<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU179753.5	1	CTCCAAAAATGGAAATCTGGTCAACTACTATATGGTAATTGCTAATATTA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139313	CTCCAAAAATGGAAATCTGGTCAACTACTATATGGTAATTGCTAATATTA	139362

CU179753.5	51	TGTACTAATGTAGCAAACTAACTCAATTGAATGTGAAATTAACTATGAAT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139363	TGTACTAATGTAGCAAACTAACTCAATTGAATGTGAAATTAACTATGAAT	139412

CU179753.5	101	GAATTGCAGTACCATGGTGGAACAAACTTTGGAAGAACAACCTCTGCCTT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139413	GAATTGCAGTACCATGGTGGAACAAACTTTGGAAGAACAACCTCTGCCTT	139462

CU179753.5	151	TACAACAACCCGTTATTACGATGAGGCACCTCTTGATGAATACGGTATGG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139463	TACAACAACCCGTTATTACGATGAGGCACCTCTTGATGAATACGGTATGG	139512

CU179753.5	201	AGAGGCAGCCAAAATGGAGCCACCTTAGGGACGCCCACAAGGCTTTGCTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139513	AGAGGCAGCCAAAATGGAGCCACCTTAGGGACGCCCACAAGGCTTTGCTC	139562

CU179753.5	251	CTTTGCAGAAAGGCTATTCTCGGTGGTGTTCCCACTGTCCAAAAGCTCAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139563	CTTTGCAGAAAGGCTATTCTCGGTGGTGTTCCCACTGTCCAAAAGCTCAA	139612

CU179753.5	301	CGACTACCACGAGGTACATATAATAATCATTGTTAAGCTATATATGCAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139613	CGACTACCACGAGGTACATATAATAATCATTGTTAAGCTATATATGCAAC	139662

CU179753.5	351	ATGCGTGTATCTCTATCATGATAACTTTGAGAAATATATAATGCATCGTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139663	ATGCGTGTATCTCTATCATGATAACTTTGAGAAATATATAATGCATCGTG	139712

CU179753.5	401	CAGGTTAGAATCTTTGAGAAGCCTGGAACAAGCACATGTTCTGCTTTTAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139713	CAGGTTAGAATCTTTGAGAAGCCTGGAACAAGCACATGTTCTGCTTTTAT	139762

CU179753.5	451	CACCAATAACCACACTAATCAAGCAGCCACAATTAGTTTCAGAGGTTCTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139763	CACCAATAACCACACTAATCAAGCAGCCACAATTAGTTTCAGAGGTTCTA	139812

CU179753.5	501	ACTACTTTTTGCCAGCACATTCCATTAGCGTCCTCCCAGATTGCAAGACT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139813	ACTACTTTTTGCCAGCACATTCCATTAGCGTCCTCCCAGATTGCAAGACT	139862

CU179753.5	551	GTCGTCTACAACACACAAAATGTAATGAACCAACTTGTTTATTATAAACT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139863	GTCGTCTACAACACACAAAATGTAATGAACCAACTTGTTTATTATAAACT	139912

CU179753.5	601	AATCTCATCTCATCTCATCATCAAGCTAGCTGGCAAATAATTAATTCATT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139913	AATCTCATCTCATCTCATCATCAAGCTAGCTGGCAAATAATTAATTCATT	139962

CU179753.5	651	TATTGATTATAATGAATGAACAGATTGTTTCACAACATAATAAAAGGAAC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	139963	TATTGATTATAATGAATGAACAGATTGTTTCACAACATAATAAAAGGAAC	140012

CU179753.5	701	TTCGTGAAGTCTGCTGTCGCAAACAACCTCAAATGGGAGCTGTTTCTTGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140013	TTCGTGAAGTCTGCTGTCGCAAACAACCTCAAATGGGAGCTGTTTCTTGA	140062

CU179753.5	751	GGCAATTCCATCATCTAAGAAACTTGAATCAAATCAAAAAATTCCATTAG	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140063	GGCAATTCCATCATCTAAGAAACTTGAATCAAATCAAAAAATTCCATTAG	140112

CU179753.5	801	AGCTTTACACATTGCTTAAAGACACCACAGATTATGGATGGTACACCACC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140113	AGCTTTACACATTGCTTAAAGACACCACAGATTATGGATGGTACACCACC	140162

CU179753.5	851	AGGTGAGGATTCATTCATTCAACCTTAATTAAATTTGAAATATGCAACTC	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140163	AGGTGAGGATTCATTCATTCAACCTTAATTAAATTTGAAATATGCAACTC	140212

CU179753.5	901	ATTCCCCACATCTATCATAAATTATTTATGGTTTTTCTAATGCAGCTTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140213	ATTCCCCACATCTATCATAAATTATTTATGGTTTTTCTAATGCAGCTTTG	140262

CU179753.5	951	AGTTGGGTCCAGAAGACTTGCCAAAGAAGAGTGCAATTCTTCGTATTATG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140263	AGTTGGGTCCAGAAGACTTGCCAAAGAAGAGTGCAATTCTTCGTATTATG	140312

CU179753.5	1001	AGTCTTGGACACACACTATCCGCATTTGTTAATGGACAATACATTGGTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140313	AGTCTTGGACACACACTATCCGCATTTGTTAATGGACAATACATTGGTAA	140362

CU179753.5	1051	GAACATAATTTCAATAATAAACGACAATGGTGAGTGATAGGAGAGGAAAT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140363	GAACATAATTTCAATAATAAACGACAATGGTGAGTGATAGGAGAGGAAAT	140412

CU179753.5	1101	GGCAAGAGTTTTATATGATTCTAACTTTGATTTGTAATAGGTACTGATCA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140413	GGCAAGAGTTTTATATGATTCTAACTTTGATTTGTAATAGGTACTGATCA	140462

CU179753.5	1151	TGGTACCCATGAAGAAAAATCTTTTGAATTTGAGCAACCAGCTAACTTCA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140463	TGGTACCCATGAAGAAAAATCTTTTGAATTTGAGCAACCAGCTAACTTCA	140512

CU179753.5	1201	AGGTTGGAACCAACTACATTTCCATCTTGGCTACCACTGTTGGACTACCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140513	AGGTTGGAACCAACTACATTTCCATCTTGGCTACCACTGTTGGACTACCT	140562

CU179753.5	1251	GTAAGACTCTTCATGATCCAACCAAACATTAATCATGAGTGAGTGAGGAC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140563	GTAAGACTCTTCATGATCCAACCAAACATTAATCATGAGTGAGTGAGGAC	140612

CU179753.5	1301	AAAACATACAACAACTAATGTTTTTTGTACACCAAACAATACAGGACAGT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140613	AAAACATACAACAACTAATGTTTTTTGTACACCAAACAATACAGGACAGT	140662

CU179753.5	1351	GGAGCTTATATGGAGCATAGGTACGCCGGACCCAAGTCCATATCCATCCT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140663	GGAGCTTATATGGAGCATAGGTACGCCGGACCCAAGTCCATATCCATCCT	140712

CU179753.5	1401	TGGTCTCAATAAAGGAAAACTTGAACTCACTAAGAACGGTTGGGGTCATC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140713	TGGTCTCAATAAAGGAAAACTTGAACTCACTAAGAACGGTTGGGGTCATC	140762

CU179753.5	1451	GGGTAATAATCAATTTATGCCATCCATTGTTACTATATATTCAAGTGAAG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140763	GGGTAATAATCAATTTATGCCATCCATTGTTACTATATATTCAAGTGAAG	140812

CU179753.5	1501	GCAATGAGAGACTATAATTCAATTTAATTTGCAGGTTGGTCTCAGAGGTG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140813	GCAATGAGAGACTATAATTCAATTTAATTTGCAGGTTGGTCTCAGAGGTG	140862

CU179753.5	1551	AGCAACTTAAAGTTTTCACCGAGGAAGGATCAAAGAAGGTTCAATGGGAT	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140863	AGCAACTTAAAGTTTTCACCGAGGAAGGATCAAAGAAGGTTCAATGGGAT	140912

CU179753.5	1601	CCAGTCACAGGAGAAACACGTGCACTCTCCTGGTTGAAGACAAGATTTGC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140913	CCAGTCACAGGAGAAACACGTGCACTCTCCTGGTTGAAGACAAGATTTGC	140962

CU179753.5	1651	CACACCAGAGGGAAGAGGTCCAGTTGCCATCAGGATGACTGGTATGGGAA	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	140963	CACACCAGAGGGAAGAGGTCCAGTTGCCATCAGGATGACTGGTATGGGAA	141012

CU179753.5	1701	AAGGAATGATTTGGGTGAACGGAAAAAGCATCGGTCGTCACTGGATGTCA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	141013	AAGGAATGATTTGGGTGAACGGAAAAAGCATCGGTCGTCACTGGATGTCA	141062

CU179753.5	1751	TTCCTCTCCCCTCTTGGACAACCTAGTCAAGAAGAGTACCACATCCCAAG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	141063	TTCCTCTCCCCTCTTGGACAACCTAGTCAAGAAGAGTACCACATCCCAAG	141112

CU179753.5	1801	AGATTACCTGAATGCAAAGGACAATTTGCTTGTTGTATTAGAAGAGGAGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	141113	AGATTACCTGAATGCAAAGGACAATTTGCTTGTTGTATTAGAAGAGGAGA	141162

CU179753.5	1851	AGGGAAGTCCAGAAAAAATAGAGATAATGATTGTTGACAGAGATACAATC	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	141163	AGGGAAGTCCAGAAAAAATAGAGATAATGATTGTTGACAGAGATACAATC	141212

CU179753.5	1901	TGCAGTTACATTACAGAGAACAGTCCTGCCAATGTCAATTCTTGGGGATC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	141213	TGCAGTTACATTACAGAGAACAGTCCTGCCAATGTCAATTCTTGGGGATC	141262

CU179753.5	1951	TAAGAACGGAGAATTTCGTTCTGTTGGCAAAAATTCTGGACCACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024868.17	141263	TAAGAACGGAGAATTTCGTTCTGTTGGCAAAAATTCTGGACCACAAGCTT	141312

Overview

Query
CU179753.5 - 3994 bps
Hit
CU024868.17 - 141312 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100195920001200011393131413121
Short-link