<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT954229.11	1	AAGCTTCTTCTTGGACTCAGACCCTGATTGCTGTGAACTGATTCTTTTCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	73872	AAGCTTCTTCTTGGACTCAGACCCTGATTGCTGTGAACTGATTCTTTTCT	73921

CT954229.11	51	TTAGGCGCACTTTGTGCTTTATACTTAATCGATAGGGAAGGGAGGCAGAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	73922	TTAGGCGCACTTTGTGCTTTATACTTAATCGATAGGGAAGGGAGGCAGAA	73971

CT954229.11	101	GCTTATTATAGGAAGCTACTTAGGAATGGTGAGTGTGTGCAAGATGCTCG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	73972	GCTTATTATAGGAAGCTACTTAGGAATGGTGAGTGTGTGCAAGATGCTCG	74021

CT954229.11	151	TAACTTCTTTCTTGGAATATGTAAATAAGAGTATCATGCATGCACATGCA	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74022	TAACTTCTTTCTTGGAATATGTAAATAAGAGTATCATGCATGCACATGCA	74071

CT954229.11	201	CACATGAATTCATTTAGATCTTATTCTTTGGTAATTTATTATTTTCATTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74072	CACATGAATTCATTTAGATCTTATTCTTTGGTAATTTATTATTTTCATTT	74121

CT954229.11	251	CTGCTTAATTGTAGGCAATTTCAATGTTTCTTGTGGTCTATGCCGTCATC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74122	CTGCTTAATTGTAGGCAATTTCAATGTTTCTTGTGGTCTATGCCGTCATC	74171

CT954229.11	301	TTTCCATTGGATGAGCAACTCAGCAACAACTTATCAATATTAGGAACTAT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74172	TTTCCATTGGATGAGCAACTCAGCAACAACTTATCAATATTAGGAACTAT	74221

CT954229.11	351	CATGTAAGCATTTACTTGTTATCAAGCCTTTTGCAAGAGCTACTGCTTTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74222	CATGTAAGCATTTACTTGTTATCAAGCCTTTTGCAAGAGCTACTGCTTTT	74271

CT954229.11	401	TCTTCCTTGACTAACATAGGTGACAATGCTTAGTGAAATTCATGTGAATC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74272	TCTTCCTTGACTAACATAGGTGACAATGCTTAGTGAAATTCATGTGAATC	74321

CT954229.11	451	ACACTAATTAAAACTTGTGGACCCCACTACCAATTTAGCGGGAGCTGTGG	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74322	ACACTAATTAAAACTTGTGGACCCCACTACCAATTTAGCGGGAGCTGTGG	74371

CT954229.11	501	AACTCGTGAATTTCACTCTATAATATTGTGTTAACAAAATGTGTTTATCA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74372	AACTCGTGAATTTCACTCTATAATATTGTGTTAACAAAATGTGTTTATCA	74421

CT954229.11	551	ATATTTCTCATTCCTTCATTGTTAACATCACCATTTTGATAATAACATTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74422	ATATTTCTCATTCCTTCATTGTTAACATCACCATTTTGATAATAACATTA	74471

CT954229.11	601	TACATTATCGGGTAGTTTCCAGTACTTCATATTTTCTGAAAATGGGTGAT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74472	TACATTATCGGGTAGTTTCCAGTACTTCATATTTTCTGAAAATGGGTGAT	74521

CT954229.11	651	TCAATTTCCCTTATACAATGTTATAGGTATATATTCTCTTTTGCAATTGG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74522	TCAATTTCCCTTATACAATGTTATAGGTATATATTCTCTTTTGCAATTGG	74571

CT954229.11	701	AGCTGGCCCTGTAACTGGCATCATTATACCAGAGCTTAGCAGCACCAGGA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74572	AGCTGGCCCTGTAACTGGCATCATTATACCAGAGCTTAGCAGCACCAGGA	74621

CT954229.11	751	CACGAGGGAAAATCATGGGGTTCAGTTTCTCTACCCATTGGGTGGGTATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74622	CACGAGGGAAAATCATGGGGTTCAGTTTCTCTACCCATTGGGTGGGTATT	74671

CT954229.11	801	AAGGCATCTTCAGTGAATTTTCTTCTATGAAAAGCTCTTTTTATGTTACT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74672	AAGGCATCTTCAGTGAATTTTCTTCTATGAAAAGCTCTTTTTATGTTACT	74721

CT954229.11	851	TTGCATTTCTTACTTGTGATGGAATTTTTCAGTCTAATAATTTTTATTTT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74722	TTGCATTTCTTACTTGTGATGGAATTTTTCAGTCTAATAATTTTTATTTT	74771

CT954229.11	901	TATCTTTTACATAAAGGTTTGCAACTTTGTGGTGGGATTATTCTTCCTTG	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74772	TATCTTTTACATAAAGGTTTGCAACTTTGTGGTGGGATTATTCTTCCTTG	74821

CT954229.11	951	AATTGGTAGAGAAATTTGGAGTTGCACCAGTATATGCTAGCTTTGGAGCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74822	AATTGGTAGAGAAATTTGGAGTTGCACCAGTATATGCTAGCTTTGGAGCA	74871

CT954229.11	1001	GTTTCCCTGTTAGCCGCAGCATTTGCCCATTACTTCCTGGTAGAAACCAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74872	GTTTCCCTGTTAGCCGCAGCATTTGCCCATTACTTCCTGGTAGAAACCAA	74921

CT954229.11	1051	GGGGTGCTCTCTAGAAGAAATTGAACGGTCCTTAAACTCGAAAGCTTGAG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74922	GGGGTGCTCTCTAGAAGAAATTGAACGGTCCTTAAACTCGAAAGCTTGAG	74971

CT954229.11	1101	CCCGTGATAAATATTACGACGTACCAATTCATGCATTGCATATAGAACTG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	74972	CCCGTGATAAATATTACGACGTACCAATTCATGCATTGCATATAGAACTG	75021

CT954229.11	1151	ATTTGTTTTGTGGTTAAGCATCAATAAGGTCATAACCAATCAAAAGAACA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75022	ATTTGTTTTGTGGTTAAGCATCAATAAGGTCATAACCAATCAAAAGAACA	75071

CT954229.11	1201	GGATGTAGAAGACTACATTCAAGCTGGGATCATCAGTAGTAATGCAATAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75072	GGATGTAGAAGACTACATTCAAGCTGGGATCATCAGTAGTAATGCAATAA	75121

CT954229.11	1251	GCTAAAAAAGCAGCATGTGTCTGCATCTCAGCAAACATGGTTGTGTCTTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75122	GCTAAAAAAGCAGCATGTGTCTGCATCTCAGCAAACATGGTTGTGTCTTA	75171

CT954229.11	1301	TATTTAATGTATGAGATTTTGATTCTTTAATAGTTTACATACCTTAAGTA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75172	TATTTAATGTATGAGATTTTGATTCTTTAATAGTTTACATACCTTAAGTA	75221

CT954229.11	1351	AGTTATATGTAGTATTGTTGTTTTTTTGTGTAAAAACTACTATTGTTGGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75222	AGTTATATGTAGTATTGTTGTTTTTTTGTGTAAAAACTACTATTGTTGGT	75271

CT954229.11	1401	TTATGTTAGAAACGGTGTATCTTGATTATTGAACTTGTATAAGCGTGCCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75272	TTATGTTAGAAACGGTGTATCTTGATTATTGAACTTGTATAAGCGTGCCA	75321

CT954229.11	1451	TAAGTTGTTTAAAATGGTTGTTCAAATATCACTACTCCTTTTGTAATAGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75322	TAAGTTGTTTAAAATGGTTGTTCAAATATCACTACTCCTTTTGTAATAGA	75371

CT954229.11	1501	GCTACTTTTTTGTGTATAGTAAACTATCTTTAAATCTTGATTCTTGAACT	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75372	GCTACTTTTTTGTGTATAGTAAACTATCTTTAAATCTTGATTCTTGAACT	75421

CT954229.11	1551	TCTAAGTGTACCATTTTTGTAATTTATAATAAAGCTTCGTAGGAATGGAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75422	TCTAAGTGTACCATTTTTGTAATTTATAATAAAGCTTCGTAGGAATGGAA	75471

CT954229.11	1601	TGAAAGGGAAAAAGAGGGTAGTTTCTCTCCTTCTCATGGATATTTTTTTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75472	TGAAAGGGAAAAAGAGGGTAGTTTCTCTCCTTCTCATGGATATTTTTTTT	75521

CT954229.11	1651	TTTTTTTTTATAGGGCAGACAGATTATATATATATGACTGAATTTTATTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75522	TTTTTTTTTATAGGGCAGACAGATTATATATATATGACTGAATTTTATTT	75571

CT954229.11	1701	TGTTTGTTTTGGGTGTAGAGAAACTATATGAATAGAAAATGCCAGAGTTC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75572	TGTTTGTTTTGGGTGTAGAGAAACTATATGAATAGAAAATGCCAGAGTTC	75621

CT954229.11	1751	TCCAATATGGTATTTTTTTTTAGTTTTTACACTATGGATAGAAATAGGCT	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75622	TCCAATATGGTATTTTTTTTTAGTTTTTACACTATGGATAGAAATAGGCT	75671

CT954229.11	1801	ATCATATCTTCGGCTTTCTTCTTCTTCTTTCAAAGTCACAGTTGGTAGGA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75672	ATCATATCTTCGGCTTTCTTCTTCTTCTTTCAAAGTCACAGTTGGTAGGA	75721

CT954229.11	1851	ACAATGCATAACATTTGCAAGGTCTGGGTTCAAACCTCGACCACCAACAA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75722	ACAATGCATAACATTTGCAAGGTCTGGGTTCAAACCTCGACCACCAACAA	75771

CT954229.11	1901	AAAAAAGTCATCCTTTAACATTTCCTTTCTAACTCCTAAACCACTTTTTG	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75772	AAAAAAGTCATCCTTTAACATTTCCTTTCTAACTCCTAAACCACTTTTTG	75821

CT954229.11	1951	TCGGTATGTTTGGTGCGAGTAAAACAGATGAGGTAGAGATTGCTCAGAGA	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU024864.5	75822	TCGGTATGTTTGGTGCGAGTAAAACAGATGAGGTAGAGATTGCTCAGAGA	75871

Overview

Query
CT954229.11 - 126389 bps
Hit
CU024864.5 - 75871 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001918200012000173872758711
21003061106094106154119632196921
31003062106093106154-119633196941
489.08961663207232237155511556841
593.6544631349113553172924729861
Short-link