<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU019602.6	1	CAGATCCGATCAATGACAATGACTTTGGCATCGTCACCGTTGCAGATCCG	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147423	CAGATCCGATCAATGACAATGACTTTGGCATCGTCACCGTTGCAGATCCG	147472

CU019602.6	51	GAGACATGAGGATTCCGGAGACTTGAATATAGTCATATTAGTCATATTTG	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147473	GAGACATGAGGATTCCGGAGACTTGAATATAGTCATATTAGTCATATTTG	147522

CU019602.6	101	TAGGCATAGGTACATTGCCGTTTTATGTTATTAACATGGATGTTGTGAGT	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147523	TAGGCATAGGTACATTGCCGTTTTATGTTATTAACATGGATGTTGTGAGT	147572

CU019602.6	151	TTATTCATAGATTCATCCTTTTTGTTTTTAGCGAATTTGGATTTGTATTG	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147573	TTATTCATAGATTCATCCTTTTTGTTTTTAGCGAATTTGGATTTGTATTG	147622

CU019602.6	201	TTTCGATGTACTCTATCAATTTGAATGAATTAATATCGTTTATTTTTGTC	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147623	TTTCGATGTACTCTATCAATTTGAATGAATTAATATCGTTTATTTTTGTC	147672

CU019602.6	251	AAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGTTCGCTATCGCGTCACTATAAATGCAAA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147673	AAAAAAAAAAAAAAAAAACTTGTTCGCTATCGCGTCACTATAAATGCAAA	147722

CU019602.6	301	CGGAAAAAACACCGGCCGTCAAATTAACATCAAATTTCAGAAGTGCAAAC	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147723	CGGAAAAAACACCGGCCGTCAAATTAACATCAAATTTCAGAAGTGCAAAC	147772

CU019602.6	351	GCAAACTTTGTTAAAAAAAAAGGGTCATGTTAAATTGCCCTAGGGGATAT	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147773	GCAAACTTTGTTAAAAAAAAAGGGTCATGTTAAATTGCCCTAGGGGATAT	147822

CU019602.6	401	GTTAAGCAATCCAAAAGTAGAAATATTCTCTTGAATTTTGTGTATTCAAT	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147823	GTTAAGCAATCCAAAAGTAGAAATATTCTCTTGAATTTTGTGTATTCAAT	147872

CU019602.6	451	TAATCTAAAATTAAAGAATTAAATTCAAATGAATTAATTACAACAATTTA	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147873	TAATCTAAAATTAAAGAATTAAATTCAAATGAATTAATTACAACAATTTA	147922

CU019602.6	501	TTTCCACTTTTAGCTCATTAACTTGTGCCTTAAGGACACAAGATAATATT	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147923	TTTCCACTTTTAGCTCATTAACTTGTGCCTTAAGGACACAAGATAATATT	147972

CU019602.6	551	TCCAAAAAAAAAACAATGGTTATTTTTTTTTCTCAATAAAGAGGCTCTTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	147973	TCCAAAAAAAAAACAATGGTTATTTTTTTTTCTCAATAAAGAGGCTCTTA	148022

CU019602.6	601	GTTTTGTACCCAAAAATTAAAAAAAAAAGAGACTCTTAATTTACTTTTTC	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148023	GTTTTGTACCCAAAAATTAAAAAAAAAAGAGACTCTTAATTTACTTTTTC	148072

CU019602.6	651	GTCAAGAAAAATATTAAAAATGGACTAGAATTGTAACAATTGCAAAAAGA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148073	GTCAAGAAAAATATTAAAAATGGACTAGAATTGTAACAATTGCAAAAAGA	148122

CU019602.6	701	GTTTTAACATCTATATAAAAAAATTGCAAAAAAAGTTAGAATTGTAACAA	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148123	GTTTTAACATCTATATAAAAAAATTGCAAAAAAAGTTAGAATTGTAACAA	148172

CU019602.6	751	TTGATTCTACCTCGGTGTAACAAATAAAAATCGCTGCTTCAATTTGAAAT	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148173	TTGATTCTACCTCGGTGTAACAAATAAAAATCGCTGCTTCAATTTGAAAT	148222

CU019602.6	801	TAATTTTGGAACCGAAATTGCTTCAAAAACATCATAAAAACTGGTCAAAC	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148223	TAATTTTGGAACCGAAATTGCTTCAAAAACATCATAAAAACTGGTCAAAC	148272

CU019602.6	851	ATGTTTAACCATTGCAAACTCAAATTAGAGAGTTCCACAGTACCAACAAG	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148273	ATGTTTAACCATTGCAAACTCAAATTAGAGAGTTCCACAGTACCAACAAG	148322

CU019602.6	901	CACCTCTATTACACCTCTTTGTCTTAAGTTTAATCTCATGGCTATTGTCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148323	CACCTCTATTACACCTCTTTGTCTTAAGTTTAATCTCATGGCTATTGTCA	148372

CU019602.6	951	CAAGAACAACCTTATTGATAAAAAACCCCTTATGTGTAAATATTAGATTG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148373	CAAGAACAACCTTATTGATAAAAAACCCCTTATGTGTAAATATTAGATTG	148422

CU019602.6	1001	ACTTTCCATCCATGTAAATTAGAGCAGTGTTATTTAGCACAATTCATTTG	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148423	ACTTTCCATCCATGTAAATTAGAGCAGTGTTATTTAGCACAATTCATTTG	148472

CU019602.6	1051	CCTACGAAGTCCAACGACACATAAATCTGGAGATTACTACATGGCAGAGA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148473	CCTACGAAGTCCAACGACACATAAATCTGGAGATTACTACATGGCAGAGA	148522

CU019602.6	1101	GAAAATAAAGGCGGTTAAGGAGGGAGTAACAATTGAAGAGGATGGAGATG	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148523	GAAAATAAAGGCGGTTAAGGAGGGAGTAACAATTGAAGAGGATGGAGATG	148572

CU019602.6	1151	CCCCCCTTAGAACTCGTATTTATTATAGATATCTTTACGGGACGCAAATC	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148573	CCCCCCTTAGAACTCGTATTTATTATAGATATCTTTACGGGACGCAAATC	148622

CU019602.6	1201	CTCTTTATAGACATTAAACTTGATCAACATGTAGTGTCTAGCAAATAGAC	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148623	CTCTTTATAGACATTAAACTTGATCAACATGTAGTGTCTAGCAAATAGAC	148672

CU019602.6	1251	AATAATTTAGAATTAAGAACGATTGAATTTTTATTGAATTGCAGTGGAAA	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148673	AATAATTTAGAATTAAGAACGATTGAATTTTTATTGAATTGCAGTGGAAA	148722

CU019602.6	1301	GTTATTATCACAAGGAGAGATTCTAAAGTGTAATGACTGACCCAATTAAT	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148723	GTTATTATCACAAGGAGAGATTCTAAAGTGTAATGACTGACCCAATTAAT	148772

CU019602.6	1351	CGAGCTAAAGAGGTTAATATGCTTCAGTTTAGCACAAATCCCGCATGAGA	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148773	CGAGCTAAAGAGGTTAATATGCTTCAGTTTAGCACAAATCCCGCATGAGA	148822

CU019602.6	1401	ACTTTAAGTTCAAATCATGACTTAAACCATTCGCCGGATTTTTATTTATG	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148823	ACTTTAAGTTCAAATCATGACTTAAACCATTCGCCGGATTTTTATTTATG	148872

CU019602.6	1451	TCGAGCCAAACTCTGGAATACCATGATCCCTTTTCCATAAAAAAAACCCG	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148873	TCGAGCCAAACTCTGGAATACCATGATCCCTTTTCCATAAAAAAAACCCG	148922

CU019602.6	1501	GAAGATTAAGAACAAAAAACACAAGTGTCATGATTTGCTAGCTAAAATAC	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148923	GAAGATTAAGAACAAAAAACACAAGTGTCATGATTTGCTAGCTAAAATAC	148972

CU019602.6	1551	ATATTCCAGGCATTCAGGCTCAAATTTGATGAAATTTCATTTCTACCGAG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	148973	ATATTCCAGGCATTCAGGCTCAAATTTGATGAAATTTCATTTCTACCGAG	149022

CU019602.6	1601	ATATAGTGCAAATATATAAAATCGTATAAAACAACCCATTTAGACAAACC	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149023	ATATAGTGCAAATATATAAAATCGTATAAAACAACCCATTTAGACAAACC	149072

CU019602.6	1651	TTCAAAGCTGTATTTATACAAGTCAACGGCAATTAAAATGATACTGAAAC	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149073	TTCAAAGCTGTATTTATACAAGTCAACGGCAATTAAAATGATACTGAAAC	149122

CU019602.6	1701	AAAAGAATCACTGTCATCATAATTCAAAATTGTATAGAATAGGTTACACG	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149123	AAAAGAATCACTGTCATCATAATTCAAAATTGTATAGAATAGGTTACACG	149172

CU019602.6	1751	TGCACATGACAGTACTTGAATTTCAAGATCCTTACACAAACTTCCTTCAC	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149173	TGCACATGACAGTACTTGAATTTCAAGATCCTTACACAAACTTCCTTCAC	149222

CU019602.6	1801	CCTCTAATAAACTATAGTAGATTAACCCAAACCATTACTTGCTATAACTA	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149223	CCTCTAATAAACTATAGTAGATTAACCCAAACCATTACTTGCTATAACTA	149272

CU019602.6	1851	ATCAATTTTGACTGAGGAGTAGATGAGCCTTGTGAACCAAAAGCATGCAT	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149273	ATCAATTTTGACTGAGGAGTAGATGAGCCTTGTGAACCAAAAGCATGCAT	149322

CU019602.6	1901	AGAATCCAATAGTACCGGTTACCACAAAAAACGCATAAGAAGCTATAAGC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149323	AGAATCCAATAGTACCGGTTACCACAAAAAACGCATAAGAAGCTATAAGC	149372

CU019602.6	1951	ATGTATCCAAAGTAAAATATAGCCGACACCAGCTTTGTGATTTCAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU013524.5	149373	ATGTATCCAAAGTAAAATATAGCCGACACCAGCTTTGTGATTTCAAGCTT	149422

Overview

Query
CU019602.6 - 52575 bps
Hit
CU013524.5 - 149422 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
1100189520001200011474231494221
291.981291872064225011356581358461
Short-link