<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU457771.1	1	TAACATTTTTTTTTCTGAAACTACCTCCCTTGTCACTTCTTATAGCAAAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105317	TAACATTTTTTTTTCTGAAACTACCTCCCTTGTCACTTCTTATAGCAAAA	105366

CU457771.1	51	TAGTACTTCATCATAATCATGTCACAACTTGTTTAGTCATTCACCAATTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105367	TAGTACTTCATCATAATCATGTCACAACTTGTTTAGTCATTCACCAATTG	105416

CU457771.1	101	ATGATCATTCCTTTGATTTCCAATTCCTTGTCACCACAAAAAGAGATGAT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105417	ATGATCATTCCTTTGATTTCCAATTCCTTGTCACCACAAAAAGAGATGAT	105466

CU457771.1	151	TAATATTAATATTTTTGTACATATAAGTCCTTTTCCTTTTAAAAAAATCC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105467	TAATATTAATATTTTTGTACATATAAGTCCTTTTCCTTTTAAAAAAATCC	105516

CU457771.1	201	CTTTACCCTCTTAGAAAGATGGGAGGGAAAGGAGAGAAGGAAGGAGAGTT	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105517	CTTTACCCTCTTAGAAAGATGGGAGGGAAAGGAGAGAAGGAAGGAGAGTT	105566

CU457771.1	251	AGAATTTGGAACTCAAAACTTAAAATAAAACAAAGTTTAAAAATTGTTTT	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105567	AGAATTTGGAACTCAAAACTTAAAATAAAACAAAGTTTAAAAATTGTTTT	105616

CU457771.1	301	GGCATGTAACTGAGTGAAAATAAAATGTTATTTTAAAAAAAATCTCTTTA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105617	GGCATGTAACTGAGTGAAAATAAAATGTTATTTTAAAAAAAATCTCTTTA	105666

CU457771.1	351	AGATGCAAACCTAGTAGTGGTATTACCAGATCACATAATTCCAAATTGTT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105667	AGATGCAAACCTAGTAGTGGTATTACCAGATCACATAATTCCAAATTGTT	105716

CU457771.1	401	TTCCAAAATGATTAGAATGGTTCACTACTCCACAAACAGTTCATTAGTGT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105717	TTCCAAAATGATTAGAATGGTTCACTACTCCACAAACAGTTCATTAGTGT	105766

CU457771.1	451	ACGTATATTCCCTTGCCTCTTCAAGCATTTGCTATTTCCCTTAAGTGTGA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105767	ACGTATATTCCCTTGCCTCTTCAAGCATTTGCTATTTCCCTTAAGTGTGA	105816

CU457771.1	501	GACACTACCTCAGAGTTGTTTAAATAAGCATTTCTGTAATCAATAGTGGT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105817	GACACTACCTCAGAGTTGTTTAAATAAGCATTTCTGTAATCAATAGTGGT	105866

CU457771.1	551	TTGGAGCATTTTTTCCCATGTGATTATAAATAACTTTGATTTCCTCTTCT	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105867	TTGGAGCATTTTTTCCCATGTGATTATAAATAACTTTGATTTCCTCTTCT	105916

CU457771.1	601	GAAAACTGTCTGTTCATATCATTTAGCCGTTTATCAATTGAGGGATGGCT	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105917	GAAAACTGTCTGTTCATATCATTTAGCCGTTTATCAATTGAGGGATGGCT	105966

CU457771.1	651	CTTATTTTTATAAATTGGACTCAGAATCCTATAAATTTGGGAAATAAAGC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	105967	CTTATTTTTATAAATTGGACTCAGAATCCTATAAATTTGGGAAATAAAGC	106016

CU457771.1	701	CTTTTTCAGAGAAACAGTACAATTTTTAAAATATTTCATTATGCATGGTG	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106017	CTTTTTCAGAGAAACAGTACAATTTTTAAAATATTTCATTATGCATGGTG	106066

CU457771.1	751	CACTATAGCAAAATGTATCTCTTTCAATTAAATCTATTTTTGCTTTCCCT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106067	CACTATAGCAAAATGTATCTCTTTCAATTAAATCTATTTTTGCTTTCCCT	106116

CU457771.1	801	TGTGCCTTGTTTTTTTTTTTAACTTCATCTGAAGCATACTGAATTTTGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106117	TGTGCCTTGTTTTTTTTTTTAACTTCATCTGAAGCATACTGAATTTTGAT	106166

CU457771.1	851	CTAGCCCCTTATTTTAACTCTGTGTGTGTCTTTCTTTTTGAAGCATGTCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106167	CTAGCCCCTTATTTTAACTCTGTGTGTGTCTTTCTTTTTGAAGCATGTCT	106216

CU457771.1	901	GCTATCTGCCTTCATTTTATGGATGAACTCATCCCATTTACATTTACAGT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106217	GCTATCTGCCTTCATTTTATGGATGAACTCATCCCATTTACATTTACAGT	106266

CU457771.1	951	TCTTCTTCACCCTTATGTTTCTTCTTCTACTACTACTTCTTCTTCCTCCC	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106267	TCTTCTTCACCCTTATGTTTCTTCTTCTACTACTACTTCTTCTTCCTCCC	106316

CU457771.1	1001	CCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCTCTCCTCCTCC	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106317	CCTCCTCCTCCCCCTCCTCCCCCTCTCCCCCCTCCTCCCTCTCCTCCTCC	106366

CU457771.1	1051	TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106367	TCCTCCTCCTCCTCCTCCTCCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTT	106416

CU457771.1	1101	CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCTTTGCTCTTTTT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106417	CTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTCTTTGCTCTTTTT	106466

CU457771.1	1151	GTTCTATCCTTCCTCAAAAGTCTATTATACTTATAATCTCTGCCTCCCTT	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106467	GTTCTATCCTTCCTCAAAAGTCTATTATACTTATAATCTCTGCCTCCCTT	106516

CU457771.1	1201	TCTCCCTCCCTTTTATGTTTTCCCCTTTTCTCTTATCCTCTTCTTCTCTT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106517	TCTCCCTCCCTTTTATGTTTTCCCCTTTTCTCTTATCCTCTTCTTCTCTT	106566

CU457771.1	1251	GTTTCCCTATTGGGGAAAGTACATTTCTATGCATAATTGAATTAATAAAT	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106567	GTTTCCCTATTGGGGAAAGTACATTTCTATGCATAATTGAATTAATAAAT	106616

CU457771.1	1301	AAAAGTGAGAACTAGTGTTTTTTTTAAATAAAATCAATAAAATAGATAAA	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106617	AAAAGTGAGAACTAGTGTTTTTTTTAAATAAAATCAATAAAATAGATAAA	106666

CU457771.1	1351	CCTTTGATTAATTTGTTTAAAAAAAGAAAGATGAAAATCAAATTACCAGT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106667	CCTTTGATTAATTTGTTTAAAAAAAGAAAGATGAAAATCAAATTACCAGT	106716

CU457771.1	1401	ATCAAAAAATGAAAAGAGTGAAGAAGTAATTAAAGCAATCATTAAGAAAT	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106717	ATCAAAAAATGAAAAGAGTGAAGAAGTAATTAAAGCAATCATTAAGAAAT	106766

CU457771.1	1451	ATTTTGCCCAACTATATCCCCATAAATCTGACAATCTAACTGAAAGGGAA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106767	ATTTTGCCCAACTATATCCCCATAAATCTGACAATCTAACTGAAAGGGAA	106816

CU457771.1	1501	GAAAATTTACAAAAATATAAATTACCCAGATTAACAGAAGAGGAAATAAA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106817	GAAAATTTACAAAAATATAAATTACCCAGATTAACAGAAGAGGAAATAAA	106866

CU457771.1	1551	ATACTTAAATAACCCCACCTTAGAAAAGAAATCAAACAAGCCATCAATGA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106867	ATACTTAAATAACCCCACCTTAGAAAAGAAATCAAACAAGCCATCAATGA	106916

CU457771.1	1601	AGTATCTAAGAAAAAAAAAAACCTCCAAGGCCAGATAGATTTATAAGTGA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106917	AGTATCTAAGAAAAAAAAAAACCTCCAAGGCCAGATAGATTTATAAGTGA	106966

CU457771.1	1651	ATCCTACCAAATATTTAAAAAAAATTAATACTAATGCCATATAAACTATT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	106967	ATCCTACCAAATATTTAAAAAAAATTAATACTAATGCCATATAAACTATT	107016

CU457771.1	1701	TGGATAAATGGGAGGTATCCTATCAAATTCTTACCTAAACCAACAAGATC	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	107017	TGGATAAATGGGAGGTATCCTATCAAATTCTTACCTAAACCAACAAGATC	107066

CU457771.1	1751	CAAAACAGAGAAAGAAATTTATAGACAAATTTCCCTACTTAATACAAATC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	107067	CAAAACAGAGAAAGAAATTTATAGACAAATTTCCCTACTTAATACAAATC	107116

CU457771.1	1801	AAACATTTAAAGTAAAATATTAGCAAAGAGATTGAAGCAATTTGTCATAA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	107117	AAACATTTAAAGTAAAATATTAGCAAAGAGATTGAAGCAATTTGTCATAA	107166

CU457771.1	1851	TGATAATATACCAGGTGTCATAATGATAATAATATATTGGAAATTCAGGG	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	107167	TGATAATATACCAGGTGTCATAATGATAATAATATATTGGAAATTCAGGG	107216

CU457771.1	1901	CTGGTTCAATATTAGGAAAACTATCAGCATAATTGACCATATCAATAATA	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	107217	CTGGTTCAATATTAGGAAAACTATCAGCATAATTGACCATATCAATAATA	107266

CU457771.1	1951	AAACTAATAGAAATCATATCATTATCTCAATAGATGTAGAGTAAAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU019600.8	107267	AAACTAATAGAAATCATATCATTATCTCAATAGATGTAGAGTAAAAGCTT	107316

Overview

Query
CU457771.1 - 148743 bps
Hit
CU019600.8 - 107316 bps
Total alignments
21
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100187620001200011053171073161
286.97146326051586418468-1126251
387.565801044115373116416-172517691
483.6347611327102172152180719361
583.453919014375944659-183317321
685.324259031153701162721785787621
799.019481020102393103412-1876797861
889.84076241517815801-1915797841
977.2637919074292844834132093340091
1085.034349331683617768153647545741
1184.91434950115522116471153652545991
1290.28181527531585118603-156148588851
1387.676051081115409116489-156932580181
1486.554428173524436060158886596881
1583.32210851111062415734-159282644261
1682.532015514097818102957-159282644261
1778.71475174156717411-160218619411
1884.594128571492015776187370882321
1985.69446853102172103024187405882571
2084.84448982115352116333-189925908931
2185.964889891666517653-189927909021
Short-link