<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2002 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CT963073.12	1	AAGCTTGTTAGCCCGGTTCGAGAAAGATCAAGATAACGCAGAAGCTTTAA	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30634	AAGCTTGTTAGCCCGGTTCGAGAAAGATCAAGATAACGCAGAAGCTTTAA	30683

CT963073.12	51	GTTGCTTATCTCATCGGCTAGCTTCTTGAGATTACAAAATCTCAACGACA	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30684	GTTGCTTATCTCATCGGCTAGCTTCTTGAGATTACAAAATCTCAACGACA	30733

CT963073.12	101	ACATCCGTAAATATTTTAGTCTTGAAAGCAAATCATATTGTACTGTGTTG	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30734	ACATCCGTAAATATTTTAGTCTTGAAAGCAAATCATATTGTACTGTGTTG	30783

CT963073.12	151	CATACCCTGAAGCGTTGACCACCATAACCTGCTCGTGCCATCAAACTGCG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30784	CATACCCTGAAGCGTTGACCACCATAACCTGCTCGTGCCATCAAACTGCG	30833

CT963073.12	201	CAATCCCTTTACCTGATAAATTTGTTGTGATATTTTATCACCATCTTTTA	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30834	CAATCCCTTTACCTGATAAATTTGTTGTGATATTTTATCACCATCTTTTA	30883

CT963073.12	251	ATTCAAGAGAGCACCAAATGTGACGTGTCCTTTCAGGAATATCTTGCTCC	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30884	ATTCAAGAGAGCACCAAATGTGACGTGTCCTTTCAGGAATATCTTGCTCC	30933

CT963073.12	301	CAATCACCCTCTATTCTCAAACAAAATTCTCCCGACACTGATTTTGCTAA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30934	CAATCACCCTCTATTCTCAAACAAAATTCTCCCGACACTGATTTTGCTAA	30983

CT963073.12	351	ATCGTTGACAAGATCATGCATAACAAAGTACCTGTAATCAACATATCCTG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	30984	ATCGTTGACAAGATCATGCATAACAAAGTACCTGTAATCAACATATCCTG	31033

CT963073.12	401	ATCGTTGAAAAAATGAAACTGATTCTAGATCGTCAAAGAATTCATTACCC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31034	ATCGTTGAAAAAATGAAACTGATTCTAGATCGTCAAAGAATTCATTACCC	31083

CT963073.12	451	AACTCTTCTTCAGTTTTATCAATTCTGCAGCACTTCAACAAACCTTCTGC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31084	AACTCTTCTTCAGTTTTATCAATTCTGCAGCACTTCAACAAACCTTCTGC	31133

CT963073.12	501	CATCCAAAGCTTGATTAATTCAGCCTTGCAAAAAATATAACCTCTTGGAA	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31134	CATCCAAAGCTTGATTAATTCAGCCTTGCAAAAAATATAACCTCTTGGAA	31183

CT963073.12	551	ATATGGAACAATAAGAAAAACAACGCTTCAGATTTGAAGGGAGATGATGG	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31184	ATATGGAACAATAAGAAAAACAACGCTTCAGATTTGAAGGGAGATGATGG	31233

CT963073.12	601	AAACTCAACCTCAAAACTGAGTTAATGTTACTCTCACCCTCTGATAAACA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31234	AAACTCAACCTCAAAACTGAGTTAATGTTACTCTCACCCTCTGATAAACA	31283

CT963073.12	651	CCACAGATCTGTCTCCAATATCTTAACCCATTCACGTTGAGAGAATTTTC	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31284	CCACAGATCTGTCTCCAATATCTTAACCCATTCACGTTGAGAGAATTTTC	31333

CT963073.12	701	TTCGCAAGAGATTCCCCAATGCTTTTACAGCTAGAGGCAACCCTCCACAC	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31334	TTCGCAAGAGATTCCCCAATGCTTTTACAGCTAGAGGCAACCCTCCACAC	31383

CT963073.12	751	TTTTCTACGATTTTCTTGCCAATTGATTCAAGATTTGGATATTCACTTGC	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31384	TTTTCTACGATTTTCTTGCCAATTGATTCAAGATTTGGATATTCACTTGC	31433

CT963073.12	801	ATTTGTGCCGTGAAAAGCGTGTCTCACAAACATACTCCAACATTCACTCT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31434	ATTTGTGCCGTGAAAAGCGTGTCTCACAAACATACTCCAACATTCACTCT	31483

CT963073.12	851	TCTTCAATTGCTTCAAATGAAGAAGTTTGGTGGACTTCATAACTGATGCT	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31484	TCTTCAATTGCTTCAAATGAAGAAGTTTGGTGGACTTCATAACTGATGCT	31533

CT963073.12	901	ACCTCCTTGTCACGTGTGGTCACAATAATCTTACTTCCGGTAGATCCATT	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31534	ACCTCCTTGTCACGTGTGGTCACAATAATCTTACTTCCGGTAGATCCATT	31583

CT963073.12	951	GTTAAAAGGAAGTAGTAAGCGCTCCCAACATTCCGCACTACCGTTCCAGA	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31584	GTTAAAAGGAAGTAGTAAGCGCTCCCAACATTCCGCACTACCGTTCCAGA	31633

CT963073.12	1001	CATCATCCAAAACAAGCAGATATTTCTTTCCTGTTAGTCTCTGCTGCAAT	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31634	CATCATCCAAAACAAGCAGATATTTCTTTCCTGTTAGTCTCTGCTGCAAT	31683

CT963073.12	1051	TGATGTTGGAGTAGATTCAAGTCTTCACCATCTGCCGAAGAGTGAAATGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31684	TGATGTTGGAGTAGATTCAAGTCTTCACCATCTGCCGAAGAGTGAAATGA	31733

CT963073.12	1101	CCGTAAAATTGCTTTGGTAAGTCCAACAACATTAAAAGTTTCCGAAACAT	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31734	CCGTAAAATTGCTTTGGTAAGTCCAACAACATTAAAAGTTTCCGAAACAT	31783

CT963073.12	1151	AGACCCAGGCTTTTAGTTCAAACTGTTTCTGTATCATGTTGTTATTGTAC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31784	AGACCCAGGCTTTTAGTTCAAACTGTTTCTGTATCATGTTGTTATTGTAC	31833

CT963073.12	1201	ACAAGTTGAGCAAGGGTGGTTTTTCCCATTCCACCTAGACCCACTATGCT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31834	ACAAGTTGAGCAAGGGTGGTTTTTCCCATTCCACCTAGACCCACTATGCT	31883

CT963073.12	1251	GATTATTGGTACACGGTCGCCAGCATCTATGTCGGAAAGTAAAAATTTGG	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31884	GATTATTGGTACACGGTCGCCAGCATCTATGTCGGAAAGTAAAAATTTGG	31933

CT963073.12	1301	TTACTTCCTCTTTGTCACCATCTCTGCCATATATGCTCGATTCATCCACC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31934	TTACTTCCTCTTTGTCACCATCTCTGCCATATATGCTCGATTCATCCACC	31983

CT963073.12	1351	AAAGATGTACTTGGCAATCTTTTTAAAGCTTTCCAACCGACTTCACCTTC	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	31984	AAAGATGTACTTGGCAATCTTTTTAAAGCTTTCCAACCGACTTCACCTTC	32033

CT963073.12	1401	ATTACTAGCACAAATTTCTTGTTTTAACCCTAACATATCCTTTTGCTTTG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32034	ATTACTAGCACAAATTTCTTGTTTTAACCCTAACATATCCTTTTGCTTTG	32083

CT963073.12	1451	CTAGAAATTCTAACTTCTCTAGCAATTCTTTGATCCTAGACTCAAAGGGA	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32084	CTAGAAATTCTAACTTCTCTAGCAATTCTTTGATCCTAGACTCAAAGGGA	32133

CT963073.12	1501	TCAGTACACGATGAAAAGAAGTCGAATACCTTGCTAGTAGAAGGTTGAGA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32134	TCAGTACACGATGAAAAGAAGTCGAATACCTTGCTAGTAGAAGGTTGAGA	32183

CT963073.12	1551	ATCAACTTTCAGCTTCTTGTTTGGTGTGTAGGTTGCAATCTCATCCAAAA	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32184	ATCAACTTTCAGCTTCTTGTTTGGTGTGTAGGTTGCAATCTCATCCAAAA	32233

CT963073.12	1601	GTTGATCTGCTTCATACACAACATGTTTAAGATCACCAAGCCACTTCTTC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32234	GTTGATCTGCTTCATACACAACATGTTTAAGATCACCAAGCCACTTCTTC	32283

CT963073.12	1651	ACGTATGAGCTTTGGTATTGCTTTGTCTCCGCTTCTTCGAGTACATGGTT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32284	ACGTATGAGCTTTGGTATTGCTTTGTCTCCGCTTCTTCGAGTACATGGTT	32333

CT963073.12	1701	GATAGAATTGAGTGTAACTTGAAGTTTCTGTAGCAGTTTATCGTCAAGTT	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32334	GATAGAATTGAGTGTAACTTGAAGTTTCTGTAGCAGTTTATCGTCAAGTT	32383

CT963073.12	1751	TGCCTCGACGAAAATAGTCTATGAAATCATTGGAAGACAATTTCTCAAGA	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32384	TGCCTCGACGAAAATAGTCTATGAAATCATTGGAAGACAATTTCTCAAGA	32433

CT963073.12	1801	GCCACTTGAAAGAATGATGAAAGAAATGCTCCACCAACCAATTCTGCCAT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32434	GCCACTTGAAAGAATGATGAAAGAAATGCTCCACCAACCAATTCTGCCAT	32483

CT963073.12	1851	GATTTTTCTTTTCTTTCTGTTTTTGAATTGTTGAAATTGATGTAAGAGGT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32484	GATTTTTCTTTTCTTTCTGTTTTTGAATTGTTGAAATTGATGTAAGAGGT	32533

CT963073.12	1901	TCTGTATAAGATTGTAATGGAAGATGAATCACCTAATGACAAATTGTTAT	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32534	TCTGTATAAGATTGTAATGGAAGATGAATCACCTAATGACAAATTGTTAT	32583

CT963073.12	1951	TATTGAATGGAGCTTTATTATATTGCATAATGCTTAATAATTTTTTTATT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013541.6	32584	TATTGAATGGAGCTTTATTATATTGCATAATGCTTAATAATTTTTTTATT	32633

CT963073.12	2001	TA	2002
			||
CU013541.6	32634	TA	32635

Overview

Query
CT963073.12 - 136314 bps
Hit
CU013541.6 - 32635 bps
Total alignments
3
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2002 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001951200212002130634326351
283.3985418254218661118241
376.8829010983991496112977140831
Short-link