<=>End overlap alignment

Alignment #1 HSP: 2000 bps / non-identical: 0 bps

Full alignment

C  CT963134.11	129281	AAGCTTCTCATGCGCTTTGAATTCATCTGATTTTGAGCTTAGAAGTTTAG	129232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35335	AAGCTTCTCATGCGCTTTGAATTCATCTGATTTTGAGCTTAGAAGTTTAG	35384

C  CT963134.11	129231	CTACTAGGTACTTGCCTCATCATTCCTCCCTCAAAATCTTGTAGGTTGAC	129182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35385	CTACTAGGTACTTGCCTCATCATTCCTCCCTCAAAATCTTGTAGGTTGAC	35434

C  CT963134.11	129181	GAGTAGTCAACACTTTTAAGTTTATATCTGATAGAGGAGAATGTTAGCTT	129132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35435	GAGTAGTCAACACTTTTAAGTTTATATCTGATAGAGGAGAATGTTAGCTT	35484

C  CT963134.11	129131	GAAGTTTAATTGGTTTCGTGAGGATATTCACATGTGTTACTGTGAGACAC	129082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35485	GAAGTTTAATTGGTTTCGTGAGGATATTCACATGTGTTACTGTGAGACAC	35534

C  CT963134.11	129081	CTGATGTGAACATTCTCCTTAACAAAGTAGAGGTTTAAGTTTCACATGTT	129032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35535	CTGATGTGAACATTCTCCTTAACAAAGTAGAGGTTTAAGTTTCACATGTT	35584

C  CT963134.11	129031	TTGTTCTTGAATGCAGAAATAAGTTATAACTGAGTACTACAAAATTTTGA	128982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35585	TTGTTCTTGAATGCAGAAATAAGTTATAACTGAGTACTACAAAATTTTGA	35634

C  CT963134.11	128981	GAAAATAGGTGTTGTTGTTATTCATAACATGTTTTGATATTTTATGATAA	128932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35635	GAAAATAGGTGTTGTTGTTATTCATAACATGTTTTGATATTTTATGATAA	35684

C  CT963134.11	128931	CAATTAAAATTATAATTATTACACTGAACTTCTCAACTATTCGAATTTTT	128882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35685	CAATTAAAATTATAATTATTACACTGAACTTCTCAACTATTCGAATTTTT	35734

C  CT963134.11	128881	TTATGATGCATTGATTCAAACTTTTATTATATAAATCAAAATATTAAGAA	128832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35735	TTATGATGCATTGATTCAAACTTTTATTATATAAATCAAAATATTAAGAA	35784

C  CT963134.11	128831	ATACAATAATCATATGATTCAATGTCATAATTAATCAAGGAAATAACACA	128782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35785	ATACAATAATCATATGATTCAATGTCATAATTAATCAAGGAAATAACACA	35834

C  CT963134.11	128781	TTGGAGGATTTCAACTATAACTCAAATTGAATGAGCTGGCTTGCCTAAGA	128732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35835	TTGGAGGATTTCAACTATAACTCAAATTGAATGAGCTGGCTTGCCTAAGA	35884

C  CT963134.11	128731	AGCTCCTCCTTCAACTAGCCTAATTTTTTTTGGTCACCCTTTGTTTTTAG	128682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35885	AGCTCCTCCTTCAACTAGCCTAATTTTTTTTGGTCACCCTTTGTTTTTAG	35934

C  CT963134.11	128681	GGAAAAGGGGCCTTACAAATCTGGAATTTGGGTGAGAGGCAAGTAAAGTT	128632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35935	GGAAAAGGGGCCTTACAAATCTGGAATTTGGGTGAGAGGCAAGTAAAGTT	35984

C  CT963134.11	128631	TGACAATTATTGTTCCCGTTCGGATTTGAGCCGGTATTCTTTCGAAAAAG	128582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	35985	TGACAATTATTGTTCCCGTTCGGATTTGAGCCGGTATTCTTTCGAAAAAG	36034

C  CT963134.11	128581	TTCTTAAATAAAAACTTAATTAACCATTTCATGACAACCACTTGGTTTTT	128532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36035	TTCTTAAATAAAAACTTAATTAACCATTTCATGACAACCACTTGGTTTTT	36084

C  CT963134.11	128531	GACTAGCATAACTGTTTCACAAATGAACAAATTCTTATAAAATTGGATTT	128482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36085	GACTAGCATAACTGTTTCACAAATGAACAAATTCTTATAAAATTGGATTT	36134

C  CT963134.11	128481	CTAATACCGCAAGTGGTGTCAAACAAAATTTACTACATGTTAAAAACAAC	128432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36135	CTAATACCGCAAGTGGTGTCAAACAAAATTTACTACATGTTAAAAACAAC	36184

C  CT963134.11	128431	ATATTGAGTTCCATATTATCAATTTCTAAAATGTTAATATTTGGGCAGTA	128382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36185	ATATTGAGTTCCATATTATCAATTTCTAAAATGTTAATATTTGGGCAGTA	36234

C  CT963134.11	128381	TTCCCTCTGTCTATTTATTCTTTCCCCATGTTTATGTATGCTTGCACTTT	128332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36235	TTCCCTCTGTCTATTTATTCTTTCCCCATGTTTATGTATGCTTGCACTTT	36284

C  CT963134.11	128331	TTCCATACCTCTTATTGCTAAATGCCATTGTACTTCTACTTTTGAGATAG	128282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36285	TTCCATACCTCTTATTGCTAAATGCCATTGTACTTCTACTTTTGAGATAG	36334

C  CT963134.11	128281	GGAGTATTTTCCATGAGCGATTGAACAAATATTTTAAAAGGTGAAGAAGA	128232
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36335	GGAGTATTTTCCATGAGCGATTGAACAAATATTTTAAAAGGTGAAGAAGA	36384

C  CT963134.11	128231	AATACAAATACAAAAACAACCTTACTATTTTTGTAGCAATAAATCTTCCT	128182
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36385	AATACAAATACAAAAACAACCTTACTATTTTTGTAGCAATAAATCTTCCT	36434

C  CT963134.11	128181	GGCTCGTCAATCTATGGTGGGAATTAGATATTTGTTAGTTGATTCAGAAT	128132
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36435	GGCTCGTCAATCTATGGTGGGAATTAGATATTTGTTAGTTGATTCAGAAT	36484

C  CT963134.11	128131	GAAATCAACATAACTAAAAGAAAATTTGGTAGATGAAAAAACTGAAGGAC	128082
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36485	GAAATCAACATAACTAAAAGAAAATTTGGTAGATGAAAAAACTGAAGGAC	36534

C  CT963134.11	128081	AAGATAAGTGGAATGTAGGATCAGATAAGGTAAAGGTGAAATTAAACCAA	128032
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36535	AAGATAAGTGGAATGTAGGATCAGATAAGGTAAAGGTGAAATTAAACCAA	36584

C  CT963134.11	128031	AATATCCTTAGTTAAACACAGCTTATGAAAATGTTTGGTTACATAGAGTT	127982
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36585	AATATCCTTAGTTAAACACAGCTTATGAAAATGTTTGGTTACATAGAGTT	36634

C  CT963134.11	127981	TGAATGATTGGACTAAGTTGGGTGACAATGGAAGGATTCTGTATATTTGT	127932
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36635	TGAATGATTGGACTAAGTTGGGTGACAATGGAAGGATTCTGTATATTTGT	36684

C  CT963134.11	127931	ATAGGTAAAGACGGTGACAATTGCATCTAATGAGGGATTGTGCATAATTT	127882
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36685	ATAGGTAAAGACGGTGACAATTGCATCTAATGAGGGATTGTGCATAATTT	36734

C  CT963134.11	127881	AAAACCAGATATCTAATAAAGAGAGTATGTGAGAGTGGTTATGAGAGAAA	127832
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36735	AAAACCAGATATCTAATAAAGAGAGTATGTGAGAGTGGTTATGAGAGAAA	36784

C  CT963134.11	127831	AAAGGTGATATGTAAGAATGATATTTAAATACCCTTTATATTTCTACAAT	127782
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36785	AAAGGTGATATGTAAGAATGATATTTAAATACCCTTTATATTTCTACAAT	36834

C  CT963134.11	127781	CATTCAACACCGTATTTTATCTATATCTAACTCTTCCTATCATATCATCA	127732
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36835	CATTCAACACCGTATTTTATCTATATCTAACTCTTCCTATCATATCATCA	36884

C  CT963134.11	127731	ATTTATTACGGCTATATCTATGTCAGAGCCAATTACTTTTAGAAAACAAT	127682
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36885	ATTTATTACGGCTATATCTATGTCAGAGCCAATTACTTTTAGAAAACAAT	36934

C  CT963134.11	127681	ATATCCAAATTAGGTTACAAAACCCAATGATAATATCTATATATAACCTA	127632
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36935	ATATCCAAATTAGGTTACAAAACCCAATGATAATATCTATATATAACCTA	36984

C  CT963134.11	127631	GAATCATTAAACAAGCGATCAAACAATCAAAAACAATAAGATCAAGATAT	127582
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	36985	GAATCATTAAACAAGCGATCAAACAATCAAAAACAATAAGATCAAGATAT	37034

C  CT963134.11	127581	ACTGAACAAACATAATTCATATTGCATTGAAAAATGACTTCATAGATTGC	127532
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	37035	ACTGAACAAACATAATTCATATTGCATTGAAAAATGACTTCATAGATTGC	37084

C  CT963134.11	127531	GTGATTCAAACAATTCGATAAAAGTTCATCATTCAATCATAATCTAAAGA	127482
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	37085	GTGATTCAAACAATTCGATAAAAGTTCATCATTCAATCATAATCTAAAGA	37134

C  CT963134.11	127481	GTTTAGTTACACATGATAATGGTCAATAACATAATCAAAAGATAAAAGAA	127432
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	37135	GTTTAGTTACACATGATAATGGTCAATAACATAATCAAAAGATAAAAGAA	37184

C  CT963134.11	127431	TGATACATGCAAAGATAGTGACACCACTCTTCAATCTTGTTTCCAATGGT	127382
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	37185	TGATACATGCAAAGATAGTGACACCACTCTTCAATCTTGTTTCCAATGGT	37234

C  CT963134.11	127381	TGAAAAACGCCACTTCAGGATCACTAGTTCGCATTTATTTCTTCAGATCC	127332
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	37235	TGAAAAACGCCACTTCAGGATCACTAGTTCGCATTTATTTCTTCAGATCC	37284

C  CT963134.11	127331	TTCGAAATTCGGATCCTCGCTTTTGAATTAAATTAGGGCTTAATAGACAC	127282
			||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
  CU012055.18	37285	TTCGAAATTCGGATCCTCGCTTTTGAATTAAATTAGGGCTTAATAGACAC	37334

Overview

Query
CT963134.11 - 129281 bps
Hit
CU012055.18 - 37334 bps
Total alignments
1
Best alignment
alignment #1 (HSP: 2000 bps)
Best alignment cartoon

Alternate alignments

#%IDscoreHSPstartendstrandhstarthendhstrand
110018862000127282129281-135335373341
Short-link