<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU041384.7	1	ACCAACTTACTTACTTTTAATATTCTCTCTCATAATAAATAAGGGCACAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50576	ACCAACTTACTTACTTTTAATATTCTCTCTCATAATAAATAAGGGCACAA	50625

CU041384.7	51	ATGAAATTTACCTTCAAACATACTTGAAACTTGGTCAATCTTCTTATAAA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50626	ATGAAATTTACCTTCAAACATACTTGAAACTTGGTCAATCTTCTTATAAA	50675

CU041384.7	101	TAGGTTTTTTTTAGATATTATTTGATTTTTTTTAGTTTGATTTTATTTAG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50676	TAGGTTTTTTTTAGATATTATTTGATTTTTTTTAGTTTGATTTTATTTAG	50725

CU041384.7	151	AATTTTGACATTATGTGGTATTTTACCCTCGTATTTAAAATTGAAACAAT	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50726	AATTTTGACATTATGTGGTATTTTACCCTCGTATTTAAAATTGAAACAAT	50775

CU041384.7	201	AAATCACCGTTTATAATCACTTTATTTAATCACAATACTATCGGCGGAGA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50776	AAATCACCGTTTATAATCACTTTATTTAATCACAATACTATCGGCGGAGA	50825

CU041384.7	251	TTTCCAAATTTGTATCACTTTAATCTTAAAATTTTGTTGTTTAGAAATAT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50826	TTTCCAAATTTGTATCACTTTAATCTTAAAATTTTGTTGTTTAGAAATAT	50875

CU041384.7	301	TCTAATTTAATTCATTGCATGTTAAAAAATATTTTTTTTTTTTTATAAAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50876	TCTAATTTAATTCATTGCATGTTAAAAAATATTTTTTTTTTTTTATAAAA	50925

CU041384.7	351	GAGTTCCTTAATGCTCCTAACAACTCTGTAAAAAGGTGTTCAAAAATTAA	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50926	GAGTTCCTTAATGCTCCTAACAACTCTGTAAAAAGGTGTTCAAAAATTAA	50975

CU041384.7	401	AATGTTGAAACATAATTAAACAAATTCTAAGAAAAGTTTTAGAATTAAAG	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	50976	AATGTTGAAACATAATTAAACAAATTCTAAGAAAAGTTTTAGAATTAAAG	51025

CU041384.7	451	TCCTCCCTCTGTTTTTAAATATAAGTAAAATTAAGTTGTTAGGTTCATTC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51026	TCCTCCCTCTGTTTTTAAATATAAGTAAAATTAAGTTGTTAGGTTCATTC	51075

CU041384.7	501	ATTTAATGATGTATGTGGTTTATAATATGAACCACATACATTATTAAATG	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51076	ATTTAATGATGTATGTGGTTTATAATATGAACCACATACATTATTAAATG	51125

CU041384.7	551	AATGAACCTAAAGTAAATTTTGCTTATATTTAAAAACGGATGGAGTAGAG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51126	AATGAACCTAAAGTAAATTTTGCTTATATTTAAAAACGGATGGAGTAGAG	51175

CU041384.7	601	AATAAAATTGGGGGTTGAATTTTTTCACTGAGACATCATTAACATGTCAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51176	AATAAAATTGGGGGTTGAATTTTTTCACTGAGACATCATTAACATGTCAA	51225

CU041384.7	651	ATTATTTTTCATCTGAGTCTAAAAATTTATTTAACTCTTGTTGTATATTG	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51226	ATTATTTTTCATCTGAGTCTAAAAATTTATTTAACTCTTGTTGTATATTG	51275

CU041384.7	701	ACCATTCAACTAATAATATTCAATTATTTAAAAAAAAAACCTCATAATAT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51276	ACCATTCAACTAATAATATTCAATTATTTAAAAAAAAAACCTCATAATAT	51325

CU041384.7	751	TCAATATCTATAGTAAAATCGTAAATATATTTTCAACTACAGTCATTATA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51326	TCAATATCTATAGTAAAATCGTAAATATATTTTCAACTACAGTCATTATA	51375

CU041384.7	801	TTTCTCTAAAAAGAAATTGCAGCCATTATATTAATGGCGTTCAAGGAATA	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51376	TTTCTCTAAAAAGAAATTGCAGCCATTATATTAATGGCGTTCAAGGAATA	51425

CU041384.7	851	GCAACGATGCTGCAATTACAATGTTGCTGGGAAAAAAAAAATTAATTCGG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51426	GCAACGATGCTGCAATTACAATGTTGCTGGGAAAAAAAAAATTAATTCGG	51475

CU041384.7	901	AGGAAATTCCAAGATTGTCCAACAGTTAAATAAATAACTTATATAGAATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51476	AGGAAATTCCAAGATTGTCCAACAGTTAAATAAATAACTTATATAGAATT	51525

CU041384.7	951	TACCTCCAATAGTAGGTTACCAATGTACAACAACCTACAAACACATGTCA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51526	TACCTCCAATAGTAGGTTACCAATGTACAACAACCTACAAACACATGTCA	51575

CU041384.7	1001	TTTTGATAACCAAAAAAAAAAAAAAAAACTGTGTTTTATATGACCTCCTA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51576	TTTTGATAACCAAAAAAAAAAAAAAAAACTGTGTTTTATATGACCTCCTA	51625

CU041384.7	1051	CCGTAGGAGACCTATTCACGTCTCCTACCTTAAATGGCACCATGCAACCT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51626	CCGTAGGAGACCTATTCACGTCTCCTACCTTAAATGGCACCATGCAACCT	51675

CU041384.7	1101	TTAGTTTATAAATTAAAGACAGTAAACTAAACAAAGAATTGTGCTTACTA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51676	TTAGTTTATAAATTAAAGACAGTAAACTAAACAAAGAATTGTGCTTACTA	51725

CU041384.7	1151	ATAAGAAACATAACATATACTAATAGCAATGGTTCATATTTTCATGTTAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51726	ATAAGAAACATAACATATACTAATAGCAATGGTTCATATTTTCATGTTAA	51775

CU041384.7	1201	ACATTATGCACGTATAACAATCAAGAGAGAAAAAAGTATATTCCATACAA	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51776	ACATTATGCACGTATAACAATCAAGAGAGAAAAAAGTATATTCCATACAA	51825

CU041384.7	1251	ACATCAAGAATTCACTTTGGAGATATTATTATGATCACTAATACCAACTA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51826	ACATCAAGAATTCACTTTGGAGATATTATTATGATCACTAATACCAACTA	51875

CU041384.7	1301	TGTATTCCATACATCTAGAAGAATATAACCATGTATATCATATATTCATA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51876	TGTATTCCATACATCTAGAAGAATATAACCATGTATATCATATATTCATA	51925

CU041384.7	1351	TATTAAAAGGAAAACTCAAATAACATTTCTTCGGCCAAAGTCAATTAGTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51926	TATTAAAAGGAAAACTCAAATAACATTTCTTCGGCCAAAGTCAATTAGTC	51975

CU041384.7	1401	AAGTTGAAATCAAACCTACAACCAAATGCATATGCATACAGAGGAAAGTT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	51976	AAGTTGAAATCAAACCTACAACCAAATGCATATGCATACAGAGGAAAGTT	52025

CU041384.7	1451	CTCCAATTCTTTAATTTCCTACTAAACATGAGTGGGACTCTTGATATGCA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52026	CTCCAATTCTTTAATTTCCTACTAAACATGAGTGGGACTCTTGATATGCA	52075

CU041384.7	1501	CTCTTAAATATTCATAACAAATAAAATAAAAATGCCAAAATGTTCAAAAG	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52076	CTCTTAAATATTCATAACAAATAAAATAAAAATGCCAAAATGTTCAAAAG	52125

CU041384.7	1551	AAACTATATTTCATAAATTTTAATCGCACAATTTTTGGCAAGTTCAGATA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52126	AAACTATATTTCATAAATTTTAATCGCACAATTTTTGGCAAGTTCAGATA	52175

CU041384.7	1601	AGAGATGCAAATTCATTCTAGGCTAAAGTGCACTTTTGACCCCCTATGTT	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52176	AGAGATGCAAATTCATTCTAGGCTAAAGTGCACTTTTGACCCCCTATGTT	52225

CU041384.7	1651	TCAAAATGTTGTGATTTTGACCCCCTAATAAAAAAATGGCAATTTTGGCC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52226	TCAAAATGTTGTGATTTTGACCCCCTAATAAAAAAATGGCAATTTTGGCC	52275

CU041384.7	1701	CCTTTCATCCCAAAATTGCTGAGAAGACGCCACGTGTCCCAAAAAAGGGG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52276	CCTTTCATCCCAAAATTGCTGAGAAGACGCCACGTGTCCCAAAAAAGGGG	52325

CU041384.7	1751	CCATAATCGCAACTTTTTTTAAAGATAAGGGGTCAAAAAGCATATTTCCC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52326	CCATAATCGCAACTTTTTTTAAAGATAAGGGGTCAAAAAGCATATTTCCC	52375

CU041384.7	1801	TTATGTTAGGAGGTCAAAAGAGCATATTTCCCTAAACATAGGGGGTCACT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52376	TTATGTTAGGAGGTCAAAAGAGCATATTTCCCTAAACATAGGGGGTCACT	52425

CU041384.7	1851	TTTGCCATTTTTTTAATAGGGGGCCAAAATCGCAACATTTTGAAACTTAG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52426	TTTGCCATTTTTTTAATAGGGGGCCAAAATCGCAACATTTTGAAACTTAG	52475

CU041384.7	1901	AGGGCGAAAAGTGAAGTTTAGCCTTCATTCTAATATATGGTGCGAGTCCT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52476	AGGGCGAAAAGTGAAGTTTAGCCTTCATTCTAATATATGGTGCGAGTCCT	52525

CU041384.7	1951	AAAGCATTTTCAGGATGCAGAAAAGGAACAGTTAACATGAACAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019602.6	52526	AAAGCATTTTCAGGATGCAGAAAAGGAACAGTTAACATGAACAAAAGCTT	52575

Overview

Query
CU041384.7 - 12237 bps
Hit
CU019602.6 - 52575 bps
Total alignments
5
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001854200012000150576525751
298.04445128842934140399404491
390.63589633123407140471405641
410045493358340614039940447-1
590.651602784100437713260732886-1
Short-link