<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT573401.5	2000	CTACAAAATTTTATTCAAAAATATGAATTCTGAGTTTACTTTAAAGGAGG	1951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1	CTACAAAATTTTATTCAAAAATATGAATTCTGAGTTTACTTTAAAGGAGG	50

C  CT573401.5	1950	GGTTAAAAGTGAAGATGAAAAATTGTTTGGAGATTAAAAGTTGAAGGAAA	1901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	51	GGTTAAAAGTGAAGATGAAAAATTGTTTGGAGATTAAAAGTTGAAGGAAA	100

C  CT573401.5	1900	ATTTTAGAAGGATTAAAACGAAAAATTGATATATTTATAGAAACAAAAAA	1851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	101	ATTTTAGAAGGATTAAAACGAAAAATTGATATATTTATAGAAACAAAAAA	150

C  CT573401.5	1850	TATATTTAACCCTAAAATCAAAAATTCTCTTTCATCAAAATTAGATCGTC	1801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	151	TATATTTAACCCTAAAATCAAAAATTCTCTTTCATCAAAATTAGATCGTC	200

C  CT573401.5	1800	CACCCGTGCTGCCGCACGGGTCATATACATTGTAAGTGTAGTAGACAAAA	1751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	201	CACCCGTGCTGCCGCACGGGTCATATACATTGTAAGTGTAGTAGACAAAA	250

C  CT573401.5	1750	GTAAAATTTTATAATACAGTCCCAACTTGTAATTTTAATGTCATAATTTT	1701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	251	GTAAAATTTTATAATACAGTCCCAACTTGTAATTTTAATGTCATAATTTT	300

C  CT573401.5	1700	AAATACAACTATAGAAGGAAATTGTATAATTGATTCAAAATGTTTTTAGT	1651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	301	AAATACAACTATAGAAGGAAATTGTATAATTGATTCAAAATGTTTTTAGT	350

C  CT573401.5	1650	GACATTGAGCAACAATCTATAATTTAATAACATAAGAGATTTTGCCAAAA	1601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	351	GACATTGAGCAACAATCTATAATTTAATAACATAAGAGATTTTGCCAAAA	400

C  CT573401.5	1600	GCATTGCACACATCTCTTTTTCTGGTAAGTCAATTACATTGAAAATTCAT	1551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	401	GCATTGCACACATCTCTTTTTCTGGTAAGTCAATTACATTGAAAATTCAT	450

C  CT573401.5	1550	ATATTATATATCACTAACAAAGATACAAAAATTATGTTGAAAGAAATTTG	1501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	451	ATATTATATATCACTAACAAAGATACAAAAATTATGTTGAAAGAAATTTG	500

C  CT573401.5	1500	TATAATTGATTCAAAATATGTTTAGTTAACTTTAATATATAAGAAGATGT	1451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	501	TATAATTGATTCAAAATATGTTTAGTTAACTTTAATATATAAGAAGATGT	550

C  CT573401.5	1450	ATCGAGAAATTGAGAAGGGGGAAAATTCAATAAGGTTAAACAAAGGAATT	1401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	551	ATCGAGAAATTGAGAAGGGGGAAAATTCAATAAGGTTAAACAAAGGAATT	600

C  CT573401.5	1400	TAGCATCAGGGTTTAAATAGTAAATTTATGCAATAGGTTTAGGTTAAAAT	1351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	601	TAGCATCAGGGTTTAAATAGTAAATTTATGCAATAGGTTTAGGTTAAAAT	650

C  CT573401.5	1350	TAGGGCTAAAATATGCTTCTGTGTTAACTTTAATATATAAGAAGATAGAA	1301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	651	TAGGGCTAAAATATGCTTCTGTGTTAACTTTAATATATAAGAAGATAGAA	700

C  CT573401.5	1300	GGAAATTGTATAATTGATTCAAAATATTTTTAGTGACATTGAGCAGCAAT	1251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	701	GGAAATTGTATAATTGATTCAAAATATTTTTAGTGACATTGAGCAGCAAT	750

C  CT573401.5	1250	CTATAATTTAATAACAAAGAGATTTTGCCAAAAGCACTGCACACATCTCT	1201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	751	CTATAATTTAATAACAAAGAGATTTTGCCAAAAGCACTGCACACATCTCT	800

C  CT573401.5	1200	TTTTCTCGTGAGTCAATTACATTGAAAATTCATATATTATATATCACTAA	1151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	801	TTTTCTCGTGAGTCAATTACATTGAAAATTCATATATTATATATCACTAA	850

C  CT573401.5	1150	CAAAGATACAAAAATTATGTTGAAAGAAATTTGTATAATTGATTTAAAAT	1101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	851	CAAAGATACAAAAATTATGTTGAAAGAAATTTGTATAATTGATTTAAAAT	900

C  CT573401.5	1100	ATGTTTAGTTAACTTTAATATATAAGAAGATGTATCGAGAAATTGAGAAG	1051
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	901	ATGTTTAGTTAACTTTAATATATAAGAAGATGTATCGAGAAATTGAGAAG	950

C  CT573401.5	1050	GGGGAAAATTCAATAAGGTTAAACAAAGAAATTTAGCATCAGAGTTAAAA	1001
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	951	GGGGAAAATTCAATAAGGTTAAACAAAGAAATTTAGCATCAGAGTTAAAA	1000

C  CT573401.5	1000	TAGTAAATTTATGCAATAGGTTTAGGTTAAAATTAGGGTTAAAATATACT	951
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1001	TAGTAAATTTATGCAATAGGTTTAGGTTAAAATTAGGGTTAAAATATACT	1050

C  CT573401.5	950	TATGTCTTGACTTTAATATATAAGAAGAGAAGATAATTTATTTCTCTGTG	901
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1051	TATGTCTTGACTTTAATATATAAGAAGAGAAGATAATTTATTTCTCTGTG	1100

C  CT573401.5	900	TCAACCGACTCTTGCGGATCAACAGTTGAGATTATATTCTGGAAGAAAAA	851
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1101	TCAACCGACTCTTGCGGATCAACAGTTGAGATTATATTCTGGAAGAAAAA	1150

C  CT573401.5	850	AAAAGGAGTGAACAATGGTCATGGAACACTTTATTTATTTATTTATTTAT	801
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1151	AAAAGGAGTGAACAATGGTCATGGAACACTTTATTTATTTATTTATTTAT	1200

C  CT573401.5	800	TGAAACAGATGAATAATAGAACACTTAATTTAACATGTCTATTGTAACGA	751
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1201	TGAAACAGATGAATAATAGAACACTTAATTTAACATGTCTATTGTAACGA	1250

C  CT573401.5	750	AAAAGAATATTTAACATGTCTATTTAAAATGAAAGGTTTCATAACTCACC	701
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1251	AAAAGAATATTTAACATGTCTATTTAAAATGAAAGGTTTCATAACTCACC	1300

C  CT573401.5	700	AACTGACGTAGAATCAACTCACATAGGATCAGTATGTTCAAAATCACTTG	651
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1301	AACTGACGTAGAATCAACTCACATAGGATCAGTATGTTCAAAATCACTTG	1350

C  CT573401.5	650	TAAAAACTATCAGTTGCAATTCCATTATACTCCCACTTTTCAAATTTTAC	601
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1351	TAAAAACTATCAGTTGCAATTCCATTATACTCCCACTTTTCAAATTTTAC	1400

C  CT573401.5	600	GACATTTTACTATTTCACACAAATTAAGAAGATAATTAATTTAAATGAAA	551
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1401	GACATTTTACTATTTCACACAAATTAAGAAGATAATTAATTTAAATGAAA	1450

C  CT573401.5	550	AATTAAAATTACTATAATTGAACGAAGAGACCAATTAATTTGTATAATGA	501
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1451	AATTAAAATTACTATAATTGAACGAAGAGACCAATTAATTTGTATAATGA	1500

C  CT573401.5	500	TTTTTTTTTTTTAATTGATCATCCAACACACATAACACAGAGATTAAAGA	451
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1501	TTTTTTTTTTTTAATTGATCATCCAACACACATAACACAGAGATTAAAGA	1550

C  CT573401.5	450	GGCCAAAAGTTTTTTTTTAGGGGAAAGAGGCAAAAGATTATAAGATTGGT	401
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1551	GGCCAAAAGTTTTTTTTTAGGGGAAAGAGGCAAAAGATTATAAGATTGGT	1600

C  CT573401.5	400	GGAAATTCTTGTTAAAGATAGTAGTGATATCTTGTTTGTTTGTGAGAATT	351
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1601	GGAAATTCTTGTTAAAGATAGTAGTGATATCTTGTTTGTTTGTGAGAATT	1650

C  CT573401.5	350	TCATCAGAGTTTTGTGAAGATTCTTGTTGTAAGGACAGTGGGGTGCTATC	301
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1651	TCATCAGAGTTTTGTGAAGATTCTTGTTGTAAGGACAGTGGGGTGCTATC	1700

C  CT573401.5	300	TTGTACTTTTTAGAAAGATTGTTGGCCTTAGGGTAAGGCTTGCTTTGTAA	251
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1701	TTGTACTTTTTAGAAAGATTGTTGGCCTTAGGGTAAGGCTTGCTTTGTAA	1750

C  CT573401.5	250	CAAAGATTACGTTTTATTGAAAATCCTTCATGTGGTATGAGGGGACCAGA	201
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1751	CAAAGATTACGTTTTATTGAAAATCCTTCATGTGGTATGAGGGGACCAGA	1800

C  CT573401.5	200	CTATCCTTAGGTTAGAAGGGGAACCAGTATATATCGTTGTGTCCTTTTTC	151
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1801	CTATCCTTAGGTTAGAAGGGGAACCAGTATATATCGTTGTGTCCTTTTTC	1850

C  CT573401.5	150	TCTTCTATGCTCTCTTTTTTTAGTATTTTGTTCATACATTCATAATAGTT	101
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1851	TCTTCTATGCTCTCTTTTTTTAGTATTTTGTTCATACATTCATAATAGTT	1900

C  CT573401.5	100	TTTCAGAAAATAAATAGAACCAAAAAAGTCTTAAAAAATTTATTTTTGTT	51
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1901	TTTCAGAAAATAAATAGAACCAAAAAAGTCTTAAAAAATTTATTTTTGTT	1950

C  CT573401.5	50	TGGAAATAAATTATATTATATGATTCCGTATAGGCAATAAGTCAAAGCTT	1
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012060.10	1951	TGGAAATAAATTATATTATATGATTCCGTATAGGCAATAAGTCAAAGCTT	2000

Overview

Query
CT573401.5 - 107290 bps
Hit
CU012060.10 - 108560 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
11001824200012000-1120001
296.12963849231306-13116951
396.0929438513061690-169510781
410036582923429291-133249333061
Short-link