<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CR956368.6	139040	AAGCTTACCTGATTCCATTTGTATGTTGTATAATTTGCATACGCTCTTGC	138991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10142	AAGCTTACCTGATTCCATTTGTATGTTGTATAATTTGCATACGCTCTTGC	10191

C  CR956368.6	138990	TGAAAGAATGTTTTAAACTACTTGAGCTCCCGCCAAATTTTTGCAAACTC	138941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10192	TGAAAGAATGTTTTAAACTACTTGAGCTCCCGCCAAATTTTTGCAAACTC	10241

C  CR956368.6	138940	ATCAATTTACGTCATCTTAATTTGAAAGGCACGCATATTAAGAAGATGCC	138891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10242	ATCAATTTACGTCATCTTAATTTGAAAGGCACGCATATTAAGAAGATGCC	10291

C  CR956368.6	138890	AAAGGAGATAAGTGAATTAATCAATCTTGAGATGCTGACTGATTTTGTTG	138841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10292	AAAGGAGATAAGTGAATTAATCAATCTTGAGATGCTGACTGATTTTGTTG	10341

C  CR956368.6	138840	TGGGAGAGCAACATGGATATGATATTAAGCAGTTGGCAGAACTCAACCAC	138791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10342	TGGGAGAGCAACATGGATATGATATTAAGCAGTTGGCAGAACTCAACCAC	10391

C  CR956368.6	138790	CTTAAAGGAAGGCTTCAAATTTCAGGATTGAAAAATGTGGCTCATCCAGC	138741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10392	CTTAAAGGAAGGCTTCAAATTTCAGGATTGAAAAATGTGGCTCATCCAGC	10441

C  CR956368.6	138740	AGATGCTATGGCAGCAAATTTGAAAGATAAGAAACATTTAGAAGAATTAA	138691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10442	AGATGCTATGGCAGCAAATTTGAAAGATAAGAAACATTTAGAAGAATTAA	10491

C  CR956368.6	138690	GTTTGTCGTATGATGAATGGAGAGAAATGGATGGCTTAGTAACTGAAGCA	138641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10492	GTTTGTCGTATGATGAATGGAGAGAAATGGATGGCTTAGTAACTGAAGCA	10541

C  CR956368.6	138640	CGTGTCTCGGTCTTGGAAGCTCTTCAACCAAATAGACACCTCATGAGACT	138591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10542	CGTGTCTCGGTCTTGGAAGCTCTTCAACCAAATAGACACCTCATGAGACT	10591

C  CR956368.6	138590	CACCATCAATGACTACAGAGGTAGTAGCTTTCCAAATTGGCTTGGGGATC	138541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10592	CACCATCAATGACTACAGAGGTAGTAGCTTTCCAAATTGGCTTGGGGATC	10641

C  CR956368.6	138540	ATCATCTACCCAATTTAGTATCTCTTGAATTGTTGGGATGTAAACTCTGT	138491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10642	ATCATCTACCCAATTTAGTATCTCTTGAATTGTTGGGATGTAAACTCTGT	10691

C  CR956368.6	138490	TCCCAGTTGCCACCACTTGGGCAGTTGCCTTCTCTCGAGAAGCTTTCCAT	138441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10692	TCCCAGTTGCCACCACTTGGGCAGTTGCCTTCTCTCGAGAAGCTTTCCAT	10741

C  CR956368.6	138440	TTCTGGCTGTCATGGAATAGAGATCATTGGTTCAGAGTTTTGCGGCTATA	138391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10742	TTCTGGCTGTCATGGAATAGAGATCATTGGTTCAGAGTTTTGCGGCTATA	10791

C  CR956368.6	138390	ATCCATCAAATGTTCCATTTAGATCCCTTGAAACTTTGCGGGTTGAGCAT	138341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10792	ATCCATCAAATGTTCCATTTAGATCCCTTGAAACTTTGCGGGTTGAGCAT	10841

C  CR956368.6	138340	ATGTCTGAATGGAAGGAATGGTTATGTCTTGAAGGTTTCCCATTGCTTCA	138291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10842	ATGTCTGAATGGAAGGAATGGTTATGTCTTGAAGGTTTCCCATTGCTTCA	10891

C  CR956368.6	138290	AGAGCTTTGTATAACGCATTGTCCCAAGTTGAAGAGTGCTCTGCCTCAGC	138241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10892	AGAGCTTTGTATAACGCATTGTCCCAAGTTGAAGAGTGCTCTGCCTCAGC	10941

C  CR956368.6	138240	ACGTTCCTTGTTTGCAAAAGTTGGAGATTATTGATTGCCAAGAGTTGGAG	138191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10942	ACGTTCCTTGTTTGCAAAAGTTGGAGATTATTGATTGCCAAGAGTTGGAG	10991

C  CR956368.6	138190	GCTTCAATTCCTAATGCTGCTAATATCAGTGATATAGAACTAAAGAGATG	138141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	10992	GCTTCAATTCCTAATGCTGCTAATATCAGTGATATAGAACTAAAGAGATG	11041

C  CR956368.6	138140	TGATGGCATTTTTATAAATGAATTGCCATCAAGCTTGAAAAGGGCCATCC	138091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11042	TGATGGCATTTTTATAAATGAATTGCCATCAAGCTTGAAAAGGGCCATCC	11091

C  CR956368.6	138090	TTTGTGGAACTCATGTCATTGAAATCACCCTAGAGAAAATTCTAGTTAGT	138041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11092	TTTGTGGAACTCATGTCATTGAAATCACCCTAGAGAAAATTCTAGTTAGT	11141

C  CR956368.6	138040	AGTCCCTTTCTTGAAGAACTGGAAGTTGAAGACTTCTTTGGTCCAAATCT	137991
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11142	AGTCCCTTTCTTGAAGAACTGGAAGTTGAAGACTTCTTTGGTCCAAATCT	11191

C  CR956368.6	137990	AGAATGGTCCTCTTTGGATATGTGTAGTTGTAATTCCCTTCGCACTTTAA	137941
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11192	AGAATGGTCCTCTTTGGATATGTGTAGTTGTAATTCCCTTCGCACTTTAA	11241

C  CR956368.6	137940	CTATAACAGGTTGGCACTTGTCATACCCCAAATTTGACCCGTTTGAAATC	137891
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11242	CTATAACAGGTTGGCACTTGTCATACCCCAAATTTGACCCGTTTGAAATC	11291

C  CR956368.6	137890	TTTTATCCGTTTCTTTTACCATTTAAAACTCGTTTTTGTGTCGTCTTTAA	137841
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11292	TTTTATCCGTTTCTTTTACCATTTAAAACTCGTTTTTGTGTCGTCTTTAA	11341

C  CR956368.6	137840	TTATTAAAAAAAAACTGTCATCTTGCATTTAAGTCTCTGCTCGCTTTTTA	137791
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11342	TTATTAAAAAAAAACTGTCATCTTGCATTTAAGTCTCTGCTCGCTTTTTA	11391

C  CR956368.6	137790	CAACAGTTAAAATCACTTCATCTGTTTTTTTTATAACTTTTAGACGCATT	137741
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11392	CAACAGTTAAAATCACTTCATCTGTTTTTTTTATAACTTTTAGACGCATT	11441

C  CR956368.6	137740	TTATATTTAAAAGTTTTAGTCATAACAGTCAAGTCATTTTAAAAGATCTA	137691
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11442	TTATATTTAAAAGTTTTAGTCATAACAGTCAAGTCATTTTAAAAGATCTA	11491

C  CR956368.6	137690	ATTGTATTTTAAAAGTCGCGTTTTTTTAATCATTTCAGACAAAATTTCGG	137641
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11492	ATTGTATTTTAAAAGTCGCGTTTTTTTAATCATTTCAGACAAAATTTCGG	11541

C  CR956368.6	137640	CAGAGAGGATACTTTGAAGTACCTCATGTCAGATTTCGAAGGGATTTTTT	137591
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11542	CAGAGAGGATACTTTGAAGTACCTCATGTCAGATTTCGAAGGGATTTTTT	11591

C  CR956368.6	137590	TTTATTTATTAATTAATATTTTATTTTTATTTTATTTGTCATTTTTTATT	137541
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11592	TTTATTTATTAATTAATATTTTATTTTTATTTTATTTGTCATTTTTTATT	11641

C  CR956368.6	137540	TTTCTTTTTTTTGTTTATTATTATTTTATTTTATTAATTTTTTTTTTTAA	137491
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11642	TTTCTTTTTTTTGTTTATTATTATTTTATTTTATTAATTTTTTTTTTTAA	11691

C  CR956368.6	137490	AAAAAAAAACAAAGAAAGGAAAGTCACTCACGTAACTTTCTTTCTTCTTT	137441
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11692	AAAAAAAAACAAAGAAAGGAAAGTCACTCACGTAACTTTCTTTCTTCTTT	11741

C  CR956368.6	137440	CCTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTCTTATTATTTTTATTTGTTAAGTCTTTA	137391
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11742	CCTCTTTTCTTTTCTTTTTTTTCTTATTATTTTTATTTGTTAAGTCTTTA	11791

C  CR956368.6	137390	TCCCCAAGTCTCCCACAGGGGTATTTTGGTCTTTGATATGTACCAGAGCC	137341
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11792	TCCCCAAGTCTCCCACAGGGGTATTTTGGTCTTTGATATGTACCAGAGCC	11841

C  CR956368.6	137340	AACCCTATTTTGTCACTATAAATACACTGTCCAATCATTGGGAAGAGGGT	137291
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11842	AACCCTATTTTGTCACTATAAATACACTGTCCAATCATTGGGAAGAGGGT	11891

C  CR956368.6	137290	CCGAAAATTCACTGTAGCTGCGTCAGAGTCAAATTAGTCCAATCAATACA	137241
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11892	CCGAAAATTCACTGTAGCTGCGTCAGAGTCAAATTAGTCCAATCAATACA	11941

C  CR956368.6	137240	AACCCTAATCCTTTCTCTCTCATACCAAATACAGATCAAACACAAAAAAA	137191
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11942	AACCCTAATCCTTTCTCTCTCATACCAAATACAGATCAAACACAAAAAAA	11991

C  CR956368.6	137190	AATCACAAAAATTATGAACAATCTCAAGAACACATGAACCTTGACCCTTT	137141
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	11992	AATCACAAAAATTATGAACAATCTCAAGAACACATGAACCTTGACCCTTT	12041

C  CR956368.6	137140	CCAAAAATGAATATAATCACCACAAACTCATAAAACCGACTCAAATCATC	137091
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	12042	CCAAAAATGAATATAATCACCACAAACTCATAAAACCGACTCAAATCATC	12091

C  CR956368.6	137090	ACATAATCACCATAAACTAACAGAATCAACTCAACTCATCACAAAAACAC	137041
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012059.4	12092	ACATAATCACCATAAACTAACAGAATCAACTCAACTCATCACAAAAACAC	12141

Overview

Query
CR956368.6 - 139040 bps
Hit
CU012059.4 - 12141 bps
Total alignments
4
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110019252000137041139040-110142121411
289.15949631565016612-138613481
392.09437860562115127206-138664281
492.09437860563174537800-138664281
Short-link