<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

CU041360.9	1	TTAGTGCTACTGATATATCAGTCAGATGGGAGCCTGATGTGCATATAGCT	50
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98453	TTAGTGCTACTGATATATCAGTCAGATGGGAGCCTGATGTGCATATAGCT	98502

CU041360.9	51	TTGGTTGAACTTGGGCTGCACTTAAAATTACTTCTGCACAATCAGAAGCT	100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98503	TTGGTTGAACTTGGGCTGCACTTAAAATTACTTCTGCACAATCAGAAGCT	98552

CU041360.9	101	TCAGGAACTTGCTAAAGGCGACCTAAAAGTAAATGGGCAGGTAAATGAGA	150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98553	TCAGGAACTTGCTAAAGGCGACCTAAAAGTAAATGGGCAGGTAAATGAGA	98602

CU041360.9	151	CTTCGATGGAGTCAGTACCACTGGAGAAAAGCAAGAAAAGAGAATCCATC	200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98603	CTTCGATGGAGTCAGTACCACTGGAGAAAAGCAAGAAAAGAGAATCCATC	98652

CU041360.9	201	TTTGCTATTGATGTGGAAATGCTAAATATATCTGCGGAAGTTGGAGATGG	250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98653	TTTGCTATTGATGTGGAAATGCTAAATATATCTGCGGAAGTTGGAGATGG	98702

CU041360.9	251	TGTTGAGATGACTGTCCAGGTGCAGTCAATCTTTTCTGAAAATGCACGGA	300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98703	TGTTGAGATGACTGTCCAGGTGCAGTCAATCTTTTCTGAAAATGCACGGA	98752

CU041360.9	301	TCGGTGTGCTTCTAGAAGGTTTAATGCTCAACCTTAATAATGCAAGAATA	350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98753	TCGGTGTGCTTCTAGAAGGTTTAATGCTCAACCTTAATAATGCAAGAATA	98802

CU041360.9	351	TTTAGAAGTAGCAGAATGCAAGTCTCTCGTATTCCAAATGCTTCTAGAAG	400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98803	TTTAGAAGTAGCAGAATGCAAGTCTCTCGTATTCCAAATGCTTCTAGAAG	98852

CU041360.9	401	TGCACCAACTTCAAAACATGAGATAGGCACAACATGGGATTGGGTTATTC	450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98853	TGCACCAACTTCAAAACATGAGATAGGCACAACATGGGATTGGGTTATTC	98902

CU041360.9	451	AAGCCCTTGATGTCCACATATGCATGCCATACAGGTTGGAATTGCGGGCC	500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98903	AAGCCCTTGATGTCCACATATGCATGCCATACAGGTTGGAATTGCGGGCC	98952

CU041360.9	501	ATCGATGATTCTGTTGAGGAAATGCTTCGAGCTTTAAAGCTTGTTACTGC	550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	98953	ATCGATGATTCTGTTGAGGAAATGCTTCGAGCTTTAAAGCTTGTTACTGC	99002

CU041360.9	551	TGCAAAAACAAAACTTTTGTTTCCCAATAAGGAAGAGAAATCAAAAGCTA	600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99003	TGCAAAAACAAAACTTTTGTTTCCCAATAAGGAAGAGAAATCAAAAGCTA	99052

CU041360.9	601	AAGAGACCAGTTCATCGAAAATTGGACGAGTTAGATTTTGCATAAAGAAA	650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99053	AAGAGACCAGTTCATCGAAAATTGGACGAGTTAGATTTTGCATAAAGAAA	99102

CU041360.9	651	CTCACTGCTGATATTGAAGAACAACCTATACAAGGATGGCTTGACGAACA	700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99103	CTCACTGCTGATATTGAAGAACAACCTATACAAGGATGGCTTGACGAACA	99152

CU041360.9	701	TTATCAGCTGTTGAAGAAAGAGGCTTGTGAAGTAGCTGTCAGATTAAACT	750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99153	TTATCAGCTGTTGAAGAAAGAGGCTTGTGAAGTAGCTGTCAGATTAAACT	99202

CU041360.9	751	TTATTGATAAGCTTATTTCAAAAGGTGGAAAATCTCGCGGTGTTGCAGAA	800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99203	TTATTGATAAGCTTATTTCAAAAGGTGGAAAATCTCGCGGTGTTGCAGAA	99252

CU041360.9	801	AGAAAGGATTCTTTTGAAGATGGTAAAGTCCATTTCAATGGAGAAGAGAT	850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99253	AGAAAGGATTCTTTTGAAGATGGTAAAGTCCATTTCAATGGAGAAGAGAT	99302

CU041360.9	851	TGATGTGGAGGACACTTCAGCCGTTCAGAAACTGCAAGAGGAGATCTATA	900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99303	TGATGTGGAGGACACTTCAGCCGTTCAGAAACTGCAAGAGGAGATCTATA	99352

CU041360.9	901	AGCAGTCATTCAGGTCATATTACCAGGCATGCCAAACTCTTGTGCAATCA	950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99353	AGCAGTCATTCAGGTCATATTACCAGGCATGCCAAACTCTTGTGCAATCA	99402

CU041360.9	951	CAAGGATCAGGGGCCTGTAGTGAAGGGTTCCAAGGGGGTTTCAAGCCTAG	1000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99403	CAAGGATCAGGGGCCTGTAGTGAAGGGTTCCAAGGGGGTTTCAAGCCTAG	99452

CU041360.9	1001	CACTGCCAGGAGTTCTCTCTTTTCGGTTTCTGCTACTGAGTTGGATGTAA	1050
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99453	CACTGCCAGGAGTTCTCTCTTTTCGGTTTCTGCTACTGAGTTGGATGTAA	99502

CU041360.9	1051	GTTTGACAAGAATTGAAGGAGGTGATTCTGGGATGATAGAGATTCTGCAA	1100
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99503	GTTTGACAAGAATTGAAGGAGGTGATTCTGGGATGATAGAGATTCTGCAA	99552

CU041360.9	1101	AAGCTTGATCCAGTATGTCGTGCACATAGCGTCCCATTTTCACGATTATA	1150
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99553	AAGCTTGATCCAGTATGTCGTGCACATAGCGTCCCATTTTCACGATTATA	99602

CU041360.9	1151	TGGTAGTAATATCAATTTGCAGACGGGTTCCCTTGTTGTTCGGATAAGAA	1200
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99603	TGGTAGTAATATCAATTTGCAGACGGGTTCCCTTGTTGTTCGGATAAGAA	99652

CU041360.9	1201	ATTATACATATCCACTTCTTGCTGCAACTTCGGGAAGATGTGAAGGACGT	1250
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99653	ATTATACATATCCACTTCTTGCTGCAACTTCGGGAAGATGTGAAGGACGT	99702

CU041360.9	1251	GTTATACTGGCTCAGCAGGTTTGATCATTGTTCTTTTCCTTTTCTTTTTC	1300
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99703	GTTATACTGGCTCAGCAGGTTTGATCATTGTTCTTTTCCTTTTCTTTTTC	99752

CU041360.9	1301	CTTCTTGAAACAGTTAAAAGATGTTTTTATGAAAATATGTTCACAAGAAC	1350
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99753	CTTCTTGAAACAGTTAAAAGATGTTTTTATGAAAATATGTTCACAAGAAC	99802

CU041360.9	1351	TATTTGCACTTTTGTGTAACTTATACAAATCATTTCTCTCTGAAGGACAT	1400
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99803	TATTTGCACTTTTGTGTAACTTATACAAATCATTTCTCTCTGAAGGACAT	99852

CU041360.9	1401	GACAACCAAATTGGCGTTAGATATATTATATTCCTCATTCTATGTTTAAC	1450
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99853	GACAACCAAATTGGCGTTAGATATATTATATTCCTCATTCTATGTTTAAC	99902

CU041360.9	1451	TTTGCTCCTTTGTGTTGTATAATGTGTTGAAGCGCTAGATATGTTATGTT	1500
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99903	TTTGCTCCTTTGTGTTGTATAATGTGTTGAAGCGCTAGATATGTTATGTT	99952

CU041360.9	1501	CCTCATTCTACTGTTTTTGACTCTTGAGAAGCAATTTGTTTTAAATGCTA	1550
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	99953	CCTCATTCTACTGTTTTTGACTCTTGAGAAGCAATTTGTTTTAAATGCTA	100002

CU041360.9	1551	TGAATTTCAACAAGAGACTCGTCAACACAAAAGTAACCTTTTTATCTATG	1600
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100003	TGAATTTCAACAAGAGACTCGTCAACACAAAAGTAACCTTTTTATCTATG	100052

CU041360.9	1601	TCTGGTGCAGGCAACTTGTTTTCAGCCCCAAATCCACCAAAATGTATACA	1650
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100053	TCTGGTGCAGGCAACTTGTTTTCAGCCCCAAATCCACCAAAATGTATACA	100102

CU041360.9	1651	TTGGGAGATGGAGGAAGGTCCGTTTGCTCCGTTCTGCTAGTGGGACAACT	1700
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100103	TTGGGAGATGGAGGAAGGTCCGTTTGCTCCGTTCTGCTAGTGGGACAACT	100152

CU041360.9	1701	CCACCAATGAAAACATACTCTGATTTGCCCTTACATTTTCAGAAAGCAGA	1750
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100153	CCACCAATGAAAACATACTCTGATTTGCCCTTACATTTTCAGAAAGCAGA	100202

CU041360.9	1751	AATTTCCTATGGAGTGGGGTTTGAACCAGCTCTTGCTGATATTAGCTATG	1800
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100203	AATTTCCTATGGAGTGGGGTTTGAACCAGCTCTTGCTGATATTAGCTATG	100252

CU041360.9	1801	CTTTCACAGTGGCCATGCGTAGGGCCAATTTGAGCATAAGAAATCCAAGT	1850
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100253	CTTTCACAGTGGCCATGCGTAGGGCCAATTTGAGCATAAGAAATCCAAGT	100302

CU041360.9	1851	CCAGACCCTCCTCCACTGAAAAAAGAAAAGAGCTTGCCATGGTGGGATGA	1900
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100303	CCAGACCCTCCTCCACTGAAAAAAGAAAAGAGCTTGCCATGGTGGGATGA	100352

CU041360.9	1901	AATGAGAAACTACATTCATGGAAATACCTCCTTATATTTTTCCGAGTCCC	1950
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100353	AATGAGAAACTACATTCATGGAAATACCTCCTTATATTTTTCCGAGTCCC	100402

CU041360.9	1951	AATGGAATATTCTTGCCAGTACTGATCCTTATGAAAAGTCTGACAAGCTT	2000
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
CU012062.8	100403	AATGGAATATTCTTGCCAGTACTGATCCTTATGAAAAGTCTGACAAGCTT	100452

Overview

Query
CU041360.9 - 129590 bps
Hit
CU012062.8 - 100452 bps
Total alignments
2
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019662000120001984531004521
2100303161676197-199099991291
Short-link