<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU024864.5	1	AAGCTTTTACCACAGGTTGCATACGGTTCTTGCCAATAGGGTATTGATCA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121175	AAGCTTTTACCACAGGTTGCATACGGTTCTTGCCAATAGGGTATTGATCA	121224

CU024864.5	51	TAGTTTGGTTTACTCATAGTATGAGAAGTGAACCAAAGTATAAATCCAGA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121225	TAGTTTGGTTTACTCATAGTATGAGAAGTGAACCAAAGTATAAATCCAGA	121274

CU024864.5	101	CAAGAGATCCAAGAGTGAGTCCAAAGTTGATGCAATCACAGCCAAAGATC	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121275	CAAGAGATCCAAGAGTGAGTCCAAAGTTGATGCAATCACAGCCAAAGATC	121324

CU024864.5	151	TACTTTGAATTGAAGCATAAACTTTTGCTACAAATAGCACCATGTTCCCT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121325	TACTTTGAATTGAAGCATAAACTTTTGCTACAAATAGCACCATGTTCCCT	121374

CU024864.5	201	ATGTTAGATAAATAAATTGCCACCTTCTCATTCCTTTCAAGTTGCTTCAT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121375	ATGTTAGATAAATAAATTGCCACCTTCTCATTCCTTTCAAGTTGCTTCAT	121424

CU024864.5	251	CTCATCCTGAAAATAAAAAGGTTCCATTTAGGCCATTTTAACAAACCAAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121425	CTCATCCTGAAAATAAAAAGGTTCCATTTAGGCCATTTTAACAAACCAAT	121474

CU024864.5	301	TGTTCATAAGAAGAAAAATAAAATAATGAATGAACTCATAAATTTTTATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121475	TGTTCATAAGAAGAAAAATAAAATAATGAATGAACTCATAAATTTTTATA	121524

CU024864.5	351	ACCTCTGTTAAATTTCCAGGTAATGTGCCCAAATCAATATATGAGTCCAC	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121525	ACCTCTGTTAAATTTCCAGGTAATGTGCCCAAATCAATATATGAGTCCAC	121574

CU024864.5	401	TTCTTGGTACCCTTTAAGAAGAATTTCCTGCCTCTTATAATATTTAGCAA	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121575	TTCTTGGTACCCTTTAAGAAGAATTTCCTGCCTCTTATAATATTTAGCAA	121624

CU024864.5	451	GTTTCCTTTGTCTCTCTGAAAGATTGAAATACAAAATTCATTTTAGAAAC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121625	GTTTCCTTTGTCTCTCTGAAAGATTGAAATACAAAATTCATTTTAGAAAC	121674

CU024864.5	501	ATCAAATACAAAATGCATACATATATGAAAATGTTAACAAAAAGGGTTGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121675	ATCAAATACAAAATGCATACATATATGAAAATGTTAACAAAAAGGGTTGT	121724

CU024864.5	551	TCATTTAAGTACTGATTGTTCTTAAGAATAATCCAAAGCCAAAATGAGAC	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121725	TCATTTAAGTACTGATTGTTCTTAAGAATAATCCAAAGCCAAAATGAGAC	121774

CU024864.5	601	TCCATTTGCCTTTCCGGTATGCGATGTTCATCCATATTGATCCTCCATGA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121775	TCCATTTGCCTTTCCGGTATGCGATGTTCATCCATATTGATCCTCCATGA	121824

CU024864.5	651	AGGTTGCCTAGCCATAGACACATTCTCAGAAGCTATGTTTGGGGAAAGAA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121825	AGGTTGCCTAGCCATAGACACATTCTCAGAAGCTATGTTTGGGGAAAGAA	121874

CU024864.5	701	GCTCAGTCCTATAATCTTTGGAATCAGTTCTAAGTTGATCAGTCATCTTT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121875	GCTCAGTCCTATAATCTTTGGAATCAGTTCTAAGTTGATCAGTCATCTTT	121924

CU024864.5	751	GAACTGTTTATGTTCTAATCTAATAATTTTTATGTACTTTAGTCTTTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121925	GAACTGTTTATGTTCTAATCTAATAATTTTTATGTACTTTAGTCTTTATA	121974

CU024864.5	801	TATAAAAATTTGAAGCAACATAAGCATGCGGTTATTACTTACTATTGTAG	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	121975	TATAAAAATTTGAAGCAACATAAGCATGCGGTTATTACTTACTATTGTAG	122024

CU024864.5	851	TAAGTATGGTCCATATTGTACGGAATATTATTATAACAAGGGAAAGCATG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122025	TAAGTATGGTCCATATTGTACGGAATATTATTATAACAAGGGAAAGCATG	122074

CU024864.5	901	GAGAATGCTTGATTTAGAGTTGTGGTTTGAACCATCAATATTTTTGGGAG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122075	GAGAATGCTTGATTTAGAGTTGTGGTTTGAACCATCAATATTTTTGGGAG	122124

CU024864.5	951	GTCTTATATCATGCCTCTAAATAAGTTGACTTTGTGAGTTGAAGTAGTTT	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122125	GTCTTATATCATGCCTCTAAATAAGTTGACTTTGTGAGTTGAAGTAGTTT	122174

CU024864.5	1001	TTATATGAATATGAATGGAATATTTACTTGGGAGTACCTTAAGTGTTCAC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122175	TTATATGAATATGAATGGAATATTTACTTGGGAGTACCTTAAGTGTTCAC	122224

CU024864.5	1051	ATATTAACTTTCAATTTTTAAAAATACTTTTGGGAAAATTCAACTGCTAC	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122225	ATATTAACTTTCAATTTTTAAAAATACTTTTGGGAAAATTCAACTGCTAC	122274

CU024864.5	1101	TTAAATGGCATATAAAAAACATTAGGAATAGGTGACGACAGTGTCACGAC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122275	TTAAATGGCATATAAAAAACATTAGGAATAGGTGACGACAGTGTCACGAC	122324

CU024864.5	1151	CAAGATCATGGTGAACTCAAGAAATATATTTAGAAATTTATAACTTTTGA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122325	CAAGATCATGGTGAACTCAAGAAATATATTTAGAAATTTATAACTTTTGA	122374

CU024864.5	1201	TGTCATCATCAAATTTTATTCGAATAGAAAGAAAAACATATTGGGATAAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122375	TGTCATCATCAAATTTTATTCGAATAGAAAGAAAAACATATTGGGATAAA	122424

CU024864.5	1251	GGAATGATGAATAAAAGTTAAGGTGTAGAAAACTTGATTTAAACAGAATC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122425	GGAATGATGAATAAAAGTTAAGGTGTAGAAAACTTGATTTAAACAGAATC	122474

CU024864.5	1301	GATGAGAGGTGTGTGATTGTGTGTATAGTTTTTATTGGAAGAGGGTGTGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122475	GATGAGAGGTGTGTGATTGTGTGTATAGTTTTTATTGGAAGAGGGTGTGT	122524

CU024864.5	1351	GCGTAGTTATTTAGTAGATGATTTCTCAACGAATCAACAAACGTATATTT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122525	GCGTAGTTATTTAGTAGATGATTTCTCAACGAATCAACAAACGTATATTT	122574

CU024864.5	1401	ACTGTGCTATTTGGGCCAGTCTCAGCATGTTGCCTCGGCCCTTTTGGCTC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122575	ACTGTGCTATTTGGGCCAGTCTCAGCATGTTGCCTCGGCCCTTTTGGCTC	122624

CU024864.5	1451	CCAGACATCCCTAAAATACTGAAATACCCCAACAACAAGGGTTGAACTTG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122625	CCAGACATCCCTAAAATACTGAAATACCCCAACAACAAGGGTTGAACTTG	122674

CU024864.5	1501	AACACCAATTTATACATAGAACCTATTTTATTTTTCTTCAATATACATAT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122675	AACACCAATTTATACATAGAACCTATTTTATTTTTCTTCAATATACATAT	122724

CU024864.5	1551	ATTCATTCAGTTATTCAATTCATTTATAAAAGAAACAAAATAAAATCGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122725	ATTCATTCAGTTATTCAATTCATTTATAAAAGAAACAAAATAAAATCGAA	122774

CU024864.5	1601	AGCATTCATTCATAGCATAAAGTCATTCAGTTACATCTAACAAAAGAAAG	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122775	AGCATTCATTCATAGCATAAAGTCATTCAGTTACATCTAACAAAAGAAAG	122824

CU024864.5	1651	CGATTAAAACCAAAACTATTCAATTATTTTCAACTAAAATACCAAAAACA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122825	CGATTAAAACCAAAACTATTCAATTATTTTCAACTAAAATACCAAAAACA	122874

CU024864.5	1701	AGTAAACATAGAACTATCCTTAAAAAAAAATAAACATAGAACTAATGTAC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122875	AGTAAACATAGAACTATCCTTAAAAAAAAATAAACATAGAACTAATGTAC	122924

CU024864.5	1751	CCTTATCATTTGTTGCATATTCCTTCTAGATATTTGATATGTGGTGGTCA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122925	CCTTATCATTTGTTGCATATTCCTTCTAGATATTTGATATGTGGTGGTCA	122974

CU024864.5	1801	GCGCATCTCATCATGCATCCGCCTCATGAGATTATAGAAGTATTCGACTG	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	122975	GCGCATCTCATCATGCATCCGCCTCATGAGATTATAGAAGTATTCGACTG	123024

CU024864.5	1851	AGTTACCATCAGGCAACCCCTCATCCTTCATGTCGAAGGTATGATACACA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	123025	AGTTACCATCAGGCAACCCCTCATCCTTCATGTCGAAGGTATGATACACA	123074

CU024864.5	1901	GTGTGTTAGAACAATCTCTGGCATGATCCTCCTCAATAATGACATCTTCA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	123075	GTGTGTTAGAACAATCTCTGGCATGATCCTCCTCAATAATGACATCTTCA	123124

CU024864.5	1951	TTATCCAGTATAAAGGGCGATGCTTGAACCCCCTCCACAAATGGGATTAA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024869.10	123125	TTATCCAGTATAAAGGGCGATGCTTGAACCCCCTCCACAAATGGGATTAA	123174

Overview

Query
CU024864.5 - 75871 bps
Hit
CU024869.10 - 123174 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100190920001200011211751231741
Short-link