGGAGTCACATA	68096

CU024865.1	1901	TTCTGCTGCCACTGCGAATTATTACTGCTGGCTCTTTGGATAAAAGACAA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	68097	TTCTGCTGCCACTGCGAATTATTACTGCTGGCTCTTTGGATAAAAGACAA	68146

CU024865.1	1951	AGCAGCCTTGTCCTGACTGAGTCAATGACCTGATTTAGCAATCCAGTGTG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024874.2	68147	AGCAGCCTTGTCCTGACTGAGTCAATGACCTGATTTAGCAATCCAGTGTG	68196

Overview

Query
CU024865.1 - 181159 bps
Hit
CU024874.2 - 68196 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001996200012000166197681961
286.9948489498371992641720481021
385.9765213569790999264151358527261
479.6528182799258100084153347541771
Short-link