<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

  CT009553.4	123988	AACCAAATTTTTATTCATTTTAAAACACTCTTTCATTAAATTAAAATTAA	124037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95742	AACCAAATTTTTATTCATTTTAAAACACTCTTTCATTAAATTAAAATTAA	95693

  CT009553.4	124038	ATGAATACGAAAATTCTTTACATTACATATTTTGCATTTCCCTCTTTTTA	124087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95692	ATGAATACGAAAATTCTTTACATTACATATTTTGCATTTCCCTCTTTTTA	95643

  CT009553.4	124088	AGTCAAAGTAGAAAAGTGATTTGCGATCTTATTAGGAACAAGGAAGGGTG	124137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95642	AGTCAAAGTAGAAAAGTGATTTGCGATCTTATTAGGAACAAGGAAGGGTG	95593

  CT009553.4	124138	TTTTTGTCAATCAACAATAAAATAAACATGAAAGCAAGTGAGAACAAAAG	124187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95592	TTTTTGTCAATCAACAATAAAATAAACATGAAAGCAAGTGAGAACAAAAG	95543

  CT009553.4	124188	GCCACACGATCTTTCCTCTTTCATTACTGCTGACCTCATGCCATCCAGAT	124237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95542	GCCACACGATCTTTCCTCTTTCATTACTGCTGACCTCATGCCATCCAGAT	95493

  CT009553.4	124238	GCCACCAACAACAACAAGTTCGTAAATAGTGACATAAAATTCCCCAAGCT	124287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95492	GCCACCAACAACAACAAGTTCGTAAATAGTGACATAAAATTCCCCAAGCT	95443

  CT009553.4	124288	AAAAAAAGTGAAACGAATCAAACGGTTTCGATGAGTTCGTCATTTTTTCT	124337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95442	AAAAAAAGTGAAACGAATCAAACGGTTTCGATGAGTTCGTCATTTTTTCT	95393

  CT009553.4	124338	TTTTCTTAGAAAAAATAAAATAGTAAAATTGACAGATTTTCCGTCAGTAT	124387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95392	TTTTCTTAGAAAAAATAAAATAGTAAAATTGACAGATTTTCCGTCAGTAT	95343

  CT009553.4	124388	CGAGTGTCAGCGGAAAATCGAAAACGAAATGCGCGATTGGAAAACACGAA	124437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95342	CGAGTGTCAGCGGAAAATCGAAAACGAAATGCGCGATTGGAAAACACGAA	95293

  CT009553.4	124438	AAGCAACTGGCTTTTGGCCTGTAAATAAAGAGATCAAGGATAAAACCGTC	124487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95292	AAGCAACTGGCTTTTGGCCTGTAAATAAAGAGATCAAGGATAAAACCGTC	95243

  CT009553.4	124488	AAAACGAAAAGAAACTTCGCTGGAAAGCAAAAATGTCTGACACACACGAA	124537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95242	AAAACGAAAAGAAACTTCGCTGGAAAGCAAAAATGTCTGACACACACGAA	95193

  CT009553.4	124538	AACCGTTTCAACCGCCGGAAACTACATCGCTCCACGGCGTAGAAACGTAG	124587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95192	AACCGTTTCAACCGCCGGAAACTACATCGCTCCACGGCGTAGAAACGTAG	95143

  CT009553.4	124588	TTACACGGCGTCTATAGAATTTTCAGTCAAACAACAAAAAACAGATTTCA	124637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95142	TTACACGGCGTCTATAGAATTTTCAGTCAAACAACAAAAAACAGATTTCA	95093

  CT009553.4	124638	GATGAAGAGAAAGAGAACGGGATAGATAGAGAGAAAATGAAACGAATAAA	124687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95092	GATGAAGAGAAAGAGAACGGGATAGATAGAGAGAAAATGAAACGAATAAA	95043

  CT009553.4	124688	AAATCATATAGAGAGAAGAAAGTATAGAACCTTGGATCTAGCAGCGTGGT	124737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	95042	AAATCATATAGAGAGAAGAAAGTATAGAACCTTGGATCTAGCAGCGTGGT	94993

  CT009553.4	124738	TGTAACGGCTTGAATCTTCATAACCTTCGGCGGTGACAGACGGAGAAGCG	124787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94992	TGTAACGGCTTGAATCTTCATAACCTTCGGCGGTGACAGACGGAGAAGCG	94943

  CT009553.4	124788	CCACCGCTCCAAGAGAGAGGAGTGGTAGGACTGCATCTAGTTGAAACAGC	124837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94942	CCACCGCTCCAAGAGAGAGGAGTGGTAGGACTGCATCTAGTTGAAACAGC	94893

  CT009553.4	124838	ACGGTCGCAGCGAGAAACGGAAGCGGTTGTCCTCGATCTTGAACGCCGTT	124887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94892	ACGGTCGCAGCGAGAAACGGAAGCGGTTGTCCTCGATCTTGAACGCCGTT	94843

  CT009553.4	124888	GTTTGTGTCCCCAGGAGAACGATAAACCACGAGATTTGGTCTCAACAGGC	124937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94842	GTTTGTGTCCCCAGGAGAACGATAAACCACGAGATTTGGTCTCAACAGGC	94793

  CT009553.4	124938	TGCTTCAGCCGTAACAGAAGCTCGACGACCACCGTGTCATCTTTCATCGC	124987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94792	TGCTTCAGCCGTAACAGAAGCTCGACGACCACCGTGTCATCTTTCATCGC	94743

  CT009553.4	124988	CGCTCTCATCCATTCGTCGTTGAGCATCATCGTTTTGCAGAGAGAGAGAA	125037
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94742	CGCTCTCATCCATTCGTCGTTGAGCATCATCGTTTTGCAGAGAGAGAGAA	94693

  CT009553.4	125038	AACTCAGAAGAGAAGAGAATTTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAG	125087
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94692	AACTCAGAAGAGAAGAGAATTTGTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAG	94643

  CT009553.4	125088	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGAAGTGTGGTGGCGAATG	125137
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94642	AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAATGGAAGTGTGGTGGCGAATG	94593

  CT009553.4	125138	TGTTGGTTGAAAATGAAAAAGAAGAAGAGAGGGTAGAGGATAGGTTTATA	125187
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94592	TGTTGGTTGAAAATGAAAAAGAAGAAGAGAGGGTAGAGGATAGGTTTATA	94543

  CT009553.4	125188	TATATGTTTATAATAAATTGTGATGAGAAATGAATAAAAAAATGAAATGA	125237
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94542	TATATGTTTATAATAAATTGTGATGAGAAATGAATAAAAAAATGAAATGA	94493

  CT009553.4	125238	AATGAAAATAATAGAAAAATGGAAAGAGGGTAGGGATATTATGTGGCGGT	125287
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94492	AATGAAAATAATAGAAAAATGGAAAGAGGGTAGGGATATTATGTGGCGGT	94443

  CT009553.4	125288	GAAGGAGAATGAAAATGGAGTAGATTCGAGTAATTCGTCTTTCGTTTCTT	125337
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94442	GAAGGAGAATGAAAATGGAGTAGATTCGAGTAATTCGTCTTTCGTTTCTT	94393

  CT009553.4	125338	TGTTGTTGTTACTAAAGCTTAAAGGCAAGAGTTGTATTGTGTTGTGGTAG	125387
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94392	TGTTGTTGTTACTAAAGCTTAAAGGCAAGAGTTGTATTGTGTTGTGGTAG	94343

  CT009553.4	125388	GGTGGGTGGGGTCTTACTCTTTCTCATTCTCTTTCGGACCTTGGGTGGGT	125437
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94342	GGTGGGTGGGGTCTTACTCTTTCTCATTCTCTTTCGGACCTTGGGTGGGT	94293

  CT009553.4	125438	CCCACACATCCTTGTGTGTGCCACTATCTTTTTAATTTTAAATCAAAAAA	125487
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94292	CCCACACATCCTTGTGTGTGCCACTATCTTTTTAATTTTAAATCAAAAAA	94243

  CT009553.4	125488	AAAATAAAAACAATAATGTTTTTTTTTAGGAAAGATGAACAAGGCAAAGA	125537
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94242	AAAATAAAAACAATAATGTTTTTTTTTAGGAAAGATGAACAAGGCAAAGA	94193

  CT009553.4	125538	CGAGATTTGGTTTACAAGAGCTTGAGGGTTCAAGTACTGCCAAAGGGTTT	125587
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94192	CGAGATTTGGTTTACAAGAGCTTGAGGGTTCAAGTACTGCCAAAGGGTTT	94143

  CT009553.4	125588	AAAAGAAGTTGTTAAGTTTGCAACTAAATTGGTGACTTTGTTTCCATCGT	125637
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94142	AAAAGAAGTTGTTAAGTTTGCAACTAAATTGGTGACTTTGTTTCCATCGT	94093

  CT009553.4	125638	TTAAACAAAATCATGATCCTTAGATATTTATAATGCTTATAGAACTAACT	125687
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94092	TTAAACAAAATCATGATCCTTAGATATTTATAATGCTTATAGAACTAACT	94043

  CT009553.4	125688	TCATAAACATAAACACTAACGCGTAAGAGGGTATAATATATATGGGCAAA	125737
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	94042	TCATAAACATAAACACTAACGCGTAAGAGGGTATAATATATATGGGCAAA	93993

  CT009553.4	125738	TTCCTCAAAACTTCGTTTGTATTTGATTTGTGGCTTTAACGGTTTTGTTG	125787
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	93992	TTCCTCAAAACTTCGTTTGTATTTGATTTGTGGCTTTAACGGTTTTGTTG	93943

  CT009553.4	125788	GTTATACCATCCTTTTATTGGAATCTCATCTCATTTGATAAAGAACACAT	125837
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	93942	GTTATACCATCCTTTTATTGGAATCTCATCTCATTTGATAAAGAACACAT	93893

  CT009553.4	125838	GATTTTTTACAAGCATATAAAATACCACCCACCCACCCCCCACCCCCCAC	125887
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	93892	GATTTTTTACAAGCATATAAAATACCACCCACCCACCCCCCACCCCCCAC	93843

  CT009553.4	125888	ATTTTATTCTATGACTTGAACTTCATTCACGACAAGTTTGGAGTCTAGTT	125937
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	93842	ATTTTATTCTATGACTTGAACTTCATTCACGACAAGTTTGGAGTCTAGTT	93793

  CT009553.4	125938	CGATAATCACTTTGGAAAAACCCATATTCATAAGCAACGTATAAAAGCTT	125987
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
C  CU019601.8	93792	CGATAATCACTTTGGAAAAACCCATATTCATAAGCAACGTATAAAAGCTT	93743

Overview

Query
CT009553.4 - 125987 bps
Hit
CU019601.8 - 95742 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001944200012398812598719374395742-1
287.6666162110500110661148666488251
Short-link