<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT990489.3	1	AAGCTTGTGGGGAGTAGGGGTTCAAAAAATCGATACTTTGATTTTGACAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83243	AAGCTTGTGGGGAGTAGGGGTTCAAAAAATCGATACTTTGATTTTGACAA	83292

CT990489.3	51	ATTGGCAGAGGTTTGTTTTGTTCTAAATACCAACTTTCTTGAACATGTTT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83293	ATTGGCAGAGGTTTGTTTTGTTCTAAATACCAACTTTCTTGAACATGTTT	83342

CT990489.3	101	CTCTTGACATTATTCTTAATTTTGCTCTGTTTGCCATGTGAGACAGGTCA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83343	CTCTTGACATTATTCTTAATTTTGCTCTGTTTGCCATGTGAGACAGGTCA	83392

CT990489.3	151	CTGCATTAGTCACTTCTAACCTGAACAAAATTATTGACGTCAATTACTAC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83393	CTGCATTAGTCACTTCTAACCTGAACAAAATTATTGACGTCAATTACTAC	83442

CT990489.3	201	CCTGTTGAAACTGCAAAAAGGTCTAACTTACGACATAGGCCTATTGGACT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83443	CCTGTTGAAACTGCAAAAAGGTCTAACTTACGACATAGGCCTATTGGACT	83492

CT990489.3	251	TGGAGTCCAGGGACTTGCAGACACATTCATTTTGCTTGGCATGGCATTTG	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83493	TGGAGTCCAGGGACTTGCAGACACATTCATTTTGCTTGGCATGGCATTTG	83542

CT990489.3	301	ATTCCCAGGAGGTAAGTTTTGTCTATCATCTTTTCTAGCTGTACATTTGT	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83543	ATTCCCAGGAGGTAAGTTTTGTCTATCATCTTTTCTAGCTGTACATTTGT	83592

CT990489.3	351	GCAGATTGTTCTGATCTTATACTTTGTCTATGTATAGGCTCAGCAGCTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83593	GCAGATTGTTCTGATCTTATACTTTGTCTATGTATAGGCTCAGCAGCTAA	83642

CT990489.3	401	ACAAGGACATATTTGAGACAATATACTACCATGCATTAAAAGCTTCTTCT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83643	ACAAGGACATATTTGAGACAATATACTACCATGCATTAAAAGCTTCTTCT	83692

CT990489.3	451	GAATTAGCTGCCAAGGAAGGCCCATACGAGACATATGCAGGAAGTCCTGT	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83693	GAATTAGCTGCCAAGGAAGGCCCATACGAGACATATGCAGGAAGTCCTGT	83742

CT990489.3	501	AAGCAAGGTATAAATCCTTTCATTCCTAGATTTTACAAATGGGTAATATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83743	AAGCAAGGTATAAATCCTTTCATTCCTAGATTTTACAAATGGGTAATATG	83792

CT990489.3	551	TTAATGGGATGTTTGATTTTCCAGTGCATATTGACGATCATCCATGATTT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83793	TTAATGGGATGTTTGATTTTCCAGTGCATATTGACGATCATCCATGATTT	83842

CT990489.3	601	AGTCGAAATGGTTGTTATACTTCTAAGTGTCTAACATAAATAAAATAGCA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83843	AGTCGAAATGGTTGTTATACTTCTAAGTGTCTAACATAAATAAAATAGCA	83892

CT990489.3	651	TCTTCTTACTGGTTTGACTTTGAAGATATGATTGCAAGTTTAAAGAGAAT	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83893	TCTTCTTACTGGTTTGACTTTGAAGATATGATTGCAAGTTTAAAGAGAAT	83942

CT990489.3	701	TTGAAAATGTTGAGACACAAATTATACACACTACAGTAGAACATGAAATG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83943	TTGAAAATGTTGAGACACAAATTATACACACTACAGTAGAACATGAAATG	83992

CT990489.3	751	ACTGTCAGATTTTATTTTGATTCACATTGTATTTCCACTAAATACATATT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	83993	ACTGTCAGATTTTATTTTGATTCACATTGTATTTCCACTAAATACATATT	84042

CT990489.3	801	ATGCTGCCCAGGGTATTCTCCAGCCAGACATGTGGGGAATTACACCATCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84043	ATGCTGCCCAGGGTATTCTCCAGCCAGACATGTGGGGAATTACACCATCT	84092

CT990489.3	851	GATAAATGGGATTGGCATGCTCTTCGTGAAATGATTGCAAATAATGGTGT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84093	GATAAATGGGATTGGCATGCTCTTCGTGAAATGATTGCAAATAATGGTGT	84142

CT990489.3	901	AAGAAATTCACTTCTTGTAGCTCCAATGCCAACTGCTTCAACCAGCCAAA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84143	AAGAAATTCACTTCTTGTAGCTCCAATGCCAACTGCTTCAACCAGCCAAA	84192

CT990489.3	951	TTCTTGGAAATAATGAATGCTTTGAGCCATATACATCTAATATCTACAGC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84193	TTCTTGGAAATAATGAATGCTTTGAGCCATATACATCTAATATCTACAGC	84242

CT990489.3	1001	AGAAGGGTTCTGAGGTAACACCTGCTAGCAGATCCTGCAGCTGCTGCTTT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84243	AGAAGGGTTCTGAGGTAACACCTGCTAGCAGATCCTGCAGCTGCTGCTTT	84292

CT990489.3	1051	TTTTTTTTTTTTTATTATTATCATACTTGCTGCATATGATTTATACATGG	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84293	TTTTTTTTTTTTTATTATTATCATACTTGCTGCATATGATTTATACATGG	84342

CT990489.3	1101	TTTATTTTTTATCTCCAGTGGTGAATTTGTTGTGGTGAACAAACATCTTC	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84343	TTTATTTTTTATCTCCAGTGGTGAATTTGTTGTGGTGAACAAACATCTTC	84392

CT990489.3	1151	TGCATGACCTAACCGAGACAGGGCTCTGGTCACCTGCTGTTAAGAATAGG	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84393	TGCATGACCTAACCGAGACAGGGCTCTGGTCACCTGCTGTTAAGAATAGG	84442

CT990489.3	1201	ATAATACATGATGATGGTTCTGTGCAGAAAATCCCTGAAATTCCAGATGA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84443	ATAATACATGATGATGGTTCTGTGCAGAAAATCCCTGAAATTCCAGATGA	84492

CT990489.3	1251	TCTTAAAGTTATTTATAAGTATGAACTTTCACTAATTACTTGTTCAGTTT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84493	TCTTAAAGTTATTTATAAGTATGAACTTTCACTAATTACTTGTTCAGTTT	84542

CT990489.3	1301	TTATATACACTTCATTTCCACTTACATTCTAATACTGTTCACTGACTTCA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84543	TTATATACACTTCATTTCCACTTACATTCTAATACTGTTCACTGACTTCA	84592

CT990489.3	1351	GGACTGTCTGGGAGATCAAGCAACGGACCCTGGTTGACATGGCTGTAGAC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84593	GGACTGTCTGGGAGATCAAGCAACGGACCCTGGTTGACATGGCTGTAGAC	84642

CT990489.3	1401	CGTGGTTGCTACATAGATCAGAGTCAAAGCCTCAACATCCATATGGATCA	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84643	CGTGGTTGCTACATAGATCAGAGTCAAAGCCTCAACATCCATATGGATCA	84692

CT990489.3	1451	ACCCAACTTTGGAAAGCTCACTTCCCTTCATTTTCATGCTTGGTCCAGGG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84693	ACCCAACTTTGGAAAGCTCACTTCCCTTCATTTTCATGCTTGGTCCAGGG	84742

CT990489.3	1501	TACACTTCAATTTTCACATTATAAGTTTTGTTGATCTTTTGAAGAGTGCA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84743	TACACTTCAATTTTCACATTATAAGTTTTGTTGATCTTTTGAAGAGTGCA	84792

CT990489.3	1551	TAAGCACTAAGAAATGGTCTGGTATATTGTTACTCAATAGTTTAGTACAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84793	TAAGCACTAAGAAATGGTCTGGTATATTGTTACTCAATAGTTTAGTACAA	84842

CT990489.3	1601	ACATCCATTTAAAGAGATCTTTTAGCGACTAGTGAATGTAGTTGTCAGAC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84843	ACATCCATTTAAAGAGATCTTTTAGCGACTAGTGAATGTAGTTGTCAGAC	84892

CT990489.3	1651	TACAACAGCATGAACAGATCTTTGTAGGTTCCATCTTCACAGGTCAATTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84893	TACAACAGCATGAACAGATCTTTGTAGGTTCCATCTTCACAGGTCAATTT	84942

CT990489.3	1701	TGAGTCTGAGTTTCATCTTTCTTGTTATTGTAGGGTTTGAAAACTGGAAT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84943	TGAGTCTGAGTTTCATCTTTCTTGTTATTGTAGGGTTTGAAAACTGGAAT	84992

CT990489.3	1751	GTACTATCTACGATCACGTGCTGCAGCTGATGCAATCAAGTTCACAGTTG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	84993	GTACTATCTACGATCACGTGCTGCAGCTGATGCAATCAAGTTCACAGTTG	85042

CT990489.3	1801	ACACTTCCATGCTGAAGGTAGTAAGTAGTAACGTTATAATGCTGAGTAAC	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	85043	ACACTTCCATGCTGAAGGTAGTAAGTAGTAACGTTATAATGCTGAGTAAC	85092

CT990489.3	1851	TTATCGTCAATATTATTTTGTTCTTACAAACTGCGCACTGGTATCAATTT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	85093	TTATCGTCAATATTATTTTGTTCTTACAAACTGCGCACTGGTATCAATTT	85142

CT990489.3	1901	GCAGGAAAAACCAAAGACTGCTGTTGACGAAGAAACTAAATTGGCTCAGA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	85143	GCAGGAAAAACCAAAGACTGCTGTTGACGAAGAAACTAAATTGGCTCAGA	85192

CT990489.3	1951	TGGTGTGCTCTTTTACAAACCGCGAGGACTGTTTATCCTGTGGAAGTTAG	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019619.10	85193	TGGTGTGCTCTTTTACAAACCGCGAGGACTGTTTATCCTGTGGAAGTTAG	85242

Overview

Query
CT990489.3 - 128461 bps
Hit
CU019619.10 - 85242 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001948200012000183243852421
Short-link